지방세특례제한법 제60조 참고 해석사례

쟁점①부동산 중 쟁점 10개호는 청구법인이 이를 수익사업에 사용할 목적으로 취득하였다거나 수익사업을 영위하는 경우에 해당하는 경우로 보기는 어렵다 할 것이고, 유예기간(3년) 내에 해당 용도에 직접 사용하고 있는 경우로 보는 것이 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점부동산 중 쟁점 10개호에 대하여 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분은 잘못으로 판단됨. 청구법인은 2019.9.30. 쟁점②부동산을 취득하였고, 청구법인의 산학협력단은 2021.7.6. 창업보육센터사업자로 지정된 것으로 나타나므로 쟁점②부동산은 「지방세특례제한법」제60조 제3항 제1의2에 따른 감면 요건을 충족한 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 쟁점②부동산에 대하여 기 면제한 취득세 등을 부과․고지한 처분은 적법한 것으로 판단됨.

(1) 대학 강의실과 축구장 등의 사이에 위치하여 학생ㆍ교직원들의 통로로 사용하며, 학교 외에 다른 용도로 사용한 사실이 없어 보이는 점 등에 비추어, 쟁점①부동산은 청구법인이 학교용도로 직접 사용하는 토지인 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점①부동산에 대하여 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단되고, (2)·(3) 사업의 용도로 직접 사용하지 아니하고 수익사업에 사용한 것으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단됨.

대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정과 산학협력단이 산학협력시설 및 그 부대시설 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있으므로, 학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여는 구 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 및 제2항 규정에 의하여 취득세 등 지방세를 면제할 수 없음

대학이 교육사업에 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정과 산학협력단이 산학협력시설 및 그 부대시설 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하거나 사용하는 부동산에 대한 감면규정은 그 입법취지 및 적용대상을 달리하고 있으므로, 학교법인이 교육사업이 아닌 산학협력사업을 위하여 취득한 부동산에 대하여는 구 「지방세특례제한법」 제41조 제1항 및 제2항 규정에 의하여 취득세 등 지방세를 면제할 수 없음

① 학교법인과 산학협력단은 법률의 규정에 따라 정관으로 정한 목적의 범위 내에서 각각 권리와 의무의 주체가 되는 것으로서 독립적으로 법인등기부등본이 작성되어 있고, 그 운영도 독립적으로 이루어지므로 별개의 권리․의무 주체인바, 쟁점부동산은 산학협력단이 사용하는 부동산으로서 학교법인인 청구법인이 해당사업에 직접 사용하는 것으로 보기 어려우므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어려움. ②「지방세특례제한법」〔2016.12.27. 법률 제14475호로 개정(시행 2017.1.1.)된 것)〕제60조 제3항 제1의2호에서 학교 등이 취득한 창업보육센터용 부동산을 산학협력법에 따른 산학협력단이 운영하는 경우를 감면대상에 포함하였으므로 쟁점부동산 중 청구법인이 취득하여 산학협력단이 운영하는 창업보육센터용 부동산에 대하여 과세된 2016년 이전 재산세 등은 감면대상이 아니라 하겠으나, 동 부동산에 대한 2017년도 재산세 등은 위 조항이 개정된 이후에 납세의무가 성립한 것이므로 감면대상으로 판단됨. ③ 쟁점부동산이 취득세 감면대상에 해당하는 지에 대하여 세법 해석상 견해 대립이 있었다고 보기 어렵고, 그 외 청구법인의 신고의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이지 아니하므로 처분청이 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 없다고 판단됨

청구법인은 이 사건 부동산을 학교용으로 직접 사용하고 있다고 주장하나, 이 사건 부동산은「중소기업기술혁신촉진법」의 적용을 받는 산학협력단이 사용하는 부동산으로, 산학협력단이 사용하는 경우 학교의 교육사업 자체에 사용된다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

지방세법에 따른 중과대상에 해당하나 지방세 특례제한법에 따른 중과제외 대상인 경우에는 지방세법에 따른 등록면허세 중과세율의 적용을 배제하고 일반세율로 적용함을 의미한다고 할 것이므로, 일반세율과 중과세율에 따른 차액을 농어촌특별세법에 따른 등록면허세의 감면세액으로 볼 수 없어 농어촌특별세 과세대상이 아니라고 판단된다.

학교법인이 창업보육센터 사업자로 지정 받은 후 학교법인이 별도로 설립한 산업협력단에 창업자를 위한 시설과 장소로 제공하는 경우라면 학교법인이 창업보육센터용으로 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다.

청구법인은 입주기업에게 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하는 것으로 보아야 할 것이고 이를 학교법인이 쟁점부동산을 학교용도에 직접 사용하는 것으로 보기는 어려우며, 청구법인은 쟁점부동산을 학술연구단체의 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 쟁점부동산에서 청구법인의 학술연구와 발표 등 학술연구단체의 고유목적사업을 수행하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청의 이 건 재산세 등의 과세처분은 적법한 것으로 판단된다.

고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다.

산학협력단이 창업보육센터로 사용한 부동산이 학교용으로 직접 사용한 부분이 정관의 목적사업인 산학협력을 위한 창업보육센터 운영에 사용되었으므로 교육사업 자체에 직접 사용되었다고 보아야 하고 창업보육센터 운영을 수익사업으로 보기도 어려우므로 과세청이 재산세 50% 감면대상으로 보아 한 부과처분은 부당하다.

청구법인은 2009년～2013년 재산세 과세기준일 현재 쟁점부동산을 학교의 고유업무에 직접 사용하지 않고 창업보육센터용으로 사용하고 있는 것으로 나타나므로 처분청이 쟁점부동산에 대하여 재산세의 100분의 50을 경감하고, 나머지에 대하여 재산세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

1) 각 산학협력단을 설립했다고 하더라도 각 산학협력단이 아닌 한국산업기술대학이 소유하고 있는 각 부동산에 대하여 구 지방세특례제한법 제42조 제3항을 적용할 수 없고, 같은 법 제60조 제3항 제1호를 적용함이 상당하므로, 재산세 부과처분은 적법하다. 2) 부속시설도 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 학교의 범위에 포섭되므로, 각 건물이 비과세 대상임에도 농어촌특별세를 부과한 농특세 부과처분은 위법하다.

청구법인은 2012.6.8. 쟁점①부동산을 취득하고 직접 사용하지 아니하고, 법인격이 다른 00대학교 산학협력단이 쟁점①부동산을 사용하고 있는 것으로 나타나고, 청구법인이 2009년～2012년 재산세 과세기준일 현재 쟁점②부동산을 직접 사용하지 아니하고, 법인격이 다른 00대학교 산학협력단이 쟁점②부동산을 창업보육센터로 사용하고 있는 사실이 나타나므로 이는 청구법인이 쟁점부동산을 학교용으로 직접 사용한 것으로 보기 어렵다.

자동차 매매업을 등록한 자가 중고자동차를 취득하고 경매장에 출품하여 매각하기 위하여 취득하였음이 경매장 출품 입고내역 등에서 확인되는 경우 제시신고를 하지 않더라도 매매용으로 취득한 중고자동차 등으로 보아 취득세 및 자동차세 감면대상에 해당된다 판단됨

「농어촌정비법」에 따른 생활환경정비사업의 시행계획에 따라 주택개량 대상에 해당되는 ‘해당 지역’은 그 생활환경정비사업 시행계획이 시행되는 지역을 말한다.

처분청이 종전결정에도 불구하고 당초 결정을 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하므로 취소되어야 할 것인바 처분청이 청구법인들에게 한 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

청구법인이 운영하는 국제학교는「지방세특례제한법」제41조 제1항에서 규정하고 있는"학교등"에 해당하고「초·중등교육법」제2조 제5호에서 규정하고 있는 각종학교에 해당하는 것이므로 처분청이 이 건 주민세(재산분, 종업원분)를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

중소기업진흥공단, 중소기업중앙회, 사단법인 한국무역협회와 한국표준협회에 건물의 각 해당 부분을 임대한 것은 자신의 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있어 재산세 감면대상이 되므로, 처분은 위법하다.