지방세특례제한법 제79조 참고 해석사례

청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간에 본점을 이전하기 위하여 건축공사를 착공하려고 하였으나 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 것으로 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

① 본점용 부동산은 「지방세특례제한법」제78조 제4항 및 같은 법 시행령 제29조 제1항에 규정된 공장, 지식산업, 정보통신업 등 산업용 건축물과는 구별되는 것으로서 위 규정에 따른 경감대상으로 보기 어려움.② 청구법인은 이 건 건축물을 건축하기 위해 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간(6개월)을 경과한 것으로 보이는바, 이 건 본점용 건축물의 부속토지도「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항 제4호에서 규정하고 있는 법인의 지방 이전에 따른 취득세 등의 면제 요건을 충족한다고 보는 것이 타당함.

처분청이 청구법인이 정당한 사유없이 유예기간 내에 건축공사를 시작하지 못한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

① 처분청은 청구법인이 과밀억제권역에 소재하는 쟁점부동산을 청구법인의 본점으로 사용한 것으로 보아 쟁점부동산에 대하여「지방세법」제13조 제1항의 중과세율을 적용하여 취득세 등을 수정ㆍ신고하도록 안내하였고 청구법인도 이를 수용하여 취득세 등을 추가로 신고․납부한 점 등에 비추어 청구법인이 서울지점인 쟁점건물을 사실상 본점으로 사용하고 있는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단됨. ② 쟁점부동산을 본점으로 사용하기 위한 진지한 노력을 다하여 정당한 사유를 인정하는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

쟁점부동산은 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제79조 제1항에서 정한 취득세 등의 감면요건을 모두 충족하여 취득세 등의 감면대상에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 할 것임. 다만, 「지방세법 시행규칙」(2020.12.31. 행정안전부령 제225호로 개정된 것) 제7조 제2항에서 제1항에 따른 감면대상이 되는 본점용 부동산 가액의 합계액이 이전하기 전의 본점용 부동산 가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 대해서는 취득세를 과세한다고 규정하고 있으나, 청구법인 및 처분청은 종전본점 및 이전하여 본점으로 사용하는 부동산의 가액에 대한 자료를 제출한바 없으므로, 처분청은 이들 가액을 재조사하여 이전하여 본점으로 사용하는 면적 중 종전본점의 가액을 초과하는 가액에 해당하는 부분을 제외한 면적에 대하여만 취득세를 감면하는 것이 타당한 것으로 판단됨.

청구법인은 수도권 과밀억제권역 내에 있는 본점을 대도시 외의 지역에 소재한 쟁점건물로 이전하고 종전 본점을 폐쇄하여 쟁점건물은 법인의 지방이전에 대한 재산세 등의 감면요건을 충족하고, 추징사유가 발생한 것으로 보기는 어렵다고 판단됨.

① 이 건 건물 중 본점용으로 사용하는 쟁점면적은 「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제1항의 각 요건을 모두 충족하여 「지방세특례제한법」 제79조 제1항에 따라 재산세 감면대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다 할 것임. ② 쟁점건물 지하 1층∼5층은 호텔동과 임시로 구분되어 있는 형태로 사실상 쟁점건물과 호텔의 지하부가 서로 연결되어 사실상 동일 건축물을 쟁점건물와 호텔로 구획하여 사용되고 있는 것으로 보이므로 이 건 건물은 사실상 하나의 12층 건물에 해당하는 점 등에 비추어 이 건 건물은 「지방세법 시행령」 제138조 제2항에 따른 주거용이 아닌 11층 이상의 고층 건축물로서 지역자원시설세 중과대상에 해당한다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 지역자원시설세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

종전 본점의 임대차계약을 그대로 유지하면서 매월 같은 금액의 임대료를 지출하고 있는 사실이 확인되는 점, 청구법인이 제출한 조직도 등에 의하여 회장, 대표이사 등 6개의 팀이 있는 사실이 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

청구법인이 대도시 내에서 대도시 외인 이 건 사업장으로 본점을 이전하면서 인력의 추가 채용 등을 고려하여 미리 확보하였거나 인력을 재배치하면서 발생한 공실, 기업부설연구소가 아닌 본사 소속 연구(도면 설계 등)부서 직원들이 직접 사용하는 사무실 및 본점의 업무와 직·간접적으로 연계되어 사용하는 부분(창고, 주차장)은 ‘법인의 본점으로 사용하는 부동산’에 해당된다고 할 것이므로 이 건 본관에 대하여는「지방세특례제한법」제79조 제1항에 따라 재산세를 감면하는 것이 정당하고, 나머지는 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

법인이 대도시 내 지역에서 사업장을 임차하여 의류 도‧소매업 등 사업을 개시한 후 별도의 지점이나 사업장을 두지 않고 단일 사업장에서 2년 이상 사업을 영위한 실적이 있으며, 대도시 외 지역에 소재한 부동산을 취득하여 종전 본점 사업장을 전부 폐쇄를 준비하고 있고, 본점의 모든 시설을 대도시 외 지역으로 이전하는 등 감면요건을 충족하였는바, 종전 본점용 부동산에 부속되어 실질적으로 본점의 일부 시설로 사용되었던 “물품보관 창고”는 본점의 부대시설로서 이전(移轉) 전 본점용 부동산의 가액에 포함하는 것이 입법 취지 및 사실 현황 등에 비추어 타당하다 할 것이며, 기존 건축물 취득 후 6개월 이내에 본점용 부동산으로 사용하기 위하여 사업을 개시하기 전 “대수선” 공사를 시행한 해당 법인은 감면요건을 충족하였다 판단됨.

∘처분청은 청구법인이 쟁점건축물 중 2년 이상 공장으로 사용한 면적을 재조사하여 그 면적이 200㎡ 미만인 경우에는 거부처분을 유지하고, 200㎡ 이상인 경우에는 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세 등을 취소하는 것으로 하여 이 건 거부처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨 ∘청구법인이 쟁점건축물 중 2년 이상 본점으로 사용한 면적을 재조사하여 그 건축물 및 부속토지 가액에 해당하는 취득세 등을 취소하는 것으로 하여 이 건 거부처분을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨

「지방세특례제한법」제79조 제1항에서 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 본점 또는 주사무소를 대도시 외의 지역으로 이전할 것을 감면 요건으로 규정하고 있는 점, 청구법인의 주장대로 본점 이전 직후 단기간 내에 부동산을 매각하는데 현실적인 어려움이 있을 수 있어 같은 법 시행규칙 제7조 제1항 제3항에서 본점의 ‘6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것’을 별도로 규정한 것이라고 하더라도, 본점 이전일로부터 2년 이상 장기간이 경과한 이 건 심리일 현재까지도 종전소재지 부동산을 매각하지 아니한 경우에 까지 감면을 적용하기는 어렵다고 보이는 점, 종전소재지 부동산을 매각하지 못한데 법령상 제한이나 기타 정당한 사유가 있다고 보이지도 아니한 점 등에 비추어 이 건 부동산이 「지방세특례제한법」제79조 제1항에 따른 취득세 및 재산세 면제 대상이 아닌 것으로 보아 한 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

지방세특례제한법 제79조 제2항에서는 대도시에 등기되어 있는 법인이 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산 등기에 대해서는 2021년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다고 규정하고 있는 바,서울특별시내 산업단지로 본점을 이전하는 경우라면 지방세 특례제한법 제79조에 따라 신소재지에 대한 등록면허세(등록분)는 면제 될 것으로 판단됨.

청구법인은「지방세특례제한법 시행규칙」제7조 제2항은 지방으로 이전하기 전의 주사무소용 부동산 등의 가액을 초과하는 부분에 대해서는 취득세를 과세한다고 규정하고 있을 뿐, 재산세까지 부과한다고 규정하고 있지 않음에도 초과한 부분에 대하여 재산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하고 있음. 그러나「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 지방이전에 따라 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대해서 5년간 재산세를 면제한다고 규정하고 있으므로 취득세와 재산세에 대해서 면제대상이 동일하다고 해석되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

청구법인은 종전사업장을 이미 지방으로 이전한 상태에서 추가로 쟁점건물을 취득한 것으로 보이므로 쟁점건물은 취득세 감면대상인 대도시 외의 지역으로 이전하는 공장에 해당한다고 보기 어렵다.

청구법인은 이 건 부동산에서 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 종전 서울사업장을 폐쇄한 것으로 보이므로 청구법인의 본점이 이 건 부동산으로 이전되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다.

법인과 개인 별개의 인격체이므로 법인전환 경우는 감면 불가

청구법인의 경우 대도시 외의 지역에 소재하고 있는 임차사업장에서 쟁점건축물로 본점을 이전한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 쟁점건축물이「지방세특례제한법」제79조에서 규정하고 있는 법인의 지방 이전에 대한 감면적용 대상에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

대도시 공장을 지방으로 이전하고, 재산세 감면유예기간 5년 이내에 법인으로 전환한 경우라 하더라도 법인은 개인 별개의 인격체이므로 법인전환의 경우는 감면 불가 법인에 해당한다.

대도시 외 지역에서 토지와 건축물을 취득하고 법인의 내부사정으로 인해 6개월이 지나서야 공장업종변경 승인이 있는 등 취득일로부터 6개월 이내에 사업을 개시한 것으로 보기 어렵고 또한 정당한 사유에 해당하지 않아 공장 등의 지방이전에 따른 취득세 감면요건을 충족하지 못하였으므로 경정청구를 거부한 것은 타당하다.

쟁점토지 및 쟁점건축물의 취득이 산업단지 감면규정과 쟁점감면규정의 요건을 둘 다 충족한다는 데에 청구법인과 처분청 모두 이견이 없으므로, 쟁점토지 및 쟁점건축물의 취득은 「지방세특례제한법」제180조의 중복감면의 배제 규정의 적용대상으로서 두 감면규정 중 감면율이 더 높은 하나의 규정을 적용받을 수 있다 할 것임.

○ 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 수행하기 위하여 취득하는 부동산에는 사무실 용도로 사용하는 부동산뿐만 아니라 본점을 지원하기 위하여 동일한 구내에 설치되는 복리후생시설도 부대시설로서 본점 등에 포함된다고 할 것이나, - 공장 또는 제조시설을 지원하기 위하여 공장 경계구역 안에 설치되는 종업원의 후생복지시설 등 별도의 감면규정(법 제80조)을 두고 있는 각종 부대시설은 법인의 지방 이전에 대한 감면(법 제79조)의 적용대상에서 제외(시행규칙 제8조)되어야 할 것임.

가. 공장 이전(대도시 내 → 과밀억제권역 내 산업단지)의 감면의 경우, 대도시 내에 소재한 공장을 과밀억제권역 내 산업단지로 이전하는 경우는 공장의 지방이전에 해당된다고 할 것임. 나. 도시형 업종의 지방이전 감면대상의 경우, 공장의 영위하는 업종이 위 규정 도시형 공장에 해당되는 경우는 지방세 감면대상에 해당되지 아니한다고 할 것임.

과밀억제권역 산업단지 내에 소재하는 공장을 지방의 산업단지로 이전한다고 함은 대도시 외의 지역에서 대도시 외의 지역으로 이전한 것에 지나지 않아 공장의 지방 이전에 따른 취득세 등 감면대상에 해당되지 아니함

① 토지등 소유자 1인이 시행하는 청구법인이 위와 같이 분양공고를 하지 않고 체비지인 쟁점면적①부분을 1인에게 매각하는 것과 2인 이상에게 매각하여 사업경비에 충당하는 것은 사실상 그 실질이 동일하므로 쟁점면적①부분을 1인에게 일괄매각하였다고 하더라도 감면대상인 체비지로 인정하는 것이 합리적이라 할 것인 점 등에 비추어 쟁점면적①부분은 「지방세특례제한법」제78조 제1항에서 규정한 체비지로 보는 것이 타당하다고 판단됨. ② 청구법인과 같이 사업시행자가 사업시행구역 내의 1인 토지 등 소유자여서 형식적으로는 관계 법령에 의하여 청구법인 자신에게 청산금을 부담하는 경우가 발생하지 않는다 하더라도, 위에서 설시한 바와 같이 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 본문 단서 및 제1호 규정의 입법 취지가 환지계획 등에 따른 취득 부동산 가액이 종전 부동산의 가액보다 증가된 재산의 취득이라는 실질에 담세력을 인정하고, 그에 따른 청산금에 상당하는 부동산을 포착하여 취득세를 과세하는 데 있다 하겠는바, 청구법인의 경우, 청산금의 부과라는 외형은 달리 나타나지 않지만, 청구법인이 사업경비를 부담하여 환지인 쟁점면적②부분을 취득하면서 종전 소유 부동산의 가액보다 증가된 재산을 취득하였다는 실질적인 면을 부정할 수 없다 하겠는 점 등에 비추어 쟁점면적②부분의 가액의 합계액이 그에 해당하는 종전 소유 부동산 가액의 합계액을 초과한 금액에 상당하는 부분에 대하여는 취득세 과세대상으로 보는 것이 타당하다고 하겠음. 다만, 처분청과 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점면적②부분에 대한 가액의 합계액과 그에 해당하는 종전 소유 부동산에 대한 가액의 합계액을 정확히 알 수 없으므로 처분청이 쟁점면적②부분의 가액의 합계액이 그에 해당하는 종전 소유 부동산 가액의 합계액을 초과하는 해당금액을 재조사하여 「지방세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 청산금에 상당하는 부동산으로 보고 이를 취득세 과세대상으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단됨.

① 청구법인이 이 건 등록면허세 중 2012.5.18. 이전에 신고한 등록면허세는 경정청구기간을 경과한 부적법한 청구에 해당하므로 처분청의 경정청구 거부처분에 따른 이 건 심판청구도 부적법한 심판청구에 해당되고, ②「지방세특례제한법」제81조 제2항은 이전 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기에 한하여 감면규정을 적용하는 것이 합리적이라 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분을 잘못이 없음.

「지방세특례제한법」제81조 제2항은 이전 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기에 한하여 감면규정을 적용하는 것이 합리적이라 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분을 잘못이 없음

「지방세특례제한법」제81조 제2항은 이전 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기에 한하여 감면규정을 적용하는 것이 합리적이라 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분을 잘못이 없다.

「지방세특례제한법」제81조 제2항은 이전 공공기관이 하는 모든 등기에 대하여 등록면허세를 면제하는 것이 아니라 공공기관의 지방이전과 직접 또는 간접적인 관계가 있는 법인등기에 한하여 감면규정을 적용하는 것이 합리적이라 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분을 잘못이 없다.

종중의 경우 종중명의로 부동산을 등기할 수 있을 뿐만 아니라 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 부여받을 수 있는 점 등에 비추어 종중도 자연인 및 법인과 마찬가지로 부재부동산 소유자의 범위에 포함된다 할 것이고, 청구인의 주사무소 및 대표자의 주소지가 쟁점토지와 연접하지 아니한 지역으로 등록되어 있었던 점 등에 비추어 청구인은 부재부동산 소유자에 해당한다 할 것이므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

취득세 면제 대상인 체비지는 관리처분계획인가에 체비지로 등재된 것만을 의미하는바, 쟁점주택은 관리처분계획인가 상 체비지 또는 보류지로 등재되어 있지 않은 점에서 취득세 감면 대상에 해당하지 아니함

청구법인의 소유권 이전고시일(2021.4.28.) 당시의 관리처분계획은 기존 관리처분계획이고, 기존 관리처분계획상 쟁점부동산은 체비지로 정해져있지 않았던 점 등에 비추어 보면, 쟁점부동산은 구 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 취득세 면제 대상에 해당한다고 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

청구법인은 「도시 및 주거환경정비법」 제97조 제5항에 따라 쟁점토지를 준공인가통지일(2020.6.8.)에 취득하였고, 쟁점토지의 취득 당시 쟁점토지가 체비지로 지정되었다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점토지를 「지방세특례제한법」 제74조 제1항에 따른 감면대상에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

①쟁점체비지는 처분청으로부터 소유권이전고시일 이전에 적법하게 인가받은 체비지로서 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세 등의 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨②쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략함