지방세특례제한법 시행령 제28조의2 참고 해석사례

위탁자 지위의 이전이 있는 경우 특별한 사정이 없는 한 취득세 과세대상에 해당함

청구법인은 2021.6.18. 취득세 과세대상인 쟁점부동산 등에 대한 간주취득세를 신고·납부한 후 2021.12.7. 피합병법인을 흡수합병함에 따른 이 건 취득세 등을 신고·납부하였으므로 이 건 취득세 등은 이중과세에 따른 이중납부에 해당한다(조심 2022지1032, 2023.6.27., 같은 뜻임)고 보는 것이 타당해 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

청구법인은 피합병법인의 취득세 과세대상 부동산 등에 대하여 쟁점①취득을 한 후 과점주주 간주취득세 대한 이 건 제①취득세 등을 처분청들에게 신고·납부하고, 쟁점②취득을 한 후 동일한 부동산 등에 대하여 이 건 제②취득세 등을 처분청들에게 신고·납부하였으므로, 청구법인이 이 건 제①취득세 등이 아닌 이 건 제②취득세 등에 대한 환급을 청구한 점 등에 비추어 볼 때 청구법인의 이 건 제②취득세 등은 이중과세에 따른 이중납부에 해당한다고 볼 수 있다(조심 2010지691, 2011.9.29. 결정, 같은 뜻임) 하겠음.

① 취득세 등의 부과처분과 관련한 지방세법령이 위법하거나 헌법에 위반된다고 확정된 바가 없고, 관련 법령의 위헌 여부는 헌법재판소 또는 법원의 소관사항이어서 우리 원이 결정할 사항이 아닌 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨. ② 청구법인이 주장하는 부동산 정책변경으로 인한 매각이 추징 배제사유에 해당하는지에 대하여 세법 해석상 견해 대립이 있었다거나 이를 가산세 감면의 정당한 사유라고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.

청구법인과 피합병법인은 이 건 합병등기일 당시 모두 등기사항전부증명서에 부동산임대업을 목적 사업으로 기재하고 있었고, 피합병법인이 이 건 합병등기일 전 부동산임대업에 사용하다가 청구법인이 이를 승계(취득)받은 후 3년간 일부 공실 기간 외에는 그 승계받은 사업인 부동산임대업에 사용하였으므로 청구법인이 쟁점부동산을 승계받은 목적 사업 범위 내 사용하지 아니하였다고 단정할 수는 없는 것이라고 판단됨.

쟁점주식은 지배목적으로 보유하는 주식으로서 「법인세법 시행령」제80조의4 제8항의 승계한 고정자산가액에 포함하여 처분비율을 산정하는 것이 타당한 한편, 청구법인은 쟁점법인을 흡수합병하면서 쟁점1공장, 쟁점2공장 및 쟁점주식 등을 양수하여 취득한 후, 그 합병등기일부터 3년 이내에 승계한 고정자산가액의 44.1%에 해당하는 쟁점2공장만을 매각하였을 뿐 나머지는 승계한 사업에 계속 사용하는 것으로 보이는바, 승계한 고정자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하여 취득세 등의 추징사유가 발생했다고 보기는 어려우므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

이 사건 감면제외규정이 별장, 골프장, 고급주택, 고급선박 등의 사치·향락적 소비시설을 감면 대상에서 제외하도록 한 입법취지, 구 지방세법 제13조 제5항이 회원제골프장에 대하여 취득세 중과를 규정한 취지 등을 고려하더라도, ‘지방세법 제13조 제5항에 따른 부동산등’은 ‘지방세법 제13조 제5항 각호에 기재된 부동산등’으로 해석함이 타당하다. 결국 이 사건 감면제외규정이 정한 ‘지방세법 제13조 제5항에 따른 부동산’은 취득세가 중과되는지 여부와 무관하게 지방세법 제13조 제5항 각호에서 정한 사치성 재산을 가리키는 것으로 해석함이 타당하고, 이 사건 부동산의 취득에는 이 사건 감면 제외규정이 적용되며, 이 사건 감면규정은 적용되지 않는다고 보아야 한다.

쟁점규정에서 청구법인이 주장하는 합병(적격합병)에 대하여 정당한 사유로 달리 규정하고 있지 아니한 이상 피합병법인의 합병을 정당한 사유로 인정하기 어려우므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단됨

취득세 감면요건의 하나는 '합병일 현재 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병'인데, '쟁점 건축물' 공사기간 중에도 당해 법인의 임직원 고용을 유지한 점, 계속하여 사업자 지위를 유지하면서 부가가치세 및 법인세 등의 신고를 이행하여 온 점, 기존 노후 건축물을 철거하고 '쟁점 건축물'을 신축하는 것은 당초 목적사업 수행을 위한 활동의 일환이었던 점 등을 종합하여 볼 때 A법인은 합병일로부터 소급하여 '1년 이상 계속하여 사업을 영위'라는 감면요건을 충족하였다고 사료됨

∘ 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아니라고 판단됨 ∘ 이 건 등기를 한 부동산의 등기사항전부증명서를 보면, 그 등기목적이 근저당권이전인 것으로 나타나는 이상 이 건 등기에 대하여는「지방세법」제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 규정하고 있는 세율(1천분의 2)을 적용하여야 함

∘ 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아니라고 판단됨 ∘ 이 건 등기를 한 부동산의 등기사항전부증명서를 보면, 그 등기목적이 근저당권이전인 것으로 나타나는 이상 이 건 등기에 대하여는 「지방세법」제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 규정하고 있는 세율(1천분의 2)을 적용하여야 함

∘ 이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아닌 점 등에 비추어 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨 ∘ 이 건 등기를 한 부동산의 등기사항전부증명서를 보면, 그 등기목적이 근저당권이전인 것으로 나타나는 이상 이 건 등기에 대하여는「지방세법」제28조 제1항 제1호 다목 2)에서 규정하고 있는 세율(1천분의 2)을 적용하여야 하는 점 등에 비추어 이 건 등기를「지방세법」제28조 제1항 제1호 마목에서 규정한 ‘그 밖의 등기’로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려움

이 건 부칙 제17조에서 2014.12.31. 이전에 합병한 금융기관에 대해서는 2015.12.31.까지 종전규정을 따른다고 규정하고 있는데 청구법인은 2015.9.1. 이 건 합병을 하였으므로 이 건 부칙 제17조의 적용대상이 아닌 점 등에 비추어 처분청이 이 건 등록면허세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

현물출자자 명의로 개발행위가 진행 중인 해당 부동산을 부동산임대업에 공여하였다고 보기도 어려운 점(조심 2017지460, 2017.7.5., 같은 뜻임) 등에 비추어 이 건 부동산이 「지방세특례제한법」 제57조의2 제4항에 따른 현물출자에 따라 취득하는 사업용 고정자산에 해당한다고 보아 취득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 할 것임

청구법인은 쟁점토지상에 임대용 건축물을 신축하기 위하여 2016.8.29. 착공을 하였고 준공예정일이 2017.12.15. 인 점 등을 감안할 때 쟁점건축물의 멸실을 사업을 폐업하거나 재산을 처분하는 경우로 보기에는 무리가 있으므로 처분청이 이 건 치득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

"사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인"이라 함은 「지방세특례제한법」에서 「법인세법」제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병이라고 규정하고 있으므로, 이에 대한 판단 기준이 적용되어야 할 것인바, 내국법인이 법인등기부상의 목적사업을 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한바 없이 영위한 경우에는 「법인세법」제44조 제2항 제1호에서 규정하고 있는 "합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인"에 해당하는 것이고 또한 부동산개발사업을 영위하던 B법인이 사실상 부동산개발행위를 중단한 경우에는 당해 부동산개발사업은 계속 영위하여 왔다고 볼 수 없으므로 "1년 이상 사업을 계속하던 내국법인"의 기간 계산에서 제외되어야 할 것으로 판단됨

지방세특례제한법시행령 제28조의 2 제1항 규정의 ‘사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인’ 대한 별도의 규정을 두고 있지 아니하고, 법조문의 체계상 법인세법 규정과 특별히 달리 해석할 이유도 없으므로,‘사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인’의 판단은 법인등기부상의 목적사업을 1년 이상 계속 영위하였는지를 기준으로 판단하는 것이 타당함

합병일 현재 1년 이상 계속하여 사무소 및 직원을 두고 목적사업을 운영하고 있고, 사무실 임차료, 인건비 등이 지급되고 있는 사실이 법인의 재무제표 등 법인장부에서 확인되는 경우 법인합병에 따른 취득세 감면대상에 해당된다.

법령상 요건을 충족하는 합병에 따라 부동산을 취득하는 경우라면 지방세법에 따라 세율특례(3.5% - 2% = 1.5%)가 적용되어 산출된 세액이 지방세특례제한법상 합병에 대한 감면이 적용되어 전액 감면되는 것이고, 전액 감면된 세액에 지방세 감면 특례제한 규정인 지방세특례제한법 177조의2 규정이 적용되는 것이므로 최종 1.5% 세율을 적용하여 산출된 세액에 100분의 85의 감면율을 적용하는 것이 타당하다.

○ 지방세특례제한법 제57조의2 제4항에서 조세특례제한법 제32조에 따른 현물출자 또는 사업 양도,양수에 따라 2018년 12월 31일까지 취득하는 사업용 고정자산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 해당 사업을 폐업하거나 해당 재산을 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, - 조세특례제한법 제32조 제1항에서 거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도,양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우를 규정하고 있는 바, - 지방세특례제한법 제57조의2 제4항 등에서 취득세를 감면하는 것은 기업경영의 투명성 제고 차원에서 개인사업의 법인전환을 장려하는 목적으로 개인이 경영하던 기업을 개인 기업주로부터 독립된 법인으로 조직형태를 변경하는 경우, 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 취득세 등을 부과할 필요가 적기 때문입니다.

「지방세특례제한법」 제57조의2 제2항 및 「지방세특례제한법 시행령」 제28조의2 제2항에 의하면 금융위원회의 인가를 받은 금융회사 간의 합병으로 합병한 날부터 3년 이내에 양수받은 재산의 등기에 대해서는 2015년 12월 31일까지 등록면허세의 100분의 75을 경감하도록 되어 있는데 그 적용 시한은 엄격하게 해석하는 것이 타당하므로 양수받은 재산 중 2015.12.31.까지 등기하는 재산으로서 등록면허세 납세의무가 성립한 재산에 한정하여 등록면허세를 경감하는 규정으로 해석하여야 한다.

합병 장려 업종간의 법인이 대출규제로 인하여 부득이 새로운 법인을 설립 후 기존의 두 법인을 각각 동시에 흡수 합병하더라도 기존법인의 주된 업종이 합병장려 업종에 해당하는 것이라면 그 흡수 합병법인이 신설된 법인인지 또는 운영 실적이 있는지 여부에는 관계없이 감면대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다.

① 경기도 안산시장과 충청남도 아산시장은 각 그 납세고지서를 2020.8.10.을 지나 송달한 사실이 우편물종적조회 등에 의하여 확인되므로 이 건 부과처분 중 경기도 안산시장과 충청남도 아산시장이 한 취득세 등의 부과처분은 부과제척기간을 도과하여 위법한 것으로 판단됨 ② ‘유가증권시장에 주권이 상장된 법인’의 주식만 과점주주 과세 제외 대상으로 한정하고 있는 것으로 보이므로 코스닥시장 상장 법인의 주식인 쟁점주식이 과점주주 취득세 과세 대상이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨 ③ 청구법인이 과점주주 취득세 납세의무의 범위 등에 대하여 오인하였던 사정이 있었던 것으로 보이나, 이는 법률의 부지에 해당하므로 이를 가산세를 면할 정당한 사유로 보기는 어려운 것으로 판단됨