대학교 구외에 소재한 기숙사를 학교법인이 그 사업에 직접 사용하는 것으로 보지 아니하고 대학교 등이 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 과세 면제한 취득 세 등의 100분의 20을 농어촌특별세로 신고 납부한 처분의 당부(기각)

청구번호 : 2009지0749     결정일자 : 2010-05-31     세목 : 취득세

청구번호 조심 2009지0749

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구법인은 ○○○ 4외 3필 토지 3,091.2㎡ 및 동 지상건축물 3,776.7㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 2008.6.13. 경매로 취득하고, 2009.2.27. 이 건 부동산 중 건축물에 대한 리모델링 및 증축공사를 완료한데 대하여 「지방세법」 제272조 제6항에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는 기숙사용 부동산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받고, 감면 받은 취득세 387,201,450원, 등록세 354,212,580원, 합계 741,414,030원을 과세표준으로 하고 「농어촌특별세법」 제5조 제1항 제1호의 세율을 적용하여 산출한 농어촌특별세 148,302,730원(가산세 포함)을 2009.3.30. 처분청에 신고하고, 2009.3.31. 이를 납부하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 ○○○ 102에 소재한 ○○○를 설립․운영하고 있는 학교법인으로 지역의 우수한 신입생을 유치하고자 수도권에 소재한 10개 대학과 학생교류 및 상호 학점인정 을 포함하는 “학술교류협정”을 맺어 ○○○ 학생들이 위 대학들에서 매년 70여명이 1학기 또는 1년간 수업을 받고 있으며 청구법인은 위 학생들 이 생활지도, 안전관리 및 임대기간 만료시 아파트를 옳겨야 하는 불편함을 해소하기 위하여 이 건 부동산을 위 학생들의 기숙사로 사용하기 위하여 취득하여 리모델링을 하였다.

(2) 이 건 부동산은 「지방세법」 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제79조 제2항 제2호에 따른 비영리사업자인 청구법인이 수익사업으로 볼 수 없는 교육사업인 대학교 기숙사로 운영하기 위하여 취득한 부동산이며, 실제로 취득 후 3년 이내에 기숙사의 용도로 사용하였으므로 위 조항에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세 되는 것인바, 위 조항에서 규정하고 있는 비과세 대상에 해당되지 아니하는 경우 지방세 감면혜택을 부여하기 위하여 기숙사용 부동산의 취득에 대한 취득세 등의 감면을 신설하여 규정하고 있는 같은 법 제272조 제1호에 의한 감면대상에 해당하는지 여부를 판단할 필요 없이「농어촌특별세법」 제4조 제12호 및 같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 의하여 농어촌특별세도 비과세 되어야 함에도 처분청이 이 건 부동산이 ○○○ 안에 위치하지 아니한다는 사유로 같은 법 제272조 제1호에 의한 감면대상으로 보아 청구법인으로 하여금 이 건 부동산의 취득세 및 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세를 신고납부하도록 한 것은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 및 ○○○ 의견

「지방세법」 제107조 및 제127조 제1항에서 비영리사업자가 당해 부동산을"그 사업에 사용"한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것○○○을 뜻하는 것이라 하겠으며, 같은 법 제272조 제6항의 입법취지를 살펴보면,「고등교육법」제2조 제1호 내지 제5호의 규정에 의하여 설립된 사립학교의 기숙사용 부동산과 국립대학교 등이 취득하는 기숙사용 부동산간의 과세불형평 문제를 해결하고, 나아가 학교 구외에 소재하는 후생복지시설인 기숙사를 학교가 목적사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 대한 납세자와 과세관청의 다툼을 해결하고자 하는 취지로 보아야 할 것으로서 이러한 입법취지에 비추어 볼 때, 학교 구외에 위치한 이 건 부동산은 학교법인인 청구법인이 교육용에 직접 사용하는 부동산이라기보다는 학생 등을 위한 후생복지시설로서 「지방세법」 제272조 제6항에서 규정한 기숙사에 해당된다고 하겠으므로 이 건 부동산이 교육용에 직접 사용되는 부동산으로서 농어촌특별세 비과세대상에 해당된다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 교환학생의 기숙사로 사용하기 위하여 다른 지방자 치단체에 소재하는 부동산을 취득하는 경우 취득세 등의 비과세 대상인 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제272조(사회교육시설 등에 대한 감면) ⑥「고등교육법」 제2조 제1호 내지 제5호의 규정에 의하여 설립된 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 당해 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 지방세법 시행령

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조(비영리사업자의 범위 등) ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) 고등교육법

제2조(학교의 종류) 고등교육을 실시하기 위하여 다음 각호의 학교를 둔다.

1. 대학, 2. 산업대학, 3. 교육대학, 4. 전문대학, 5. 방송대학․통신대학 및 방송통신대학(이하 생략)

(4) 농어촌특별세법

제4조(비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

제5조(과세표준과 세율) ① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

호별	과세표준	세율
1.	조세특례제한법ㆍ관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호를 제외한다)	100분의 20

(5) 농어촌특별세법 시행령

제4조(비과세) ⑥ 법 제4조 제12호에서 "대통령령이 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다.

5. 「지방세법」 제106조 제2항, 제107조 제1호ㆍ제2호 및 제5호, 제109조, 제126조 제2항, 제127조 제1항 제1호부터 제3호까지，제127조의 2 제2항, 제266조 제2항(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반 정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업생산기반시설용 토지와 그 시설물에 한정한다), 제268조의 2, 제268조의 3, 제269조 제5항，제269조의2, 제270조 제1항ㆍ제4항, 제271조 제3항, 제272조 제1항ㆍ제2항ㆍ제5항, 제274조，제275조, 제278조 제1항, 제282조, 제284조 제1항(「항공법」에 따라 면허를 받은 정기항공운송사업에 직접 사용하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 항공기에 한정한다), 제287조，제288조 제1항ㆍ제2항 및 제4항, 제289조 제1항ㆍ제4항ㆍ제6항 및 같은 법 시행령 제96조 제3호 및 제5호의 규정에 의한 감면

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 운영하는 ○○○는 2003.11.19.부터 2009.1.9.까지의 기간 중에 ○○○외 ○○○ 대학교와 학술교류, 학생교류 및 학점 교환 협정을 체결하였고, 청구법인이 2008.6.13. 이 건 부동산을 취득하였으며, 2009.2.27. 처분청으로부터 이 건 부동산 중 건축물에 대한 리모델링 및 증축공사 사용승인을 받은 사실을 알 수 있다.

(2) 「지방세법」 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 취득세 등의 비과세 대상으로 규정하고 있는 비영리사업자의 고유목적사업용 부동산에 해당하는지 여부를 판단함에 있어 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다.

(3) 특히, 비영리사업자의 사업장 구외에 소재하는 부동산을 취득하는 경우는 일반인과의 조세형평을 고려하여 당해 부동산의 취득이 비영리사업자의 목적사업 수행을 위하여 필수불가결한 것이고, 그 부동산을 당해 목적사업 수행에 중추적인 역할을 하는 자가 사용하는 경우에 한하여 한정적으로 비과세 대상으로 인정하여야 할 것인바, 청구법인이 운영하는 지방소재 학교의 구외지역인 다른 지방자치단체에 소재하는 숙박시설인 이 건 부동산은 비록, 당해 대학의 소속학생으로서 수도권 소재 대학에서 수학하는 교환학생들이 사용토록 하기위하여 청구법인이 취득한 것이라 하더라도 학교법인인 청구법인이 교육용에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라기보다는 교환학생들에게 거주생활의 편의를 제공하기 위하여 취득한 후생복지시설로서 「지방세법」 제272조 제6항에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는 기숙사에 해당한다고 보이므로 이 건 부동산이 교육용에 직접 사용되는 부동산으로서 농어촌특별세 비과세 대상에 해당된다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.