제2007-604호


결 정 서


위 당사자간 취득세 등 부과 사건에 관하여 2007년 8월 31일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.


주 문


청구인의 심사청구를 기각한다.


이 유


1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2006.6.1. 부산광역시 ○○○구 ○동 539-6번지 토지 869.4㎡ 및 그 지상 건축물 49.4㎡(이하 "이 사건 부동산"이라 한다)을 증여 취득함에 따라 이를 종교용 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 이를 취득일부터 2년 이내인 2007.1.15 이를 매각하자 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조 단서규정에 의하여 이 사건 부동산의 시가표준액 1,253,630,900원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 27,775,430원, 농어촌특별세 2,777,530원, 등록세 22,712,010원, 지방교육세 4,166,300원, 합계 57,431,270원(가산세 포함)을 2007.3.12. 부과고지 하였으나 이에 불복하여 이의신청을 제기하자 2007.6.27 이의신청결정권자인 부산광역시장은 취득세 등은 기각하고 등록세 등은 세율 착오적용에 따른 세액을 경정하여 등록세 12,113,060원, 지방교육세 2,222,020원으로 경정결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 1965.9.6. 육영사업 및 사회봉사활동을 통한 복음전파를 고유목적 사업으로 하는 종교법인으로 설립허가를 받아 설립등기 하였으며, 소속교회는 그의 부동산을 총회유지재단에게 편입시킴으로써 교회의 재산을 적극적으로 보호함으로써 소속감과 결속을 도모한다는 총회규정에 의거 편입결의 후 이 사건 부동산을 청구인에게 증여한 것일 뿐 ○○○○교회가 관리운영권을 가지고 있고, 필요시 그 매각이나 담보실행 등을 할 수 있으므로 이 사건 부동산에 대한 실직적인 소유권은 ○○○○교회가 가지고 있는 것이어서 1982.7.2부터 2007년 4월까지 종교용으로 사용한 것이 되므로 이 사건 부동산을 매각한 것은 종교목적에 2년 이상 사용하고 매각한 것에 해당될 뿐만 아니라, 종교단체가 취득한 토지상에 교회 교육관을 신축한 후 교육관을 교회유지재단에 증여하였으나 증여이후에도 계속하여 종교용으로 사용하고 있는 경우 비과세한 취득세와 등록세를 추징할 수 없다는 행정자치부 심사결정(제2002-25호, 2002.1.28) 및 종교법인에 대한 증여세과세처분에 대한 국세심판결정(제2003서1869호, 200311.19), 교회목사가 자신의 명의로 건축하였으나 건축비를 사실상 교회가 부담하고 사용승인 이후 교회명의로 소유자를 정정하고 소유권 보존등기를 한 경우 취득세 납세의무는 교회에 있다는 행정자치부 심사결정(제99-14호, 1999.1.27.) 등을 인용하면서 실질과세의 원칙에 따라 비과세되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 재단법인으로 등록된 종교법인이 소속 교회로부터 부동산을 증여 받아 취득한 후, 그 취득일부터 2년 이내에 매각한 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제104조 제8호에서 “취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말 한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 제107조와 같은 법 제127조에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제79조 제1항에서 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 하면서 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제94조 제1항에서 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2006.6.1. 청구외 ○○○○교회로부터 이 사건 부동산을 증여 취득한 후, 그 사용목적을 종교용 부동산으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 비과세 받았으나, 2007.1.15. 이 사건 부동산을 청구외 (주)○○○○○에게 매매대금 21억 6,400만원에 매각하자, 2007.3.12. 이 사건 부동산의 시가표준액 1,253,630,900원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 등의 세율을 적용하여 산출한 취득세 27,775,430원, 농어촌특별세 2,777,530원, 등록세 22,712,010원, 지방교육세 4,166,300원, 합계 57,431,270원(가산세 포함)을 부과고지 하였으나 이에 불복하여 2007.5.1. 이의신청을 제기함에 따라 이의신청결정기관인 부산광역시장은 등록세율 착오적용(8/1,000→15/1,000)한 사실을 확인하고, 2007.6.27. 경정결정한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대해 청구인은 이 사건 부동산을 소속교회로부터 총회규정에 따라 증여받았을 뿐 실질적 소유권은 소속교회가 가지고 있으므로 종교용 부동산으로 2년 이상 사용(1982.7월～2007.1월)한 후 매각하였으므로 비과세대상이라고 주장하고 있으나, 지방세법 107조 및 같은 법 제127조 제1항에서 종교자선학술기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하되, 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로 취득자가 재화를 사용수익처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것(대법원 1995.1.24 선고 94누10627 판결 참조)이라 할 것이므로, 청구인의 경우 이 사건 부동산의 실질적인 소유권을 ○○○○교회가 가지고 있다고 하더라도 청구인(등록번호 : ○○○○○○-○○○○○○)과 ○○○○교회(등록번호 : ○○○○○-○○○○○)는 각각 다른 부동산등기용 등록번호를 부여받고 있는 상태에서, 2006.1.8 소속교회 ○○○○교회교인들의 총유로 되어있는 이 사건 부동산을 청구인에게 편입하기로 결의한 다음, 청구인이 2006.6.1. 이 사건 부동산을 ○○○○교회로부터 증여받아 취득한 후 부동산등기부상 새로운 소유권자로 등기하였으므로 종교용으로 새로이 취득한 것으로 보아야 하고, 이를 취득일부터 2년 이상 목적사업에 사용하지 아니하고 2007.1.15. (주)○○○○○에게 매각한 이상, 처분청에서 이 사건 취득세 등을 추징한 것에는 잘못이 없다고 하겠으며, 청구인이 인용한 행정자치부 심사결정(제2002-25호:2002.1.28, 제99-14호:1999.1.27)과 국세심판결정(제2003서1869호, 2003.11.19)은 전자의 경우 부동산을 취득한 후 계속적으로 종교용으로 공여되고 있는 경우에 관한 사례이고 후자의 경우 납세의무의 성립 및 과세요건을 달리 정하고 있는 국세(상속세및증여세)에 관한 사례이므로 이 또한 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2007. 10. 29. 행 정 자 치 부 장 관