지방세 직접 세무조사 방법은 다음과 같습니다:

1. 조사 장소
- 납세의무자의 주소, 거소, 사무소 또는 사업장에서 실시합니다.

2. 조사 시간
- 원칙적으로 납세자의 일과시간 내에 실시합니다. 
- 납세자의 요구나 동의가 있는 경우 일과시간 외에도 가능합니다.

3. 조사 방법
- 납세자가 갖추어 둔 장부 및 관련 증빙서류(전자기록 포함)를 조사합니다.
- 장부의 진실성 여부를 검증하기 위한 각종 현황조사를 실시합니다.
- 거래처 또는 현장조사를 실시합니다.

4. 조사 시작 절차
- 조사공무원은 조사 시작 시 신분을 증명하는 서류를 제시해야 합니다.
- 조사방법, 조사범위, 조사기간을 반드시 설명해야 합니다.

5. 사전 통지
- 조사 시작 15일 전까지 조사대상 세목, 조사기간, 조사사유 등을 납세자에게 알려야 합니다.

6. 조사 대상 선정
- 재산의 취득유형, 지방세 감면규모, 사업규모(자본금, 취득금액, 종업원 수 등) 등을 고려하여 객관적 기준에 따라 공정하게 선정해야 합니다.

직접 세무조사는 서면세무조사로는 지방세의 납부 또는 과세의 적정 여부를 검증할 수 없는 경우에 실시되며, 납세자의 권익을 최대한 보장하면서 효율적으로 진행되어야 합니다.

지방세 세무조사의 경우에도 조사기간 연장에 관한 규정이 있으며, 국세와 유사한 원칙을 따릅니다. 지방세기본법 제84조에 따르면:

1. 기본 조사기간:
   - 세무조사 기간은 원칙적으로 20일 이내로 해야 합니다.

2. 연장 가능 사유:
   - 납세자가 장부 등을 은닉하거나 제출을 지연/거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우
   - 거래처 조사, 현지 확인이 필요한 경우
   - 지방세 탈루 혐의가 포착되거나 범칙사건조사로 전환되는 경우
   - 천재지변, 노동쟁의로 조사가 중단되는 경우
   - 납세자가 세금 탈루 혐의에 대한 해명을 위해 연장을 신청한 경우
   - 납세자보호관이 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우

3. 연장 기간:
   - 연장 사유가 해소되는 날부터 20일 이내로 연장할 수 있습니다.

4. 연장 절차:
   - 지방자치단체의 장은 연장 시 연장사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지해야 합니다.

5. 조사 중지 및 재개:
   - 납세자의 자료 제출 지연 등으로 조사 진행이 어려운 경우 조사를 중지할 수 있으며, 중지사유가 소멸되면 즉시 재개해야 합니다.

따라서 지방세 세무조사도 국세와 마찬가지로 일정 조건 하에서 조사기간을 연장할 수 있으며, 납세자의 권익 보호와 조사의 효율성을 균형있게 고려하고 있습니다.