지방세특례제한법 제59조 참고 해석사례

협동화실천계획의 승인을 받은 자가 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하는 것이므로 부동산을 취득한 이후에 협동화실천계획의 승인을 받은 청구법인의 경우 취득세 면제 요건을 충족한 것으로 보기는 어려움.

｢지방세특례제한법｣ 제59조 제3항에 규정된 “해당 사업”이란 협동화실천계획의 승인을 받은 사업을 의미하고, “이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우”란 이미 협동화사업에 사용하던 부동산을 승계하여 취득한 경우를 의미하는바, 청구법인들은 2021.6.24. 협동화실천계획을 승인받은 후 2021.7.2. 동 협동화사업에 사용하기 위하여 기존에 협동화사업에 사용하지 아니하였던 쟁점부동산을 취득하였으므로 쟁점부동산은 이미 해당 사업용으로 사용하던 부동산에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산은 ｢지방세특례제한법｣ 제59조 제3항에 따른 취득세 감면요건을 충족한 것으로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨.

① '중소기업 협동화'는 구 중소기업진흥법 시행 전 구 중소기업진흥법(1980. 1. 4. 법률 제3240호로 개정되기 전의 것) 제정 당시부터 있던 문언으로 '중소기업의 집단화시설공동화 · 기업합병 · 시설전환 등의 촉진을 위한 중소기업협동화계획'을 협동화계획'으로정의하고 있는 점(위 구 중소기업진흥법 제6조 제1항), ＠ 구 중소기업진흥법 은 '중소기업의 구조 고도화를 통하여 중소기업의 경쟁력을 강화하고 중소기업의 경영 기반을 확총하여 국민경제의 균형 있는 발전에 기여함을 목적'으로 하고 있는바(제1조)，이와 같은 법 문언의 체계에 비추어 중소기업 협동화는 중소기업을 집단화하고 시설을 공동으로 사용하게 하여 중소기업의 경쟁력을 강화하는 계획의 일환으로 봄이 타당한 점, ② 공장 등 사업장을 집단화하는 협동화실천계획의 특성상 중소기업이 취득한 공장용지에 인접한 도로는 공장용지와 일체로 중소기업의 경쟁력을 강화하는 과정에서 필요한 부동산으로 보아야 하고, 그 자체를 별도로 취득세 경감의 대상으로 볼 수는 없는 점, ③ 공장 등 사업장 설치가 예정되어 있어 취득세를 경감받았던 E임야 4,308.6㎡ 에 대하여 경감받은 취득세는 앞서 본 바와 같이 추징의 대상인 점 등을 보태어 보면, 원고가 D 도로를 취득일로부터 1년 이내에 공장용으로 직접 사용하지 않았다고 봄이 타당하다.

청구법인이 쟁점토지를 2016.10.19. 취득하였다가 협동화실천계획에 따라 이를 사용하지 아니한 채 취득일부터 5년 이내인 2016.12.2.등에 쟁점토지의 대부분을 각각 양도하였으므로 「지방세특례제한법」제59조 제4항에 따른 감면 사후관리 요건을 위반한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 당초 감면한 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

쟁점주택의 취득에 대하여 주택공급 확대를 위한 쟁점조항의 감면규정을 적용하여야 한다는 청구주장에 일응 합리적인 이유가 있어 보이는 면이 있으나, 제출된 자료만으로는 청구인이 2014.12.31. 이전에 쟁점주택 신축공사를 착공하였는지 여부가 분명하지 아니하므로 처분청은 청구인이 쟁점주택의 신축공사를 착공한 시기를 재조사하여 2015.1.1. 이후 착공한 경우에는 처분을 유지하고, 2014.12.31. 이전에 착공한 경우에는 종전 규정을 적용하여 경정청구 거부처분을 취소함이 타당한 것으로 판단됨

쟁점주택의 취득에 대하여 주택공급 확대를 위한 쟁점조항의 감면규정을 적용하여야 한다는 청구주장에 일응 합리적인 이유가 있어 보이는 면이 있으나, 제출된 자료만으로는 청구인이 2014.12.31. 이전에 쟁점주택 신축공사를 착공하였는지 여부가 분명하지 아니하므로 처분청은 청구인이 쟁점주택의 신축공사를 착공한 시기를 재조사하여 2015.1.1. 이후 착공한 경우에는 처분을 유지하고, 2014.12.31. 이전에 착공한 경우에는 종전 규정을 적용하여 경정청구 거부처분을 취소함이 타당한 것으로 판단됨

청구인은 2014.12.31. 이전에 전용면적 60제곱미터 이하 공동주택인 쟁점주택 신축공사를 착공한 것으로 보이는바, 종전규정이 일몰로 종료되기 이전에 해당 규정을 신뢰하여 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위(착공)로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구인이 2015.5.28.에 쟁점주택을 신축하여 취득하였다 하더라도 개정 후 지방세특례제한법 부칙 제14조에 따라 종전규정을 적용하여 취득세를 면제함이 타당함에도 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

쟁점토지로의 진출입로 설치문제는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 목적사업에 직접 사용할 수 없는 행정관청이나 법령 등에 의한 금지․제한이라기보다는 쟁점토지상에 식육포장처리업을 영위할 목적으로 위생안전 환경 구축을 위한 각종 인증을 받기 위한 것으로서 기존 축산물공판장과 쟁점토지로의 진출입을 공동으로 사용하게 됨으로써 교차 오염 가능성에 따른 사업 운영의 차질이 예상되어 이를 해결하기 위한 내부적인 판단으로 보이는 점, 2017.1.19. 쟁점토지상에 착공허가를 받고 불량토 제거 및 토지정리 등을 하였으나 진출입로 개설 문제로 공사가 중단되어 유예기간 내에 어떠한 건축공사도 이루어지고 있지 아니한 점, 2017.11.16. 진입로 변경이 승인되고 2018.5.4. 진출입로가 확정되었음에도 이 건 심리일까지도 쟁점토지상에 실질적인 건축공사가 이루어지고 있지 아니한 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

쟁점토지로의 진출입로 설치문제는 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시 목적사업에 직접 사용할 수 없는 행정관청이나 법령 등에 의한 금지․제한이라기보다는 쟁점토지상에 식육포장처리업을 영위할 목적으로 위생안전 환경 구축을 위한 각종 인증을 받기 위한 것으로서 기존 축산물공판장과 쟁점토지로의 진출입을 공동으로 사용하게 됨으로써 교차 오염 가능성에 따른 사업 운영의 차질이 예상되어 이를 해결하기 위한 내부적인 판단으로 보이는 점, 2017.1.19. 쟁점토지상에 착공허가를 받고 불량토 제거 및 토지정리 등을 하였으나 진출입로 개설 문제로 공사가 중단되어 유예기간 내에 어떠한 건축공사도 이루어지고 있지 아니한 점, 2017.11.16. 진입로 변경이 승인되고 2018.5.4. 진출입로가 확정되었음에도 이 건 심리일까지도 쟁점토지상에 실질적인 건축공사가 이루어지고 있지 아니한 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

「농어촌정비법」에 따른 생활환경정비사업의 시행계획에 따라 주택개량 대상에 해당되는 ‘해당 지역’은 그 생활환경정비사업 시행계획이 시행되는 지역을 말한다.

「지방세특례제한법」제68조 제1항의 자동차매매사업자가 매매용으로 취득한 중고자동차에 대해서는 취득세를 면제하는 것이므로 자동차가 「자동차관리법」제59조 제1항에서 규정한 매매용 중고자동차로 제시된 사실이 없고, 자동차 대여사업권 양도과정에서 매각한 이상 취득세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

공장용 건축물을 신축하기 위해 매입한 토지가 매입했을 당시 이미 협동화사업을 추진하고 있던 토지였다면 최초로 협동화사업을 추진한 중소기업에 해당하지 않는다 할 것이다. 그렇다면 「지방세특례제한법」 제59조 제3항의 취득세 면제가 적용될 수 없다.

① 공장 등 사업장을 집단화하는 협동화실천계획의 특성상 중소기업이 취득한 공장용지에 인접한 도로는 공장용지와 일체로 중소기업의 경쟁력을 강화하는 과정에서 필요한 부동산으로 보아야 하고, 그 자체를 별도로 취득세 감경의 대상으로 볼 수는 없는 점, ② 앞서 본 바와 같이 공장 등 사업장 설치가 예정되어 있어 취득세를 함께 감경받은 E 임야의 경우 추징의 대상이 되는 점 등을 보태어 보면, 원고가 D 도로 190㎡ 중 원고 지분에 해당하는 부분을 취득일로부터 1년 이내에 공장용으로 직접 사용하지 않았다고 봄이 타당하고, 거기에 청당한 사유'가 있다고 보기도 어렵다.

「지방세기본법」 제53조의2 제1항에 의하면 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액을 신고하지 않은 경우 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과 받는 것이나 법인이 법정신고기간 내에 취득세 등을 신고하지 않았다 하더라도 「지방세특례제한법」 제59조 제3항의 협동화실천계획을 승인받은 자가 취득하는 공장용 부동산으로 감면받아 세액이 0원인 이상 세액에 부과하는 가산세의 특성상 면제신청이 없었다 하더라도 무신고가산세 역시 부과할 수 없다.

「지방세기본법」 제53조의2 제1항에 의하면 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액을 신고하지 않은 경우 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과 받는 것이나 법인이 법정신고기간 내에 취득세 등을 신고하지 않았다 하더라도 「지방세특례제한법」 제59조 제3항의 협동화실천계획을 승인받은 자가 취득하는 공장용 부동산으로 감면받아 세액이 0원인 이상 세액에 부과하는 가산세의 특성상 면제신청이 없었다 하더라도 무신고가산세 역시 부과할 수 없다.

「지방세기본법」 제53조의2 제1항에 의하면 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액을 신고하지 않은 경우 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과 받는 것이나 법인이 법정신고기간 내에 취득세 등을 신고하지 않았다 하더라도 「지방세특례제한법」 제59조 제3항의 협동화실천계획을 승인받은 자가 취득하는 공장용 부동산으로 감면받아 세액이 0원인 이상 세액에 부과하는 가산세의 특성상 면제신청이 없었다 하더라도 무신고가산세 역시 부과할 수 없다.

「지방세기본법」 제53조의2 제1항에 의하면 납세의무자가 법정신고기한까지 지방세관계법에 따라 산출한 세액을 신고하지 않은 경우 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과 받는 것이나 법인이 법정신고기간 내에 취득세 등을 신고하지 않았다 하더라도 「지방세특례제한법」 제59조 제3항의 협동화실천계획을 승인받은 자가 취득하는 공장용 부동산으로 감면받아 세액이 0원인 이상 세액에 부과하는 가산세의 특성상 면제신청이 없었다 하더라도 무신고가산세 역시 부과할 수 없다.

청구법인이 쟁점토지에서 이 건 창고용 건축물을 신축하기 위하여 「국토계획법」및 「도시계획 조례」등에 따라 도시계획위원회 심의 대상이 되는 개발행위허가를 받아야 하는 것을 모르거나 그 사유로 인하여 건축허가를 변경 등을 받기 위하여 추가로 시간이 소요된 것은 감면유예기간(1년)을 경과한 것에 대한 정당한 사유로 보기가 어려움.

청구인들이 이 건 토지를 그 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

자동차 매매업을 등록한 자가 중고자동차를 취득하고 경매장에 출품하여 매각하기 위하여 취득하였음이 경매장 출품 입고내역 등에서 확인되는 경우 제시신고를 하지 않더라도 매매용으로 취득한 중고자동차 등으로 보아 취득세 및 자동차세 감면대상에 해당된다 판단됨

• (질의1) ‘장애인 의료재활시설’로 신고한 경우라도 「의료법」에 따라 공중 또는 특정다수인을 위하여 의료업을 영위하기 위한 의료기관의 실질을 갖추고 있는 것이라면「지방세특례제한법」제22조제6항에 따른 ‘사회복지법인이 경영하는 의료기관’에 해당된다고 판단 • (질의2) ‘사회복지법인이 경영하는 의료기관’에 대해서는 「지방세 특례제한법」제22조제6항에 따른 취득세 및 재산세 경감을 적용 하도록 규정하고 있으므로, 같은 법 같은 조 제3항에 따른 주민세 면제가 적용되지 않는다고 판단됨