제2008-12호

결     정     서

    위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 11월 29일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주            문

청구인의 심사청구를 기각한다.

이            유

1. 원처분의 요지

   처분청은 종교단체인 청구인이 2002.4.22. ○○○○시 ○○구 ○○동 743-2번지 공동주택(건축물 189.616㎡, 부속토지 36.3㎡, 이하 “이 사건 공동주택”이라 한다)을 취득한데 대하여 종교용부동산의 취득·등기로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2002년 6월 이 사건 공동주택에 청구외 ○○○외 2인이  2002.10.15. 주민등록 전입신고를 하여 거주하는 사실을 확인하고, 이 사건 공동주택의 취득가액 372,000,000원을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,928,000원, 농어촌특별세 818,400원, 등록세 13,392,000원, 지방교육세 2,455,200원, 합계 25,593,600원(가산세 포함)과 이 사건 공동주택의 연도별 시가표준액(2003년도 42,351,671원, 2004년도 55,888,318원, 2005년도 144,000,000원, 2006년도 144,000,000원, 2007년도 220,500,000원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제188조제1항 및 제234조의16제1항과 지방세법 제188조제1항의 세율을 적용하여 산출한 2003년부터 2007년까지의 재산세 1,344,050원, 종합토지세 67,650원, 도시계획세 773,720원, 공동시설세 146,250원, 지방교육세 282,330원, 합계 2,614,000원을 2007.9.5. 부과고지 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

   청구인은 이 사건 공동주택을 취득하여 청구인의 고유목적사업인 국내 선교 및 구호활동에 중추적인 역할을 담당하는 국내선교사인 청구외 ○○○과 그 자녀들이 주민등록 전입신고를 하고 거주하여 왔으며, 비록, 청구외 ○○○이 이 사건 공동주택에 전입한 후, 다른 지역으로 주민등록을 전출하였다하더라도 사실상 이 사건 공동주택에 거주한 사실이 전화요금고지서, 카드청구서 및 이 사건 공동주택 관리소장의 인우보증서 등에서 입증되므로 이 사건 공동주택은 청구인이 취득한 이후부터 현재까지 선교사용 숙소로 사용되었고, 행정자치부 지방세 심사결정(제2007-31호, 2007.1.19)에서도 책임교화사가 사용하는 기숙사는 종교용에 사용하는 부동산으로 보아 비과세대상에 해당된다고 하고 있음에도 처분청이 이 사건 공동주택을 종교용 목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과고지하는 것은 부당하다고 주장하며 이 사건 취득세 등의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

   이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 주택을 취득하여 선교사 및 그 가족의 숙소로 사용하는 경우 종교 목적사업에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는 지 여부에 있다고 하겠다.

   먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법 제107조 본문에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접사용하지 아니하는 경우에는 취득세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예ㆍ기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라 규정하고, 같은 법 시행령 제79조제1항 및 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 법 제107조제1호에서 규정하고 있는 비영리사업자로 규정하며, 구 지방세법 제127조제1항에서 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하나, 정당한 사유없이 그 용도에 직접사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 규정하며, 같은 법 시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 대통령령이 정하는 비영리사업자라 함은 제79조 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.”고 규정하고 있고, 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제184조 및 제234조의12, 지방세법 제186조에서 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하되, 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

   다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2002.4.22. 이 사건 공동주택 취득하고, 2002.10.15. 청구외 ○○○과 그의 자녀 2인이 이 사건 공동주택에 주민등록 전입신고를 하였으며, 2003.5.27. 청구외 ○○○은 ○○○○시 ○○구 ○○동 274번지 ○○아파트 나동 401호로 전출하였고, 2005.9.21. 이 사건 공동주택으로 재전입하였으나, 2007.3.2. ○○○○시 ○○구 ○○동 ○○택지개발사업지구 3-5블럭 ○○○○○○○ 5단지 503동 1803호로 전출한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.

   이에 대하여 청구인은 이 사건 공동주택을 취득하여 청구인의 고유목적사업인 국내선교 및 구호활동에 중추적인 역할을 담당하는 국내선교사인 청구외 ○○○과 그 자녀들이 거주하여왔으므로 이 사건 공동주택은 종교목적에 직접사용한 것으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 구 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호, 같은 법 시행령 제79조제1항제1호 및 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 이에 대한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세한다고 하면서, 각 본문 단서에서 같은 법 시행령 제78조의2제1항의 취득 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 2002.10.11선고, 2001두878 판결 참조)으로, 종교단체가 취득 등기하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식, 예배축전, 종교교육, 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이고, 특히, 비영리단체가 구외에 소재하는 주거용부동산을 취득하는 경우는 일반인과의 조세형평을 고려하여 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자가 사용하며 불가피한 사유로 인하여 당해 사업장외에 숙박시설 등을 설치하는 경우에 한하여 극히 한정적으로 비과세 대상으로 인정하여야 할 것이므로 청구인의 경우 이 사건 공동주택의 실제거주여부는 별론으로 하고,  비록 청구외 ○○○이 국내 선교 및 구호활동에 중요한 역할을 담당한다 하더라도 부목사, 강도사, 전도사등은 모두 교회의 목적사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 존재라 할 수 없으므로(같은 취지의 대법원 1986.2.25. 선고 85누824 판결 참조) 선교사인 청구외 ○○○이 사용하는 이 사건 공동주택은 종교용에 직접사용하는 부동산으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 추징한 것은 적법한 것으로 판단되고, 또한 청구인이 청구이유에서 들고 있는 행정자치부 심사결정례는 건축물을 종교활동의 중추적인 역할을 하는 특정종교의 책임교화사가 주거용이 아닌 신도들의 신앙상담 등으로 이용하는 종교시설이기 때문에 이는 종교용에 직접사용 하는 것으로 결정한 것이므로 이 사건과는 사안을 달리하는 것으로서 이 사건에는 적용할 수 없다고 판단된다.

    따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

                   2008.  1.  28.

      행 정 자 치 부 장 관