학교법인이 급식시설을 급식 전문업체에 위탁하여 운영하는 경우의 비과세 여부

본 법인은 대학교 및 중·고등학교를 운영하는 학교법인입니다.
다름이 아니고 본 법인은 2002년도 중·고등학교 교사동 건물을 신축하고 그 교사동 내에 학생들의 급식을 위한 식당을 배치하여 주방기구 등 급식에 필요한 모든 시설을 갖추었습니다. 그러나 학교사정에 의하여 학교 급식시설을 직접 운영하지 않고 학교급식법 제10조에 의거 학교급식제공 전문업체와 위탁계약을 체결하여 위탁급식을 실시하고 있습니다.
위탁방법은 급식시설 운영장에 대하여 책임감을 가지고 운영할 수 있도록 계약보증금으로 8,000만원 상당의 보증보험증권을 받고 연 200만원의 장학기금을 기탁하는 조건으로 위탁하였습니다.
하지만 관할청에서는 학교에서 직접 운영하지 않고 위탁 운영을 주었다는 이유로 교육용 시설로서 비과세 되었던 지방세에 대하여 지방세법 제107조, 제127조, 제184조, 제234조의12 규정을 근거로 과세를 하겠다 합니다.
학교 식당은 학생들의 복지를 위한 교육용 필수 기본 시설로서 중·고등학교는 학교급식법 제6조에 의하여 학교급식을 하도록 의무화되어 있으므로 직영이든 위탁이든 운영방법을 묻지 않고 비과세가 되어야 한다고 봅니다.
학교급식시설은 일반 상거래상 임대이익을 목적으로 하지 않고 대상도 일반인이 아닌 재학생을 대상으로만 하는 극히 제한적으로 운영하고 있으며, 가격도 주변 식당과 비교하여 현저히 낮게 책정되어 있습니다.
이러한 경우에도 불구하고 지방세법에 의하여 수익사업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세, 등록세, 재산세, 종합토지세가 비과세되지 않고 부과된다는 것은 너무 부당하다고 사료되므로 귀부의 고견을 듣고자 합니다.


【세정 13407-417, 2003. 5. 20】
지방세법 제107조 제1호 및 동법시행령 제79조 제1항 제2호의 규정에 의거 초·중등교육법에 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여는 취득세 등을 비과세하나 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세를 부과토록 규정하고 있으므로,
귀 문의 경우 학교법인 부동산을 취득한 후 타인에게 임대하여 학교식당으로 사용케한 경우라면 지방세법시행령 제78조의2 제1항의 규정에 의한 수익사업에 사용한 것에 해당되어 기 비과세된 취득세 등의 추징대상이 되는 것입니다.