지방세특례제한법 제42조 참고 해석사례

청구법인의 소유권 이전고시일(2021.4.28.) 당시의 관리처분계획은 기존 관리처분계획이고, 기존 관리처분계획상 쟁점부동산은 체비지로 정해져있지 않았던 점 등에 비추어 보면, 쟁점부동산은 구 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따른 취득세 면제 대상에 해당한다고 보기 어려우므로, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨.

학교시설과는 달리 학교 교육사업과 직접적으로 관련된 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 쟁점녹지에 대하여 이 건 재산세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. 2018～2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 국가 등이 공용 또는 공공용으로 사용하는 것이 아닌 청구법인이 관리하고 있는 토지에 해당하는 이상, 쟁점녹지는 「지방세법」제109조 제2항에 따라 재산세가 부과되지 아니하는 재산으로 볼 수는 없다고 판단됨. 「지방세특례제한법」제84조 제2항 등에 따라 재산세가 경감되는 과세기준일 현재 미집행된 토지로 볼 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점녹지는 쟁점캠퍼스 조성 당시 학교시설로 건축되지 아니하고 ‘녹지’ 상태로 존치하게 된 시설에 불과한 토지로서 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제99조 및 같은 법 제65조에 따라 국가 등에 무상 귀속될 토지가 아닌 2018～2022년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하는 토지의 일부에 불과하다 할 것임. 쟁점녹지는 위 (가)～(다)의 이유와 같이 면제 및 경감 대상토지로 보기 어려우므로 이를 분리과세대상토지로 볼 수는 없다고 판단됨. 처분청은 2023.2.28. 이 건 재산세 등의 과세표준을 경정하였으므로 처분청의 이 건 재산세 등의 과세표준에 오류가 있다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨.

대학교의 소속 학생으로서 서울의 병원에서 임상실습교육을 받는 학생들이 기숙사로 사용하도록 하기 위하여 청구법인이 취득한 것이라 하더라도 학생들이 학교 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자라고 하기는 어려운 점, 임상실습교육이 교과목의 하나로서 학생들에게 필수적이라 하여 그로 인해 기숙사의 취득도 반드시 부수되어야 할 것은 아니므로 쟁점부동산은 청구법인이 교육용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라기보다는 학생들에게 거주생활의 편의를 제공하기 위하여 취득한 후생복지시설로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 보임.

①쟁점체비지는 처분청으로부터 소유권이전고시일 이전에 적법하게 인가받은 체비지로서 「지방세특례제한법」제74조 제1항에 따라 취득세 등의 면제대상으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단됨②쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리할 실익이 없으므로 이를 생략함

청구법인은 OO스포츠에게 쟁점체육관을 임대하고 그에 대한 대가로 2011년부터 2019년에 이르기까지 연평균 OOO원 정도의 임대수익을 계속·반복적으로 얻었으므로 청구법인은 쟁점체육관의 임대를 통하여 수익사업을 영위한 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 재산세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨.

민간사업자가 자금을 투자하여 학교기숙사를 신축한 후 해당 시설의 관리 · 운영권을 갖은 경우 수익사업인지 여부필수적인 교육시설로서 교육용으로 취득한 부동산에 해당하고 교육사업의 범주를 벗어나 수익사업을 영위하였다고 볼 수 없다.

청구법인과 같이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득목적대로 사용하다가 사용을 중단한 것은「지방세특례제한법」제42조 제1항 제2호에서 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득한 부동산를 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당된다고 보기에는 무리가 있다.

청구인은 2014년도 재산세 과세기준일 현재 쟁점토지를 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 00대학교가 쟁점토지를 기숙사로 사용하고 있으므로 종교용으로 직접 사용하는 것으로 보기 어렵다.

기숙사에 대한 감면규정이 신설되었다고 하여 학교 등에 대한 감면규정의 적용을 배제할 수 없으므로, 취득세감면분 농특세를 부과할 수 없다.

학교내 부지가 부족하여 교외 건물(다가구주택)을 취득하여 기숙사로 사용하는 것이 사실조회결과 확인이 된다면 지방세특례제한법 제41조 제1항에 따라 취득세를 면제하는 것이 타당하다.

구 지방세특례제한법 제42조 제1항은 고등교육법 제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고, 농어촌특별세법 제3조 제1호에서는 지방세특례제한법에 의하여 취득세가 감면되는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다고 하였다가 대학교 기숙사의 경우에는 학교가 해당 사업에 사용하기 위해 취득하는 다른 부동산들과 달리 농어촌특별세 면제대상에서 제외되는지 여부가 문제시된다. 법 제42조 제1항을 적용하여 오히려 농어촌특별세를 부과대상이 되게 하는 불합리한 점이 발생하고, 납세자의 권익이 제한된다는 점에 비추어 기숙사가 100% 지분을 취득하여 이를 관리․운영하고 있다는 점 등을 종합하면, 기숙사는 수익사업에 사용되었다고 볼 수 없으므로 기숙사의 취득은 같은 법 제41조 제1항에 의하여 취득세 면제대상에 해당한다.

쟁점추가예정

전체 지분을 학교법인이 소유하고, 예산 및 결산 등 주요사항을 학교법인에게 보고하고 있다 해도, 청구법인은 고등교육법 제2조 제1호부터 제5호까지의 학교에 해당하지 않고, 학교법인과 독립된 별개의 권리 및 의무의 주체로서 기숙사를 운영하고 있으므로, 주민세 면제대상에 해당하지 않는다.

대학교가 학교 구외의 아파트를 취득하여 학생 기숙사로 사용하는 경우 「지방세특례제한법」 제42조제1항에 의거 취득세 면제대상인 기숙사용 부동산에 해당된다.

농어촌특별세는 지방세인 부동산 취득세에 부가되는 세금이며, 농어촌특별세법 시행령 제9조에서 농어촌특별세의 불복절차에 관하여 ‘지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 지방세기본법의 예에 따른다’고 규정하고 있는 점에 비추어 보면, 부과처분 및 거부처분에 대한 불복절차는 지방세기본법 제127조에 따라 지방세법상의 심사청구, 심판청구 등의 전심절차를 거치지 아니하고 곧바로 취소소송을 제기할 수 있다.

청구법인은 2014.8.29. 등에 이 건 냉난방기설비 설치공사를 완료하여 이 때에 취득세 등의 납세의무가 성립하였으나 이로부터 60일 이내에 취득세 등을 신고하지 아니한 점, 2014.8.29. 현재 시행중인 「지방세기본법」(2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 것) 제53조의2 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 「지방세법」에 따라 산출한 세액을 신고하지 아니한 경우에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정하고 있는 점, 2015.12.29. 개정된 「지방세기본법」제53조의2 제1항에서 무신고가산세의 산출기준이 납부할 세액으로 개정되었다하더라도 위 규정을 2014.8.29. 취득세 납세의무가 성립한 청구법인에게는 적용할 수 없는 점 등에 비추어 이 건 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨.

고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다.

부동산의 소유자가 당해 유치원을 설립·운영하지 아니하는 경우에는 재산세 감면대상으로 볼 수 없다.

1) 각 산학협력단을 설립했다고 하더라도 각 산학협력단이 아닌 한국산업기술대학이 소유하고 있는 각 부동산에 대하여 구 지방세특례제한법 제42조 제3항을 적용할 수 없고, 같은 법 제60조 제3항 제1호를 적용함이 상당하므로, 재산세 부과처분은 적법하다. 2) 부속시설도 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 학교의 범위에 포섭되므로, 각 건물이 비과세 대상임에도 농어촌특별세를 부과한 농특세 부과처분은 위법하다.

‘유치원에 직접 사용하는 부동산’이라 함은 재산세 등 과세대상인 부동산의 소유자가 유치원의 실질적인 운영자로서 과세기준일 현재 유치원의 용도에 사용하는 부동산을 말한다고 보는 것이 타당함

부동산의 소유자가 유치원의 실질적인 운영자로서 과세기준일 현재 유치원 용도로 사용하는 부동산만을 말하므로 재산세 감면대상에 해당하지 않음.

청구인은 원행정처분인 이 사건 각 과세처분의 취소만을 구하고 있을 뿐 위 처분을 대상으로 한 법원의 재판에 대하여는 헌법소원심판을 청구하지 않고 있고, 달리 위 법원의 재판이 취소되었다고 볼 만한 자료도 없다. 따라서 법원의 재판을 거친 이 사건 각 과세처분의 취소를 구하는 이 사건 심판청구는 부적법하다.

지방세특례제한법 제19조 제2항 제1호는 해당 부동산 소유자가 과세기준일 현재 유치원 등에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세, 지역자원시설세 및 주민세 재산분을 면제한다고 규정하고 있는데 유치원 부지를 반씩 소유하고 있다는 이유 만으로 실제 사용 여부에 관계 없이 면제해야하는지가 쟁점이다. 유치원을 운영하는 동생과 다르게 사업체를 별도로 운영하고 있고, 유치원의 사용에 제공되고 있다고 하더라도 유치원의 실질적인 운영자가 아닌 이상 지방세 면제적용 대상에 해당하지 않고, 재산세는 재산 소유 자체를 과세요건으로 하는 보유세로서 현실적으로 당해 재산을 사용·수익하였는지는 그 과세요건도 아니어서 보유한 유치원 부지에 재산세를 부과한 처분은 정당하다.

상가를 예배당으로 사용하다 이를 제3자에게 임대하여 학원으로 사용함으로써 면제대상에서 제외된 것이므로, 처분은 적법하다.

유치원의 실질적인 운영자가 아닌 이상 여기에 구 지방세특례제한법 제42조 제5항이 적용될 수 없고, 재산세는 재산소유 자체를 과세요건으로 하는 보유세로서 현실적으로 당해 재산을 사용․수익하였는지는 그 과세요건도 아니므로, 처분은 정당하다.

① 학교법인과 산학협력단은 법률의 규정에 따라 정관으로 정한 목적의 범위 내에서 각각 권리와 의무의 주체가 되는 것으로서 독립적으로 법인등기부등본이 작성되어 있고, 그 운영도 독립적으로 이루어지므로 별개의 권리․의무 주체인바, 쟁점부동산은 산학협력단이 사용하는 부동산으로서 학교법인인 청구법인이 해당사업에 직접 사용하는 것으로 보기 어려우므로 이에 대한 청구주장을 받아들이기 어려움. ②「지방세특례제한법」〔2016.12.27. 법률 제14475호로 개정(시행 2017.1.1.)된 것)〕제60조 제3항 제1의2호에서 학교 등이 취득한 창업보육센터용 부동산을 산학협력법에 따른 산학협력단이 운영하는 경우를 감면대상에 포함하였으므로 쟁점부동산 중 청구법인이 취득하여 산학협력단이 운영하는 창업보육센터용 부동산에 대하여 과세된 2016년 이전 재산세 등은 감면대상이 아니라 하겠으나, 동 부동산에 대한 2017년도 재산세 등은 위 조항이 개정된 이후에 납세의무가 성립한 것이므로 감면대상으로 판단됨. ③ 쟁점부동산이 취득세 감면대상에 해당하는 지에 대하여 세법 해석상 견해 대립이 있었다고 보기 어렵고, 그 외 청구법인의 신고의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이지 아니하므로 처분청이 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 것은 잘못이 없다고 판단됨

산학협력단과 학교법인인 청구법인은 그 설립 취지나 목적이 상이하므로 쟁점건축물을 산학협력단의 업무를 위한 강의실 등으로 사용하고 있어 이는 청구법인 자체 사업이 아닌 산학협력 사업을 위하여 사용되는 부동산으로 보아야 할 것이므로 처분청이 쟁점건축물에 대하여 기 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다.

법인이 「중소기업창업 지원법」 제5조 제2항의 규정에 의한 창업보육센터 사업자(산학협력단)로 지정된 것은 확인되나 「지방세특례제한법」 제41조 제2항 및 제42조 제3항에서 말하는 학교법인과는 다른 것이라 그 고유 업무에 직접 사용한 것으로 인정할 수 없어 재산세 면제대상이 아닌 50% 감면 대상이다.

해당법인은 학교법인에게 전기자동차를 개조해서 납품하는 자일 뿐, 학교를 설치․경영하는 자가 아니므로 학교법인에 납품한 자동차가 학생들의 실험․실습용으로 사용된다고 하더라도 해당법인에 대하여 위 규정에 따라 취득세를 면제할 수는 없는 것임