외국인투자기업이 취득세를 감면받은 부동산에 대해 그 기업의 과점주주도 취득세가 감면되는지

미국소재 외국법인 ‘A’는 1998년 상반기에 국내에 대규모 자본을 투자하여 반도체 제조용 화학제품 등을 생산하는 외국인투자기업 ‘갑’을 설립하였음. 외국인투자기업 갑은 외국법인 A의 외국인투자에 대하여 조세특례제한법 제121조의2제1항제1호의 규정에 의거하여 재정경제부장관으로부터 조세감면결정을 받은 바 있음. 조세감면의 구체적인 내용은 외국인투자기업 갑이 취득하는 사업용자산에 대한 취득세·등록세에 대하여는 2002년까지 100%의 감면혜택을 부여하는 것임. 그 후 갑은 회사의 조직을 주식회사에서 유한회사로 변경하였으며, 또한 외국법인 A는 외국인투자기업 갑의 지분 100%를 현물출자하여 네덜란드에 외국법인 A의 100% 자회사 외국법인 B를 설립하려고 함.
상기의 사실관계와 같이 네덜란드 소재 외국법인 B는 외국인투자기업 갑의 새로운 주주가 될 예정임. 이 경우 네덜란드 소재 외국법인 B는 지방세법 제105조제6항에 따른 과점주주취득세 납부의무가 있는지?

【회신】 세정 13407-42(2002.1.10)
조세특례제한법 제121조의2제4항제1호의 규정에 따라 외국인투자기업이 신고한 사업을 영위하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대하여 취득세·등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 이내에 있어서는 당해 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액의 전액을, 그 다음 3년 이내에 있어서는 감면세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하는 것이나, 귀문의 경우 당해 외국인투자기업에 대하여 감면을 받았다고 하더라도 과점주주에 대한 감면 문제는 별개사항(대판 99두6897, 2001.1.30 참조)이므로 당해 법인이 부동산 등을 취득하면서 취득세를 면제 받았다고 하더라도 바로 과점주주의 취득세 납세의무도 면제되는 것이 아니라고 할 것이므로 취득세가 감면되지 아니함.