제2007-779호

결     정     서


청  구  인  (주)○○○○○○ 대표이사 ○  ○  ○
            ○○도 ○○시 ○○구 ○동 716-8번지 ○○○플라자 405호
대  리  인  세무사 ○  ○  ○
            ○○○○시 ○구 ○○동 102-6번지 ○○빌딩 8층
처  분  청  ○○○○시 ○○구청장

    위 당사자간 등록세 등 부과 사건에 관하여 2007년 10월 25일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주            문

청구인의 심사청구를 기각한다.

이            유

1. 원처분의 요지

   청구인은 2003.8.25. ○○도 ○○시 ○○구 ○동 716-8번지 ○○○플라자 4층 405호를 본점 주소지로 하여 법인설립 등기를 한 후 2003.10.9. ○○○○시 ○○구 ○○동 341-65번지 토지 992㎡를 취득하고, 2005.6.15. 그 토지상에 건축물 5,917.89㎡(자상 3층, 지상 7층, 이하 토지와 합하여 “이 사건 부동산”이라 한다)을 신축한후 각각 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였으나, 처분청은 그 후 세무조사 결과 청구인이 이 사건 부동산의 건축물중 2층 201호 222.6㎡와 그 부속토지 안분면적 37.31㎡(이하 “이 사건 쟁점부동산”이라 한다)를 청구인의 사장실과 관리부직원 4명의 사무실로 사용하고 있음을 확인하고, 이 사건 쟁점부동산은 과밀억제권역외의 법인이 과밀억제권역내로 사실상 법인 본점을 이전할 목적으로 취득한 부동산 등기에 해당된다고 보아 이 사건 쟁점부동산의 안분계산한 취득가액(565,297,020원)에 지방세법 제138조제1항의 등록세 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 24,939,110원, 지방교육세 4,987,800원, 합계 29,926,910원(가산세 포함)을 2007.4.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

   청구인은 상가를 신축 분양하는 업무를 수행하는 법인으로서 이 사건 부동산을 취득한 후 분양대행사를 통하여 제3자에게 분양하고자 하였으나 분양실적이 저조하여 미분양된 부분이 있었고, 처분청에서 본점 사무실로 사용하였다고 주장하는 이 사건 쟁점부동산은 미분양된 상가로서 2006.9월부터 청구외 (주)○○○○○○○○에 임대를 주어 당해 법인이 집기를 비치하였던 상황이었으며, 처분청 세무공무원의 현장 방문당시 청구인의 직원은 대부분 퇴사한 상태이었고, 청구외 ○○○는 청구인의 대표이사를 사직하고 청구외 (주)○○○○○○○○의 이사로서 이 사건 쟁점부동산에서 근무하면서 서류를 정리하던 중 처분청 담당공무원에게 기존의 명함을 교부하였던 것으로서, 현재 이 사건 쟁점부동산은 제3자에게 분양되어 청구외 (주)○○○○의 지점이 입주한 상태이며, 이 사건 쟁점부동산은 고정자산이 아닌 재고자산으로 회계처리하고 있고, 청구인은 이 사건 쟁점부동산을 소재지로 하여 사업자등록을 한 사실도 없고, 인적·물적 설비를 갖춘 사무실을 설치하지도 아니하였으며, 이 사건 부동산은 분양대행사를 통하여 분양을 하였으므로 사실상 사무실을 설치할 필요성도 없었는데도 처분청이 재고자산인 이 사건 쟁점부동산에 사실상 본점 사무실을 설치되었다고 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

   이 사건 심사청구의 다툼은 대도시외의 법인이 대도시내로 법인의 본점 전입을 위하여 취득한 부동산에 해당하는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

   먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있다.

   다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.8.25. 본점 주소지를 ○○도 ○○시 ○○구 ○동  761-8번지(○○○플라자 4층 405호)로 하여 법인설립등기를 하였으며, 청구인은 2003.9.3. 이 사건 부동산중 토지부분 및 그 지상 건축물을 취득한 후 2005.6.15. 이 사건 부동산중 토지상에 건축물(건축면적 : 지하3층, 지상7층, 연면적 5,917.89㎡, 용도 : 제1종 및 제2종 근린생활시설)을 신축하여 사용승인을 받았고, 2006.9.21. 처분청 담당공무원 현장조사를 실시한 후 “법인등기부상 주소지에는 법인사무실이 없고 우편물이 반송되고 있으며, 이 사건 쟁점부동산에서 관리부장(○○○)과 면담결과 사장실과 관리부 직원(4명)이 사무실을 갖추고 분양업무 및 대외활동을 실제적으로 하고 있고, 대표이사와 이사 2인 및 감사1명의 임원으로 구성되어 있으며, 분양팀은 외부 용역을 주어 운영하고 있고, 관리부장 등 4인의 직원이 있음“이라는 내용으로 조사복명하였고, 청구인의 급여대장상 2005년 7월에 ○○○외 2인이, 8월에 ○○○외 2인이 각각 근무한 것으로 되어 있으나, 직원중 청구외 ○○○는 2006.4.25.에. 청구외 ○○○은 2006.5.25.에, 청구외 ○○○외 1인은 2006.9.1.에 각각 퇴사하였음이 국민연금관리공단의 확인서 등에서 확인되고 있으며, 청구인의 법인등기부상 법인설립시부터 2003.11.10.까지는 청구외 ○○○, 2003.11.10.부터 2005.3.14.까지는 청구외 ○○○, 2005.3.14.부터 2006.8.25.까지는 청구외 ○○○, 2006.8.25.부터 2006.12.7.까지는 청구외 ○○○, 2006.12.7.부터 현재까지는 청구외 ○○○이 각각 대표이사로 재직하였으며, 청구외 (주)○○○○○○○○의 법인등기부상 대표이사는 청구외 ○○○으로서 종전에 청구인의 이사로 재직하였었고, 이사인 ○○○외 1인은 청구인의 대표이사로 재직하였었으며, 감사는 청구외 ○○○임을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.
 
   이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점부동산에 인적·물적 설비를 갖추고 사업자등록을 한 사실이 없으며, 분양대행사를 통하여 분양업무를 수행하였으므로 사무실을 별도로 설치할 필요성도 없었고, 처분청 담당공무원이 이 사건 쟁점부동산을 방문시 면담을 한 청구외 ○○○는 이미 그 당시 퇴사를 한 상태이고, 청구인의 나머지 직원도 모두 퇴사를 한 상태인데도, 처분청이 이 사건 쟁점부동산을 대도시내로의 법인 본점 전입에 따른 부동산으로 보아 등록세를 중과세한 처분이 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제138조 제1항 본문 및 그 제3호에서 대도시로의 법인 본점·주사무소의 전입에 따른 부동산등기에 대하여 일반세율의 100분의 300의 중과세율을 적용하도록 규정하고 있고, 당해 규정에서의 대도시내로의 법인 본점 전입에 따른 부동산 등기에는 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 지방세법의 입법취지는 대도시의 인구팽창의 억제, 환경의 순화보존 및 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로, 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 등록세 중과세 대상이 되는 대도시 내로의 법인의 본점 전입에 따른 부동산등기에는 본점의 전입등기는 이루어지지 아니하였지만 실질적으로 대도시 외에서 대도시 내로 본점을 전입한 법인이 그 전입과 관련하여 취득한 부동산등기도 포함한다고 할 것으로서(같은 취지의 대법원판결 2006.6.15. 선고 2006두2503), 청구인의 경우를 보면, 대도시외의 지역인 ○○도 ○○시 지역에서 법인설립 등기를 한 후 신축 분양을 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 분양업무를 수행하는 과정에서 이 사건 쟁점부동산 이외에 법인등기부상 주소지에는 별도의 사무실을 영위한 사실이 확인되고  있지 아니하며, 처분청 담당공무원이 이 사건 쟁점부동산에 현장 방문시 관리부장이라는 직위에 있는 청구외 ○○○가 면담을 하면서 사무실이 있는 사실을 인정하였고, 사실상 사무실로 사용할 수 있는 물적 설비가 구비되어 있었으며, 청구인이 분양대행사를 통하여 분양대행을 하였다 하더라도 분양계약 체결이후에 분양을 완료하는 시점까지는 적어도 분양에 따른 자금관리 등 내부적인 관리업무를 담당할 부서의 설치 필요성은 있었다고 보아야 할 것으로서 아무런 사무실을 설치할 필요성이 없었다는 청구인의 주장은 신빙성이 부족하다 하겠고, 청구인이 이 사건 쟁점부동산을 청구외 (주)○○○○○○○○와 임대차계약을 체결하여 임대하였었다고 하지만, 취득가액이 5억6천만원을 초과하는 이 사건 쟁점부동산을 임대차계약서에서 임대차 보증금이 없이 월 임대료로 500,000원(관리비 포함)을 지급하기로 하고, 계약기간도 4개월에 불과한 점과 청구외 (주)○○○○○○○○와 청구인은 서로 유사한 목적사업을 수행하고 있고, 두 법인의 임원의 경우에도 서로 중복되는 등의 상황을 고려해 보면, 당해 임대차계약서가 신빙성이 있는 임대차계약서로 인정하기 어렵다 하겠고, 그 이외에 청구인이 이 사건 쟁점부동산을 재고자산으로 회계처리하였으며, 일시적으로 사용하였다 하여 이를 본점 전입에 따른 부동산 등기에 해당된다고 보지 못할 아무런 이유가 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 쟁점부동산에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

   따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.


                                               2007. 12. 26.


                       행 정 자 치 부 장 관