제2007-592호

결     정     서


    위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 9월 17일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주            문

청구인의 심사청구를 기각한다.

이            유

1. 원처분의 요지

  처분청은 의료법인인 청구인이 2006.4.1. 경기도 ○○시 ○○구 ○동 1162-1번지 ○○○○○ 6층 601호 내지 605호(토지 80.067㎡, 건축물 760.509㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 지방세법 제287조제2항의 규정에 따라 의료업에 사용하는 부동산으로 보아 취득세 등을 과세면제하였으나, 그 후 조사결과 청구인이 이 사건 부동산을 유예기간 1년 이내에 정당한 사유없이 의료용에 직접 사용하지 아니한 사실을 확인하고 이 사건 부동산의 취득가액( 627,000,000원)을 과세표준으로 하여  과세면제하였던 취득세 16,684,470원, 농어촌특별세 1,379,400원, 등록세 16,778,520원, 지방교육세 3,104,900원, 합계 37,947,290원(가산세 포함)을 2007.7.10. 부과고지하였다.
2. 청구의 취지 및 이유

  처분청에서 세무조사 결과를 통보한 자료에 의하면 이 사건 부동산의 공사시행사인 청구외 (주)○○종합건설과 청구인의 이사장이 동일인이므로 정당한 사유를 인정할 수 없다는 표현은 잘못된 것으로 청구인과 청구외 (주)○○종합건설은 서로 대표자가 다르며, 청구인은 이 사건 부동산 취득일로부터 1년 이내에 의료업에 직접 사용하지 않으면 과세면제한 취득세 등을 추징한다는 사실을 알지 못하였고, 처분청에서 유예기간이 경과하기 전에 이러한 추징사실을 알려주어야 이에 대비하여 조치를 취할 수 있다 할 것인데 1년이 경과하여 과세예고를 하는 것은 부당하며, 취득후 1년 이내인 2006.12.22.부터 의료업에 사용하기 위한 공사에 착공하였으나 이 사건 부동산에 대한 경매개시 결정으로 인하여 유예기간내에 의료업에 사용할 수 없었던 것으로서 이는 정당한 사유가 있는 경우로 보아야 할 것이고, 현재 이 사건 부동산에 대한 경매에 직접 참가하여 이를 취득하여 당초 목적대로 사용하고자 추진하고 있는 점을 감안하여 볼 때, 이 사건 취득세 등 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

  이 사건 심사청구의 다툼은 의료법인이 취득한 토지를 유예기간내에 의료용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부에 있다 하겠다.

  먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법 제287조제2항에서「의료법」 제48조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있다.

  다음으로 청구인의 경우를 보면, 2003.10.27. 이 사건 부동산에 대하여 근저당권자를 청구외 (주)○○○○○○○○ 및 (주)○○○○○○○○으로, 채권최고액을 390,000,000원으로 하여 근저당권 설정등기가 되어 있었던 상태에서, 청구인이 2006.3.26. 청구외 (주)○○종합건설과 이 사건 부동산에 대하여 매매대금을 627,000,000원으로 하고, 잔금지급일은 2006.4.1.로 하며, 잔금은 이 사건 부동산에 대한 채무를 양수하는 것으로 대체하는 내용의 분양계약을 체결한 후 2006.4.6. 소유권 이전등기를 하였으며, 청구인은 2006.12.20. 청구외 (주)○○○○○○와 건축공사 도급계약을 체결하였으나 별다른 공사가 진행되지 아니한 상태에서 2007.1.10. 이 사건 부동산에 대하여 기존의 근저당권자들이 임의경매개시 신청을 하여 임의경매개시 결정(사건번호 : ○○지방법원 ○○지원 2007타경○○○)이 되고 현재 경매가 진행중인 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

  이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 1년 이내에 의료업에 사용되지 않는다는 것을 알 수 없었고, 처분청에서 유예기간이 경과하기전에 이러한 사실을 통지하지도 아니한 것은 부당하며, 임의경매개시결정으로 인하여 부득이 유예기간을 경과한 것이므로 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이므로 이 사건 취득세 등 부과처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 지방세법 제120조 제3항 및 제150조의2 제3항에서 지방세법 또는 타 법에 의하여 취득세 및 등록세를 면제받은 후 추징대상이 된 때에는 납세의무자가 스스로 세액을 신고납부하도록 규정하고 있고, 취득세 및 등록세는 신고납부방식의 지방세로서 그 납세의무에 대한 책임이 1차적으로 납세의무자에게 있다 하겠으므로 처분청이 사전에 납세안내를 하지 아니하였다는 사유로 이 사건 부과처분이 부당하다고 할 수는 없다 하겠으며,

  지방세법 제287조제2항에서 「의료법」 제48조의 규정에 의하여 설립된의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있으며, 여기에서의 「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세하는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로서(같은 취지의 대법원판례 2003. 7. 22. 선고 2001두10585), 청구인의 경우 이 사건 부동산에 대한 분양계약을 체결하기 전에 이미 이 사건 부동산에 근저당권이 설정되어 있었고, 당해 근저당권에 의하여 담보되는 피담보채무를 청구인이 양수하는 조건으로 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 하였으나, 임의경매개시결정문에 의하여 이 사건 부동산을 포함한 일단의 부동산에 대한 채무자는 여전히 당초 채무자인 청구외 (주)○○종합건설로 되어 있음을 알 수 있고, 당초 채무자가 근저당권에 의하여 담보되는 채무를 이행하지 아니하면 이 사건 부동산에 대하여 임의경매가 진행될 수 있음을 충분히 예견할 수 있었음에도 청구인은 이에 대한 아무런 대비없이 2006.12.20. 이 사건 부동산에 대한 인테리어 공사계약만 체결한 채 공실로 방치하고 있었던 점을 고려해보면, 이 사건 부동산을 유예기간내에 의료업에 직접 사용하지 못한 귀책사유가 청구인에게 있다 할 것이므로 이 사건 부과처분이 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

   따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.


                                               2007. 10. 29.


                       행 정 자 치 부 장 관