감    사    원
심  사  결  정
결 정  번 호        2007년 감심 제 28 호
제        목        등록세 등 부과에 관한 심사청구
청   구   인        ○○법인 ○○○○○○○ ○○○○○○○○○  대표자 ○○ ○○○
                  ○○○○○ ○○○○ ○○○○ ○○-○
                 대리인 ○○○○○ ○○○
처   분   청        ○○○○시 ○○○○장
주        문        심사청구를 기각한다.
이        유
1. 원처분의 요지
  가. 처분청은 청구인이 2002. 2. 18. 취득한 ○○○○시 ○○구 ○○ ○○○-○의 토지(면적 : 982㎡)와 지상 건축물(면적 : 3,589.32㎡)[이하 “이 사건 부동산”이라 한다]을 종교용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 비과세하였다가 청구인이 같은 해 6. 22.부터 2003. 1. 2.까지 이 사건 부동산의 건축물 중 1,848.54㎡와 부속토지(이하 “이 사건 쟁점 부동산”이라 한다)를 임대하고 취득세 등을 신고 납부하자 이 사건 부동산의 등기가 대도시 내 지점설치에 따른 부동산등기에 해당되므로 중과세율을 적용하여 2005. 7. 20. 등록세 159,856,290원, 지방교육세 29,306,980원 계 189,163,270원(가산세 29,306,980원 포함)을 부과(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구 취지와 이유
  가. 청구취지
      이 사건 부과 처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
  나. 청구이유
      1992년 11월 경 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○의 토지와 지상건축물을 취득한 후 청구인 소속기관인 ○○○○○을 이전하여 종교목적에 직접 사용하다가 2002년 2월 경 매각한 후 같은 해 2. 18. 대체 취득한 이 사건 부동산 소재지로 위 시설을 이전하여 종교용으로 직접 사용하면서 이 사건 쟁점 부동산을 일부 임대한 것으로 위 ○○구 소재 사업장은 법인세법상 비과세 사업장에 해당하여 사업자등록을 할 수 없었을 뿐 사실상 지점으로 사용하다가 5년이 경과한 후 이 사건 부동산으로 지점을 이전한 것인데도 처분청이 새로운 지점의 설치로 보아 이 사건 부과 처분을 한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단
  가. 다툼
      이 사건 쟁점 부동산의 등기가 대도시 내 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당하는 지 여부
  나. 인정사실
     이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.
 (1) 청구인은 전도사업, 종교교육, 출판사업 지원 등을 목적사업으로 1957. 9. 10. ○○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○-○에 주사무소를 두고 설립된 비영리법인이고 1975. 2. 1. 동일한 장소에서 면세사업자등록(등록번호:000-00-00000, 종목 : 일반서적출판업)을 하고 지점을 설치하였다.
 (2) 청구인은 1992. 11. 24. ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○○ 소재 부동산을 경락받아 취득한 후 2002. 2. 7. 청구 외 ○○○○아파트 재건축주택조합에 매각하였다.
 (3) 청구인은 2002. 2. 18. 이 사건 부동산을 취득하고 같은 해 5. 1. 동일 장소를 사업장으로 하여 법인사업자등록(등록번호: 000-00-00000, 종목 : 종교서적 및 인쇄물, 임대업, 종교보급)을 하였다.
 (4) 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 2002. 6. 22.부터 2003. 1. 2.까지 4회에 걸쳐 이 사건 쟁점 부동산을 임대하고 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고 납부하였으나 처분청은 2005. 7. 20. 이 사건 쟁점부동산의 등기가 구 「지방세법」 (2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 대도시 내 지점 설치에 따른 부동산 등기로 보아 100분의 300의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 신고 납부한 세액을 차감하고 이 사건 부과처분을 하였다.
  다. 관계 법령의 규정
 (1) 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 등의 규정에 따르면 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하되 다만, 그 부동산을 제조업, 건설업, 부동산 임대 및 사업 서비스업 등 수익이 발생하는 사업에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하도록 되어 있다.
 (2) 구「지방세법」제138조 제1항 본문 및 제3호의 규정에 따르면 수도권 정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시) 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 100분의 300으로 하도록 되어 있다.
(3) 같은 법 시행령 제102조 제2항은 “법 제138조 제1항 제3호에서 '법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기'라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립ㆍ설치ㆍ전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, '그 설립·설치· 전입이후의 부동산등기'라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입이후 5년 이내에 취득하는 업무용· 비업무용 또는 사업용· 비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, '지점 등'이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다”고 규정하고 있다.
(4) 같은 법 시행규칙 제55조의2는 “영 제102조제2항 후단에서 '행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장'이라 함은 「법인세법」·「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장(「법인세법」·「부가가치세법」 또는 「소득세법」의 규정에 의한 비과세 또는 과세면제대상 사업장을 포함한다)으로서 인적· 물적 설비를 갖추고 계속하여 사무 또는 사업이 행하여지는 장소를 말한다(단서 생략)”고 규정하고 있다.
(5) 부가가치세법 제5조 제1항의 규정에 따르면 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하도록 되어 있다.
  라. 판단
     청구인은 1992. 11월 경 취득한 ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○-○의 토지와 동 지상 건축물에서 청구인의 지점으로 운용하던 ○○○○○을 2002. 2. 18. 취득한 이 사건 부동산으로 이전하여 사용하고 있으므로 이 사건 쟁점 부동산에 대한 등록세 등은 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있지만 위 인정사실에서와 같이 청구인은 ○○○○○의 사업장소재지를 ○○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○-○로, 업종을 일반서적출판업으로, 개업일을 1975. 2. 1.로 하여 면세사업자등록(등록번호 : 000-00-00000)을 한 후 고유 목적 사업을 수행한 사실이 확인된다.
 반면, 청구인이 ○○○○시 ○○구 ○○동 소재 부동산을 1992. 11. 24. 취득한 후 2002. 2. 7. 매각하기까지 비록 어린이교회 음악캠프, 지역교사 세미나 등으로 법인 고유목적 사업에 사용하였다고 하나 동 사업장이 지점설치에 해당되려면 사업자등록과 인적ㆍ물적 설비를 갖추어야 한다고 판단되는 바 「부가가치세법」 제5조 제1항 등의 규정에 의한 사업자등록을 한 사실이 없어「지방세법 시행규칙」제55조의2에 규정된 지점으로 볼 수 없다[청구인이 그 주장이유의 근거로 들고 있는 대법원 판례(92누473,1993.1.15)는 지점에 관하여 세법상의 사업장(사업자)등록을 그 요건으로 규정한 「지방세법 시행규칙」 제55조의2 (1984. 5. 12. 내무부령 제414호)가 신설되기 이전의 사안에 대한 것으로서 위 시행규칙 제55조의2가 신설된 이후의 사안에 해당하는 이 사건에 적용할 수 없다고 할 것임]
 그리고 청구인은 위 ○○구 소재 부동산의 건축물 면적보다 1,917㎡가 증가된 ○○ 소재 이 사건 부동산을 취득한 후 새로이 2002. 5. 1. 임대사업을 영위하기 위하여 이 사건 부동산을 사업장 소재지로 하여 별도의 사업자등록을 하고 건축물 면적 중 1,848.54㎡를 임대하면서 1실 3사업본부의 조직을 갖추어 청구인의 수익사업 등을 수행한 사실이 확인되는 이상 이 사건 부동산의 등기는 지점의 이전이 아닌 새로운 지점설치에 따른 부동산 등기에 해당한다고 판단한 처분청의 당초 처분에는 잘못이 없다할 것이다.

4. 결론
   그렇다면 처분청이 청구인들에게 한 이 사건 부과처분에 대한 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
                                    2007.  4.  4.
                                               감     사     원