감    사    원

심  사  결  정

결 정  번 호            2005년 감심 제116호

제        목            재산세 등 부과에 관한 심사청구

청   구   인            ㅇㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ

                        서울특별시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 39-1

                 대리인 공인회계사 ㅇㅇㅇ

처   분   청            서울특별시 ㅇㅇ구청장

주        문       1. 처분청은 이 사건 부과처분 중 H1동 건물과 관련하여서는 2001년 및 2002년 과세기준일 현재 한국기술벤처재단이 사용한 면적을 재조사하여 그 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

                2. 청구인의 나머지 청구를 기각한다.

이        유

1. 원처분의 요지

   처분청은 청구인이 연구원 숙소 등으로 사용하던 서울특별시 ㅇㅇ구 ㅇㅇㅇ동 39-1 소재 건축물과 그 부속 토지(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 지방세 감면대상인 기술진흥단체가 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2001년부터 2003년 사이의 해당 재산세, 종합토지세 등을 면제하였으나, 청구인이 2000. 12. 27.부터 위 건축물의 일부를 개·보수한 후 동 시설의 운영업무를 서면으로 위탁한 2002. 9. 25. 이전인 2001년 상반기부터 청구외 한국기술벤처재단에서 벤처기업을 입주시켜 사용한데 대하여 이는 청구인의 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하지 아니한다고 보아 2004. 4. 10. 위 감면한 재산세, 종합토지세 등 87,685,050원을 징수결정하고 이를 부과고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 청구의 취지와 이유

  가. 청구취지

   (1) 주위적 주장

      이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 주장

   (2) 예비적 주장

      부과처분을 취소할 수 없다면 세액의 50%를 감면하게 하여 달라는 취지의 주장

  나. 청구 이유

   (1) 주위적 주장

      창업보육사업은 청구인의 고유업무에 해당하며 한국기술벤처재단에 창업보육업무를 위탁한 2002. 9. 25. 이전까지는 이 사건 부동산이 청구인의 고유업무에 직접 사용되었으므로 2001년 및 2002년도 재산세와 종합토지세 면제대상이며, 창업보육사업을 한국기술벤처재단에 위탁하였다 하더라도 동 단체 또한 창업보육센터사업자로 지정받아 과세면제대상이므로 면제한 재산세, 종합토지세 등을 추징함은 부당하다.

   (2) 예비적 주장

      이 사건 부동산은 창업보육센터사업자가 창업보육센터 용도로 사용한 것이므로 재산세와 종합토지세가 50% 감면되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

   (1) 이 사건 부동산을 청구인의 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부와 다른 단체에 창업보육사업을 위탁한 경우에도 감면대상이 되는지 여부

   (2) 청구인이 창업보육센터사업자로서 이 사건 부동산을 창업보육사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부

  나. 인정사실

   이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

   (1) 청구인은 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 따라  기초·선도기술 분야의 연구·개발 및 그 성과의 보급, 과학기술분야의 전문인력 양성 등을 목적사업으로 하여 1989. 6. 12. 설립된 정부출연연구기관이다.

   (2) 청구인은 2000. 3. 27. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ사업단을 신설하고, 동 사업단에 신산업창업보육센터를 설치하였다.

   (3) 청구인은 2000. 4. 27. 중소기업창업지원법 제5조 제2항에 근거하여 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정받았다.

   (4) 청구인은 위 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ사업단을 개편하여 2001. 1. 17. 재단법인 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ(이하 “ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단”이라 한다)를 설립하였고, 동 법인의 설립목적은 벤처창업 및 육성 강화와 효율적 지원으로 되어 있다.

   (5) 청구인은 중소기업청의 자금지원을 받아 유치과학자들의 숙소로 이용되던 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ연구원내 H1동(아파트 30세대) 건물을 2000. 7. 20.부터 2001. 11. 12. 사이에,청구인과 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단은 같은 부지안의 H6동(아파트 20세대) 건물을 2002. 12. 13.부터 2004. 1. 24. 사이에 각각 개·보수하는 것으로 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ주식회사 등과 7건의 공사도급계약을 체결(2000. 7. 20.~2003. 11. 21.)하였고 이에 따라 개·보수공사가 이루어졌다.

   (6) 2001년 1월 말경(날짜 모름) 위 청구인 청사 부지 안에 있는 H2동 건물 1층(사용면적 304.07㎡, 공유지분 포함)에 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단이 입주하였다.

   (7) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단은 2001. 4. 19. 입주대상기업(2차 15개 업체)을 선정하고 동 업체에 입주희망 시기와 면적을 신청하도록 통보하였다.

   (8) ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단은 2001. 6. 1. 법인의 명칭을 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단으로 변경하고 같은 해 8. 6. 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정받았다.

   (9) 청구인은 2002. 9. 25. ‘ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ연구원의 ㅇㅇ지역 KIST 벤처타운 신산업창업 보육업무의 운영 및 관리에 관한 업무, 그리고 H1동과 H2동(201호~203호 제외) 건물 시설의 운영’을 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단에 위탁하는 것으로 협약을 하였다. 그리고  2005. 4. 27. H6동 건물에 대하여 동일한 내용으로 추가 협약을 하였다.

   (10) 위 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단은 H1동 건물에 대하여 2001. 1. 19.부터 2002. 10. 31. 사이에, H6동 건물에 대하여는 2003. 2. 25.부터 2004. 9. 15.사이에 벤처기업과 관리비(월 233,6000원 내지 2,397,010원), 보증금(4,500,000원 내지 16,000,000원) 및 사용료(전기료, 난방비 등)를 납부하는 조건으로 입주계약을 체결한 후 H1동 건물은 2001년 3월부터, H6동 건물은 2003년 4월부터 벤처기업을 입주시켜 기술개발지원 등을 하였으며, H2동 건물은 2001년 1월부터 재단 사무실로 사용하였는데 연도별 과세기준일 현재 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단이 사용한 면적(공유지분을 포함한 잠정수치이며 이하 같다)은 아래표와 같다.

 연도별 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단 사용면적 현황(과세기준일 현재)

                                                                       (단위: ㎡)

   (11) 처분청은 이 사건 부동산에 대하여 2004. 4. 10. 면제한 2001년부터 2003년 사이의 재산세, 종합토지세 등 87,685,050원을 추가로 징수결정하고 동 금액을 부과고지하였는 데 이 사건 부동산의 연도별 과세기준 면적을 보면 H1동 건물의 경우 2001년 2,939.57㎡(전체면적 3,634.38㎡), 2002년 및 2003년 3,634.38㎡, H2동 건물의 경우 위 과세연도별 304.07㎡(전체면적 650.45㎡), H6동 건물의 경우 2003년 1,263.73㎡(전체면적 2,295.54㎡)이다.

  다. 관계 법령의 규정

   (1) 지방세법 제181조에 「재산세는 시·군·구안에 소재하는 재산에 대하여 부과한다」고 규정하고 있고, 제182조 제1항에 「재산세 과세기준일 현재 재산세 과세대장에 재산의 소유자로 등재되어 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다」고 규정하고 있으며, 제189조의 규정에 매년 6월 1일을 재산세의 과세기준일로 정하고 있다. 또한 2001. 12. 29. 개정되기 전의 지방세법 제189조의 규정에 따르면 재산세의 과세기준일이 매년 5. 1.로 되어 있다.

   (2) 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제234조의9 제1항에 「종합토지세 과세기준일 현재 제234조의8의 규정에 의한 토지를 사실상으로 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부할 의무가 있다」고 규정하고 있고, 구 지방세법 제234조의17의 규정에 매년 6월 1일을 종합토지세의 과세기준일로 정하고 있다.

   (3) 지방세법 제288조 제2항의 규정에 따르면 정부로부터 허가 또는 인가를 받거나 민법 외의 법률에 의하여 설립 또는 그 적용을 받는 학술연구단체·기술진흥단체·문화예술단체 등이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·종합토지세·도시계획세 및 공동시설세를 면제하도록 되어 있다.

   (4) 지방세법 제266조 제5항에 「고유업무라 함은 법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다」고 규정하고 있다.

   (5) 지방세법 제280조 제4항에「중소기업창업지원법에 의하여 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다」고 규정하고 있다.

   (6) 중소기업창업지원법 제2조 제7호에 「“창업보육센터”라 함은 창업의 성공가능성을 높이기 위하여 창업자에게 시설 및 장소 등의 지원을 제공함을 주된 목적으로 하는 사업장을 말한다」고 규정하고 있다.

   (7) 한국과학기술원법 제1조에 「이 법은 산업발전을 위하여 필요로 하는 과학기술분야에 관한 심오한 이론과 실제적인 응용력을 갖춘 고급과학기술인재의 양성과 국책적 중·장기연구개발 및 국가과학기술저력배양을 위한 기초·응용연구와 다른 연구기관이나 산업계 등에 대한 연구지원을 하기 위하여 한국과학기술원을 설립함을 목적으로 한다」고 규정하고 있고, 위 법인 등기부에는 기초·선도기술 분야의 연구·개발수행 및 그 성과의 보급, 국책적 중장기 연구·개발사업 및 국가과학기술 저력배양을 위한 연구·개발사업의 수행과 그 성과의 보급, 국내외 산·학·연간의 연구협력, 과학기술분야의 전문인력 양성, 연구 및 개발용역의 수탁 및 위탁 등이 목적사업으로 등재되어 있다.

  라. 판단

   첫째, 주위적 주장의 쟁점인 청구인의 창업보육사업이 지방세법 제288조 제2항의 규정에 따른 감면요건인 청구인의 고유업무에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

   위 관계 법령에서 보는 바와 같이 고유업무란 지방세법 제266조 제5항에 「법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무」라고 규정되어 있으나 청구인의 설립근거인 한국과학기술원법 및 청구인의 법인등기부에는 창업보육사업 대하여 별도로 정하거나 등재된 바가 없을 뿐만 아니라 위 인정사실에서 보는 바와 같이 청구인은 이 사건 부동산을 단계적으로 개·보수한 후 창업보육사업과 함께 시설의 운영을 청구외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단에 위탁함에 따라 동 재단에서 벤처기업을 입주시켜 사용하였으므로 청구인이 이 사건 부동산을 고유업무에 직접 사용하였다는 주위적 주장은 이유가 없다 하겠다.

   둘째, 예비적 주장의 쟁점인 이 사건 부동산을 청구인이 창업보육센터사업자로서 창업보육사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다.

   지방세법 제280조 제4항 등의 규정에 따르면 중소기업창업지원법에 근거하여 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세와 종합토지세의 100분의 50을 경감하도록 되어 있으며 또한, 재산세와 종합토지세는 매년도 과세기준일(재산세: 2001년 이전 5월 1일, 2002년 이후 6월 1일, 종합토지세: 2004년 이전 6월 1일) 현재의 부동산 이용현황에 따라 부과하도록 되어 있다.

   한편, 청구인은 2000. 4. 27. 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정을 받아 위 건물을 창업보육센터로 사용하기 위하여 개·보수 공사를 시행하였으므로 이 사건 부동산을 창업보육센터 용도로 직접 사용한 경우 관련 지방세는 경감(100분의 50)대상이 되므로 청구인의 예비적 주장은 이유가 있다고 하겠다.

   따라서 이 사건 부동산은 매년도 과세기준일 현재의 실질적인 이용현황, 즉 청구인이 창업보육사업에 직접 사용하였는지 아니면 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단이 사용하였는지 여부에 따라 해당 지방세가 50% 감면 또는 전액 과세대상이 되는바, 처분청은 위 인정사실에서 보는 바와 같이 과세기준일 현재 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단이 사용한 H2동 건물의 2001년도 부터 2003년도 사이의 면적 304.07㎡, H6동 건물(2003년 개·보수공사 착공)의 2003년도 면적 1,263.73㎡를 기준으로 각각 해당 재산세 등을 전액 징수한 것은 정당하다 하겠다.

   그러나 H1동 건물의 경우 과세기준일 현재 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단이 사용한 건물면적은 2001년도 6월 1일 기준 2,662.67㎡(5월 1일 기준 2,560.51㎡, 잠정수치)이고, 2002년도 3,501.95㎡, 2003년도 3,634.38㎡임에도 처분청은 2001년도에 2,939.57㎡ 2002년도에 3,634.38㎡를, 그리고 2003년도에도 3,634.38㎡를 기준으로 해당 재산세 등을 각각 전액 징수하는 등 이 사건 부동산에 대한 이용현황을 제대로 조사하지 아니한 잘못이 있다 하겠다.

4. 결론

   그렇다면 처분청이 일부 건물(H1동 2001년도 및 2002년도)에 대한 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ재단이 사용한 면적을 정확히 조사하지 아니한 채 면제된 재산세 등을 전액 부과처분한 잘못이 있고, 따라서 이 사건 심사청구는 위 부분에 한하여 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2005.  10.  27.

                    감     사     원