감    사    원
심  사  결  정
결 정 번 호    2007년 감심 제 94 호
제       목    등록세 등 부과에 관한 심사청구
청  구  인     ○○○○○○○주식회사
                   ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○
              대표이사 ○ ○ ○
처  분  청    ○○○○시 ○○○장
주       문   심사청구를 기각한다.
이       유
1. 원처분의 요지
  가. 청구인은 수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역(이하  “대도시”라 한다) 안에 있는 ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○를 본점소재지로 하여 2000. 6. 23. 설립된 법인으로, 도시형공장을 신축할 목적으로 일반공업지역 안에 있는 같은 시 ○○ ○○동 ○○○-○○○ 잡종지 1,699㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 2002. 9. 5. 취득하여 일반세율로 산출한 등록세 등 18,303,840원을 신고·납부한 후 공장을 신축하지 아니하고 2004. 6. 29. 매각하였다.  
  나. 처분청은 청구인이 이 사건 토지에 공장을 신축하지 않고 매각하였으므로 이 사건 토지는 대도시 안에 법인설립 후 5년 이내에 취득한 부동산으로 「지방세법」제138조 제1항 제3호의 규정에 따라 이 사건 토지의 등기를 등록세 중과대상이라고 보아 등록세 중과율(300/100)로 산출한 세액에서 이미 신고·납부한 세액을 차감한 등록세 36,607,680원, 지방교육세 6,711,400원 계 43,319,080원(가산세 포함)을 2005. 5. 10. 추가로 부과(이하 “이 사건 부과처분이라 한다) 하였다.
2. 청구의 취지와 이유
  가. 청구취지
  이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구
  나. 청구이유
  이 사건 토지는 일반공업지역 안에 있고 청구인이 도시형공장을 신축하기 위하여 취득한 것이므로 등록세 중과대상에 해당되지 아니하고, 또한 청구인과 이 사건 토지 인근의 토지 소유주들이 소유토지 안에 진입로를 개설하는 것으로 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조 제1항 제2호의 규정에 의한 개발행위 허가를 신청하였으나, 처분청은 위 개발행위 신청지에 설치하는 도로는 규모 및 개발가능토지의 면적 등을 고려할 때 같은 법 제43조의 규정에 의한 도시계획시설로 도로를 개설하여야 한다는 이유로 개발행위를 불허가함으로써 이 사건 토지에 공장을 건축하지 못하였다.  그 후 처분청은 이 사건 인근토지에 공장건축 등을 허가 또는 신고수리하는 조건으로 위 진입로 외에 추가로 진입로와 진입로를 연결하는 도로(이하 “우회도로”라 한다)를 설치하여 기부채납하도록 함으로써 이 사건 토지의 일부(524㎡)가 우회도로개설용지로 편입되었고 이로 인하여 이 사건 토지에 청구인이 당초 계획한 공장신축이 불가능하게 되어 이 사건 토지 인근에 있는 같은 면적의 다른 토지를 대체 취득하면서 부득이 매각하였으므로 이는 당해 업종에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는데도 처분청이 이 사건 토지의 등기를 등록세 중과대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.
3. 우리 원의 판단
  가. 다툼
  이 사건 토지에 공장을 신축하지 아니하고 매각한 경우에 이 사건 토지의 등기가 등록세 중과대상인지 여부
  나. 인정사실
  이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.
    (1) 청구인은 2000. 6. 23. 대도시 안인 ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○○에 전자부품 제조업, 방열판 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.
    (2) 청구인은 2002. 9. 5. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 일반공업지역 안의 이 사건 토지를 도시형 공장을 신축할 목적으로 취득한 후 일반세율로 산출한 등록세 등 18,308,840원을 신고·납부하였다.
    (3) ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○에 있는 청구 외 주식회사 ○○○○○○은 2003. 2. 10. 이 사건 토지 인근에 있는 같은 시 ○○ ○○동 ○○○-○○○ 외 3필지에 진입로를 개설하기 위하여 처분청에 개발행위(토지형질변경) 허가를 신청하였다.
    (4) 처분청은 2003. 2. 12. 위 개발행위 신청지에 설치하는 도로는 규모 및 개발가능 토지의 면적 등을 고려할 때 도시계획시설로 결정하여야 한다는 사유로 위 개발행위 허가신청에 대하여 불허가 처분을 하였다.
    (5) 이 사건 토지 인근 토지(○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○○○)의 소유주인 청구외 ○○○은 2003. 6. 27. 위 토지상에 공장건축 허가를 신청하였으나 처분청은 같은 해 6. 28. 진입로가 도로임을 확인할 수 있는 보완서류를, 같은 해 7. 14. 도로확보 방안에 대한 보완서류를, 같은 해 8. 8. 도시기반시설(도로 등) 설치방안에 대한 보완서류를, 같은 해 9. 4. 위에 요구한 사항에 대한 보완서류를 제출하도록 요구하였다.
    (6) 청구인을 포함한 이 사건 토지 일대의 토지주 88명은 위 소유 토지상의 공장건축 허가에 필요한 진입로를 개발행위로 개설할 수 있도록 하여 줄 것을 요구하는 민원을 2003. 9. 18. ○○○○○○위원회에, 같은 해 10. 2. ○○○○○○에 각각 제출하였다.
    (7) 처분청이 2003. 10. 6. ○○○○○○위원회에 제출한 고충민원사건 관련 설명자료에는 위 진입로는 모두 막다른 도로로 계획되어 도로의 연장(212m)을 고려할 때 차량통행에 지장이 우려된다고 되어 있다.
    (8) 청구인은 이 사건 토지 중 4㎡는 ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○○○로, 165㎡는 같은 동 ○○○-○○○로, 355㎡는 같은 동 ○○○-○○○로, 2004. 3. 17. 및 같은 해 3. 31. 각각 분할하여 우회도로 개설용으로 위 주식회사 토지산업개발에 같은 해 6. 29. 양도하였다.
    (9) 처분청은 청구 외 ○○○이 이 사건 토지 인근인 ○○○○○ ○○ ○○동 ○○○-○○○ 잡종지 753㎡에 공장건축을 신고한 것을 도로개설(위 우회도로 포함) 등을 완료하여 처분청에 무상귀속(토지포함)시키는 조건으로 2004. 4. 20. 이를 수리하였다.
    (10) 청구인은 2004. 6. 22. 공장을 신축할 목적으로 ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○○○ 외 1필지 잡종지 1,699㎡를 취득하였다.
    (11) 청구인은 2004. 6. 29. 이 사건 토지 중 우회도로 개설용으로 양도하고 남은 토지 1,175㎡를 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○-○에 있는 청구 외 ○○○○○○주식회사에 양도하였다.
    (12) 처분청은 2005. 5. 10. 이 사건 부과처분을 하였다.
    (13) 청구인은 새로이 취득한 ○○○○시 ○○ ○○동 ○○○-○○○ 외 1필지 잡종지 1,699㎡에 2005. 10. 10. 건축허가를 받아 공장(건축면적 1,008.54㎡)을 신축하여 2006. 2. 28. 사용승인을 받았다.
다. 관계 법령의 규정
    (1) 구「지방세법」(2002. 12. 30. 법률 제6842호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 따르면 대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기를 하는 때와 대도시(도시계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다) 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 되어 있고, 다만, 「수도권 정비계획법」의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 “대도시”라 한다) 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하도록 되어 있다.
    (2) 구「지방세법 시행령」(2003. 6. 30. 대통령령 제18039호로 개정되기 전의 것) 제101조 제1항의 규정에 따르면 법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다고 되어 있고, 제19호에 「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화사업으로서 도시형공장을 영위하는 사업을 규정하고 있으며, 제2항에는 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용하도록 되어 있다.
    (3) 「지방세법 시행령」 제102조 제2항의 규정에 따르면 법 제138조 제1항 제3호에서 “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다고 되어 있다.
    (4) 구「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」(2007. 4. 11. 법률 제8361호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호의 규정에 따르면 “협동화”라 함은 다수의 중소기업자가 행하는 다음 각 목의 1에 해당하는 것을 말한다고 되어 있고, 가목에 공장 등 사업장을 집단화하는 것을 규정하고 있다.
    (5) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제36조 제1항의 규정에 따르면 건설교통부장관 또는 시·도지사는 용도지역의 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정하도록 되어 있고, 제1호 다목에 도시지역 중 공업의 편익증진을 위하여 필요한 지역을 공업지역으로 결정하도록 되어 있다.
    (6) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제43조 제1항의 규정에 따르면 지상·수상·공중·수중 또는 지하에 기반시설을 설치하고자 하는 때에는 그 시설의 종류·명칭·위치·규모 등을 미리 도시관리계획으로 결정하도록 되어 있다.
    (7) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제56조 제1항의 규정에 따르면 다음 각호의 1에 해당하는 행위로서 대통령령이 정하는 행위(이하 “개발행위”라 한다)를 하고자 하는 특별시장·광역시장·시장 또는 군수의 허가를 받도록 되어 있고, 제1호에 건축물의 건축 또는 공작물의 설치, 제2호에 토지의 형질변경을 규정하고 있다.
    (8) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제30조의 규정에 따르면 건설교통부장관 또는 시·도지사는 도시관리계획결정으로 주거지역·상업지역·공업지역 및 녹지지역을 다음 각 호와 같이 세분하여 지정할 수 있도록 되어 있고, 제3호 나목에 공업지역 중 환경을 저해하지 아니하는 공업의 배치를 위하여 필요한 지역을 일반공업지역으로 지정하도록 되어 있다.
    (9) 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」제51조의 규정에 따르면 법 제56조 제1항에 따라 개발행위허가를 받아야 하는 행위는 다음 각호와 같다고 되어 있고, 제1호에 「건축법」 제2조 제1항 제2호에 따른 건축물의 건축, 제3호에 절토·성토·정지·포장 등의 방법으로 토지의 형상을 변경하는 행위와 공유수면의 매립을 규정하고 있다.
라. 판단
   청구인은 도시형공장을 신축하기 위하여 일반공업지역 안에 있는 이 사건 토지를 취득한 후, 이 사건 토지 인근토지 소유주들과 함께 개발행위허가를 받아 진입로를 개설하여 공장을 신축하려 하였으나 처분청이 이를 허가하지 않았고, 그 후 처분청은 이 사건 인근토지에 공장건축 등을 허가 또는 신고·수리하는 조건으로 우회도로를 개설하여 기부채납 하도록 함으로써 이 사건 토지 일부가 우회도로개설용지로 편입되었고 이로 인하여 청구인이 이 사건 토지에 당초 계획한 공장신축이 불가능하여 이를 매각한 것이므로 이는 당해 업종에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는데도 처분청이 이 사건 토지의 등기를 등록세 중과대상으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다고 주장한다.
   살피건대, 구 「지방세법」 제138조 제1항과 같은 법 시행령 제101조 제1항 각 호 및 제2항의 규정에 따르면 「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 협동화 사업으로서 도시형공장을 영위하는 등의 사업자가 위 제101조 제1항 각 호에 해당하는 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기일로부터 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 그 부동산 등기에 대한 등록세를 중과하되, 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것에 정당한 사유가 있는 때에는 그러하지 아니하도록 되어 있다.
   따라서 청구인이 협동화사업으로서 도시형공장을 영위하는 사업 등 위 제101조 제1항 각 호에 해당하는 업종을 영위할 경우에는 위 규정을 적용하여야 하나, 청구인은 이에 해당되지 아니하므로 청구인이 이 사건 토지를 매각한데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부와는 관계없이, 청구인이 법인설립 후 5년 이내에 이 사건 토지를 취득하여 공장을 신축하지 않고 매각하였으므로 구 「지방세법」 제138조 제1항 제3호의 규정에 따라 이 사건 토지의 등기는 등록세 중과대상이라 할 것이다.
4. 결 론
  그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.                             
2007.  9.  7.
                                         감    사    원