감     사     원
심  사  결  정
결 정  번 호    2008년 감심 제 158 호
제        목    취득세 등 부과에 관한 심사청구
청   구   인    ○  ○  ○ 외 ○인
                   ○○○○시 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○○
처   분   청    ○○군청
주         문    심사청구를 기각한다.
이        유
1. 원 처분의 요지
   처분청은 청구인이 2004. 2. 9. ○○농공단지내에 있는 ○○광역시 ○○군 ○○면 ○○리 ○○○-○ 지상의 건축물(2,279.46㎡, 이하 “이 사건 건축물”라 한다)을 경락 취득한 데 대하여 구 ｢○○○○시세 감면조례｣ 제25조(이하 “이 사건 감면규정”이라 한다)의 규정에 따라 농공단지에 대체입주하는 자가 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 감면하였으나, 2006년 ○○○○시 종합감사에서 이 사건 건축물이 감면대상에 해당되지 아니한다는 지적을 받고 2006. 12. 11. 이 사건 건축물의 취득가액 468,300,000원을 과세표준으로 하여 ｢지방세법｣ 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 18,732,000원, 농어촌특별세 1,873,200원, 등록세 14,049,000원, 지방교육세 2,809,800원, 합계 37,464,000원을 부과고지하고 2007. 1. 2. 이를 납부하자 수납 결정한 후 2007. 1. 10. 처분청에서 과다부과한 사실을 확인하고 취득세 9,366,000원, 농어촌특별세 936,600원 합계 10,302,600원을 부과취소[2006. 12. 11.자 부과고지 및 2007. 1. 10.자 일부 부과취소 결과 확정된 처분청의 청구인에 대한 취득세 10,302,600원(농어촌특별세 포함) 및 등록세 16,858,800원(지방교육세 포함) 합계 27,161,400원의 부과행위를 이하 이 사건 부과처분이라 한다]하였다.
2. 심사청구의 취지와 이유
  가. 청구 취지
    이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
  나. 청구 이유
    구 ○○○○부에서 농공단지에 대체입주하는 자에 대한 감면을 2006년 말까지 3년간 연장하도록 지방자치단체에 통보하였음에도 ○○○○시에서는 2003. 12. 31. 종료되는 이 사건 감면규정을 연장하지 아니하고 폐지함으로써 이 사건 감면규정을 연장한 다른 지방자치단체와 비교하여 형평성을 잃고 있으며 조세평등의 원칙에 역행하고 있다 할 것이므로 이 사건 부과처분은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
  가. 다툼
    이 사건 건축물의 취득행위가 취득세 등의 감면 대상인지 여부
  나. 인정 사실
    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
    (1) 청구인은 2003. 3. 20. ○○군으로부터 ○○면 ○○리 ○○○-○ 공장용지23,839.5㎡를 취득하였고, 같은 해 11. 27. 위 공장용지에 공장 2동(1,868.19㎡)을 증축한 후 각각 취득세 등을 감면받았다.
   (2) 청구인은 2004. 2. 9. ○○지방법원으로부터 위 공장용지상에 있던 이 사건 건축물(1998. 1. 10. 폐업한 ○○○○ 주식회사의 공장)을 경락 취득하였다.
   (3) 청구인은 2004년 2월경 구 ｢○○○○시세 감면조례｣ 제25조(농공단지 대체입주자에 대한 감면)의 규정에 따라 이 사건 건축물 취득에 따른 취득세 9,366,000원, 등록세 14,049,000원을 감면받았다.
   (4) 처분청은 2006년 ○○○○시 종합감사에서 이 사건 건축물이 감면대상에 해당되지 아니한다는 지적을 받고 2006. 12. 11. 이 사건 건축물의 취득가액 468,300,000원을 과세표준으로 하여 ｢지방세법｣ 제112조 제1항 및 같은법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 18,732,000원, 농어촌특별세 1,873,200원, 등록세 14,049,000원, 지방교육세 2,809,800원, 합계 37,464,000원을 청구인에게 부과고지하였다.
   (5) 청구인은 2007. 1. 2. 위 취득세 등을 납부하였으나, 처분청에서 2007. 1. 10. 위 취득세 등에 대하여 일부 과다부과 사실을 확인하고 취득세 9,366,000원, 농어촌특별세 936,600원 합계 10,302,600원을 부과 취소하였다.  
   다. 관계 법령의 규정
   (1) 구 ｢대구광역시세 감면조례｣(2003. 12. 30. 조례 제3624호로 개정하기 전의 것) 제25조의 규정에 따르면 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 의하여 지정된 농공단지 중 옥포농공단지나 구지농공단지에 2003년 12월 31일까지 대체입주하는 자(휴폐업된 공장에 대체 입주하는 자에 한함)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 하고 있으며, 같은 조례 부칙 1항 및 2항의 규정에 따르면 이 감면조례는 2001년 1월 1일 시행하고 2003. 12. 31.까지 적용한다고 되어 있다.
   (2) 구 ｢대구광역시세 감면조례｣(2004. 12. 30. 조례 제3682호로 개정하기 전의 것) 제25조의 규정에 따르면 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 의하여 지정된 농공단지 중 옥포농공단지나 구지농공단지에 2003년 12월 31일까지 대체입주하는 자(휴폐업된 공장에 대체 입주하는 자에 한함)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 하고 있으며, 같은 조례 부칙 1항 및 2항의 규정에 따르면 이 감면조례는 2004년 1월 1일 시행하고 2006. 12. 31.까지 적용한다고 되어 있다.
   (3) ｢대구광역시세 감면조례｣(2007. 1. 8. 조례 제3833호로 개정된 것) 제28조의 규정에 따르면 ｢산업입지 및 개발에 관한 법률｣에 의하여 지정된 농공단지 중 옥포농공단지나 구지농공단지에 대체입주하는 자(휴폐업된 공장에 대체 입주하는 자에 한함)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 하고 있으며, 같은 조례 부칙 1항 및 2항의 규정에 따르면 이 감면조례는 2007. 1. 1. 부터 2009. 12. 31.까지 적용한다고 되어 있다
   (4) ｢지방세법｣ 제105조에 규정에 따르면 취득세는 부동산 등의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도에서 그 취득자에게 부과하도록 하고 있으며, 같은 법 제112조 제1항에서 취득세의 표준세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다고 하고 있다.
   (5) ｢지방세법｣ 제124조에 규정에 따르면 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하도록 하고 있으며, 같은 법 제131조 제1항 제3호에서 상속 및 무상취득이외의 원인으로 농지의 소유권을 취득하는 경우 부동산가액의 1000분의 10, 기타의 소유권을 취득하는 경우 1000분의 20의 세율을 적용하도록 하고 있다.
  라. 판단
    청구인은 구 ○○○○○장관이 농공단지 대체입주자에 대한 감면규정을 연장하도록 통보하였음에도 ○○○○시는 그 규정을 연장하지 아니하고 폐지함으로써 다른 지방자치단체와의 형평성을 잃고 조세평등의 원칙에 역행하고 있으므로 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.
   살피건대 “○○․○○농공단지에 2003년 12월 31일까지 대체입주하는 자(휴․폐업된 공장에 대체 입주하는 자에 한함)가 취득하는 당해 농공단지 내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”고 하고 있는 이 사건 감면규정은 2000. 12. 30. 「○○○○시세 감면조례」를 전면개정하면서 2001. 1. 1.부터 시행하고 2003. 12. 31.까지 적용하는 것으로 하였으며, 그 적용기간이 종료됨에 따라 구 ○○○○부에서 이 사건 감면규정을 2006. 12. 31.까지 연장하도록 각 지방자치단체에 통보하자 다른 지방자치단체에서는 “농공단지에서 2006. 12. 31.까지 대체입주하는 자가 취득하는 당해 농공단지내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 개정한 반면 ○○○○시에서는 “농공단지에서 2003. 12. 31.까지 대체입주하는 자가 취득하는 당해 농공단지내의 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 하여 이 사건 감면규정을 연장하지 아니하고 단지 위 감면조례 부칙조항만 2004. 1. 1.부터 시행하여 2006. 12. 31.까지 적용하는 것으로 개정하였다.
   그렇다면 이 사건 건축물의 취득세 등에 대한 감면여부는 농공단지내 부동산취득시점인 2004. 2. 9.에 적용되는 감면조례를 근거로 판단하여야 할 것인 바, 그 감면조례상 ○○농공단지에 2003. 12. 31.까지 대체입주하는 자(휴폐업된 공장에 대체 입주하는 자에 한함)가 당해 농공단지내의 부동산을 취득하는 경우 취득세 및 등록세를 감면하도록 되어 있으므로 청구인이 2004. 2. 9. ○○농공단지에 있는 이 사건 건축물을 취득한 이상 위 감면조례 제25조의 규정에 의한 농공단지 대체입주자가 2003. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 해당된다고 볼 수 없다 할 것이다.
   한편, 특정의 지방세에 관하여 불균일과세 및 과세면제를 할 것인가 여부는 각 지방자치단체가 각각의 필요에 따라 결정할 문제이므로 과세면제에 관한 조례를 개정할 것인지의 여부는 각 지방자치단체의 자치권에 속하는 것이므로 구 ○○○○○에서 농공단지 대체입주자에 대한 감면규정을 연장하도록 하였으나 ○○○○○에서 이 사건 감면규정 제25조의 농공단지 대체입주자에 대한 감면규정을 2003. 12. 31.까지 한시적으로 적용하다 2003년말 조례개정시 이에 대한 감면기간을 연장하지 않았다 하더라도 이를 조세평등의 원칙에 위배되는 것이라고 할 수 없다 할 것이다.
   따라서 구 ○○○○○장관이 농공단지 대체입주자에 대한 감면규정을 연장하도록 통보하였음에도 ○○○○○에서 그 규정을 연장하지 아니하여 다른 지방자치단체와의 형평성을 잃고 조세평등의 원칙에 역행하고 있으므로 이 사건 부과처분은 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.
4. 결론
   그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 ｢감사원법｣ 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
2008.   5.   15.
                            감     사     원