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법령해석 사례
문서번호/일자 대법원 2016두59713 / 2017.04.13 

대법원 2016두59713(2017.04.13) 취득세 
(처분청패소)
【원 심 판 결】
서울고등법원 2016. 10. 14. 선고 2016누37272 판결
 
 제목
기존 지주회사의 신규 자회사편입으로 인한 과점주주 간주취득세 면제 여부
[판결요지]
지주회사에 대한 세제혜택의 취지 및 공정거래법에 의하여 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형 등을 종합하여 보면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내 회사의 과점주주가 된 경우에도, 이 사건 감면조항에서 정하고 있는 ‘지주회사가 된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.
【주 문】
원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.
【이 유】
상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서 등 서면들의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.
1. 상고이유 제1점에 대하여
가. 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것) 제105조 제6항은 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 해당 법인의 부동산을 취득한 것으로 본다’고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2010.12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것) 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 감면조항’이라 한다)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다)에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써 「지방세법」제22조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 구 「지방세법」제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다‘고 규정하고 있다.
지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 감면조항의 입법취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다(대법원 2014. 1. 23. 선고2011두2781 판결 등 참조). 그렇다면 이미 공정거래법에 따른 지주회사로 설립 내지는 전환되었더라도 국내 회사를 자회사로 새로이 편입하여 그 국내 회사에 대한 지주회사가 되는 기업구조조정이 있는 경우에는 새로 지주회사를 설립하는 경우와 마찬가지로 여전히 이 사건 감면조항에 따른 세제혜택을 부여할 필요가 있다. 그리고 일반지주회사가 사업내용을 지배할 목적으로 일정한 요건을 갖추어 계열회사가 아닌 국내 회사를 자회사로 새로이 편입하기 위하여 해당 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 지주회사 및 과점주주가 되는 것은 공정거래법상 원칙적으로 허용된다.
이와 같은 이 사건 감면조항의 문언과 아울러 지주회사에 대한 세재혜택의 취지 및 공정거래법에 의하여 허용되는 지주회사의 자회사 편입 유형 등을 종합하여 보면, 이미 공정거래법에 따라 설립 내지는 전환된 지주회사가 계열회사가 아닌 국내 회사의 주식을 일시에 취득함으로써 그 국내 회사를 자회사로 새로 편입하여 그 국내 회사의 과점주주가 된 경우에도 이 사건 감면조항에서 , 정하고 있는 ‘지주회사가 된 경우’에 해당한다고 보아야 한다.
나. 원심판결 이유 및 적법하게 채택한 증거들에 의하면, 원고는 2009. 9. 30. 공정거래법에 따른 지주회사로 전환된 상태에서 2010. 10. 14. 이 사건 부동산을 소유하고 있는 아프라나서울 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)의 발행주식 51%를 취득하여 공정거래법에서 정한 자회사로 편입한 사실 등을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 공정거래법의 지주회사로서 소외 회사의 주식을 취득함으로써 소외 회사를 자회사로 새로 편입하였더라도 이 사건 감면조항이 적용된다고 할 것이다.
다. 그럼에도 원심은 이에 어긋나는 판시와 같은 이유만으로 이와 달리 판단하였으므로, 이러한 원심의 판단에는 이 사건 감면조항의 적용범위에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.
2. 결론
그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하며, 사건을 다시 심리⋅판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

번호 제목 문서번호/일자
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2432 체납처분의 중지사유에 해당하는 지 여부(기각) 2001-0393(2001.08.27) 조세심판 
2431 국세징수법에 의한 체납처분절차에서 공매대금이 그 압류에 관계된 수개의 국세들의 총액에 부족한 경우, 그 충당의 방법 대법원 2002. 3. 15. 선고 99다35447 
2430 쟁점부동산에 대한 체납처분을 중지하고 압류를 해제하여 달라는 청구주장의 당부 조심-2015-서-4547[심판] 2015.12.22 
2429 부동산의 전유부분(건물)을 경락 취득한 후 소유권이전등기 소송(자백간주 판결)을 통해 소유권을 취득한 쟁점대지지분에 대한 취득세 납세의무성립 여부 조심2013지0941(2014.02.17) 
2428 청구인이 재개발구역내의 부동산을 소유하다가 재개발사업이 완료됨에 따라 관리처분계획에 따라 청구인 명의로 이전고시된 아파트에 대하여 당해 이전고시 다음 날에 청구인이 이를 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부 조심2014지1169(2016.03.28) 
2427 쟁점재산의 압류해제를 거부한 처분의 당부 조심2008서1024(2008.11.13 
2426 주택을 경락 취득한 후 그 대지권에 대하여 소송을 통하여 소유권 이전등기를 한 경우 대지권에 대한 취득세 부과제척기간이 경과하였는지 여부 및 주택에 대한 취득세율 적용대상인지 여부 조심2015지1152(2015.11.26) 
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