1. 처분개요

  가. 청구법인은 2015.2.16. OOO외 3필지 토지에 건축물 153,777.95㎡(이하 “이 건 본관용 건축물”이라 한다)를, 2018.6.21. 같은 리 668 토지에 건축물 51,141.36㎡(이하 “이 건 타워동 건축물”이라 하고, 이 건 본관용 건축물을 포함하여 이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 각각 신축한 후,

   이 건 본관용 건축물에 대하여는「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것, 이하 “2015년도 지특법”이라 한다) 제71조 제2항 및「경기도도세감면조례」(2015.1.1. 시행, 2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것, 이하 “이 건 조례”라 한다) 제8조에 따라 취득세의 100분의 75를, 이 건 타워동 건축물에 대하여는「지방세특례제한법」(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것, 이하 “2017년도 지특법”이라 한다) 제71조 제2항에 따라 취득세의 100분의 50을 각각 감면받아, 아래 <표>와 같이 산출한 취득세 등 OOO(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

  <표> 이 건 건축물에 대한 취득세 등 신고․납부 현황

                                                          (단위 : 원)

  나. 청구법인은 2019.11.21. 이 건 본관용 건축물에 대하여는「지방세특례제한법」(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것, 이하 “2013년도 지특법”이라 한다) 제71조 제2항을 적용하여 취득세를 면제하여야 하고, 이 건 타워동에 대하여는 2015년도 지특법 제71조 제2항 및 이 건 조례 제8조를 적용하여 취득세 100분의 75를 감면하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2020.1.14. 이를 거부하였다.

  다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  가. 청구법인 주장

  (1) 이 건 본관용 건축물은 2013년도 지특법이 시행 중인 2013.7.10. 신축공사를 착공하였으므로 그 사용승인일이 2015.2.16.이라 하더라도 그 원인행위인 착공행위가 2013년도에 이루어진 이상 2015년도 지특법을 적용할 것이 아니라 착공일 당시 시행 중인 2013년도 지특법 제71조 제2항을 적용하여 취득세를 면제하는 것이 납세자의 신뢰를 보호하고 2015년도 지특법 부칙 제14조 일반적 경과조치의 입법 취지에 부합한다 할 것임에도 처분청이 이에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

  (2) 위와 같은 취지에서, 이 건 타워동 건축물은 2016.12.20. 신축공사를 착공(원인행위)하였으므로 이 건 타워동 건축물에 대하여는 그 착공일 당시 시행 중인 2015년도 지특법 제71조 제2항 및 이 건 조례 제8조를 적용하여 취득세의 100분의 75를 감면하는 것이 타당하다.

  나. 처분청 의견

  (1) 납세의무자에게 세법이 불리하게 개정되었음에도 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 개정 전 법령을 적용하기 위해서는 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하고 그 시행 당시에 납세의무 성립에 관한 구체적 원인행위로 나아가 일정한 법적 지위나 생활관계를 형성하여 국가가 마땅히 이를 보호할 정도에 이르러야 하는 것이고, 이러한 정도에 이르지 아니한 경우에는 설령 납세의무자가 종전규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과하므로 일반적 경과조치 규정에 따라 종전규정을 적용할 수는 없다.

  (2) 이 건 건축물의 착공은 건축과정의 시작에 불과한 것으로 그 취득일과는 관련이 없으므로 청구법인이 이 건 건축물의 착공 당시 시행 중인 물류사업용 부동산에 대한 취득세 감면 조항이 그 사용승인일 까지 그대로 존속할 것이라고 기대하였다 하더라도 이를 보호할 만한 신뢰에 해당된다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

  가. 쟁점

  이 건 건축물에 대하여 일반적 경과조치 규정을 적용하여 취득세를 면제(이 건 본관용 건축물)하고, 100분의 75를 감면(이 건 타워동 건축물)하여야 한다는 청구주장의 당부

  나. 관련 법령 등 : <별지> 기재

  다. 사실관계 및 판단

  (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

   (가) 이 건 건축물은 OOO본관 및 타워동건축물로서, 이 건 건축물이 소재하는 OOO2013ㆍ2015ㆍ2017년도 지특법 제71조 제2항에서 규정하고 있는 물류단지에 해당된다.

   (나) 청구법인은 2013.7.22. 이 건 건축물의 부속토지인 OOO외 4필지 토지 52,269.9㎡를 취득한 후 2013년도 지특법 제71조 제2항에 따라 취득세를 면제받았다.

   (다) 청구법인은 2013.7.10. 이 건 본관용 건축물의 신축공사를 착공하여, 2015.2.16. 사용승인을 받았고, 이 건 타워동의 경우에는 2016.12.20. 신축공사를 착공하여 2018.6.21. 사용승인을 받았다.

   (라) 청구법인은 이 건 본관용 건축물에 대하여는 2015년도 지특법 제71조 제2항 및 이 건 조례 제8조에 따라 취득세의 100분의 75를 감면받았고, 이 건 타워동에 대하여는 2017년도 지특법 제71조 제2항에 따라 취득세의 100분의 50을 감면받았다.

   (마) 행정안전부가 2014.9.15. 입법예고한 2015년도「지방세특례제한법」개정안 및 2016.7.29. 입법예고한 2017년도「지방세특례제한법」개정안의 주요 내용은 아래와 같다.

<2015년도「지방세특례제한법」개정(안)>

<2017년도「지방세특례제한법」개정(안)>

   (바) 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대한 취득세 면제 규정은 1995.12.6. 법률 제4995호로「지방세법」제280조 제5항에 신설되어, 2014.12.31.「지방세특례제한법」제71조 제2항을 개정하기 전까지 유지되었다.

  (2) 2013년도 지특법 제71조 제2항에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014.12.31.까지 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 2015년도 지특법 부칙 제14조에서 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있다.

  (3) 위의 부칙 제14조와 같이 납세자의 신뢰보호 등을 위하여 마련된 일반적 경과조치에서 규정하고 있는 ‘종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 조세’에는 개정 전 법령의 시행 당시 이미 과세요건이 충족되어 납세의무가 성립한 조세뿐만 아니라 비록 과세요건이 모두 충족되지는 않았더라도 납세의무자가 개정 전 법령에 의한 조세 감면 등을 신뢰하여 개정 전 법령의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접하게 관련된 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등 그 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 정도에 이른 경우에도 이를 적용하여야 할 것이나, 이러한 정도에 이르지 않은 경우에는 개정 전 법령이 아니라 납세의무 성립 당시의 법령이 적용된다 할 것이다(대법원 2015.10.15. 선고 2015두42763 판결, 같은 뜻임).

  (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다

   (가) 먼저, 이 건 본관용 건축물에 대하여 보면,「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것) 부칙 제14조의 일반적 경과 조치에 관한 규정은 종전 규정(2013년도 지특법)이 시행될 당시에는 납세의무가 성립되지는 아니하였으나, 납세자가 종전 규정을 신뢰하고 과세요건과 밀접한 원인행위를 한 경우 이를 보호하고자 하는데 그 취지가 있다고 하겠는바, 납세의무의 성립이 건축물의 사용승인에 있는 경우에는 건축물을 착공 하는 것이 그 원인행위에 해당한다고 보이는 점, 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대한 취득세 면제규정은 1995.12.6. 법률 제4995호로「지방세법」제280조 제5항에 신설되어 2014.12.31.「지방세특례제한법」제71조 제2항이 개정되기 전까지 20여년간 계속되었으므로 청구법인이 이 건 본관용 건축물을 착공할 당시 취득세 면제 규정이 그 사용승인일까지 계속될 것이라고 기대한 것은 무리가 아니라고 보이는 점 등에 비추어 이 건 본관용 건축물에 대하여는 2013년도 지특법 제71조 제2항을 적용하여야 한다는 청구주장은 타당해 보이는 면이 있다.

  따라서, 처분청이 이 건 본관용 건축물에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

   (나) 다음으로 이 건 타워동 건축물에 대하여 보면, 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014.12.31.까지 취득세를 면제하였으나, 그 후 2016.12.31.까지 취득세의 100분의 75를 감면하는 것으로 하였는바, 이와 같은 지방세특례제한법령 등의 개정 추이 등을 볼 때 청구법인으로서는 물류사업용 부동산에 대한 취득세 감면율이 향후 축소될 수 있음을 충분히 알 수 있었다고 보이는 점, 2015.3.3. 제정된 이 건 조례 제8조에서 그 적용기한을 2016.12.31.까지로 한정하고 있는바, 2016.12.20. 착공하여 2018.6.21. 사용승인을 받은 이 건 타워동 건축물은 그 적용 대상에 해당하지 않는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 타워동 건축물의 신축공사를 착공할 당시, 향후 이 건 조례 제8조에 따라 취득세의 100분의 25를 추가로 감면받을 수 있을 것이라고 신뢰하였다고 보기는 어렵다고 할 것으로, 이 건 타워동 건축물에 대하여 일반적 경과조치 규정에 따라 이 건 조례 제8조를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「지방세기본법」제96조 제6항,「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11618호로 개정된 것)

제71조[물류단지 등에 대한 감면] ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 물류사업용 부동산에 대하여는 2014년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감한다.

④ 지방자치단체의 장은 해당 지방자치단체의 조례로 제3항의 경감률을 초과하여 정할 수 있다.

  (2) 지방세특례제한법(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제71조[물류단지 등에 대한 감면] ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산에 대해서는 2016년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

④ 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 경감하는 경우 지방자치단체의 장은 해당 지역의 재정여건 등을 고려하여 100분의 25의 범위에서 조례로 정하는 율을 추가로 경감할 수 있다.

  부 칙(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정된 것)

제3조[일반적 적용례] ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제14조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

  (3) 지방세특례제한법(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

제71조[물류단지 등에 대한 감면] ② 제1항에 따른 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 취득하는 대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산에 대해서는 2019년 12월 31일까지 취득세의 100분의 50을 경감하고, 2019년 12월 31일까지 취득하여 과세기준일 현재 물류사업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 그 부동산을 취득한 날부터 5년간 재산세의 100분의 35를 경감한다.

  ④ 삭제(2016.12.27.)

  부 칙(2016.12.27. 법률 제14477호로 개정된 것)

제3조[일반적 적용례] ① 이 법은 이 법 시행 후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제15조[일반적 경과조치] 이 법 시행 전에 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대해서는 종전의 규정에 따른다.

  (4) 지방세특례제한법 시행령(2016.12.30. 대통령령 제27711호로 개정된 것)

제33조[물류사업용 부동산의 범위] 법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류사업용 부동산”이란「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제6호의4에 따른 물류단지시설을 설치하기 위하여 물류단지 안에서 최초로 취득하는 토지와 그 토지취득일부터 5년 이내에 취득하는 사업용 토지 및 건축물(토지 취득일 전에 그 사용승인을 받아 신축한 건축물을 포함하며, 기존 건축물을 취득한 경우는 제외한다)을 말한다.

  (5) 경기도도세감면조례(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것)

제8조[물류단지 등에 대한 감면]「지방세특례제한법」제71조 제1항 및 제2항에 따라 취득세를 경감하는 경우 같은 조 제4항에 따른 추가 경감률은 취득세의 100분의 25로 하며, 2016년 12월 31일까지 적용한다.

  부 칙(2015.3.3. 조례 제4859호로 제정된 것)

제2조[일반적 적용례] ① 이 조례는 2015년 1월 1일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

제3조[일반적 경과조치] 이 조례 시행 전에 종전의 조례에 따라 감면하여 부과하였거나 감면하여 부과하여야 할 도세에 대해서는 종전의 조례에 따른다.