행심 제2007-377호(2007. 6. 25)


>> 주문

청구인의 심사청구 중 2006년도 재산세 11,689,270원, 지방교육세 2,337,850원, 합계 14,027,120원의 부과처분은 각하로 하고, 2004년도 종합토지세 7,988,840원, 지방교육세 1,597,760원, 합계 9,586,600원과 2005년도 재산세 8,230,050원, 지방교육세 1,646,010원, 합계 9,876,060원의 부과처분은 기각한다.


>> 이유

1. 원처분의 요지

처분청은 학교법인인 청구인이 2003.12.31.부터 보유하고 있는 서울특별시 ○○구 ○○동 산○번지외 1필지 토지 13,489㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 2006.9.10. 시가표준액 2,387,854,700원을 과세표준으로 하고, 지방세법 제188조제1항제1호가목의 세율을 적용하여 산출한 2006년도 정기분 재산세 11,689,270원, 지방교육세 2,337,850원, 합계 14,027,120원을 부과고지 한 후, 2006.10.10. 이 사건 토지의 2004년도 시가표준액 780,589,878원을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제234조의16제1항의 세율을 적용하여 산출한 2004년도 누락분 종합토지세 7,988,840원, 지방교육세 1,597,760원, 합계 9,586,600원과 이 사건 토지의 2005년도 시가표준액 1,696,010,000원을 과세표준으로 하고 지방세법 제188조제1항제1호가목의 세율을 적용하여 산출한 2005년도 누락분 재산세 8,230,050원, 지방교육세 1,646,010원, 합계 9,876,060원을 부과고지 하였다.


2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ○○○○학교(이하 “이 사건 학교”라 한다)의 설립을 목적으로 설립된 학교법인으로 이 사건 토지를 무상으로 출연받아 취득한 후, 학교를 설립하기 위하여 지속적으로 노력을 하였으나, 이 사건 토지의 학교용지로의 도시계획시설변경 신청에 대한 처분청과 상급기관인 서울특별시의 계속적인 재검토지시 및 불승인으로 인하여 학교설립을 위한 공사가 착공하지 못하였으므로 그 귀책사유는 처분청에 있음에도 이러한 사정을 고려하지 아니하고, 단지 착공이 되지 않았다는 사유만으로 이 사건 토지를 목적사업에 직접사용하지 않는다고 보아 이 사건 재산세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 재산세 등의 부과처분의 취소를 구하였다.


3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 행정관청의 재검토지시 등으로 인하여 착공하지 못한 부동산을 재산세 비과세 대상인 목적사업에 직접 사용하고 있는 부동산으로 볼 수 있는지 여부에 관한 것이라 하겠다.
먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제186조 본문에서 다음 각호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산으로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고, 그 제1호에서는 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속 토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있으며, 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제234조의12제2호에서 본문에서 다음 각호에 규정하는 토지(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산으로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 토지에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고, 그 제1호에서는 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지. 이 경우 그 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축예정 건축물의 부속 토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.12.31.이 사건 토지를 취득하고, 2006.9.10. 처분청에서 학교용지로 직접사용하지 아니하는 이 사건 토지에 대한 2006년도 정기분 재산세를 부과하였으며, 2006. 10.10. 이 사건 토지에 대한 2004년도와 2005년도 누락분 재산세를 추징한 사실은 제출된 관련증빙자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은, 이 사건 토지를 취득한 후, 학교를 설립하기 위하여 지속적으로 노력을 하였으나, 이 사건 토지의 학교용지로의 도시계획시설변경 신청에 대한 처분청과 상급기관인 서울특별시의 귀책사유로 학교설립을 위한 공사에 착공하지 못하였음에도 처분청에서 이러한 사정을 고려하지 아니하고, 단지 착공이 되지 않았다는 사유만으로 이 사건 토지를 목적사업에 직접사용하지 않는다고 보아 이 사건 재산세 등을 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 구 지방세법 제234조의12제2호와 지방세법 제186조에서 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여 재산세를 비과세하되, 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 인하여 건축에 착공하지 못한 경우의 그 건축물의 부속 토지는 이를 그 사업에 직접 사용하고 있는 것으로 보아 비과세한다고 규정하고 있는바, 여기서 “그 사업에 직접 사용하는 토지”와 “건축 중인 경우”라 함은 현실적으로 목적사업에 직접 사용되고 있거나 건축물을 건축 중인 경우를 뜻한다고 보아야 할 것이며 목적사업에 직접 사용하기 위하여 준비를 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다(같은 취지의 대법원판결 92누14809, 1993.6.8) 할 것이며, 청구인의 경우 비록 이 사건 토지를 목적사업에 사용하지 못하게 된 것이 행정관청의 도시계획시설변경 신청에 대한 재검토지시 및 불승인 등으로 인한 것이라 하더라도 이 사건 토지를 현실적으로 목적사업에 직접사용 하였다고 볼 수는 없으며, 당해 건축물을 건축하고 있지도 아니할 뿐 아니라 건축허가도 받지 못한 이상 처분청에서 2004년도 종합토지세 및 2005년도 재산세를 부과고지 한 것은 적법한 부과처분이며, 2006년도 정기분재산세의 부과처분에 대한 심사청구가 적법하게 청구되었는지 여부에 대하여 보면, 지방세법 제74조제1항에서 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 도지사의 결정에 대하여는 행정자치부장관에게, 시장군수의 결정에 대하여는 도지사 또는 행정자치부장관에게 각각 심사청구를 하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제77조제1항제1호에서 청구기간이 경과하였을 경우 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있는 바, 청구인이 2006년도 정기분재산세의 부과처분에 불복하여 이의신청을 하고자 하였다면 적어도 부과처분의 통지를 받은 2006.9.15.로부터 90일 이내인 2006.12.14.까지는 이의신청을 하였어야 함에도, 청구기간인 90일이 경과한 2006.12.26.에서야 이의신청을 하여 ○○구청장으로부터 청구기간 경과로 인한 각하결정을 받은 후, 2007.5.28. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였기 때문에 본안 심의대상이 될 수 없다 할 것이다.
따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.