질의내용

 ○ 산업단지 내 토지를 취득하여 연구소 목적으로 건축물을 신축하고 그 토지와 건축물에 대하여 기업부설연구소 용으로 감면신청 이후 건축물 전체가 기업부설연구소로 인증받지 못하자

  - 당해 연구소용 건축물이 산업용건축물등에 해당되므로 건축물에 한하여 산업용건축물 등 신축에 따른 산업단지 감면을 신청한 경우로써

  - 건축물에 대하여는 산업단지 감면(§78)으로, 그 부속토지에 대해서는 기업부설연구소 감면(§46)으로 각각 다른 감면조항을 적용할 수 있는지 여부

  

회신내용

가. 「지방세특례제한법(2018.12.24. 법률 제16041호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지특법’이라 한다.)」 제46조제1항에서 대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 35를, 과세기준일 현재 기업부설연구소에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 35를 각각 2019년 12월 31일까지 경감한다고 규정하고 있고,

    ※(감면율) ’15년 이전 100% → ’15년∼’16년 75%(부칙적용) → ’17년 이후 35%

  - 같은 조 제4항에서 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 토지 또는 건축물을 취득한 후 1년(「건축법」에 따른 신축ㆍ증축 또는 대수선을 하는 경우에는 2년) 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조의2에 따른 기업부설연구소로 인정받지 못한 경우 등에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있으며,

  - 「지특법」 제78조 제4항에서 제1항에 따른 사업시행자 외의 자가 산업단지

등에서 산업용 건축물등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(신축 또는 증축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함한다)에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 최초 납세의무 성립일부터 5년간 재산세의 100분의 35를(수도권 외는 100분의 75를) 경감한다고 규정하고 있습니다.

    ※(감면율)  ’15년 이전 100% → ’15년∼’17년 100%(부칙적용) → ’18년 이후 50%

  - 위 규정 기업부설연구소에 대한 지방세 감면은 기업 연구조직을 효율적으로 육성하기 위하여, 산업단지에 대한 지방세 감면은 공장의 집적 및 원활한 설립지원을 위하여 세제지원을 하는 것으로 그 지원목적을 각각 달리하고 있다고 할 것입니다.

나. 한편 「지특법」 제180조에서 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있는 데,

  - 같은 법 제46조제1항에서 규정한 연구개발지원을 위한 감면대상도 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(건축물 및 그 부속토지)이고, 같은 법 제78조제4항의 산업단지 등에 대한 감면규정도 그 감면대상을 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산(부속토지 포함)이라 하여 ‘건축물 및 그 부속토지’에 대하여 감면을 적용하고 있으므로 양자 공히 해당 ‘건축물 및 그 부속토지’를 과세대상으로 하고 있으며,

  - 지상정착물의 부속토지란 지상정착물의 효용과 편익을 위해 사용되고 있는 토지를 말하고 그 필지 수 등에 관계없이 지상정착물의 이용현황에 따라 객관적으로 판단할 사항으로서 이는 하나의 유기적인 관계에 있는 동일한 과세물건에 해당된다고 할 것이므로,

  - ‘건축물 및 그 부속토지’를 별개의 과세대상으로 보아 각 감면규정을 달리 적용할 수 있다고 볼 것은 아니고 동일 과세대상에 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우로서 그 중 감면율이 높은 것을 적용할 수 있을 뿐이라 할 것입니다.

다. 따라서 당초 취득한 토지를 기업부설연구소에 사용할 목적으로 감면을 받았다 하더라도 지상정착물인 건축물이 기업부설연구소로써 감면요건을 충족하지 못하는 경우에는 그 부속토지에 대하여도 더 이상 기업부설연구소에 대한 감면을 적용할 수 없다 할 것이고,

  - 아울러 신축 건축물이 산업단지 감면요건에 해당되어 감면규정을 적용하는 경우에는  건축물뿐 만 아니라 그와  유기적 이용관계에 놓여 있는 당해 부속토지에 대해서도 함께 산업단지 감면규정을 적용하는 것이 타당하다 할 것입니다. 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로써 추가 사실 확인 등 변동이 있을 시는 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 결정할 사안입니다. 끝.

 

지방세특례제도과-479(2020.03.02.)