행심2002-177호 등록세 등 부과처분 취소 - 2002.4.29.
※  추가로 취득한 토지에 대하여 공유토지분할에관한특례법에 의하여 공무원이 분할등기 촉탁을 함으로써 소유권 이전등기가 이루어진 경우 등록세 면제 대상 여부

【판결요지】
  공유토지분할에관한특례법에 의하여 공무원이 분할등기를 촉탁함으로서 소유권 이전등기를 하였다 하여 등록세를 면제할 아무런 근거가 없다 하겠으나, 공무원이 등기 촉탁시 등록세 납세의무자에게 이를 납부토록 하고 그 납부영수증을 촉탁서에 첨부하여야 하는데도, 담당공무원이 이러한 절차를 거치지 아니한 채 등기 촉탁을 한 경우 납세의무자에게 등록세 납부해태의 책임을 물을 수는 없다 하겠으므로 가산세를 부과한 것은 잘못 이므로 경정으로 검토

가. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1999.3.4. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 125-11번지 잡종지 301㎡(이하 "이 사건 토지"라 한다)를 취득하고 공유토지분할에관한특례법에 의한 소유권이전 등기촉탁시 등록세를 신고납부 하였어야 하는데도 이를 납부하지 아니하였으므로 이 사건 토지의 취득금액(59,926,170원)에 지방세법 제131조제1항제3호(2)의 세율을 적용하여 산출한 등록세 2,157,340원, 지방교육세 395,510원, 합계 2,552,850원(가산세 포함)을 2001.7.10 청구인에게 부과고지 하였다.

나. 청구의 취지 및 이유

청구인은 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 125-4번지 토지(529㎡)를 청구인 등 4인이 공유로 소유하고 있는 상태에서 1998년도에 처분청에서 도시계획도로 개설과 관련하여 공유토지분할에관한특례법에 따른 공유토지 분할요청을 함에 따라 분할협의를 하는 과정에서 처분청 관계공무원이 이 사건 토지에 대한 분할등기를 하는 경우 처분청이 등기촉탁을 함으로써 등록세가 면제된다는 설명을 빋고 이 사건 토지를 추가로 취득하게 되었는 바, 공유토지분할에관한특례법의 분할등기 촉탁서상 면세로 명시되어 있는 것은 등기촉탁으로 분할등기 되는 토지 전체를 면제한다는 규정이며, 처분청 등기촉탁 공무원도 등록세가 면제된다고 하였으므로 이 사건 토지에 대한 등록세를 면제하여야 하는데도 등록세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

다. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 공유토지분할에관한특례법에 따른 등기촉탁이 이루어진 경우 등록세가 면제되는 지 여부에 있다.
먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제124조에서 등록세의 납세의무자는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받은 자에게 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제126조에서 국가·지방자치단체가 자기를 위하여 하는 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다라고 규정하고 있으며, 같은 법 제150조의2 제1항 및 같은법시행령 제104조의2 제1항에서 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하기 전까지 등록세를 신고납부하도록 규정하면서, 같은법시행령 제92조에서 국가기관 또는 지방자치단체가 등기나 가등기 또는 등록이나 가등록을 등기소 또는 등록관청에 촉탁할 경우에는 그 국가기관 또는 지방자치단체는 등록세를 납부할 자에게 제90조의 규정에 의하여 납부한 영수필통지서 1통과 영수필확인서 1통을 제출하게 하여 촉탁서에 이를 첨부하여 등기소 또는 등록관청에 송부하여야 한다고 규정하고 있고, 공유토지분할에관한특례법, 제42조에서 이 법에 의한 공유토지의 분할사무는 지적공부를 보관·관리하는 시장·군수가 관장한다라고 규정하고 있으며, 같은 법 제36조 및 제37조에서 시장·군수는 분할조서가 확정되어 지적공부를 정리한 때에는 지체없이 관할등기소에 이 법에 의한 분할이 있었다는 취지를 통지하고 분할등기를 촉탁하여야 한다라고 규정하면서, 같은 법 제39조에서 시장·군수는 등기관이 분할등기를 완료한 때에는 지체없이 각 공유자, 이해관계인 기타의 권리자에게 그 뜻을 통지하여야 한다라고 각각 규정하고 있다.
다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 청구인 외 3인이 공유하고 있는 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 125-4번지 잡종지 529㎡에 대하여 처분청과 공유토지분할에관한특례법에 따른 분할협의를 하면서 처분청 지적담당공무원의 등록세 면제 설명에 따라 이 사건 토지를 추가로 취득하기로 하고 처분청의 청산금 납부통지 안내에 따라 1999.3.4. 청산금을 완납하였으며, 처분청에서 1999.3.5 △△지방법원 ○○등기소장에게 분할등기 촉탁을 하여 그 다음 날인 3.6 등기가 완료되고 같은 해 3.18 청구인에게 공유토지분할 등기완료 통지를 한 사실과 처분청은 이 사건토지의 소유권 이전등기에 대한 등록세가 미납된 것을 확인하고 이 사건 등록세를 부과한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.
이에 대하여 청구인은 공유토지분할에관한특례법에 의한 분할등기촉탁서 서식에 면세로 명시되어 있고, 담당공무원이 그에 따라 등록세가 면제된다는 설명을 하였으므로 등록세가 면제되어야 한다고 주장하는 것을 살펴보면, 공유토지분할에관한특례법시행령 제39조에서 규정하고 있는 분할등기촉탁서(별지 제27호 서식)는 시장·군수가 자기를 위하여 등기할 목적으로 등기촉탁을 하는 경우 관할 등기소에 제출하는 법정서식으로서 동 서식의 등록세 항목에 [면세(지방세법 제126조 제1항)]로 명시되어 있는 것은 지방자치단체에 대하여 등록세를 비과세 한다는 사실을 표기해 놓은 것으로써, 이 사건 토지의 경우 청구인은 처분청의 분할등기촉탁에 따라 등기권리자가 된 것이므로 청구인에게 등록세가 면제되는 것으로 볼 수 없고, 이 사건 토지가 등록세 면제대상에 해당되지 않는데도 처분청 등기관련 공무원이 구두로 면제대상이라고 설명을 하였다고 하더라도 청구인이 이 사건 토지에 대한 등기권리자로서 지방세법상 등록세 납세의무가 당연히 발생한 것이므로 청구인에게 등록세가 면제되어야 한다는 주장은 받아들일 수 없다 하겠으나, 공유토지분할에관한특례법 제4조 및 제37조에서 공유토지의 분할사무를 시장·군수가 관장하도록 되어 있고, 지방세법시행령 제92조에서 지방자치단체가 등기를 등기소 또는 등록관청에 촉탁할 경우에는 등록세를 납부할 자에게 등록세를 납부하게 하고 그 납부한 영수필통지서와 영수필확인서를 제출하게 하여 촉탁서에 이를 첨부하여 등기소 또는 등록관청에 송부하여야 한다고 명백히 규정하고 있음에도 처분청이 위의 절차를 거치지 아니한 채 1999.3.5. ○○등기소장에게 직접 분할등기 촉탁을 하고 1999.3.18 청구인에게 공유토지 분할등기 완료통지와 함께 등기필증 사본을 송부하였다면 청구인에게 등록세 납세의무의 해태를 탓할 수는 없다고 하겠으므로 이 사건 등록세 등 부과처분 중 가산세 부분은 취소하는 것이 타당하다고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.