지방세특례제한법 제46조 참고 해석사례

이 건 토지 중 공용면적에 해당하는 토지 부분은 기업부설연구소로 인정받은 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 기 감면한 취득세 등을 추징한 것은 적법함.

기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이는 점, 스크린 도어 등을 통해 이 건 연구시설과 이 건 연구시설 외 부분은 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 이 건 연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 연구시설은 대도시 내 본점 사업용 부동산에 해당하지 않는 것으로 판단됨. 다만, 이 건 연구시설 외 부분 중 본점으로 사용되는 부분(118.18㎡)을 제외한 부분(404.77㎡)에 대하여는 산업단지내에서 산업용 건축물등의 용도에 사용한다고 볼 수 있어 「지방세법」제13조 제1항에 따른 중과세율 적용대상 본점 사업용 부동산으로 볼 수가 없고, 「지방세특례제한법」제78조 제4항 등에 따른 산업단지 감면대상 산업용 건축물등에 해당한다고 판단된다.

① 청구법인이 본점사무실과 별도로 기업부설연구소를 설치하여 본점 사무실과 구분하여 관리하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등의 환급세액을 결정한 처분은 잘못이 있다고 판단됨 ② 지방세인 취득세의 환급금과 국세인 농어촌특별세의 징수금에 대한 조세채권의 상계 등에 대하여 달리 규정하고 있지 아니하므로 청구법인이 기납부한 취득세 등을 농어촌특별세의 기납부세액으로 보아 이를 상계하여 납부지연가산세를 부과할 수 없다고 판단됨

청구법인은 쟁점토지에 대하여 별도로 기업부설연구소로 인정받지 않은 것으로 나타남

①청구법인들은 신용등급 강등 및 자금 유동성 위기 등의 사유로 준공기한 연기 및 순차적 공사 재개를 신청하여 승인받은 사실이 있는데, 이는 청구법인들의 자유로운 의사결정에 따라 유예기간 내에 해당 용도에 직접 사용하지 않은 것이므로 정당한 사유에 포함되지 않는다고 판단됨. ②수정신고 및 경정청구가 받아들여졌다는 사정만으로는 처분청이 앞으로도 이와 같거나 유사한 사례에 대하여 불특정다수의 납세자에게 추징하지 않고 감면을 유지하겠다는 공적 견해를 표명한 것이라 할 수 없음. ③이미 산업용 건축물 감면 유예기간(3년)을 4개얼이나 경과한 시점에서 감면을 신청한 청구법인들의 경정청구에 대하여 처분청이 20여일의 검토를 거쳐 이를 수용·환급하고, 그 이후에도 같은 규정의 감면을 적용한 추가 신고·납부를 받아주었다는 사실에서 납세자에게 귀책사유를 지우기 우려운 정당한 사유가 있다고 판단되므로, 이 건 부과처분 중 가산세를 부과한 부분은 처분청의 잘못이 있다고 판단됨.

관련 법령에서 기업부설연구소에 근무하는 자는 연구개발 활동 외에 생산·판매·영업 등 다른 기업활동을 겸하지 않도록 규정되어 있으며, 이를 위반하는 경우 기업부설연구소 인정을 취소할 수 있도록 하고 있어 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단됨.

연구소 면적은 舊 「지특법」 제46조에 따른 기업부설연구소 감면(이하 “연구소 감면”이라 한다)을 적용하고, 연구소 면적과 중첩되지 아니하여 연구소 감면을 적용하지 아니한 그 외 면적에 대하여는 舊 「지특법」 제47조의2에 따른 녹색건축 인증 감면을 적용하더라도 중복하여 취득세가 감면되는 부분은 없으므로 중복특례 배제 규정을 적용하기 어렵다고 할 것임

승강설비를 설치 및 유지보수하는 산업활동은 건설업으로 분류되므로 지식산업센터 감면업종(제조업)에 직접 사용한 것으로 보기 어려움 청구법인의 매출액 중 건설업 관련 공사수입금 및 보수 수입이 매출의 대부분을 차지하고 있고, 청구법인이 쟁점면적을 제조업의 사업시설용으로 직접 사용하였다고 볼만한 입증자료를 제출하지 아니함

청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적이고 진지한 노력을 다하여, 쟁점토지 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 보이므로, 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

① 기업부설연구소는 연구개발 활동만을 담당할 뿐 생산·판매·영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 않는 것으로 보이고, 스크린 도어 등을 통해 물리적으로 출입이 제한된 별도의 공간으로 분리되어 있는 점 등에 비추어 쟁점연구시설은 기업의 연구활동만을 전담하는 독립된 연구공간과 그 부대시설로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점의 사업용 부동산에 해당한다고 보기는 어렵다고 판단됨. ② 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략함.

① 청구법인은 산업단지 내의 쟁점토지에 쟁점건축물을 신축하여 동 건축물 2층을 중소기업자가 아닌 자에게 임대하여 임대한 건축물의 부속토지는 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당함. ② 쟁점사무실은 일부 본점 기능도 수행하고 있기는 하나 제조시설의 관리․지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치된 사무실로서 공장으로 보는 것이 타당하고, 이에 따라 산업단지 내의 공장용 건축물로서 산업용 건축물에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 쟁점사무실의 부속토지를 공장용이 아닌 본점용으로 보아 중과세율을 적용하고, 산업용 건축물이 아닌 것으로 보아 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보아 취득세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨. ③ 추후 경정청구를 적법하게 거친 후 그에 대해 심판청구를 제기할 수 있음은 별론으로 하더라도 위 건축물의 취득세 등에 대한 심판청구는 심리일 현재 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법하다고 판단됨.

① 청구법인은 산업단지 내의 쟁점토지에 쟁점건축물을 신축하여 동 건축물 2층을 중소기업자가 아닌 자에게 임대하여 임대한 건축물의 부속토지는 취득세 등의 추징사유가 발생한 것으로 보는 것이 타당함.② 쟁점사무실은 일부 본점 기능도 수행하고 있기는 하나 제조시설의 관리․지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치된 사무실로서 공장으로 보는 것이 타당하고, 이에 따라 산업단지 내의 공장용 건축물로서 산업용 건축물에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하므로, 처분청이 쟁점사무실의 부속토지를 공장용이 아닌 본점용으로 보아 중과세율을 적용하고, 산업용 건축물이 아닌 것으로 보아 취득세 등의 감면대상이 아닌 것으로 보아 취득세 등을 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.③ 추후 경정청구를 적법하게 거친 후 그에 대해 심판청구를 제기할 수 있음은 별론으로 하더라도 위 건축물의 취득세 등에 대한 심판청구는 심리일 현재 처분이 없는 상태에서 제기되어 부적법하다고 판단됨.

① 착공 당시부터 이미 유예기간(3년)을 경과할 것으로 예상됨에도 불구하고 작업공정을 단축하기 위한 특별한 노력을 다하였다는 사실이 확인되지 않는 점, 이 건 건축물 공사를 준공하는 과정에서 법령상의 장애사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적 장애사유가 달리 나타나지 않고 있는 점 등에 비추어, 이 건 건축물 신축을 위해 진지한 노력을 다하였다는 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것임. ② 기업부설연구소 감면요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어, 청구주장을 인정하기는 어렵다(조심 2021지5733, 2022.7.14., 같은 뜻임) 할 것임.

① 착공 당시부터 이미 유예기간(3년)을 경과할 것으로 예상됨에도 불구하고 작업공정을 단축하기 위한 특별한 노력을 다하였다는 사실이 확인되지 않는 점, 이 건 건축물 공사를 준공하는 과정에서 법령상의 장애사유나 처분청의 귀책사유 등의 외부적 장애사유가 달리 나타나지 않고 있는 점 등에 비추어, 이 건 건축물 신축을 위해 진지한 노력을 다하였다는 청구주장을 인정하기는 어렵다 할 것임. ② 기업부설연구소 감면요건을 충족하지 못한 점 등에 비추어, 청구주장을 인정하기는 어렵다(조심 2021지5733, 2022.7.14., 같은 뜻임) 할 것임.

청구법인과 쟁점폐업법인이 같은 종류의 사업을 영위한 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 청구법인이 「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제3호에 따른 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우에 해당하는 것으로 보아 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다(조심 2022지1044, 2023.9.5., 같은 뜻임)고 판단됨.

개정감면규정에 따라 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 축소된 이후인 2016.5.2. 기업부설연구소인 쟁점연구소를 취득하였다 하더라도 신뢰보호와 쟁점경과규정의 일반적 경과조치에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다 할 것임

기업부설연구소에 대한 취득세 감면규정은 「지방세법」에서 「지방세특례제한법」으로 법률 명칭만 변경되었을 뿐 그 내용은 30년 이상 동일하게 유지되어 온 점, 2014.12.31.「지방세특례제한법」제46조가 개정되면서 기업부설연구소 취득자에게 불리하게 개정되었고 2013.5.31. 착공하여 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에 해당하는 것으로 보여 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

청구인은 2019.4.18. 쟁점건물을 취득하고 2020.1.30. 기업부설연구소 면적을 28.8㎡로 하여 기업부설연구소 변경신고를 하였으나, 청구인은 쟁점면적을 취득한 직후부터 사실상 기업부설연구소로 사용해왔고, 한국산업기술진흥협회는 2021.7.6. 기존에 착오로 잘못 기재된 기업부설연구소 면적을 바로잡아 쟁점면적을 기업부설연구소로 인정한 사실이 확인되어 쟁점면적은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로서 취득세 등의 감면대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점면적에 대한 감면세액을 부인하여 청구인에게 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

청구법인이 개정감면규정에 따라 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2016.5.2. 기업부설연구소용인 쟁점연구소를 취득하였다 하더라도 쟁점경과규정의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다(조심 2018지389, 2018.10.31. 외 다수, 같은 뜻임)할 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.

청구법인은 2016.12.5. 쟁점토지를 취득한 후 약 2년 4개월을 경과한 2019.4.15.에서야 쟁점연구소를 기업부설연구소로 인정받았으므로 쟁점토지에 대해서는 감면요건을 충족하지 못한 것으로 판단됨.

「지방세특례제한법」이 개정되어 기업부설연구소용 부동산에 대한 취득세 감면율이 75%로 축소된 이후인 2015.6.15. 기업부설연구소용인 쟁점건축물을 취득하였다 하더라도 개정법률 부칙 제14조의 일반적 경과조치 및 신뢰보호원칙에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라고 판단됨.

청구법인이 자기계정으로 구입한 원재료를 계약사업체에 제공한다고 보기 어려워 이 건 본점 면적 및 이 건 임대면적에 대한 취득세 및 재산세 감면대상이 되는 제조업에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단되고, 다만, 이 건 지식산업센터 중 임대 예정인 공실면적(이 건 지식산업센터 2층 201〜205호는 이 건 처분 당시 공실인 상황에서는 「지방세특례제한법」제58조의2에 따른 지식산업센터 감면대상에 해당하는 것으로 판단됨.

이 사건 증축 부분은 비록 구조상․이용상 독립성을 갖추고 있더라도 원고들이 이를 독립한 구분소유권의 객체로 삼으려는 의사가 있었다고 보기 어려우므로 ◯◯과 △△이 이 사건 증축 부분의 특정 부분에 관하여 구분소유권을 취득하는 것은 아님.

청구법인이 쟁점기업부설연구소 건축공사를 완료하고 사용승인을 받은 당시에는 2019.12.31.까지 취득세 등을 35% 감면하는 것으로 계속하여 그 감면범위를 축소하는 것으로 개정되어 온 점 등에 비추어 청구법인의 종전규정에 대한 신뢰가 보호할 정도에 이르렀다고 보기 어려우므로 이러한 경우에까지 이 건 일반적 경과조치에 따라 종전규정의 감면을 적용하기는 어렵다 할 것임

① 청구법인은 2017.11.23. 설립하면서 같은 날 청구법인의 대표이사 000 외 1명으로부터 개인사업자의 사업에 관한 일체의 권리와 의무에 관한 포괄양수도하는 내용의 계약을 체결하여 개인사업체를 승계한 사실이 확인되는바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨. ② 기업부설연구소로 인증된 면적 141.08㎡ 외 달리 기업부설연구소의 공용면적을 특정하기 어려우며, 그 외 청구법인이 제출한 자료만으로는 기업부설연구소 변경신고 처리결과 통보 공문에 기재된 141.08㎡가 기업부설연구소의 공용면적을 제외한 전용면적인지 여부가 명확하게 확인되지 아니하므로 이 건 경정청구 거부처분 중 쟁점부동산 4층 일부 및 그 부속토지에 관한 부분은 잘못이 있다고 판단됨.

처분청의 2018년 8월 현장출장 기록에 따르면 처분청 역시 이 건 부동산이 연구시설로 적정하게 활용되고 있다고 판단한 것으로 나타나고, 동 보고서상으로도 기업부설 연구소 인정일을 2017.4.10.로 명기하고 있는바, 이는 처분청이 이 건 부동산의 연구소 사용 시작시점을 2017.4.10.로 인정하였다고 해석하는 것이 합리적인 점 등에 비추어, 청구법인은 이 건 부동산을 취득일부터 1년 이내에 실제 기업부설연구소로 사용한 것으로 보이는바, 처분청이 관련 취득세 등을 추징한 이 건 처분은 위법하다고 판단됨.

지방세특례제한법령에서 해당 부동산을 취득한 후 2년 이내에 인적․물적설비를 갖추어 미래창조과학부장관으로부터 인정받은 기업부설연구소만을 취득세 감면대상으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 취득세 감면요건을 충족하지 못하였으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

∘쟁점1면적은 탕비실, 방송제어실, 운영팀 사무실, 화장실, 계단실, 복도, 사무실 벽체 등으로, 이는 쟁점건축물의 공용공간이지 기업부설연구소가 연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 공간으로 보기 어려움 ∘쟁점2면적은 쟁점건축물 내에 기업부설연구소용 공간을 구분하기 위해 설치한 보안문안의 복도, 계단실, 벽체 등으로, 기업부설연구소가 배타적으로 사용하는 공간이지만 그 사용현황이 공용공간인 것으로 확인되어 이를 연구소 전용면적으로 보기는 어려운바, 이를 전체 공용면적 안분시 연구소 전용면적에서 제외하여 연구소용 공용면적을 산출한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

처분청 담당공무원이 행하는 상담이나 답변은 안내 수준의 행정서비스를 제공하는 행위에 해당하여 이를 과세관청의 공적인 견해표명으로 보기는 어렵다 할 것인 점 등에 비추어 볼 때 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 후 감면유예기간(1년) 이내에 기업부설연구소로 인정받지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과처분하면서 쟁점가산세를 포함한 것에는 달리 잘못이 없다고 판단됨

청구법인은 이 건 건축물을 본점사업장으로 등록하고, 이 건 건축물 이외에 별도의 본점 사업용 부동산이 존재하지 않는 점, 쟁점건축물은 연구개발 활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간이 아니라 연구원과 연구원이 아닌 자가 공동으로 사용중인 사실이 처분청의 출장복명서, 청구법인이 제출한 직원현황 등에 의하여 확인되는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 부동산을 취득하였더라도 정당한 사유없이 기업부설연구소를 설치하지 못한 경우에는 취득세 등의 면제대상에서 제외되어 과세되는 것이 타당함

①지방세특례제한법 기본통칙 46-1에서 ‘연구소를 설치한 날’은 교육과학기술부장관으로부터 인정받은 날로 정의하고 있으므로 이 건 기업부설연구소인정일은 2014.7.25.로 볼 수 있는 점, 예금계좌 거래내역 등에 의하면 이 건 부동산 보증금(OOO원)은 2018.7.9., 월 임대료는 2018.8.16. 각각 입출금되었는바, 청구법인은 2018.7.9. 이 건 부동산을 임대하였으므로 이 건 기업부설연구소 설치일부터 4년 이내에 다른 용도로 사용한 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.② 이 건 부동산을 다른 용도에 사용한 것은 청구법인의 경영의사결정에 따른 것으로 보이므로 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

청구법인이 이 건과 동일한 쟁점으로 제기한 재산세 심판청구에서 우리 원(조심 2018지2027, 2019.2.12.)은 청구법인은 △△△ ***번지 토지가 건축 중인 건축물의 부속토지로 보기 어렵고, 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없다 할 것이므로 해당 심판청구를 기각하였고, 그 재산세의 후행 세목인 종합부동산세의 부과처분의 당부를 다투는 이 건에서 선행 심판결정과 다른 사정이 나타나지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

쟁점①쟁점연구소 입․출입 현황에 따르면 대부분 쟁점연구소 소속 직원만이 이용하는 것으로 확인이 되는 점 등에 비추어, 쟁점연구소용 부동산은 관련 법령에 따라 기업의 연구활동만을 전담하는 장소로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점연구소용 부동산에 대하여 중과세율 적용을 배제해달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.쟁점②폐수배출시설 설치 허가증을 보면, 쟁점면적 중 지하 5․6층 폐수처리시설 부분은 쟁점연구소에서 배출되는 폐수만을 처리하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점면적도 기업부설연구소의 부속시설 및 공용면적으로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구 중 쟁점면적에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단쟁점③청구법인은 이 건 건축물의 부속토지 일부인 쟁점토지를 무상으로 취득(법인합병) 하였으므로 취득세 과세표준은 시가표준액이 되어야 한다고 주장하나 쟁점토지를 합병으로 인하여 취득했는지 여부가 명확하지 아니하고 청구법인은 쟁점토지의 취득가격을 OOO원으로 신고한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 건축물 부속토지의 일부인 쟁점①토지를 취득한 후 5년을 경과하여 본점 사업용으로 사용하였으므로 중과세율 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인은 2011.11.3. 등에 쟁점①토지를 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2016.4.18. 그 지상에 이 건 건축물을 신축하여 일부를 본점으로 사용한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.

쟁점①쟁점연구소 입․출입 현황에 따르면 대부분 쟁점연구소 소속 직원만이 이용하는 것으로 확인이 되는 점 등에 비추어, 쟁점연구소용 부동산은 관련 법령에 따라 기업의 연구활동만을 전담하는 장소로서 법인의 주된 의사결정을 하는 장소 등을 의미하는 본점 사업용 부동산에 해당하는 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 쟁점연구소용 부동산에 대하여 중과세율 적용을 배제해달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.쟁점②폐수배출시설 설치 허가증을 보면, 쟁점면적 중 지하 5․6층 폐수처리시설 부분은 쟁점연구소에서 배출되는 폐수만을 처리하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점면적도 기업부설연구소의 부속시설 및 공용면적으로 보이므로 처분청이 이 건 경정청구 중 쟁점면적에 대한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단쟁점③청구법인은 이 건 건축물의 부속토지 일부인 쟁점토지를 무상으로 취득(법인합병) 하였으므로 취득세 과세표준은 시가표준액이 되어야 한다고 주장하나 쟁점토지를 합병으로 인하여 취득했는지 여부가 명확하지 아니하고 청구법인은 쟁점토지의 취득가격을 OOO원으로 신고한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.쟁점④에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 건축물 부속토지의 일부인 쟁점①토지를 취득한 후 5년을 경과하여 본점 사업용으로 사용하였으므로 중과세율 적용대상이 아니라고 주장하나, 청구법인은 2011.11.3. 등에 쟁점①토지를 취득한 후 그로부터 5년 이내인 2016.4.18. 그 지상에 이 건 건축물을 신축하여 일부를 본점으로 사용한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨.

구 지방세법 제282조의 문언 내용과 취지 등을 고려하면 위 조항이 연구 분야를 구분하여 특정 연구 분야에 대해서만 취득세 및 등록세 면제의 혜택을 주려는 취지는 아닌 것으로 보이고, 나아가 원고가 ☆☆캠퍼스 18, 19층을 당초에 인정받은 명칭 및 내용의 기업부설연구소가 아닌 다른 명칭 및 내용의 기업부설연구소 용도로 사용한 것은 당해 연구소의 연구 분야 등이 변경된 것에 불과하므로 이를 두고 기업부설연구소용이 아닌 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

청구인은 이 사건 부동산 취득 당시 ★사업장이 실질 적인 본점 역할을 하지 않았으므로 본점 사업용에 해당하는 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 한다고 주장하나 구 「지방세법」제16조 제1항 제1호에 따 르면 부동산을 취득한 후 5년 이내에 본점 사업용 부동산에 해당되면 중과세율을 적용하도록 되어 있는바 이 사건 부동산은 취득 후 5년이 경과되지 않은 2016년 3월에 본사 기능이 ■사옥에서 ★사업장으로 이전된 점 등을 종합하여 볼 때 이 사건 부동산은 본점 사업용 부동산에 해당하므로 이 사건 부동산에 취득세 일반과세율이 적용되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

청구인은 이 건 건축물의 시가표준액이 거래가액(분양가액)을 무시한 현저히 불합리한 방법으로 산정되어 부당하다고 주장하나, 지방세법령에 따른 건축물의 평가방식은 합리적인 평가요소를 가지고 객관적으로 가치를 반영할 수 있도록 정하고 있고, 처분청은 이러한 규정에 따라 이 건 재산세 등을 산출했다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

청구인은 이 건 건축물의 시가표준액이 거래가액(분양가액)을 무시한 현저히 불합리한 방법으로 산정되어 부당하다고 주장하나, 지방세법령에 따른 건축물의 평가방식은 합리적인 평가요소를 가지고 객관적으로 가치를 반영할 수 있도록 정하고 있고, 처분청은 이러한 규정에 따라 이 건 재산세 등을 산출했다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

청구법인이 주장하는 부동산 경기침체, 일부 출자법인의 투자 지연, 수익용 부동산의 분양률 저조 등의 외부적 사정으로 토지매매계약 당시의 조건이 이행되지 않아 기업부설연구소용에 직접 사용하지 못하고 인천경제자유구역청장이 환매하였다는 사유 등은 청구법인의 내부적 사정에 불과하여 취득세 등 추징이 배제되는 정당한 사유에도 해당하지 아니한다 할 것임. 따라서 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 기업부설연구소용에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다고 보아 취득세 등 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득한 부동산 등에 대하여 취득세 등이 감면되는 것은 감면의 사후적 요건을 명시하고 있는「조세특례제한법 시행령」제116조의2 제1항에 따라 "고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설(사업장)을 설치 또는 운영하는 경우"에 한하여 감면이 적용되는 것으로서, 이 건 토지를 취득한 후 신고한 사업을 영위하기 위한 사업장을 설치하지도 아니한 채 이를 나대지 상태로 매각한 경우까지 신고한 사업에 사용한 경우라 볼 수는 없다 할 것이므로, 청구법인이 고도의 기술을 수반하는 사업을 영위하기 위하여 공장시설을 설치 또는 운영하는 경우에 해당하지 아니하여 취득세 등 면제대상에 해당하지 아니한다고 보아 취득세 등을 부과한 처분청의 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. 다만,「지방세법」제15조 제1항 제1호에서 "환매등기를 병행하는 부동산의 매매로서 환매기간 내에 매도자가 환매한 경우의 그 매도자와 매수자의 취득"에 대하여 특례세율을 적용하도록 규정하고 있고, 청구법인은 환매등기를 병행하여 이 건 토지를 취득한 후 환매기간 내에 이를 매도자에게 환매하였는바, 이 건 토지의 취득에 대하여 위 환매특례세율을 적용하여 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨.

청구법인은 처분청에 이 사건 부동산을 임대 및 업무시설로 사용할 것이라는 내용의 사용계획서를 제출한 사실이 있으나, 이는 이 사건 부동산의 사용목적을 구체적으로 정하지 않은 상태에서 잠정적으로 작성한 계획서에 불과해 보임. 이처럼 취득자가 취득 부동산의 일부에 대해서 취득목적을 구체적으로 정하지 않은 상태였다면, 취득 직후의 사용현황에 따라 취득목적을 판단해야 할 것임. 청구법인은 취득 직후부터 이 사건 부동산 중 일부에 대해서 기업부설연구소로 사용할 것을 전제로 리모델링 공사를 시작했고, 취득일로부터 약 7개월 후에 기업부설연구소로 인증받은 사실이 확인되므로 청구법인은 이 사건 부동산을 기업부설연구소에 직접 사용하기 위해서 취득했다고 보는 것이 타당함.

① 청구법인은 쟁점토지의 취득일을 토지사용승낙일로 보아야 한다고 주장하나,「지방세법 시행령」제20조 제2항 제1호에서 유상승계 취득의 경우 사실상의 잔금지급일을 취득일로 보도록 규정하고 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려움. ② 청구법인은 이 건 취득세 등의 부과처분은 신의성실의 원칙 등에 위배된다고 주장하나, 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시「지방세법 시행령」이 개정되어 쟁점토지를 취득한 후 2년 이내에 기업부설연구소로 인정받아야 취득세 등의 감면요건을 충족한다는 사실을 이미 알고 있었다고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

청구법인은 2015.10.1. 기준으로「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제18조 제2항 각 호의 요건을 모두 충족하는 것으로 나타나고, 이 날 이후 쟁점부동산을 벤처기업집적시설용 외의 용도로 사용한 사실은 나타나지 아니하므로 위 규정에 따른 추징사유가 발생했다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산이「지방세특례제한법」제58조 제1항에 따른 취득세 등의 감면요건을 충족한 것으로 보이고, 같은 조 단서에 따른 추징대상이 된 것으로 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

당초 취득 부동산에 대하여 기업부설연구소 감면으로 취득세 등을 감면받은 후, 일부 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적에 대해서 취득 당시부터 존재하였던 지식산업센터 감면요건을 충족하고 있다면, 지식산업센터 감면규정을 배제할 수는 없다

독립된 연구소, 연구단지, 연구개발부서 등 다양한 규모와 형태의 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서를 본점 사무소의 부대시설로 보기는 어려우므로 처분청이 기업부설연구소인 쟁점연구소를 본점 사업용 부동산으로 보아 취득세 등 경정을 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

① 쟁점토지의 매매대금은 계약체결일인 0000.00.00.부터 거래종결일까지 대금을 2년 이상에 걸쳐 지급하기로 약정한 연부계약 형식인 사실이 확인되고, 실제로도 0000.00.00.부터 0000.00.00.ᄁᆞ지 2년 이상에 걸쳐 대금을 지급하였으므로, 쟁점토지의 취득은 연부취득에 해당함② 취득세의 중과나 감면과 같은 특례규정은 그 취득세 납세의무가 성립하는 때를 기준으로 판단하여야 함

청구법인의 쟁점부동산에 대한 취득세 납세의무는 사실상의 잔금지급일인 2022.10.12.이고 이는 개정 「지방세특례제한법」이 시행되는 2022.1.1. 이후이므로 개정 「지방세특례제한법」의 부칙 제4조에 따르면 쟁점임대주택의 취득에 대하여는 개정 「지방세특례제한법」 이 적용됨.

① 쟁점2토지(D19BL)상에 신축된 기존 건축물과 현재 건축물이 신축 중인 쟁점1토지(D16BL)는 사회 통념상 하나의 경계구역(1구)으로 볼 만한 사정이 없어 청구주장을 인용하기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. ② 청구법인은 쟁점1토지를 유예기간 내에 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 유예기간을 경과한 것으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. ③ 종합토지세가 신설된 1989년부터 현재까지 약 30년간 재산세 경감비율을 먼저 과세표준 합산에서 제외하고 나머지 부분에 대하여 그 현황 등에 따라 종합합산과세대상ㆍ별도합산과세대상ㆍ분리과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점1토지(D16BL)를 그 현황에 따라 별도합산과세대상 또는 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

○ 인력만 제공하는 경우라도 공장이 가동되는 경우는 입주자가 공장용 건축물을 직접사용하거나 중소기업자가 임대사용하는 경우의 둘 중에 하나로 보아야 할 것으로 임대차계약, 인력제공 방법 등을 종합적으로 검토하여 직접사용 또는 임대로 판단할 사항임 ○ 공장용 건축물을 임차한 중소기업자가 임차 후 매출액 증가 등 규모의 확대 등으로 중소기업자에 해당하지 아니하게 된 경우라도 그 사유발생 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 봄이 타당함

지방세특례제도과-627(2021.3.12.) <질의내용>

• (질의1) 해당 법령과 매립허가관청의 준공인가필증을 검토해볼 때 공유수면 매립공사의 준공인가로 취득한 토지의 취득일과 산업단지에 대한 조성완료로 인한 준공인가를 받은 날이 동일하므로 쟁점 토지는 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 토지에 해당 • (질의2) 납세의무자가 조성공사를 완료한 이후 산업용 건축물 등을 신축하지 않았다 할지라도 산업단지 조성이라는 목적을 달성하였으므로 감면받은 취득세를 추징할 근거가 없음

에 해당되는지는 해당 과세관청에서 구체적인 사실관계를 확인하여 판단하여야 할 것입니다. 끝. 지방세특례제도과-1481(2019.12.02.)

신탁계약에 따라 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면, 수탁자는 해당 부동산의 소유권을 완전히 취득한 것이 되고, 위탁자는 해당 부동산의 소유자로서 지위를 상실하게 되어 해당 부동산을 목적사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없는 것으로 판단되며, 신탁 후 해당 부동산을 기업부설연구소로 계속 사용한다 하더라도 달리 볼 것은 아니라 할 것입니다(같은 취지 2017.10.16. 조심2017지0263 사례 참조).

법인이 토지를 취득한 날로부터 2년이 경과한 시점에 해당 토지 지상에 기업부설연구소로 사용할 목적의 건축물을 신축하여 사용승인을 받은 후 기업부설연구소 로 인정 받을 경우 기업부설연구소의 부속토지에 대해서는 지방세특례제한법 시행령 제23조 제1항(대통령령 제27648호로 개정된 것)에 따른 취득세 감면요건이 충족되지 않아 취득세 감면대상에 해당되지 않는 것으로 판단됨.

쟁점연구소가 청구법인의 중요한 의사결정을 하는 장소로서「지방세법」제13조 제1항에서 규정하고 있는 본점에 해당한다고 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 이와 다른 측면에서 쟁점연구소를 청구법인의 본점용 부동산으로 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨.

① 청구법인의 재원 조달 어려움이나 인력 투입의 어려움 역시 청구법인 내부적인 사정에 불과한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 못한 것에 행정관청의 귀책사유 등 외부적 사유가 있다고 보기 어려움. ② 청구법인이 당초 산업용 건축물로 사용하기 위하여 취득한 쟁점토지에 대하여 취득세를 감면받고 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못하였다면 당해 시점에서 추징사유가 발생하였다고 할 것이고, 이에 대하여 청구법인이 스스로 신고·납부의무를 해태함에 따라 처분청이 감면한 취득세를 추징하면서 가산세를 포함하여 부과한 처분은 달리 잘못이 있다고 보기 어려움.

청구법인이 이 건 건축물 외부에 증축 건축물을 축조한 후 별도로 취득신고를 하였으며 청구법인과 매도법인이 당초 이 건 부동산의 매매금액에서 쟁점금액을 정산하기로 협의한 점 등에 비추어 당초 매매대금에 포함되어 있던 증축 예정 건축물에 대한 공사비에 해당하는 쟁점금액은 이 건 부동산의 취득가액에서 제외하는 것이 타당하다 할 것임.

기업부설연구소용으로 하여 취득한 ①부동산에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 취득일로부터 1년이내에 기업부설연구소로 인정받아야 하고, - 부동산 중 증축분 ②건축물의 부속토지(감면대상 안분면적이 증가 될 경우)에 대한 취득세를 감면받기 위해서는 ①부동산 취득일로부터 2년이내에 증축분 ②건축물도 기업부설연구소로 인정을 받아야 할 것이며, - 부동산에 대한 취득세를 추징한다고 하더라도 증축분 ②건축물 취득일로부터 1년이내에 기업부설연구소로 인정을 받은 경우 증축분 ②건축물에 대한 취득세는 감면대상이 되는 것임

청구법인은 이 건 토지를 취득한 것이「지방세특례제한법」제57조의2 제3항 제3호에 다른 취득세 감면대상이라고 주장하나, 청구법인은 설립 당시에 이 건 토지를 포함한 토지만을 현물출자받았을 뿐 이 건 토지에 설정된 광업권을 받지 않은 점, ooo㈜이 이 건 토지 등을 3년 이상 계속하여 사업에 직접 사용한 이후에 청구법인에게 현물출자한 것인지 확인되지 않는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

“○○○○○교육원”이 ○○○○○대학교 부속 고용노동연수원에서 수행하던 사업과 이와 관련된 재산‧권리‧의무를 모두 승계한다 하더라도 이는「법인세법」제46조제2항 각 호의 요건을 갖춘 적격분할에 해당하지 않고, 「○○○○○교육원법」에 따라 설립된 “○○○○○교육원”이 ○○○○○대학교로부터 취득한 이 건 부동산은 출연행위인 증여로서 취득한 것에 해당하므로 「지방세특례제한법」제57조의2제3항에서 규정하는 기업분할 등에 대한 취득세 경감대상에 해당하지 않는다 판단됨