【제      목】 농어촌특별세가 비과세되는 국민주택에 부수되는 토지는 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지나 국가ㆍ지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지만을 의미한다고 본 사례
 
【사건번호】 행심2006-53, 2006.02.27 

【주문】
  청구인의 심사청구를 기각한다.
 
【이유】
  1. 원처분의 요지
  처분청은 주택건설업체인 청구인이 공동주택을 건설하기 위하여 취득한 인천광역시 서구 ○○1지구 56블럭 1롯트 토지 34,260.07㎡(이하 "이 사건 제1토지"라고 한다) 및 같은지구 34블럭 1롯트 외 2롯트 토지 118,450.0287㎡(이하 "이 사건 제2토지"라고 한다) 중 취득세가 감면되는 국민주택규모 이하에 해당하는 토지에 대하여 이미 납부한 농어촌특별세를 2004.9.13. 농어촌특별세법 제4조 제9호 및 같은법시행령 제4조 제4항의 비과세규정에 따라 환부하였으나, 그 후 위 환부결정은 대법원판례(2002두12984, 2004.8.20. 선고, 이하 "이 사건 대법원판례"라고 한다) 이후에 이루어진 것이므로 비과세대상이 아니라고 보아 이 사건 제1토지 중 감면된 취득세액(115,965,640원) 및 이 사건 제2토지 중 감면된 취득세액(379,689,310원)을 과세표준으로 농어촌특별세법 제5조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세 11,381,360원 및 농어촌특별세 36,606,190원을 2005.10.12. 각각 부과고지하였다.
 
  2. 청구의 취지 및 이유
  청구인은 2001.8.16. 부과고지한 농어촌특별세에 대하여 주택건설업자 등이 국민주택규모 이하의 주택을 신축하는 경우 토지취득시 납부한 농어촌특별세를 환부한다는 행정자치부 심사결정(제2000-896호, 2000.12.26.) 및 토지를 취득한 후 85㎡ 이하인 공동주택을 신축한 경우라면 토지의 경우에는 당해 토지를 누구에게 매수했는지 여부와 취득시기와 관계없이 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율 곱하여 산정한 면적 이내의 것에 한하여 농어촌특별세가 비과세된다는 행정자치부 유권해석(세정13407-1097호, 2002.11.18.)에 따라 2004.9.1. 처분청에게 과오납금 환부신청을 하여 같은해 9.13. 환급을 받았는데, 이를 정부합동감사에서 지적되었다고 다시 2005.10.12. 부과한 처분은 위 경우 과세대상이라고 판결한 이 사건 대법원판례에 따른 변경해석에 대한 적용시기는 2004.12.17. 이후 취득분에 대해서만 적용되고, 변경 전에 신고납부한 경우에는 변경해석 이전에 과오납 환부신청한 건에 대해서만 환급 가능하다고 회시한 농어촌특별세 비과세 및 환급관련 질의회신(행자부 지방세정팀-1039, 2005.6.4.) 내용은 물론 법적 안정성 및 신뢰보호의 원칙상 부당하다고 주장하고 있다.
 
  3. 우리부의 판단
  이 사건 심사청구의 다툼은 일반건설업체가 서민주택규모 이하의 주택을 건립하기 위하여 취득하는 토지에 대하여 이 사건 대법원판례 이후 과세대상으로 변경하였는데, 토지취득은 위 판례 전이나 환급결정은 위 판례 이후에 발생된 경우, 농어촌특별세를 부과할 수 있는지 여부에 있다 하겠다.
  먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제45조 제1항에서 과오납된 지방자치단체의 징수금과 제46조의 환부이자는 다른 미납의 지방자치단체의 징수금에 충당하고, 그 잔여금은 납세의무자 또는 특별징수의무자에게 지체없이 환부하여야 한다고 하고 있으며, 농어촌특별세법 제3조 제5호에서 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 하고 있고, 같은법 제4조에서 그 제9호의 대통령령이 정하는 서민주택에 대한 취득세 및 등록세의 감면 및 그 제11호의 대통령령이 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 하고 있으며, 구농어촌특별세법시행령(2004.12.31. 대통령령 제19257호로 개정되기 전의 것) 제4조 제4항에서 법 제4조 제9호 및 제11호에서 "대통령령이 정하는 서민주택"이라 함은 주택법시행령 제3조 제1항의 규정에 의한 규모(조세특례제한법시행령 제75조 제2항의 규정에 의한 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용건물과 이에 부수되는 토지(국가ㆍ지방자치단체 또는 대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사와 한국토지공사법에 의하여 설립된 한국토지공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 [별표]의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 하고 있고, 주택법시행령 제3조 제1항에서 법 제2조 제3호의 규정에 의한 국민주택의 규모(이하 "국민주택규모"라 한다)는 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하로 한다고 하고 있으며, 그 제2항에서 제1항의 규정에 의한 국민주택규모는 주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 "주거전용면적"이라 한다)을 기준으로 산정하고, 주거전용면적의 산정방법은 건설교통부령으로 정한다고 규정하고 있다.
  다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2000.12.26. 행정자치부 심사결정 제2000-896호로 주택건설업자 등이 국민주택규모 이하의 주택을 신축하는 경우 토지취득시 납부한 농어촌특별세를 환부결정하였고, 2002.11.18. 및 2004.5.21. 행정자치부 유권해석 세정13407-1097호 등으로 누구에게 매수했는지 여부와 취득시기와 관계없이 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율 곱하여 산정한 면적 이내의 것에 한하여 농어촌특별세가 비과세된다고 하였으며, 2001.9.15. 이 사건 제1토지 중 취득세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 납부하였고, 2001.10.28. 및 2002.3.25. 및 2002.10.13. 이 사건 제2토지 중 취득세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 납부하였으며, 2004.8.20. 이 사건 대법원판례에서 위 경우 국가ㆍ지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지만을 의미하는 것으로 판결하였고, 2004.9.1. 청구인은 이 사건 제1, 2토지와 관련하여 납부한 농어촌특별세에 대하여 환부신청하자 2004.9.13. 처분청에서는 환부결정하였으며, 2004.12.18. 행정자치부 유권해석 세정과-4628호로 이 사건 대법원판례에 따라 위 경우를 과세대상이라고 해석을 변경하였고, 2005.6.4. 농어촌특별세 비과세 및 환급관련 질의회신(행자부 지방세정팀-1039)에서 이 사건 대법원판례에 따른 변경해석(2004.12.18. 유권해석)에 대한 적용시기는 2004.12.17. 이후 취득분에 대해서만 적용되고, 변경 전에 신고납부한 경우에는 변경해석 이전에 과오납 환부신청한 건에 대해서만 환급 가능하다고 회신하였으며, 2005.10.12. 이 사건 제1, 2토지와 관련한 농어촌특별세를 부과고지한 사실을 제출된 관계증빙자료를 통해 알 수 있다.
  이에 대하여 청구인은 행정자치부 심사결정(제2000-896호, 2000.12.26.) 및 행정자치부 유권해석(세정13407-1097호, 2002.11.18.)에서 일반건설업체가 서민주택규모 이하의 주택을 건립하기 위하여 취득하는 토지에 대하여 농어촌특별세를 비과세한다고 하므로 이 사건 대법원판례 이후 환급받았는데 이것이 잘못 환급되었다고 하여 다시 부과한 처분은 이 사건 대법원판례에 따른 변경해석에 대한 적용시기는 2004.12.17. 이후 취득분에 대해서만 적용된다는 농어촌특별세 비과세 및 환급관련 질의회신(행자부 지방세정팀-1039, 2005.6.4.)에 비추어 법적 안정성 및 신뢰보호의 원칙상 부당하다고 주장하고 있으므로 이를 살펴보면, 농어촌특별세법 제4조 제11호 및 구농어촌특별세법시행령 제4조 제4항 및 주택법시행령 제3조 제1항에서는, 1세대당 주거전용면적 85㎡ 이하의 주거용건물과 이에 부수되는 토지(국가ㆍ지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 동 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적에 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 "서민주택"이라고 정의하고, 이에 대한 취득세에 관하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 농어촌특별세가 비과세되는 국민주택에 부수되는 토지란 원칙적으로 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지를 말하고, 그렇지 않은 경우에는 국가ㆍ지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지만을 의미하는 것(대법원 2004.8.20. 선고, 2002두12984 판결, 이하 "위 대법원판결"이라고 한다)이라고 할 것이다. 이 사건의 경우, 청구인은 2001.9. 이 사건 제1토지 중 취득세 감면분에 대하여, 2001.10. 및 2002.3. 및 2002.10. 이 사건 제2토지 중 취득세 감면분에 대하여 농어촌특별세를 각각 납부하였고, 2004.8.20. 위 대법원판결에서 일반건설업자의 경우는 농어촌특별세는 과세대상이라고 판시한 점, 같은해 9월 이 사건 제1, 2토지와 관련하여 납부한 농어촌특별세에 대하여 처분청에게 환부신청하자 지방세법 제45조 제1항에 따라 본 처분을 취소한 다음 환부결정하였고, 처분청에서 2005.10. 위 대법원판결에 따라 위 환부결정이 잘못되었다고 하면서 이 사건 농어촌특별세를 부과하였으며, 이 사건 제1, 2토지의 취득 및 그에 따른 농어촌특별세의 납부(이하 "원처분"이라 한다)는 위 대법원판결 이전에 이루어진 것이지만 청구인의 이 사건 농어촌특별세 환부신청과 처분청의 환부결정은 위 대법원판결 이후에 이루어졌는바, 처분청에서 위 환부결정은 잘못된 것으로 보아 다시 추징한 사실을 알 수 있다. 농어촌특별세가 비과세되는 국민주택에 부수되는 토지란 대법원 판시(대법원2002두12984, 2004.8.20.)와 같이 원칙적으로 그 지상에 이미 국민주택이 건축되어 있는 토지를 말하고 그렇지 않을 경우에는 국가, 지방자치단체 또는 대한주택공사와 한국토지공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발하는 토지를 의미하는 것인바, 청구인은 이에 해당되지 아니함이 명백하고, 더욱이 청구인은 대법원 판시(2004.8.20.) 이후에 농어촌특별세에 대하여 비과세신청을 한 점에 비추어 처분청의 이 사건 부과고지 처분은 잘못이 없다고 하겠다.
  따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.