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지방세.한국

법령 해석 사례

종교단체가 취득한 부동산을 유예기간내 고유 목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부

행심 제2007-267호, 268호 (2007. 5. 28)



>> 주문

청구인의 심사청구를 기각한다.



>> 이유

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2002.12.30. 군사보호구역내의 경기도 ○○시 ○○읍 ○○리 산 167-12번지외 1필지 임야 25,845㎡ 및 같은 리 산 167-13번지 구거 1,867㎡(이하 양 토지를 합하여 “이 사건 토지”라고 한다)를 종교용도로 취득하자 취득세 등을 비과세받았으나, 취득일부터 3년이 경과하도록 종교용으로 사용하지 아니하므로 그 취득가액(3,060,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 77,479,200원, 농어촌특별세 6,732,000원, 등록세 117,100,080원, 지방교육세 21,584,010원, 합계 222,895,290원(가산세 포함)을, 그 시가표준액(3,431,228,350원)을 과세표준으로 지방세법 제188조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 2006년도 재산세 16,906,140원, 지방교육세 3,381,220원, 합계 20,287,360원을 2006.9.8. 각각 부과고지하였다.


2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 토지를 취득한 다음 종교시설 건축행위에 필요한 개발행위 인허가, 군사협의 및 산지전용허가를 득하는 과정에서 많은 시간이 소요되어 부득이하게 유예기간을 넘긴 것이므로 이는 본인도 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 있다고 하면서 이 사건 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.


3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 취득한 부동산을 유예기간내 고유 목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 지 여부에 있다 하겠다.
먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조제1항에서 그 제1호의 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 하고 있고, 같은 법시행령 제79조제1항 및 같은 법시행령 제94조제1항에서 법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 그 제1호의 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말한다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 2002.12.30. 청구인은 이 사건 토지를 취득한 다음 취득세 등을 비과세받았고, 2003.3.21. 및 2003.6. 12. 파주시장은 청구인에게 종교시설신축과 관련하여 육군 제3184부대장의 군작전성 검토결과에 대하여 통보하였으며, 여기서 그 검토결과는 거점내 진지훼손 및 시계 방해 등으로 부동의한다고 하면서 3회 이상 동일한 내용으로 제출시는 회신거부한다고 하고 있으며, 2004.9.24. 육군 제3184부대장은 청구인에게 종교시설신축과 관련하여 조건부 동의를 하였고, 2004.12.24.부터 2005.12.29.까지 청구인은 산지/농지전용허가 및 개발행위허가 및 도로등연결허가에 대하여 파주시장과의 신청과 보완행위를 14회에 걸쳐 추진하였으며, 2006.2.2. 파주시장은 청구인에게 이 사건 토지와 인접한 같은 리 484-1번지 및 같은 리 486-3번지 및 같은 리 486-5번지 전 2,554㎡중 998㎡에 대하여 종교집회장부지조성으로 국토의계획및이용에관한법률 제56조에 의하여 개발행위를 허가하였고, 2006.2월 파주시장은 청구인에게 이 사건 토지중 16,144㎡에 대하여 종교시설부지조성으로 산지관리법 제14조제1항 등에 의하여 산지전용허가하였으며, 2006.9.8. 처분청은 청구인에게 이 사건 취득세 및 2006년도 재산세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 이 사건 토지에 종교시설을 신축하려고 하였으나 건축행위에 필요한 개발행위 인허가, 군사협의 및 산지전용허가를 득하는 과정에서 많은 시간이 소요되어 부득이하게 유예기간을 넘긴 것이므로 이는 유예기간내에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제107조본문 및 같은 법 제127조제1항에서 종교단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 여기서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 법인이 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 부득하게 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함된다 할 것이고, 토지 취득당시부터 이미 법령의 규정에 의하여 사용금지 또는 제한된 토지를 취득하고 그 제한 또는 금지가 계속됨으로써 법인의 고유업무에 직접 사용하지 못하게 된 경우까지를 포함하는 규정으로 볼 수는 없다(대법원 1995.2.24. 선고 94누4172판결)고 할 것으로서, 청구인의 경우, 2002.12.30. 이 사건 토지를 취득한 다음 취득세 등을 비과세받았고, 2003.3월부터 2004.9월까지 청구인은 3회에 걸쳐 이 사건 토지상 종교시설 신축과 관련하여 육군 제3184부대장으로부터 군작전성 협의를 추진하였으며, 한편, 2004.12월부터 2005.12월까지 산지/농지전용허가 및 개발행위허가 등에 대하여 파주시장과의 신청과 보완행위를 14회에 걸쳐 추진한 결과 2006.2월 파주시장은 청구인에게 같은 리 484-1번지외 2필지중 998㎡에 대하여 종교집회장부지조성으로 개발행위를 허가함과 동시에 이 사건 토지중 16,144㎡에 대하여 종교시설부지조성으로 산지전용허가를 하였으며, 2006.9.8. 처분청은 이 사건 취득세 및 2006년도 재산세 등을 부과고지한 사실을 종합하여 볼 때, 청구인은 이 사건 토지를 취득하기 전에 국토의계획및이용에관한법률, 군사시설보호법 및 산지관리법에 의하여 사용이 제한된 토지에 대하여 각종 허가를 득하여야 한다는 사실을 인지하고 있었고, 특히, 취득 후에 이 사건 토지를 사용하지 못한 것도 동일한 사유에 기인되었다면, 이러한 사유는 취득 후 인허가 행위에 대한 관할관청의 광범위한 재량권에 따른 예측할 수 없는 기간이 소요되기 때문에 처분청의 비과세처분에 대한 사후관리행위에 비추어 내부적으로 상당한 노력을 기울려 이를 해소하여야 하는데, 이러한 사정이 보이지 않을뿐더러 그 해소를 위하여 노력하던 중 예측치 못한 전혀 다른 사유가 발생되는 등의 특별한 사정도 보이지 않으므로 이를 정당한 사유로 보기는 무리가 있다고 할 것이어서 처분청에서 이 사건 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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