지방세특례제한법 제45조 참고 해석사례

그 고유업무에 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 등이 면제된다는 피고와 내무부장관 등의 공적인 견해표명을 신뢰하여 1997년 무렵부터 이 사건 부동산을 취득하여 사용해 왔고, 원고가 위 견해표명을 신뢰한 데에 어떠한 귀책사유가 있다고 볼 수도 없다. 관련 법령의 연혁 및 내용과 함께, 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 신의성실의 원칙 등에 관한 법리를 오해하는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

처분청이 청구법인은 쟁점부동산 취득 후 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하였다고 보아 취득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

① 이 영 시행 당시인 2018.1.1.을 기준으로 그 이전에 성립한 지방세에 대하여 종전의 규정을 적용한다는 의미라 할 것인데, 이 사건에서 문제되는 재산세의 경우 매년 과세기준일(6.1.)에 성립하는 지방세로써 청구법인이 취소를 구하고 있는 재산세의 경우 2018.6.1., 2019.6.1. 성립한다 할 것이므로, 이 사건에는 위 부칙 규정이 적용될 여지가 없다 할 것임. ② 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다 할 것임

청구법인은 쟁점부동산을 제3자에게 임대하여 임차인의 사업장으로 사용되고 있고 이에 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 점, 청구법인이 쟁점부동산을 취득하고 유예기간(1년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

① 청구법인은 이 건 재산세 부과처분에 대한 직접적이고 구체적인 이익을 가지고 있다고 볼 수 없어서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자에 해당한다고 볼 수 없다 하겠음. ②위탁자인 청구법인이 채무 등을 담보하기 위하여 이 건 토지 및 이 건 건축물을 「신탁법」에 따른 신탁등기를 통하여 수탁자인 신탁회사에게 각 이전하고 그 후에도 계속하여 위탁자인 청구법인이 쟁점부동산을 고유업무에 직접 사용하고 있는 경우에 해당하는 점 등에 비추어 청구법인의 신탁행위를 청구법인이 타인에게 쟁점부동산을 유상으로 매각하거나 무상으로 증여한 것으로 보기는 어려워서 추징 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 하겠음.

청구법인과 쟁점해산법인이 대표자 및 목적사업 등이 유사하다 하더라도 청구법인과 쟁점해산법인은 각각 별개의 권리 의무 주체라 할 것이므로 쟁점해산법인의 쟁점부동산 취득일(2003.7.22.)을 청구법인의 취득일로 인정할 수는 없는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

중과제외업종에 직접 사용할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하여 유예기간 1년 내에 임대사업자 등록을 하고 주택임대사업에 직접 사용했으므로 이 사건 부동산 취득은 중과제외 대상에 해당한다.

청구법인이 이 건 부동산에서 퇴거한 이유가 처분청의 사용금지 명령에 따른 것이라 하더라도 청구법인이 이 건 과세기간 동안 이 건 부동산을 학술연구사업에 직접 사용하지 않았다는 사실은 다툼이 없다고 보이는 이상 처분청이 청구법인에게 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨

2020.1.15. 「지방세특례제한법」제45조를 개정하면서 재산세의 범위에 포함시켰던 괄호 규정(도시지역분 재산세)을 삭제하였던바, 당시 개정취지를 보면, 재산세 본세에 대한 감면은 기존과 같이 유지하되, 도시지역분 재산세는 감면을 종료하는 것으로 변경하면서 2020.1.15. 이후 납세의무 성립분부터 적용하도록 하고 있으므로, 개정취지상 2020년분 재산세 과세시 도시지역분 재산세에 대한 감면은 종료하는 것으로 해석함이 타당해 보임

“학술연구사업”이란 학문의 이론과 방법을 탐구하여 생산ㆍ발전된 지식을 발표하고 전달하는 것을 주된 목적하는 사업을 말하는 것으로 분묘 외에 아무런 시설이 없는 이 건 토지를 학술단체가 학술연구사업에 직접 사용하고 있는 부동산에 해당된다고 볼 수는 없음

쟁점1부동산의 경우 종전 임대차계약이 종료된 후에도 그 임차인이 계속하여 치과의원으로 사용하고 있고, 쟁점2부동산은 사실상 방치하고 있다고 보이는 점 등에 비추어 정당한 사유없이 고유목적에 직접사용하지 아니한 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없음

청구법인은 1978.4.19. 정부(구 건설부장관)로부터 허가를 받아 설립된 점, 국토교통부장관은 2020.2.20. 청구법인이 건설기술 인력의 기술능력 향상에 기여하고 있는 과학기술진흥단체에 해당한다고 회신한 점 등에 비추어, 이 건 부동산은 과학기술진흥단체인 청구법인이 고유 업무에 직접 사용하는 부동산으로서 재산세 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 재산세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨

청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간에 임박하여 이 건 토지상에 건축공사를 착공하여 건축하였으나, 쟁점토지상에는 유예기간 내에 해당 목적으로 사용하기 위한 어떠한 행위를 한 것인지 객관적으로 확인되지 아니한 점, 사업예산의 확보 문제는 청구법인의 경영에 대한 내부적인 사유로 보이는 점 등에 비추어 청구법이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단됨.

① 청구법인은 1978.10.6.「공익법인의 설립 운영에 관한 법률」제4조에 따라 설립된 공익법인으로 설립 당시부터 현재까지 계속하여 장학사업을 해 온 사실은 다툼이 없다고 보이는 점, 청구법인 목적사업 중 학술연구비 및 장학금 지급이 정관의 가장 앞에 기재된 것으로 보아 장학사업은 청구법인의 주된 사업 중 하나에 해당된다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 장학사업과 별도로 문예진흥사업 및 학술사업을 영위하고 있다 하더라도 청구법인은「지방세특례제한법」제45조 제2항에서 규정한 장학법인에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단됨. ② 청구법인은「공익법인의 설립 운영에 관한 법률」에 따라 설립된 공익법인으로「지방세특례제한법」제45조 제2항에서 규정한 장학법인에 해당된다고 보이는 점, 같은 항에서 장학법인이 장학금을 지급할 목적으로 과세기준일 현재 임대용으로 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 80을 경감한다고 규정하고 있을 뿐 그 수입의 구조나 장학금의 지급비율 등에 대하여는 별도로 규정하지 않고 있고, 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하므로 장학법인이 부동산의 임대수입으로 장학금을 지급한 경우 그 지급비율의 높고 낮음에 따라 재산세 감면 여부를 달리 판단하거나 그 지급비율을 한도로 재산세를 감면하여야 하는 것은 아니라고 보아야 하는 점 등에 비추어 쟁점토지는 장학법인인 청구법인이 2018년도 재산세 과세기준일 현재 장학금을 지급할 목적으로 임대하고 있는 부동산에 해당된다고 보는 것이 합리적이라 할 것이므로 쟁점토지에 대한 재산세는「지방세특례제한법」제45조 제2항에 따라 산출세액의 100분의 80을 감면하는 것이 타당하다고 판단됨.

청구법인은 쟁점부동산을 임대하기 전에 일시적으로 운영한 것을 지점설치로 볼 수 없다고 주장하나, 청구법인은 쟁점부동산을 취득한 후 수리하여 지점사업장으로 사업자등록하고 약 1년 2개월 가량 숙박업을 영위한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움.

장학단체란 그 규정의 취지에 비추어 ‘학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급·지원하거나, 금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 장학사업을 주된 목적으로 하는 단체를 의미하고, 장학사업이 그 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘장학단체’에 해당한다고 볼 수 없다. 어느 단체가 장학단체에 해당하는지 여부는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

[1] 구 지방세특례제한법(2015. 12. 29. 법률 제13637호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항 및 구 지방세특례제한법 시행령(2014. 11. 19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1호(이하 각 조항을 합하여 ‘면제조항’이라 한다)는 ‘정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 따라 설립되거나 그 적용을 받는 장학단체가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다’고 규정하고 있다. 면제조항에서 정한 ‘장학단체’란 규정의 취지에 비추어 ‘학자금·장학금 기타 명칭에 관계없이 학생 등의 장학을 목적으로 금전을 지급·지원하거나, 금전에 갈음한 물건·용역 또는 시설을 설치·운영 또는 제공하거나 지원하는 장학사업을 주된 목적으로 하는 단체’를 의미하고, 장학사업이 부대사업의 하나에 불과한 단체는 위 조항에서 정한 ‘장학단체’에 해당한다고 볼 수 없다. 어느 단체가 ‘장학단체’에 해당하는지는 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다.

청구법인은 공익을 목적으로 하는 단체라기보다는 종중에 더 가깝다 할 것이므로 처분청이 쟁점1토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과한 처분에는 잘못이 없다고 판단되고, 청구법인이 재실의 부속토지인 쟁점2토지를 제사 등이 용도에 직접 사용한다하더라도 종교단체 또는 향교에 해당되지 않는 청구법인이 소유하는 쟁점2토지는 재산세 면제 대상이 아니라 할 것이므로 처분청이 이에 대한 재산세를 부과한 처분도 달리 잘못이 없다고 판단됨

청구법인의 정관 등에 목적사업, 사업실적으로 볼 때 청구법인은 학술연구단체나 장학단체에 해당된다고 보기 어렵고, 처분청이 관련 법령 등을 착오하여 재산세 등을 부과하지 않은 점 등에 비추어 이 건 재산세 등의 부과처분이 신의성실의 원칙 또는 비과세 관행에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨

관할 구청장이 쟁점부동산을 재산세 비과세 및 면제 대상으로 본 것이 잘못된 사실을 확인하여 재산세를 과세하였으므로 쟁점부동산에 대한 재산세가 취소되지 않은 이상 처분청이 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다.

청구인은 쟁점미술관을 취득하고 1년이 경과할 때까지「박물관 및 미술관 진흥법」에 따라 등록하지 않았고, 그러한 데에 정당한 사유가 있었다고 인정하기도 어려우므로 처분청에서 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

① 청구인은 처분청으로부터 재산세 등의 이의신청결정서를 통지받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 하지 않았으므로 재산세 등의 심판청구는 청구기간을 넘은 부적법한 것에 해당하다. ② 청구법인이 추진하는 사업의 특수성은 내부적인 사업추진 방향에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인이 추진하는 사업이 공익성이 있다 하더라도 쟁점토지의 취득일로부터 1년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 정당한 사유로 인정하기는 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점토지에 대하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

청구법인은 법인통장과 임대료수입통장을 따로 관리하면서 임대료수입통장에서 장학금이 지출되고 있고, 쟁점건축물의 건물관리비, 보험료, 제세공과금 등은 법인통장에서 운영비 명목으로 지출되고 있는 점 등에 비추어 쟁점건축물은 장학금을 지급할 목적으로 운영되는 임대용 부동산에 해당하는데도 처분청이 이러한 사정을 인정하지 아니하고 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

종합부동산세법 제6조 제1항에서 지방세특례제한법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정은 종합부동산세를 과세함에 있어서 이를 준용하는 것으로 규정하고 있고, AA구청장이 쟁점부동산을 재산세 비과세 및 면제 대상으로 본 것이 잘못된 사실을 확인하여 재산세를 과세하였으므로 쟁점부동산에 대하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 잘못 없다.

학술연구단체가 고유 업무에 직접 사용한다 함은 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체가 단체의 명칭 여하에 불문하고 설립근거인 법령, 정관의 목적사업, 주된 수행업무 등 실질적인 활동내역, 예산집행상황 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것으로, 이 건 부동산은 학술연구 보다 주거생활에 적합한 구조로 이사장과 그 가족이 다른 주된 주거지가 없이 이 건 부동산을 사실상 주거용으로 사용하고 있는 것으로 보아 청구법인이 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하여 기 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다.

청구법인이 쟁점토지를 (재)○○○○○○○에게 임대한 것은 교육사업 자체에 직접 사용한 것이 아니라 부수적으로 사용한 것에 불과하고, (재)○○○○○○○의 경우 관련 법령에 따라 인가받은 과학기술진흥단체에 해당하지 아니하므로 쟁점토지를 과학기술진흥단체가 그 고유 업무에 직접 사용하는 부동산으로 보기도 어려우므로 쟁점토지에 대하여 재산세를 면제하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

청구법인은 연구 지원사업 및 공익사업 등을 목적사업으로 하고 있고, 이러한 사업은 연구활동 등을 간접적으로 지원하는 활동으로 감면대상 고유 업무인 학술 연구 및 발표로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청에서 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다.

① 지방자치단체에서 출자하여 설립한 ??장학재단이 기부금품을 모집할 수 없는 단체에 해당함에 따라 청구법인을 주체로 하여 쟁점장학숙의 건립사업이 진행되었고, 청구법인은 2015년도에 와서야 비로소 장학사업을 목적사업에 추가하였으며, 2016년 7월 이후에는 ??장학재단에 쟁점장학숙을 기부채납하기로 예정되어 있는 등 청구법인은 장학사업을 주된 사업으로 영위하는 법인에 해당한다고 보기 어렵고, ② 처분청에서는 쟁점장학숙에 대하여 취득세 면제대상에 해당한다는 취지의 견해를 표명한 사실이 없는 이상, 청구법인이 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 기 면제한 취득세 등을 부과한 처분이 신의성실의 원칙에 위배되었다고 보기 어렵다.

“직접 사용”이란 부동산의 소유자가 해당 부동산을 고유업무 등에 사용하는 것을 의미하는바, 청구법인의 경우, 쟁점부동산을 로봇산업 관련 기업 등에 임대하였다 하더라도 청구법인이 직접 사용하는 것으로 보기 어렵고, 이 건 산업단지의 경우, 2013.12.30. 재상사업지구로 지정ㆍ고시되었으나, 구체적인 재생시행계획 등이 고시되지 아니하여 산업단지로 조성되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 쟁점부동산은 산업단지에서 취득하는 부동산에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

청구법인이 장학금 지급을 목적으로 이 건 부동산을 매각한 사실은 인정되나, 취득세 감면대상이 되는 임대용 부동산으로 사용하였거나 사무실 등 목적사업에 직접 사용하지 아니한 채 이 건 부동산 취득일로부터 2년 내에 매각하였으므로 처분청이 청구인에게 기 면제한 취득세를 부과한 처분은 잘못이 없다.

문화재청에 매장문화재 육상지표 및 발굴조사기관으로 등록하였고 대부분의 수입원이 지표·발굴조사로 인한 수익금인 점, 지표·발굴조사 이후 관련 법령에 따라 문화재청에 제출하여야하는 조사보고서 외에 별도의 학술연구·발표를 하였다고 보기 어려운 점, 그 밖에 학술활동으로 경비를 지출한 내역이 없는 점 등을 종합하면 학술연구단체에 해당하지 않아 취득세 등의 감면대상이 아니다.

취득세 등의 면제를 규정하고 있는 「지방세특례제한법」제45조제1항의 과학기술진흥단체의 범위에 대하여는 지방세관계법령에 구체적으로 명시하고 있지 않으므로 재단법인 00자동차기술원은 과세권자가 목적사업과 관련한 사업실적, 예산의 사용용도 등의 사실관계를 면밀히 확인하여 판단해야 한다.

취득세 등의 면제를 규정하고 있는 「지방세특례제한법」 제45조제1항의 과학기술진흥단체의 범위에 대하여는 지방세관계법령에 구체적으로 명시하고 있지 않으므로 재단법인 00자동차기술원은 과세권자가 목적사업과 관련한 사업실적, 예산의 사용용도 등의 사실관계를 면밀히 확인하여 판단해야 한다.

청구법인이 설립 이후 2012년도말까지 장학사업과 관련한 업무를 수행한 사업실적, 예산편성 및 집행실적 등이 전혀 없는 점, 00000 특별적립금 지원사업을 포함한 2013년도 청구법인의 장학사업 집행실적은 25.9%이고, 나머지를 어업인에 대한 교육, 질병치료지원, 문화강좌 등의 사업에 지출한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 청구법인은 어업인의 교육, 문화, 복지사업 등을 주된 목적사업으로 하는 단체에 해당한다고 보는 것이 타당하다 할 것이고, 장학사업은 부수적인 사업에 해당한다고 보는 것이 타당해 보이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

청구법인은 입주기업에게 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하는 것으로 보아야 할 것이고 이를 학교법인이 쟁점부동산을 학교용도에 직접 사용하는 것으로 보기는 어려우며, 청구법인은 쟁점부동산을 학술연구단체의 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 쟁점부동산에서 청구법인의 학술연구와 발표 등 학술연구단체의 고유목적사업을 수행하는 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청의 이 건 재산세 등의 과세처분은 적법한 것으로 판단된다.

최근 5년간의 지출총액 가운데 마케팅·홍보에 44% 정도를 지출하는 반면, 기술연구비가 차지하는 비율이 평균 25% 내외에 불과하므로 학술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체로는 보기 어려운 것으로 보임

장학단체 법인이 취득한 부동산이라도 사실상의 현황이 직접 사용하지 않으면서 임대하거나 비워져 있고 정관에 맞게 수익사업용부동산으로 승인도 되어 있지 않은 점, 장학금 지급 사실이 없던 점, 현재 장학법인으로서의 존폐 여부가 불분명한 점 등을 종합해 보면 「지방세특례제한법」 제45조의 장학법인 취득세 감면 대상에 해당하지 않는다.

「지방세법」 제9조 제2항에서 국가 또는 지방자치단체에 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과하지 않는 것이나 약정이나 협약 사실을 확인할 수 없고, 국가 등에 기부채납할 목적으로 토지를 취득하였다 볼 수도 없어 취득세 비과세 대상은 아니다. 또한 기숙사 건축의 예산 확보를 미리 알 수 있었고, 행정관청의 건축규제나 제한 등은 없었다 보이므로 고유 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 볼 수 없어 과세청이 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

청구법인이 제출한 목적사업 관련 연구보고서는 별도의 제목이나 작성자가 없고 학술자료로 등재된 기록이 없는 점, 쟁점토지는 자연림 상태의 임야로서 물연구를 위한 집수구역으로 적정하지 아니한 점 등에 비추어 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용되었다고 보기 어렵다.

㈜전남대불산학융합본부의 정관상 목적사업을 대불국가산업단지를 중심으로 전라남도 서남권 조선산업 관련 기업체의 인적자원개발(교육), R&D, 고용이 융합된 산학일체형 산학협력을 수행함을 목적으로 규정하고 있어, 학술의 연구나 발표를 주된 사업으로 하는 학술연구단체로 보기 어렵다 할 것이고, (사)전남대불산학융합본부는 현재 설립허가만을 득하고 사실상 사업을 영위하고 있지 않은 상태로서 사업실적, 예산의 사용용도 등에 있어 주된 사업과 지원 및 수익 사업 등을 알 수 없다.에도 이 단체를 학술연구단체 또는 과학기술단체로 보아 취득세 등을 감면대상으로 볼 수 없다

청구법인은「학술진흥법」상 학술연구단체로 등록한 사실이 없고 문화재 발굴조사기관으로 등록한 점, 청구법인의 경비 지출내역에서 연구와 직접 관련된 비용이 인건비 등에 비하여 상대적으로 적은 점 등에 비추어 청구법인은 학술연구단체에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다.

원고는 토지 및 그 지상 무허가 건물을 증여 받고 토지에 관한 소유권이전등기는 명의신탁 약정에 따라 명의신탁자의 명의로 하였는데, 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률에서 정한 유예기간 내에 실명등기를 하지 않아 명의신탁자가 토지에 관한 완전한 소유권을 취득함으로써 토지 자체를 부당이득하였으므로 피고에게 토지에 관하여 부당이득반환을 원인으로 한 소유권이전등기절차 또는 20년 이상 토지를 소유의 의사로 점유하여 시효취득하였으므로 취득시효의 완성을 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행할 의무가 있다고 주장하였다. 그러나 명의신탁을 인정할 만한 증거가 없으며, 토지의 점유 또한 자주점유가 아닌 타주점유이므로 원고의 청구는 이유없다.

청구법인이 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 쟁점토지를 취득한 사실과 2011년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 건축공사를 진행하고 있는 사실에 대하여 달리 다툼이 없는 이상 기업부설연구소용에 사용할 면적 비율에 해당하는 토지에 대하여 재산세 감면하는 것이 타당함.

2021년도 재산세 과세기준일(6.1) 현재 청구법인이 쟁점토지에 장학금을 지급할 목적으로 임대용 건축물을 건축 중이 사실이 확인되므로 쟁점토지는 지특법 제45조 제2항 제2호에 따른 감면 대상에 해당된다 할 것이므로 감면을 배제하여 한 이 건 재산세 등의 부과처분은 잘못이 있다고 판단됨.

청구법인의 누리집에 기재된 청구법인의 구성원, 출판‧연구활동과 함께 회계장부상 기재된 도서판매수익 등을 보아도 통상적인 종교단체라기 보다는 학술연구단체에 해당하는 것으로 보이는 점, 청구법인은 달리 소속된 종단이 없고 관할세무서장이 발급한 사업자등록증에도 그 업태/업종으로 ‘비영리/종교교육’ 등이 기재된 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점건물을 신축한 후 쟁점건물에서 일부 종교의식, 예배 등의 활동을 하였다는 사정만을 들어 청구법인을 종교단체로 보아 취득세 감면을 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단됨.

도시지역분 재산세와 지역자원시설세의 각 과세표준과 세액을 산출하는 데 있어 재산세 본세와 달리 경감비율은 적용하지 아니하는 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 도시지역분 재산세와 이 건 지역자원시설세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

도시지역분 재산세와 지역자원시설세의 각 과세표준과 세액을 산출하는 데 있어 재산세 본세와 달리 경감비율은 적용하지 아니하는 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 도시지역분 재산세와 이 건 지역자원시설세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

도시지역분 재산세와 지역자원시설세의 각 과세표준과 세액을 산출하는 데 있어 재산세 본세와 달리 경감비율은 적용하지 아니하는 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 도시지역분 재산세와 이 건 지역자원시설세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

2020.1.15. 「지방세특례제한법」제45조를 개정하면서 재산세의 범위에 포함시켰던 괄호 규정(도시지역분 재산세)을 삭제하였던바, 당시 개정취지를 보면, 재산세 본세에 대한 감면은 기존과 같이 유지하되, 도시지역분 재산세는 감면을 종료하는 것으로 변경하면서 2020.1.15. 이후 납세의무 성립분부터 적용하도록 하고 있으므로, 개정취지상 2020년분 재산세 과세시 도시지역분 재산세에 대한 감면은 종료하는 것으로 해석함이 타당해 보임

본문 1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 소유하고 있는 OOO 소재 건축물 4,106.18㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)을 OOO가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 「지방세특례제한법」 제45조​(이하 “이 건 감면규정”이라 한다)에 따라 2014년∼2018년도분 재산세를 면제하였다가 청구법인이 OOO에 해당하지 않는다고 보아 2019.4.3. 재산세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 재산세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다. ＜표1＞ 이 건 재산세 등의 부과내역 나. 청구법인은 이에 불복하여 2019.6.27. 심판청구를 제기하였다.

청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 전 소유자인 OOO에게 소유권을 환원하였으므로 이는 매각 또는 증여에 해당하는 점, 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 당초 목적인 임대용으로 직접 사용한 사실이 없다고 보이는 점, 「지방세특례제한법」제45조 제2항 제2호에 따라 면제한 취득세 등을 추징하는 경우 정당한 사유의 존재여부는 고려의 대상이 아닌 점, 장학법인이 증여받은 부동산을 해당 용도로 사용하지 않은 상태에서 그 소유권을 환원하였다 하여 직접 사용할 의무가 소멸되는 것은 아닌 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판된됨.

법인이 취약계층 아동에 대한 생활비 지원 사업이 주된 사업으로 하면서 일부 비용을 취약계층 아동에 대한 학자금 지원 사업을 하였다 하더라도장학단체 여부에 대한 판단은 장학 사업이 부수업무가 되거나 지원업무가 아닌 '주된 사업'인 경우 한하여 취득세 등이 감면되므로 당해 단체를 장학단체로 볼 수 없다.

원고가 정읍시와 함께 이사건 기숙사 건립을 계획하고 이 사건 부지를 최초 매입하려고 하였을 땅시에는 이 사건 부지매입 또는 자체적 기숙사 건립에 특별한 반대여론이 없었던 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 기숙사 건립비용으로 65억원 정도를 마련한 상태에서 건립 기금 마련을 위한 모금운동을 계속적으로 진행하여 2013년 5월경까지 4억5천만원 정도를 추가로 모금하기도 하였으나, 반대여론으로 인해 2013년 정읍시 추경 예산에 이 사건 기숙사 건립에 대한 출연금이 반영되지 못하였을 뿐만 아니라 목금활동도 어려워진 것으로 보이는 점, 그럼에도 원고는 계속적으로 여론 설득 및 예산확보를 위해 노력하였고, 원고는 정읍시로부터 출연금을 받은 2014년 9월 15일 경부터 본격적으로 기숙사 신축공사준비를 하여 2015. 2. 17. 기숙사에 대한 건축허가신청을 하고 2015. 3. 25. 건축허가 받은 후 2015. 8. 18. 착공하여 현재공사가 계속되고 있는 점 등에 비춰보면 이 사건 토지의 취득부터 그 착공에 이르기까지 일련의 과정을 전체적으로 파악할 때 원고는 이 사건 토지를 그 목적 사업에 사용하기 위한 일련의 필요절차를 진지하고 꾸준하게 이행해 나간 것으로 봄이 상당함. 이와 같은 사정을 고려하면 정당한 사유가 인정됨.

청구법인의 정관목적사업은 학술연구, 장학금지급 사업 등이 기재되어 있으나, 청구법인의 2013년도 예산서 등에 의하면 장학금 지급예산은 전체예산 중 14.1%에 해당하고, 장학금도 청구법인이 학생들에게 직접 지급하는 것이 아니라 성안나장학회에 지급하는 것으로 확인되며, 청구법인은 부동산을 취득하여 학술연구단체로 하여 취득세 등을 감면받은 사실 등을 종합하여 볼 때 청구법인의 주된 목적사업이 장학사업이라고 보기는 어렵다고 판단된다.

청구인이 귀농일부터 3년 이내에 주민등록 주소지를 쟁점토지의 소재지로부터 30킬로미터를 초과하여 떨어져 있는 지역으로 이전한 사실이 확인되는 이상, 이는 「지방세특례제한법」 제6조 제4항 제1호에 따른 추징사유에 해당함

1. 종교단체나 향교의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 한정됨. 2. 이 사건 면제조항은 장학단체 등이 “과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하며, 산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기 어려움.

1. 종교단체나 향교의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 한정됨. 2. 이 사건 면제조항은 장학단체 등이 “과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하며, 산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기 어려움.

1. 종교단체나 향교의 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산에 한정됨. 2. 이 사건 면제조항은 장학단체 등이 “과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산”에 대하여 재산세 등을 면제하고 있고, 여기서 고유업무에 직접 사용하는 부동산은 장학사업에 직접 사용하는 부동산에 한정된다고 봄이 타당하며, 산림경영계획의 인가를 받아 시업 중인 임야에 해당한다는 사정만으로 이 사건 면제조항의 적용대상이 된다고 보기 어려움.

청구법인의 정관목적사업은 학술연구, 장학금지급 사업 등이 기재되어 있으나, 청구법인의 2013년도 예산서 등에 의하면 장학금 지급예산은 전체예산 중 14.1%에 해당하고, 장학금도 청구법인이 학생들에게 직접 지급하는 것이 아니라 성안나장학회에 지급하는 것으로 확인되며, 청구법인은 부동산을 취득하여 학술연구단체로 하여 취득세 등을 감면받은 사실 등을 종합하여 볼 때 청구법인의 주된 목적사업이 장학사업이라고 보기는 어렵다고 판단됨

다른 장학단체를 통하여 장학금을 간접 지급하는 것은 장학사업을 지원하는 것으로 장학금을 지급하는 것과는 구별되는 사안으로 지방세특례제한법 제45조 제2항 규정의 취득세 등 감면대상으로 볼 수 없다.

(1) 종교용에 직접 사용하는 부동산이라 함은 종교의식ㆍ예배ㆍ축전ㆍ종교교육ㆍ선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한한다 할 것인바, 종교용으로 취득한 부동산을 도서관으로 이용하고 있는 경우에는 종교용에 직접 사용하는 부동산으로 보기는 어려움. (2) 청구법인은 종교용 부동산에 대한 감면과 도서관에 대한 감면이 모두 충족됨에 따라 이 중 종교용에 대한 취득세 감면을 선택하여 이를 적용 받은 사실을 알 수 있는바, 종교용 부동산에 대한 감면이 추징사유에 해당한다 하여 「도서관법」에 따라 등록된 도서관에 사용하는 부동산에 대한 취득세 감면이 배제된다고 볼 수는 없음.

구 지방세법 제107조 제1호 및 본문 단서에서 정한 ‘정당한 사유’의 의미 및 그 판단 기준

인근 주민들의 극심한 반대로 인한 사유는 부동산을 취득하기 전에 미리 예측이 가능한 것으로서 유예기간내 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유로 인정하기는 어려움.

불어권 지역에 대한 선교활동을 목적으로 설립된 갑 사단법인이 증여받은 아파트를 임원인 대표 을의 사택으로 사용하면서 취득세·등록세 등을 신고·납부하지 않자, 관할행정청이 취득세 등 부과처분을 한 사안에서, 제반사정에 비추어 위 아파트는 갑 법인의 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없어 구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 정한 비과세대상에 해당하지 않는다는 이유로, 이와 달리 본 원심판결에 법리오해의 위법이 있다고 한 사례

청구인이 취득한 부동산을 다른 종교단체가 사용하고 있는 사실이 확인되고 있으므로 청구인이 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 적법함.

종교목적에 직접 사용하는 부동산은 예배·기도 등 종교의식 본래의 목적에 사용하는 부동산을 의미한다 할 것인바, 자연림 상태의 임야에서 간헐적으로 야외 종교활동을 하였다는 사유만으로는 종교활동에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수는 없다 할 것임.

해당 법인은 관련 법에 의한 사회복지법인 또는 사회복지시설을 직접 운영하는 단체에도 해당되지 아니하며 부동산을 증여 취득한 후 직원(선교사)의 임시 숙소로 사용하고 있으므로 사회복지사업에 직접 사용하고 있다고 인정할 수도 없기 때문에 신고납부는 적법함

건축물의 현황이 종교용이었음에도 이를 종교용으로 보지 아니하여 취득세 등을 신고납부한 것은 종교용부동산에 대한 법리해석의 잘못에 기인한 것으로 판단됨

지방세법 제107조와 제127조의 입법취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 이 사건 부동산을 최소 3년간은 보유하면서 그 목적사업에 사용한 경우에만 비과세하고 취득일 또는 등록일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 취득세와 등록세를 과세하도록 규정하고 있으므로 취득일로부터 2년 4개월만에 매각한 이 사건 부동산을 그 매각시점부터 과세대상이라 본 당초 처분은 정당

청구인이 재개발조합에 상속부동산을 제공하고 그에 대한 보상으로 쟁점외주택과 쟁점지분을 받은 것은 상속부동산에 대한 권리변환으로서의 성격을 가지고 있고, 그 권리로서의 동일성이 유지되므로 청구인 명의로 쟁점지분의 소유권보존 등기가 경료된 것을 별도의 자산 취득이라고 하기 어려운 점 등에 비추어 청구인의 쟁점지분 취득은 쟁점재개발사업의 환지처분에 의한 것으로 보이므로 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

등록세 중과세대상인 법인등기에 대하여 중과세제도의 취지에 부합하도록 그 세율의 적용에 관하여만 본점 또는 주사무소의 전입을 법인의 설립으로 보도록 하는 규정일 뿐 등록세 비과세대상을 정하는 규정이 아닌 점 등에 비추어 보면, 사립학교법에 의한 학교법인 등이 대도시 외에서 대도시 내로 주사무소를 전입함에 따른 등기는 등록세 중과세대상에 해당한다.

1) 지방세법 제127조 제1항 제3호는 학교법인의 설립과 합병의 등기에 대하여 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있을 뿐 '전입'에 대해서는 규정하지 않고 있다. 따라서 조세법률주의에 따라 학교법인의 '전입'의 경우 지방세법 제127조 제1항 제3호를 적용할 수 없으므로 학교법인이 대도시 내로 주사무소를 이전하는 경우 등록세 면제 대상이 아니다.2) 과세관청이 등록세 비과세 관련 법령 해석을 오인하고 지방세 비과세 결정 통지서 발급하였다는 사유만으로는 공적인 견해표명을 한 것으로 보기 어려우며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 주사무소 이전 또는 이전등기를 마쳤다고 볼 수도 없으므로 당해 등록세 부과처분은 신뢰보호 원칙에 반하지 않는 적법한 처분이다.