재개발 승계조합원 프리미엄 취득세 과세표준 포함 여부 질의 회신

1. 서울특별시 세무과-15131(2019.7.8.)호, 세제과-9590(2020.6.30.)호, 세제과-956(2021.1.19.)호 및 광주광역시 세정과-14572(2022.12.30.)호 등에서 공통적으로 질의한 사항에 대하여「지방세관계법규 해석민원 처리지침」제16조제1항에 따라 지방세법규해석심사위원회 심의(2023.7.18.)를 거쳐 아래와 같이 회신합니다.

2. < 공통질의 요지 >
○ 재개발사업 승계조합원이 원조합원으로부터 입주권(토지)을 취득하면서 '권리가격(관리처분계획 인가 전에는 권리가격에 준하는 가액) 외 지급한 금액'(이하 '프리미엄'이라 한다)을 재개발사업 종료 후 준공된 아파트를 취득하는 경우 그 세액산정 과정에서 프리미엄 반영 방식에 관하여 질의함

3. < 회신내용 >
○「지방세특례제한법」(법률 제19232호, 2023.3.14. 개정되기 전의 것, 이하 舊 지방세특례제한법'이라 한다) 제74조제1항제2호에서 승계조합원이 환지계획 등에 따른 취득부동산의 가액 합계액이 종전의 부동산 가액 합계액을 초과하는 경우에는 그 초과액에 상당하는 부동산에 대하여 취득세를 부과하도록 규정을 하면서,
 - 같은 조 제2항에서 승계조합원의 취득세 초과액 산정 기준과 방법 등을 대통령령으로 위임하여 규정하고 있고,
 -「지방세특례제한법 시행령」(대통령령 제33324호, 2023.3.14. 개정되기 전의 것, 이하 '舊 지방세특례제한법 시행령'이라 한다) 제35조제2항에서 승계조합원의 취득세 초과액은 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에서 환지 이전의 부동산의 과세표준을 뺀 금액으로 규정하고 있습니다.
○「지방세법」(법률 제19230호, 2023.3.14. 개정되기 전의 것, 이하 '舊 지방세법' 이라 한다) 제10조에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고,
 - 같은 법 제10조의4제1항에서 원시취득하는 경우 취득 당시의 가액은 사실상 취득가격으로 한다고 규정하고 있으며,
 - 사실상 취득가격이라 함은 같은 법 제10조의3제1항 및 같은 법 시행령(대통령령 제33325호, 2023.3.14. 개정되기 전의 것, 이하 '舊 지방세법 시행령'이라 한다) 제18조제1항에서 해당 물건을 취득하기 위하여 취득시기 이전에 거래 상대방이나 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용 등의 합계액으로 규정하고 있습니다. 
○ 조세법규의 해석에 있어 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안전성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피할 것인 바(대법원 2007두4438, 2008.2.15. 선고 등),
 - 舊 지방세특례제한법 제74조제1항제2호, 같은 조 제2항 및 舊 지방세특례제한법 시행령 제35조제2항에서 승계조합원의 취득세 과세표준의 산정방식을 별도로 규정한 것은 사업시행인가 당시 소유자(원조합원)의 경우와 같이 종전의 부동산가액에 해당하는 만큼은 비과세하되, 이를 초과하는 재산적 가치만큼은 새로운 취득에 해당하므로 취득세를 부과함이 조세평등원칙에 부합하기 때문(대법원 2010두1736, 2012.5.10.)이며,
 - 그 과세표준을 산정함에 있어 舊 지방세법 제10조, 제10조의3제1항 및 舊 지방세법 시행령 제18조제1항에서 취득세 과세표준은 해당 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 직접비용 등의 합계액으로 규정하고 있는 바,
 - 이 건 관련 프리미엄은 승계조합원이 재개발사업으로 준공된 아파트를 취득하기 위하여 원조합원에게 실제로 지급한 비용이므로 舊 지방세특례제한법 시행령 제35조제2항에 따른 초과액을 산정할 때 환지계획 등에 따른 취득부동산의 과세표준에 그 프리미엄을 포함하는 것이 타당할 것이며,
 - 이러한 입법취지는 우리부가 행정자치부 지방세운영과-3536('15.11.9), 지방세운영과-231('16.1.21), 행정안전부 지방세운영과-2203('19.7.22) 등을 통해 지방자치단체에 한 회신문이나 대외적으로 공표한 해명자료('19.6.26.) 및 조세심판원의 결정(조심2021지3217, '22.8.31)에서도 확인되고 있습니다. 
○ 덧붙여, 가산세의 부과와 관련하여「지방세기본법」제57조제1항에서 지방자치단체의 장은 가산세 부과의 원인이 되는 사유가 기한연장 사유에 해당하거나 의무를 이행하지 아니한 ‘정당한 사유’가 있을 때는 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고,
 -「국세기본법」제48조제1항 및 같은 법 시행령 제20조제1항에서 세법해석에 관한 회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우나 기타 법령으로 인해 세법상 의무를 이행할 수 없게 된 경우 등에 한하여 ‘정당한 사유’를 인정하는 것으로 규정하고 있습니다,
 - 가산세 감면과 관련된 대법원 판례를 살펴보면, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있어 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니라고 할 만한 사정이 있는 경우 ‘정당한 사유’로 인정하고 있으며,(대법원 2011두17776, 2013.6.27.대법원 93누15939, 대법원 93누6744 등 다수)
 - 여기에서‘해석상 의의(疑意)’라 함은 조세 관련 전문가가 오인하거나 과세관청이 확실한 견해를 가지지 못할 정도의 난해함을 의미한다고 할 것이고,(대법원 2002두66, 2002.8.23.) 조세심판원의 결정이 일관되지 않았다는 사정은 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이라 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기 어렵다고 판시하고 있습니다.(대법원 2020두44725, 2021.1.28.)
○ 이 건 질의와 관련된 행정안전부의 유권해석 및 대외에 공표한 해명자료 등을 살펴보면, 세법해석의 변경이 있었다고 보기 어렵다고 할 것이므로 승계조합원의 취득세를 산정하면서 환지계획 등에 따라 취득한 부동산의 과세표준에 프리미엄을 포함하지 않음에 따른 과소신고분은 추징하되
 - 다만, 재개발조합 승계조합원의 준공아파트 취득 시 취득세 과세를 위한 초과액 산정과 관련하여 시·도 간 또는 동일 시·도 내에서도 그 산정방식을 상이하게 해석하여 적용한 현황이 확인되고 있으므로 위 추징에 따르는 가산세를 부과할지 여부는 과세권자가 과세관청의 지속적인 질의회신이나 과세관행 등으로 인하여 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정도에 이르렀는지 여부 등[대법원 86누460(1987.10.28.), 대법원 2002두66(2002.8.23.), 대법원 2011두17776(2013.6.27.), 대법원 2018두61338(2019.2.18.) 등 참조]에 대하여 구체적 사실관계를 확인하여 결정할 사항으로 판단됩니다.  끝.

지방세특례제도과-2207 (2023. 8. 22.)