지방세특례제한법 시행령 제23조 참고 해석사례

① 청구법인이 본점사무실과 별도로 기업부설연구소를 설치하여 본점 사무실과 구분하여 관리하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등의 환급세액을 결정한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 ② 지방세인 취득세의 환급금과 국세인 농어촌특별세의 징수금에 대한 조세채권의 상계 등에 대하여 달리 규정하고 있지 아니하므로 청구법인이 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과할 수 없다고 판단됨

청구법인은 쟁점토지에 대하여 별도로 기업부설연구소로 인정받지 않은 것으로 나타남

관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단됨.

① 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단됨. ② 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략함.

① 청구법인은 경영지원, 업무지원, 전략실 등으로 사용하는 면적과 쟁점연구소의 전용면적을 구분하여 관리하고 있는 점 등에 비추어 쟁점연구소는 독립된 연구공간을 통해 기업의 연구활동만을 전담하는 장소로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당한다고 보기 어렵다 할 것임. ② 이 건 건축물의 임차법인은 행사개최 등의 목적으로 대강당을 사용한 것으로 보이나 그 사용빈도가 극히 미미(월평균 1회 미만)한 것으로 나타나 이를 임대업을 영위하기 위한 목적으로 사용하는 부동산으로 보기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 대강당은 본점의 사무소 운영에 필요한 부대시설용 부동산으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분에 달리 잘못이 없다고 판단됨.

① 착공 당시부터 이미 유예기간(3년)을 경과할 것으로 예상됨에도 불구하고 작업공정을 단축하기 위한 특별한 노력을 다하였다는 사실이 확인되지 않는 점, 이 건 건축물 공사를 준공하는 과정에서 법령상의 장애사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적 장애사유가 달리 나타나지 않고 있는 점 등에 비추어, 이 건 건축물 신축을 위해 진지한 노력을 다하였다는 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것임. ② 기업부설연구소 감면요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어, 청구주장을 인정하기는 어렵다(조심 2021지5733, 2022.7.14., 같은 뜻임) 할 것임.

① 착공 당시부터 이미 유예기간(3년)을 경과할 것으로 예상됨에도 불구하고 작업공정을 단축하기 위한 특별한 노력을 다하였다는 사실이 확인되지 않는 점, 이 건 건축물 공사를 준공하는 과정에서 법령상의 장애사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적 장애사유가 달리 나타나지 않고 있는 점 등에 비추어, 이 건 건축물 신축을 위해 진지한 노력을 다하였다는 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것임. ② 기업부설연구소 감면요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어, 청구주장을 인정하기는 어렵다(조심 2021지5733, 2022.7.14., 같은 뜻임) 할 것임.

① 쟁점2토지(D19BL)상에 신축된 기존 건축물과 현재 건축물이 신축 중인 쟁점1토지(D16BL)는 사회 통념상 하나의 경계구역(1구)으로 볼 만한 사정이 없어 청구주장을 인용하기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. ② 청구법인은 쟁점1토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. ③ 종합토지세가 신설된 1989년부터 현재까지 약 30년간 재산세 경감비율을 먼저 과세표준 합산에서 제외하고 나머지 부분에 대하여 그 현황 등에 따라 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상ㆍ분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점1토지(D16BL)를 그 현황에 따라 별도합산과세대상 또는 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 외부적인 사유로 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

청구인은 2019.4.18. 쟁점건물을 취득하고 2020.1.30. 기업부설연구소 면적을 28.8㎡로 하여 기업부설연구소 변경신고를 하였으나, 청구인은 쟁점면적을 취득한 직후부터 사실상 기업부설연구소로 사용해왔고, 한국산업기술진흥협회는 2021.7.6. 기존에 착오로 잘못 기재된 기업부설연구소 면적을 바로잡아 쟁점면적을 기업부설연구소로 인정한 사실이 확인되어 쟁점면적은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점면적에 대한 감면세액을 부인하여 청구인에게 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득한 후 약 2년 4개월을 경과한 2019.4.15.에서야 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았으므로 쟁점토지에 대해서는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단됨.

① 청구법인은 2017.11.23. 설립하면서 같은 날 청구법인의 대표이사 000 외 1명으로부터 개인사업자의 사업에 관한 일체의 권리와 의무에 관한 포괄양수도하는 내용의 계약을 체결하여 개인사업체를 승계한 사실이 확인되는바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨. ② 기업부설연구소로 인증된 면적 141.08㎡ 외 달리 기업부설연구소의 공용면적을 특정하기 어려우며, 그 외 청구법인이 제출한 자료만으로는 기업부설연구소 변경신고 처리결과 통보 공문에 기재된 141.08㎡가 기업부설연구소의 공용면적을 제외한 전용면적인지 여부가 명확하게 확인되지 아니하므로 이 건 경정청구 거부처분 중 쟁점부동산 4층 일부 및 그 부속토지에 관한 부분은 잘못이 있다고 판단됨.

처분청의 2018년 8월 현장출장 기록에 따르면 처분청 역시 이 건 부동산이 연구시설로 적정하게 활용되고 있다고 판단한 것으로 나타나고, 동 보고서상으로도 기업부설 연구소 인정일을 2017.4.10.로 명기하고 있는바, 이는 처분청이 이 건 부동산의 연구소 사용 시작시점을 2017.4.10.로 인정하였다고 해석하는 것이 합리적인 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부동산을 취득일부터 1년 이내에 실제 기업부설연구소로 사용한 것으로 보이는바, 처분청이 관련 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 위법하다고 판단됨.

지방세특례제한법령에서 해당 부동산을 취득한 후 2년 이내에 인적․물적설비를 갖추어 미래창조과학부장관으로부터 인정받은 기업부설연구소만을 취득세 감면대상으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 취득세 감면요건을 충족하지 못하였으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

∘쟁점1면적은 탕비실, 방송제어실, 운영팀 사무실, 화장실, 계단실, 복도, 사무실 벽체 등으로, 이는 쟁점건축물의 공용공간이지 기업부설연구소가 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 공간으로 보기 어려움 ∘쟁점2면적은 쟁점건축물 내에 기업부설연구소용 공간을 구분하기 위해 설치한 보안문안의 복도, 계단실, 벽체 등으로, 기업부설연구소가 배타적으로 사용하는 공간이지만 그 사용현황이 공용공간인 것으로 확인되어 이를 연구소 전용면적으로 보기는 어려운바, 이를 전체 공용면적 안분시 연구소 전용면적에서 제외하여 연구소용 공용면적을 산출한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

처분청 담당공무원이 행하는 상담이나 답변은 안내 수준의 행정서비스를 제공하는 행위에 해당하여 이를 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기는 어렵다 할 것인 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과처분하면서 쟁점가산세를 포함한 것에는 달리 잘못이 없다고 판단됨

청구법인은 이 건 건축물을 본점사업장으로 등록하고, 이 건 건축물 이외에 별도의 본점 사업용 부동산이 존재하지 않는 점, 쟁점건축물은 연구개발 활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간이 아니라 연구원과 연구원이 아닌 자가 공동으로 사용중인 사실이 처분청의 출장복명서, 청구법인이 제출한 직원현황 등에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였더라도 정당한 사유없이 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 취득세 등의 면제대상에서 제외되어 과세되는 것이 타당함

①지방세특례제한법 기본통칙 46-1에서 ‘연구소를 설치한 날’은 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 날로 정의하고 있으므로 이 건 기업부설연구소인정일은 2014.7.25.로 볼 수 있는 점, 예금계좌 거래내역 등에 의하면 이 건 부동산 보증금(OOO원)은 2018.7.9., 월 임대료는 2018.8.16. 각각 입출금되었는바, 청구법인은 2018.7.9. 이 건 부동산을 임대하였으므로 이 건 기업부설연구소 설치일부터 4년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.② 이 건 부동산을 다른 용도에 사용한 것은 청구법인의 경영의사결정에 따른 것으로 보이므로 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

구 지방세법 제282조의 문언 내용과 취지 등을 고려하면 위 조항이 연구 분야를 구분하여 특정 연구 분야에 대해서만 취득세 및 등록세 면제의 혜택을 주려는 취지는 아닌 것으로 보이고, 나아가 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층을 당초에 인정받은 명칭 및 내용의 기업부설연구소가 아닌 다른 명칭 및 내용의 기업부설연구소 용도로 사용한 것은 당해 연구소의 연구 분야 등이 변경된 것에 불과하므로 이를 두고 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

청구법인이 주장하는 부동산 경기침체, 일부 출자법인의 투자 지연, 수익용 부동산의 분양률 저조 등의 외부적 사정으로 토지매매계약 당시의 조건이 이행되지 않아 기업부설연구소용에 직접 사용하지 못하고 인천경제자유구역청장이 환매하였다는 사유 등은 청구법인의 내부적 사정에 불과하여 취득세 등 추징이 배제되는 정당한 사유에도 해당하지 아니한다 할 것임. 따라서 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다고 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산 등에 대하여 취득세 등이 감면되는 것은 감면의 사후적 요건을 명시하고 있는「조세특례제한법 시행령」제116조의2 제1항에 따라 "고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(사업장)을 설치 또는 운영하는 경우"에 한하여 감면이 적용되는 것으로서, 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없다 할 것이므로, 청구법인이 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우에 해당하지 아니하여 취득세 등 면제대상에 해당하지 아니한다고 보아 취득세 등을 부과한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. 다만,「지방세법」제15조 제1항 제1호에서 "환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득"에 대하여 특례세율을 적용하도록 규정하고 있고, 청구법인은 환매등기를 병행하여 이 건 토지를 취득한 후 환매기간 내에 이를 매도자에게 환매하였는바, 이 건 토지의 취득에 대하여 위 환매특례세율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨.

청구법인은 처분청에 이 사건 부동산을 임대 및 업무시설로 사용할 것이라는 내용의 사용계획서를 제출한 사실이 있으나, 이는 이 사건 부동산의 사용목적을 구체적으로 정하지 않은 상태에서 잠정적으로 작성한 계획서에 불과해 보임. 이처럼 취득자가 취득 부동산의 일부에 대해서 취득목적을 구체적으로 정하지 않은 상태였다면, 취득 직후의 사용현황에 따라 취득목적을 판단해야 할 것임. 청구법인은 취득 직후부터 이 사건 부동산 중 일부에 대해서 기업부설연구소로 사용할 것을 전제로 리모델링 공사를 시작했고, 취득일로부터 약 7개월 후에 기업부설연구소로 인증받은 사실이 확인되므로 청구법인은 이 사건 부동산을 기업부설연구소에 직접 사용하기 위해서 취득했다고 보는 것이 타당함.

장학단체란 그 규정의 취지에 비추어 ‘학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급·지원하거나, 금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 장학사업을 주된 목적으로 하는 단체를 의미하고, 장학사업이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘장학단체’에 해당한다고 볼 수 없다. 어느 단체가 장학단체에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

당초 취득 부동산에 대하여 기업부설연구소 감면으로 취득세 등을 감면받은 후, 일부 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적에 대해서 취득 당시부터 존재하였던 지식산업센터 감면요건을 충족하고 있다면, 지식산업센터 감면규정을 배제할 수는 없다

4년의 유예기간 내인 처분신청서를 제출한 시점에 감면받은 취득세 등이 추징대상이 되었거나 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

본점 부분이 신축·증축 등으로 중과세 되는 경우, 연구소 부분에 대하여는 중과세 제외 규정이 없으므로 지방세법 제13조 제1항에 의한 중과세 대상이나, 당해 연구소가 지방세특례제한법 시행령 제23조에서 규정하는 기업부설연구소로 직접사용하고 있다면 지방세특례제한법 제46조 제1항에 따라 취득세의 100분의 35가 경감되는 것이다.

직접 사용은 소유자가 감면 목적에 맞게 사용하는 것을 의미하는데 신탁재산의 경우 그 소유자는 수탁자이므로 위탁자가 쟁점부동산을 기업부설연구소로 사용한다 하여 그것을 취득자가 기업부설연구소에 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없다.

청구법인과 처분청에서 제출한 자료에서 지하 2층 자료실B(78.3㎡), 지상 1층 세미나실A-3(54.7㎡) 및 5층 강당(428.64㎡)는 물품 보관, 바둑대회 및 주주총회 개최 등에 사용된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 위 면적을 다른 용도로 사용하고 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이나 위 면적을 제외한 나머지에 대해서는 다른 용도로 사용하고 있다고 볼만한 구체적인 자료가 확인되지 아니하므로 추징대상으로 삼기에는 무리가 있다할 것이다. 한편, 쟁점면적은 물품 보관, 바둑대회 및 주주총회 개최 등에 사용되고 있는 점에 비추어 청구법인의 경영과 관련한 의사결정이나 이를 직접적으로 지원하기 위한 업무에 사용되는 본점에 해당한다고 보기는 어렵다.

① 이 건 토지는 청구법인 본연의 업무에 사용한 것이 아니라 당초부터 제3자에게 임대하고 있는 점 등에 비추어 처분청에서 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. ② 법령의 부지 또는 착오 등의 사유는「지방세기본법」제54조 제1항의 가산세를 면제할 만한 정당한 사유에 해당된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

기업부설연구소로 직접사용하는 것은「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소 인정받은 면적을 의미한다 할 것이지만 기업이 선택에 의하여 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정 감면함이 타당하다.

기업부설연구소로 직접사용하는 것은「기술연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」시행령 제14조의 규정에 의한 기준에 따라 기업부설연구소 인정받은 면적을 의미한다 할 것이지만 기업이 선택에 의하여 기업부설연구소로 인정받은 면적이 당해 건물의 전용면적만 인정받은 경우라면 전용면적을 기준으로 기업부설연구소가 직접사용하는 부분을 한정하여 공용면적 비율을 산정 감면함이 타당하다.

① 청구 ① 청구법인이 쟁점부동산에 설치된 기업부설연구소를 폐쇄한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부 ② 재산세 과세기준일 현재 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적은 감면대상이 아닌 것으로 보아 재산세 등을 과세한 처분의 당부법인은 기업부설연구소를 설치하고 4년 이내에 그 인정이 취소되었고, 취소된 후에 기업부설연구소용으로 사용하였다고 볼 만한 증빙을 제출하지 못하고 있으며, 청구법인 스스로 인정을 취소한 이상 정당한 사유가 있다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 해당 연구소를 설치하고 4년 이내에 정당한 사유 없이 폐쇄한 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다. ② 청구법인은 2010년도부터 2013년도까지의 재산세 과세기준일 현재 ○○ㆍ○○캠퍼스 내의 부동산 중 일부에 대한 인정을 받지 못한 점 등에 비추어 인정받지 못한 면적에 대하여 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

청구법인은 쟁점건축물을 취득한 후 임대 등 다른 용도에 사용하지 아니한 상태에서 그 취득일부터 4년 이내에 기업부설연구소로 인정받았고, 이 건 건축물의 일부를 기업부설연구소로 사용한 것으로 보임. 다만, 디자인 품평실 등이 쟁점건축물에 소재하는지 아니면 이미 기업부설연구소로 인정받은 부분에 소재하는지 여부가 명확하지 아니하므로 처분청이 이를 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점건축물의 취득세 면제 여부를 결정하는 것이 타당하다.

기업부설연구소에 직접 사용할 건축물을 건축 중이라 함은 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 터파기 공사 등 본격적인 공사에 착수한 경우를 말하고, 착공에 필요한 준비작업을 하고 있는 것까지 포함된다고 볼 수는 없으므로 재산세 과세기준일을 하루 앞두고 건축공사에 착공한 것까지 건축물이 건축 중인 것으로 보기 어렵다.

해당 법인이 부동산 등을 취득하고 취득세를 감면받았다 하여 해당 법인의 과점주주가 됨에 따라 납세의무가 성립한 취득세도 감면되는 것은 아닌 점 등에 비추어 청구인의 과점주주 취득세는「지방세특례제한법」등 지방세 관련 법령에 근거가 없어 감면대상이 아닌 것으로 보이므로 이 건 과점주주 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다.

청구법인이 기업부설연구소로 인정받은 면적뿐만 아니라 연구소의 정상적인 이용을 위해 필요한 공용부분도 취득세 면제대상에 해당한다고 할 것이므로 처분청에서 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있으나, 이 건 연구소가 위치해 있는 건물과 별개의 취득세 과세대상인 후생동 및 기숙사동은 이 건 연구소의 전용 및 공용부분을 산출하는 데에 있어서 당초부터 제외되어야 할 것이고, 휴게실 및 관람석은 공용부분에 해당된다고 보기 어려우므로 이 부분에 대한 청구주장은 받아들이기 어렵고, 이 건 연구소의 부속토지의 경우, 연구소의 사용면적 비율대로 본관건물의 부속토지를 안분하여 취득세 면제대상에 포함시키는 것이 타당하다.

청구법인들은 당초 기업부설연구소용 부동산으로 신고하여 쟁점토지에 대한 농어촌특별세를 면제받았으나, 이후 기업부설연구소용 부동산에 해당하지 아니하게 되었고, 이는 당초 감면요건을 충족하지 못한 경우에 해당한다 할 것이므로 쟁점토지의 취득일을 기준으로 신고ㆍ납부불성실가산세를 포함하여 이 건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

처분청에서 조사한 쟁점주차장 이용현황 등에 비추어 쟁점주차장을 청구법인에서 사용하고 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

지식산업센터를 분양받아 취득세를 감면받은 후 다른 용도로 사용한 사실이 확인되어 기 감면받은 취득세가 추징된 부동산에 대해, 그 취득일부터 4년 이내에 미래창조과학부장관로부터 기업부설연구소로 인정받은 경우라면, 비록 당초 감면받은 지방세특례제한법 제58조의2 제2항에 따른 지식산업센터 감면대상에 해당하지 않는다 하더라도, 같은 법 제46조에 따른 기업부설연구소 감면요건을 갖추었다면 다른 규정에 의한 감면사유가 여전히 존재하는 것이다.

청구법인은 2012.4.9. 이 건 부동산에 대하여 기업부설연구소로 인정을 받았으나 유예기간(4년) 이내인 2013.9.24. 쟁점면적의 명의를 00㈜로 변경하여 기업부설연구소 면적이 감소되었으므로 청구법인은 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 다른 용도로 사용하는 경우 등에 해당되어 처분청이 쟁점면적에 대해 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

「지방세특례제한법」 제46조에 의하면 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대하여만 취득세를 면제하는 것이므로 취득일로부터 2년이 경과한 시점에서 처분청이 현지조사를 한 결과 연구소의 일부를 대표이사실 등 연구목적과는 직접 관련 없이 사용되는 면적이 확인되었다면 이에 대한 부분은 감면대상에 해당하지 않으므로 추징하는 것이 타당하다.

기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말하는 것인바, 건축물 중 공용면적에 해당하는 부분은 기업부설연구소로 인정받지 못하였으므로 취득세 면제대상에서 제외됨이 타당하다.

이 건 토지 중 공용면적에 해당하는 토지 부분은 기업부설연구소로 인정받은 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 기 감면한 취득세 등을 추징한 것은 적법함.

청구법인이 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득한 사실과 2011년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 건축공사를 진행하고 있는 사실에 대하여 달리 다툼이 없는 이상 기업부설연구소용에 사용할 면적 비율에 해당하는 토지에 대하여 재산세 감면하는 것이 타당함.

본문 1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

법인이 토지를 취득한 날로부터 2년이 경과한 시점에 해당 토지 지상에 기업부설연구소로 사용할 목적의 건축물을 신축하여 사용승인을 받은 후 기업부설연구소 로 인정 받을 경우 기업부설연구소의 부속토지에 대해서는 지방세특례제한법 시행령 제23조 제1항(대통령령 제27648호로 개정된 것)에 따른 취득세 감면요건이 충족되지 않아 취득세 감면대상에 해당되지 않는 것으로 판단됨.

① 청구법인은 쟁점토지의 취득일을 토지사용승낙일로 보아야 한다고 주장하나,「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계 취득의 경우 사실상의 잔금지급일을 취득일로 보도록 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려움. ② 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과처분은 신의성실의 원칙 등에 위배된다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시「지방세법 시행령」이 개정되어 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받아야 취득세 등의 감면요건을 충족한다는 사실을 이미 알고 있었다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

청구법인은 개정 법령이 시행되기 이전에 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결하였으므로 납세자에게 유리한 종전의 규정을 적용하여야 한다고 주장하나, 위 개정 법령의 부칙 제2조는 "이 영 시행 전에 토지 또는 건축물을 취득한 기업부설연구소의 경우에는 제23조 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다"고 규정하여 개정 후에 취득한 청구법인에 대해서 이 부칙을 적용할 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

부대시설(회의실, 기숙사 등)은 정상적인 연구개발활동을 지원하는 편의시설로서 일반적으로 연구전담요원만이 배타적으로 사용한다고 기대하기 어려운 점에서 연구개발활동에 직접 사용되는 부분도 연구시설로 보아 세제혜택을 부여하는 것이 관계 법령의 입법취지 및 목적을 고려할 때 합목적적인 해석이라 하겠으므로 이 건 취득세 등 및 2014년도·2015년도 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단되고, 이 건 건축물의 옥탑 역시 기업부설연구소용으로 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청에서 위 옥탑 전체 면적에 대하여 2014년도 및 2015년도 재산세 등을 부과·고지한 처분은 잘못이 있다고 본다.

쟁점부동산을 임원실, 경영지원실 등 사실상 본점업무에 사용하고 있으므로 지식산업센터의 사업시설용 부동산에 해당한다고 보기 어렵고, 전용면적 중 기업부설연구소로 인정받지 아니한 부분과 그 공용면적은 감면대상으로 보기 어려우므로 기업부설연구소로 인정받은 부분과 그 부분을 기준으로 안분한 공용면적을 합한 면적을 감면대상으로 보아 그 외 부분에 대한 취득세를 추징한 처분은 잘못이 없다.

청구법인이 기업부설연구소를 사실상 폐쇄한 사실 등이 나타나지 아니한 상황에서 청구법인 기업부설연구소의 인정이 취소된 사실만으로 추징요건인 연구소를 폐쇄하거나 연구소 외의 용도로 사용하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 기업부설연구소를 설치한 후 4년 이내에 폐쇄하거나 쟁점부동산을 연구소 외의 용도로 사용한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다.

쟁점건물 5층과 6층에 있는 경영관리본부 및 사업개발본부, 해외사업본부가 사용하는 면적은 기업부설연구소용 부동산으로 보기 어려우나, 쟁점건물 지하1층 복도와 하역장의 경우, 지하1층의 설치된 연구시설의 복도와 쟁점건물에 설치된 연구소에서 필요한 물품들을 하역하는 장소로 사용하고 있어 기업부설연구소용 부동산으로 보는 것이 타당하고, 쟁점건물 5층과 6층에 있는 경영관리본부 및 사업개발본부, 해외사업본부는 청구법인의 본점 역할을 수행하는 부서라기보다는 기업부설연구소의 보조 및 지원기능을 수행하는 부서로 보는 것이 타당하므로 이들이 사용하는 면적에 대해 중과세율을 적용하여 취득세를 과세한 처분은 잘못이 있다.

재산세 면제대상이 되는 기업부설연구소라 함은 OOO으로부터 기업부설연구소로 인정받을 당시 인증받은 면적에 한정된다고 보아야 할 것으로서(조심 2012지751, 2012.12.18. 같은 뜻), 재산세 과세기준일 현재 본관연구소와 OOO물 중 일부는 기업부설연구소로 인정받지 못한 사실이 관련 증빙자료에서 입증되고 있다. 따라서, 재산세 감면대상에 해당되지 않는 인정받지 못한 면적에 대하여 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.