지방세특례제한법 시행령 제38조 참고 해석사례

○ '이동통신 분야 전기통신업’은 기술집약도가 높고 기술혁신 속도가 빠른 첨단기술과 제품을 개발하는 등 산업구조 고도화에 대한 기여도가 큰 고부가가치를 창출하는 '지식기반산업’으로 '지식산업'에 포함(지방세특례제도과-2634, 2020. 11. 5.)되므로 이동통신 분야 전기통신업용 건축물은 산업용 건축물로 봄이 타당하다 판단됨 ○ 산업용 건축물 중 법인의 주된 업무를 지휘‧감독하면서 기획, 인사, 총무 등 경영활동을 총괄하는 부분은 감면대상에 해당하는 산업용 건축물로 보기는 어렵다(지방세특례제도과-1947, 2020. 8. 20.) 판단됨

쟁점송전설비는 OO국가산업단지 북측 경계선으로부터 최소 700미터에서 최대 4.4킬로미터 이상 떨어져 있어 이를 산업단지 내 산업용 건축물 등과 일체를 이루는 시설로 보기 어려움.

본점의 사업용 부동산은 공장, 지식산업, 정보통신산업 등 산업용 건축물과는 구별되는 것으로서 위 규정에 따른 경감대상으로 보기는 어려움

쟁점면적은 청구법인의 공장과 다른 장소에 위치하여 청구법인의 본점으로 사용한 것으로 보이고, 「지방세특례제한법 시행령」제29조 제1항 제3호에 규정된 공장, 지식산업 등의 건축물 등에 해당하지 아니하여 산업용 건축물로 보기 어려우므로, 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

쟁점심판결정은「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호와 관련한 결정으로 이 규정은 산업단지에서 산업용 건축물 등을 건축하려는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 재산세를 감면하도록 규정하고 있어 취득세와 재산세의 감면요건이 동일하여 취득세와 재산세의 후발적 경정청구 사유를 다르게 적용하기 어려우므로 쟁점심판결정에 따라 재산세를 후발적 경정청구 대상으로 보는 것이 타당함.

쟁점토지는 「산업입지법」에 따라 지정된 산업단지에 소재한 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인이 쟁점건축물을 취득할 당시 이미 처분청으로부터 쟁점토지를 사업장으로 하여 물류창고업, 화물자동차 운송사업허가를 받았고, 처분청이 제출한 자료에서 청구법인이 쟁점토지를 철강물류 80~90%, 택배물류 10~20% 등 ○○물류센터로 사용중이라고 확인한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 쟁점건축물의 취득은 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따라「산업입지법」에 따라 지정된 산업단지에서 산업용 건축물 등을 증축한 것으로 볼 수 있으므로 처분청이 청구법인에게 한 취득세 등 경정청구의 거부처분은 잘못이 있다고 판단됨.

청구법인이 “전기통신업”을 영위할 목적으로 취득한 쟁점부동산은 쟁점감면규정에 따라 취득세가 면제되는 산업용 건축물인 ‘지식산업’에 해당하는 것으로 보는 것이 타당할 것이므로 처분청이 쟁점부동산을 감면 대상인 산업용 건축물 등에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

쟁점토지 중 ‘쟁점건물의 부속토지’는 ‘산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지’에 해당한다고 보기 어려우나, 이 건 심판청구에서 청구법인과 처분청이 제출한 증빙 등으로 쟁점토지 중 쟁점건물의 부속토지를 확정하기 어려우므로 처분청이 이를 재조사하여 이 건 경정청구 거부처분에 대하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨.

청구법인이 2013.2.14. 산업단지내의 토지를 취득하여 2014.11.28. 그 지상에 이 건 건축물을 신축한 후 2014.12.26. 본점과 공장을 이전하였으므로, 쟁점사무실로 본점이 이전된 시점에 이미 쟁점사무실은 산업용건축물 등이 아닌 다른 용도로 사용한 경우에 해당된다 할 것이므로 감면한 취득세 등의 추징대상에 해당될 뿐만 아니라 본점용 부동산으로 취득세 중과세 대상에도 해당된다고 보아야 할 것인데, 2014.12.26. 본점을 이전한 시점부터 신고납부기한 60일(2015.2.24.)을 경과한 날부터 5년의 부과제척기간을 기산하면 2020.2.24.이 부과제척기간 만료일이 된다 할 것이고, 처분청은 00공장을 설치한 2016.5.1.을 추징사유 및 중과세 납세의무가 발생한 날로 보아 2021.2.9. 이 건 부과처분을 하였으므로 이 건 부과처분은 부과제척기간이 경과하여 이루어진 부과처분에 해당된다고 판단됨.

공장의 부속토지란 그 공장의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하는 것인데, 이 건 토지는 산업단지 내에 위치한 1필지의 토지로서 그 외곽에 분명한 경계가 있어 청구법인이 이를 배타적으로 사용함으로써 그 전체가 하나의 공장용 부속토지로서 해당 목적에 맞게 사용되고 있다고 보이는 점, 「지방세법」 제106조 제1항 제1호 가목, 같은 법 시행령 제102조 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제50조(별표6 포함) 등에서 재산세 분리과세대상으로 보는 공장용지의 기준을 규정하고 있는바, 청구법인은 플라스틱 제조업을 영위하는 법인이고, 산업통상자원부장관이 고시한 플라스틱 제조업의 기준공장 면적률(공장 연면적 ÷ 공장입지기준면적)이 7～15%에 지나지 않는데 비해, 청구법인은 이 건 토지(18,172.8㎡) 중 공장 연면적으로 10,159.98㎡를 사실상 사용하여 공장 면적률(55.9%)이 상기의 기준치를 크게 상회한다고 할 수 있는 점, 이 건 토지가 1필지의 토지로서 경제적 일체성을 이루고 있고, 상기 규정에 따라 이 건 토지 전체가 재산세 분리과세대상이 되는 공장용지의 기준에도 부합함에도 일시적 현황만을 이유로 쟁점토지를 공장용 건축물 등의 부속토지가 아니라고 보는 것은 불합리한 점 등에 비추어, 이 건 토지 전체는 그 지상에 신축된 산업용 건축물의 부속토지로서 취득세 등의 추징대상인 것으로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점토지가 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용되지 아니하였다고 보아 청구법인에게 이 건 취득세 및 재산세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

쟁점부동산을 취득한 후 직접 사용하지 아니하고 중소기업자가 아닌 자에게 임대하여 취득세 등의 추징대상에 해당하는 것으로 보이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

배를 접안시키기 위해 물가에 만든 구조물에 해당하면 구「지방세법 시행령」제5조제2항의 ‘잔교’라고 볼 수 있으나, 제1 항만시설은 산업단지개발계획에 따라 지정된 위치에서 개발된 항만시설이고, 제2 항만시설은 제1 항만시설의 조성을 위하여 설치된 항만시설로 국가산업단지 안에서 신축한 것으로 봄이 타당

처분청이 이 건 취득세와 재산세 등을 추징하면서 적용한「지방세특례제한법」제78조 제5항은 유예기간 내에 산업용 건축물의 용도로 사용하지 아니하면 추징하도록 규정하고 있을 뿐 제조시설을 반드시 우선 건축하고 나중에 제조시설의 부속시설(창고) 등을 건축하도록 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지상의 쟁점건축물은 제조시설의 부속시설로서 산업용 건축물에 해당함에도 청구법인이 쟁점부동산을 유예기간내에 산업용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 및 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

종합부동산세는 지방세인 재산세의 후행세목으로 김해시장이 청구법인에게 2018년도분 재산세 부과시 쟁점토지를 종합합산과세 대상으로 구분하여 과세하였고 청구법인은 김해시장의 2018년도분 재산세 부과처분에 대하여 불복을 제기하지 아니한 점, 청구법인이 제시한 선결정례는 쟁점토지가「지방세특례제한법」제78조 제1항에 따른 취득세 감면대상인지 여부에 대한 것인 반면 이 건 심판청구는 보유세인 종합부동산세와 관련 쟁점토지가 2018년 귀속 종합부동산세 과세기준일(2018.6.1.) 현재 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호에 따른 분리과세대상 토지에 해당하는지 여부에 대한 것으로 그 관련법령 등이 달라 이를 적용할 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

배를 접안시키기 위해 물가에 만든 구조물에 해당하면 구「지방세법 시행령」제5조제2항의 ‘잔교’라고 볼 수 있으나, 이 사건 사업에 관한 개발계획, 실시계획인가고시 등에 이 사건 제1항만시설이 이 사건 공급기지의 주요시설로 계획되어 있기는 하나, 이 사건 제1항만시설이 안정국가산업단지 지형도면에 표시되지 않은 이상, 이를 국가산업단지 안의 건축물로 볼 수는 없고, 제2 항만시설은 구 지방세특례제한법 제78조 제3항이 적용되기 위해서는 이 사건 제2항만시설이 안정국가산업단지 안에 설치된 것이어야 하는데, 안정국가산업단지의 지형도면(을 제2호증의 1)에는 이 사건 제2항만시설 역시 표시되어 있지 않으므로, 이 사건 제2항만시설에 대하여도 위 규정이 적용되지 않는다.

쟁점 토지가 이 사건 공장시설물의 효용과 편익을 위하여 사용되는 부속토지가 아니라고 단정하기 어렵다.

「지방세법 시행령」제102조 제1항에서 산업단지 지역에 있는 공장용 건축물의 부속토지로서 행정자치부령으로 정하는 공장입지기준면적 범위의 토지를 재산세 분리과세대상인 공장용지로 규정하고 있는바, 공장입지기준면적 범위 안의 토지를 공장용 건축물의 부속토지로 보아 재산세 분리과세대상으로 인정하면서도 해당 토지를 공장용 건축물의 부속토지가 아닌 것으로 보아 재산세 등을 면제하지 아니한 것은 불합리한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이「지방세특례제한법」제78조 제3항 단서 규정에 따른 산업단지 조성공사가 끝난 후에 정당한 사유 없이 3년 이내에 산업용 건축물등을 신축하지 아니한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 재산세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고, 부속토지인지 여부는 필지 수나 공부상의 기재와 관계없이 토지의 이용현황에 따라 객관적으로 결정되는 것이다. 그러므로 공장입지기준면적을 초과하는 쟁점토지를 이 건 공장의 부속토지로 볼 수 없다는 처분청 의견은 타당하다고 보기 어렵고, 쟁점토지의 사용 현황에 비추어 산업용 건축물의 효용과 편익을 위해 사용하고 있는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다. 쟁점토지 중 ○○○은 공장 및 크레인 등이 설치되어 있고 그 지번의 나머지 부분도 선박건조에 필요한 부품 등을 보관하는 데에 사용된다고 보이므로 이 건 공장의 부속토지에 해당하다. 다만, ○○○을 제외한 나머지 필지는 나대지 상태이고 선박건조에 직접 사용된다고 볼만한 구체적인 정황도 나타나지 않아서 이 건 공장의 부속토지로 보기 어렵다.

주업이 전산시스템의 분석, 설계, 개발, 통합, 교육, 운영등을 포함한 전산시스템용역의 제공 및 판매 및 소프트웨어자문, 개발에 해당된다면, 지방세특례제한법 시행령 제29조 제3호 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조에 따른 정보통신산업 건축물에 포함된다.

산업단지 내에 연구개발업에 속하는 기업부설연구소를 신축하여 실용적 목적으로 연구하는 응용연구, 제품의 공정개발을 위한 실험개발 등 연구 활동용도로 사용하고 있는 경우라면 ‘산업용 건축물등’의 범위에 속한 건축물로 해석하는 것이 타당하다.

① 청구법인은 이 건 토지에 폐기물처리시설의 설치가 불가하다는 사실을 알고 있는 상황에서 이 건 토지를 취득하였을 뿐만 아니라 이 건 토지 취득 후 야적장으로 계속 사용하고 있는 점 등에 비추어 유예기간 내에 이 건 토지에 산업용 건축물 등을 신축하지 못한데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. ② 이 건 토지에 설치한 침출수 처리시설 등은 이 건 토지의 준공 승인 이전에 설치한 것으로 나타나므로 산업단지의 조성 공사가 끝난 후에 신ㆍ증축한 산업용 건축물에는 해당된다고 보기 어렵다.

○ 사업시행자인 산업기지개발공사로부터 산업단지를 양도 받은 공업단지관리공단과 A법인이 산업단지내 토지에 대한 분양계약을 체결하고, B법인이 A법인을 흡수합병하여 토지를 취득하는 경우 「지방세특례제한법」부칙 제25조를 적용할 수 없다.

처분청이 제출한 복명서 및 부동산임대차계약서 등에 의하면 쟁점부동산의 임대부분은 청구인의 회사 직원을 포함한 주변 공단직원 및 일반인이 이용하는 식당으로 청구인이 임대하여 임차인이 수익사업용으로 사용하고 있는 것으로 보이는 점 등에 비추어 산업용 건축물 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다.

산업단지 입주지역에 해당하고, 청구법인은 이 건 토지 분양권자로부터 입주승인을 받았으며, 그 용도로 사용하지 않을 경우에는 그 계약이 해제되나, 청구법인이 그 계약용도(소프트웨어의 개발, 유지·관리 등)에 따라 사용하고 있어 그 계약을 유지하며 입주중인 점, 청구법인이 이 건 건축물의 3층 및 4층에 기업부설연구소에서 소프트웨어(디오나비, 디오올소나비)의 개발, 유지·관리 등의 업무를 수행하고 있고, 청구법인의 쟁점면적에서는 그 업무 수행을 위한 데이터 수집, 분석 등 지원업무를 한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점면적을 산업단지에서 산업용 건축물 등을 신축하기 위하여 취득한 것으로 볼 수 있음

이 건 토지를 이 건 토지를 제조시설 부지(이하 ”연접지“라고 함)에 있는 공장 부지로서 직접 사용하였다고 볼 수 있는지 여부를 판단하기 위해서는, 이 건 토지와 연접지가 하나의 공장경계구역을 이루고 있는지 여부에 대한 판단이 선행되어야 하고, 이 건 토지와 연접지가 하나의 공장경계구역을 이루고 있는지 여부는 이 건 토지와 연접지의 취득 경위·시기와 활용 현황, 연접지 내 제조시설과 이 건 토지 내 부대시설 간 물리적 또는 기능적 관련성 등을 종합적으로 고려하여야 할 것임