지방세운영과-4869(2011.10.18)

질의

"대한결핵협회"가 보유한 부동산을 보건산업진흥원에 유상임대한 경우에 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는 지 여부

회신

가. 지방세특례제한법(이하 "지특법" 이라 함) 제2조에서 "고유업무"란 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다고 규정하고 있고, 같은법 제40조에서는 결핵예방법에 따른 대한결핵협회(이하 "결핵협회"라 함)가 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제한다고 규정하고 있습니다.

나. 지특법 제40조 규정은 국민건강증진을 위한 공익법인의 세제지원·육성을 위해 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 한해 재산세를 면제하는 것으로 "고유업무에 직접 사용하는 부동산"인지의 판단기준이 되는 "고유업무"의 범위는 "법령에서 개별적으로 규정한 업무, 정관, 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 업무"에 속하는지 여부를 종합적으로 고려하여야 하는 것으로, 결핵ㅎㅂ회는 "결핵예방법" 제21조에 따라 결핵에 관한 조사·연구와 예방 및 퇴치사업을 수행하기 위하여 설립된 사단법인으로서 법인등기부등본에는 결핵에 관한 진료사업 및 부동산(기본재산)에 대한 임대수입 등을 목적사업으로 등재하였으나, 결핵예방법과 결핵협회 정관 제3조 및 제4조에는 결핵의 진료,예방교육,연구사업만을 목적사업으로 정하고 있고 "부동산 임대수입"은 목적사업으로 규정하고 있지 않으므로, 비록 등기부상 "임대수입"을 등재하였더라도 이를 결핵협회의 "고유업무"로 보기에는 어렵습니다.

다. 또한 "직접 사용하는 부동산"인지 여부는 당해 부동산의 실제 사용관계,법인의 목적,고유업무 수행과 연관성 등을 종합하여 판단하여야 하는 것('06.1.13 선고 2004두9265 판결참조)으로 결핵협회는 결핵예방·치료에 관한 건강증진사업을 목적으로 설립한 법인으로서 해당 부동산을 과세기준일(6.1.) 현재 주된 고유업무인 결핵사업 용도로 직접사용하지 아니하고 유상임대를 통해 타인이 해당 부동산을 직접점유·사용하게 하고, 그 대가로 결핵협회가 임대수익을 취하는 것을 "직접사용하는 부동산"으로 보기에는 곤란합니다.

라. 이를 종합해 볼 때, 법인등기부 등본상 "임대수입"은 결핵협회의 재원확보를 위한 수입원의 하나로써 정한 것일 뿐, 개별법령과 정관에서 그 고유업무로 규정하고 있지는 아니하므로 당해 임대한 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 볼 수 없다고 사료되나 이에 해당하는 지 여부는 과세권자가 구체적인 사실관계 및 증빙서류를 확인하여 판단할 사안입니다.  끝.