제2007-649호

결     정     서

    위 당사자간 등록세 등 부과 사건에 관하여 2007년 10월 17일 청구인으로부터 심사청구가 있으므로 이를 심의하여 다음과 같이 결정한다.

주            문

   청구인의 심사청구를 기각한다.

이            유          

1. 원처분의 요지

   처분청은 청구인이 1980.10.13. 법인설립 및 2002.12.3. 해산간주 및 2003.8.26. 회사계속된 법인을 인수한 후 2003.9.2. ○○○○시 ○○구 ○○동 116-5번지 및 근린생활시설용 건축물(토지 및 건축물을 합하여 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득·등기한 것과 2003.10.14. 및 2003.12.22. 자본금을 증자(이하 “이 사건 자본금 증자”라고 한다)한 것에 대하여 등록세 등을 회사계속일(변경등기일)을 새로운 법인의 설립일로 보아 대도시내 법인설립 5년내 취득한 부동산 등기로서 중과세율을 적용하여야 하는데도 일반세율로 각각 신고납부하자 이 사건 부동산의 취득가액(3,020,000,000원) 및 이 사건 자본금 증자액(1,000,000,000원)을 과세표준으로 지방세법 제138조제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 이 사건 부동산에 대한 등록세 217,440,000원, 지방교육세 39,864,000원, 합계 257,304,0000원(가산세 포함)을, 이 사건 자본금 증자액에 대한 등록세 9,600,000원, 지방교육세 1,760,000원, 합계 11,360,000원(가산세 포함)을 2007.9.18. 각각 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

   청구인은, 1980.10.13. 설립된 법인을 회사계속 및 상호변경 등을 하였을 뿐 여전히 종전 법인의 등록번호를 가지고 있는 법인이라는 점 및 휴면법인으로 존속한 상태에서 5년이 경과한 경우라면 그 이후 취득등기하는 부동산은 등록세 중과세 대상이 아니라고 하는 행정자치부 유권해석(세정-2485호, 2005.9.5.) 및 처분청에서 상호변경전의 회사인 (주)○○○○기계에 대한 체납세액을 청구인에게 부과한 처분에 비추어, 청구인과 전회사는 동일한 회사로서 당연히 그 법인설립일은 전회사의 설립일인데도 회사계속일(변경등기일)을 설립일(2003.8.26.)로 보아 법인설립 5년내 취득하는 부동산 등기 및 자본금 증자로서 등록세 등을 중과세하는 처분은 부당하다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하고 있다.

3. 우리부의 판단

   이 사건 심사청구의 다툼은 해산간주 및 회사계속 등기된 대도시내 설립 5년이상인 법인을 인수한 후 상호 및 임원 등을 변경한 경우, 법인설립일은 회사계속등기일(변경등기일)로 보는 것이 타당한 지 여부에 있다 하겠다.

   먼저 관계법령의 규정을 보면, 지방세법(2004년도 적용 법률과 현행법 내용이 동일하므로 현행법으로 한다) 제138조제1항에서 그 제3호의 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다고 하고 있고, 같은 법 제150조의2제2항에서 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 하며, 같은 법시행령 제102조제2항에서 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하고, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 하며, 같은 법시행령 제104조의2제2항에서 법 제150조의2제2항에서 대통령령이 정하는 날이라 함은 그 제1호의 대도시안에서 법인을 신설하는 경우 및 대도시안에서 법인의 지점 또는 분사무소를 설치하는 경우 및 대도시외에서 법인의 본점 또는 지점을 대도시안으로 이전하는 경우에 해당하는 경우에는 당해 사무소 또는 사업장이 사실상 설치된 날을 말한다고 하고, 상법 제519조에서 회사가 존립기간의 만료 기타 정관에 정한 사유의 발생 또는 주주총회의 결의에 의하여 해산한 경우에는 제434조의 규정에 의한 결의로 회사를 계속할 수 있다고 규정하고 있다.
 
   다음으로 청구인의 경우를 보면, 1980.10.13. (주)○○○○기계(이하 “위 휴면법인”이라 한다)는  본점을 ○○○○시 ○○○구 ○○동 3가 76번지로, 목적사업은 농수산물 가공기계 등제작판매업·금속가공 제조판매업·크레인 제작판매업 등으로 하여 설립되었고, 위 휴면법인은 본점을 사업장소재지로, 업종을 제조업(토목공사 및 유사용 기계장비 등)으로 개업일을 1980.11.3.로 하는 사업자등록(○○○-○○-○○○○○)을 하였으나, 1995.9.30. 폐업하였으며, 2002.12.3. 위 휴면법인은 상법 제520조2제1항의 규정에 의하여 해산간주와 동시에 같은 날 대표이사 ○○○ 및 이사 ○○○는 해산으로 말소 등기되었고(2003.8.25. 위 ○○○은 청산인으로 등재된 후 다음날 말소), 2003.8.26. 청구인은 위 휴면법인을 인수함과 동시에 회사계속 등기를 경료하면서 등기부상 상호 및 본점을 (주)○○○○과 ○○○○시 ○○구 ○○동 116-5번지로, 목적사업은 기존 휴면법인의 목적사업을 모두 삭제함과 동시에 기계공업 제작 및 판매업·크레인 및 운반기계 제작 및 판매업·일회용품 제조 및 판매업·전기용품 제조 및 판매업으로, 임원에 관한 사항에서 대표이사 신상태 및 감사 정정옥 등이 새로 취임 등재하는 것으로 변경등기하였으며, 청구인은 관할세무서장에게 업종을 도매(무역) 및 부동산임대로, 개업일을 2003.8.25.로 하는 사업자등록(○○○○○○-○○○○○○)하였고, 2003.9.2. 청구인은 이 사건 부동산 등기에 대하여 일반세율로 등록세 등을 신고납부하였으며, 2003.10.14. 및 2003.12.22. 청구인은 각각 5억원을 증자한 이 사건 자본금 증자에 대하여 일반세율로 등록세 등을 신고납부한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다.

   이에 대하여 청구인은 종전 법인의 등록번호를 가지고 있는 법인이라는 점 및 이 사건 경우는 등록세 중과세 대상이 아니라고 하는 행정자치부 유권해석(세정-2485호, 2005.9.5.) 및 위 휴면법인에 대한 체납세액을 청구인에게 부과한 처분에 비추어, 청구인과 위 휴면법인은 동일한 회사로서 당연히 그 법인설립일은 위 휴면법인의 설립일인데도 등록세 등을 중과세하는 처분은 부당하다고 주장하여 이를 보면, 지방세법 제138조제1항에서 대도시내 법인설립 5년내의 법인 설립이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 3배로 중과세하는 취지가 인구와 경제력의 대도시집중을 억제함으로써 대도시 주민의 생활환경을 보존·개선하고 지역간의 균형발전 내지는 지역경제를 활성화하려는 복지국가적 정책목표를 달성하기 위하여 자연인에 비하여 인구와 경제력의 집중효과를 초래하는 법인에 대하여 대도시내에서의 신설을 억제하려는 데 그 목적이 있다 고 하는 것(헌법재판소 1998.2.27. 선고 97헌바79 판결)이나, 실제는 이러한 중과세 취지에 해당됨에도 단지 조세회피목적으로 대도시내 설립 5년 이상된 휴면상태의 법인을 인수한 다음 표면상 휴면법인이 부동산을 취득하는 것으로서 포장된 경우까지 성실하게 조세의무를 다하는 납세자와 동일하게 보는 것은 조세형평에 위배됨은 물론, 특히, 기존회사의 채무면탈을 목적으로 기업의 형태와 내용이 실질적으로 동일하게 설립된 신설회사가 기존회사와 별개의 법인격임을 내세워 그 책임을 부정하는 것은 신의성실에 반하거나 법인격을 남용하는 것으로서 허용될 수 없는 것(대법원 2004.11.12. 선고 2002다66892 판결 등)에 비추어, 휴면법인을 주식을 통해 인수한 경우의 법인설립일을 기존 휴면법인설립일로 보지 않고 인수하여 등기부상 제반사항을 변경함과 동시에 회사계속등기한 경우는 그 계속등기일을, 회사계속된 회사를 인수하여 등기부상 제반사항을 변경등기한 경우는 그 변경등기일로 본다(행정자치부 심사결정 제2007-491호, 2007.10.1. 및 제2007-128호, 2007.3.26. 및 유사한 취지의 유권해석 지방세정팀-2081호, 2006.5.23.)고 하는 것이 실질과세 원칙상 상당하다고 할 것으로서, 청구인의 경우, 1980.10.13. 위 휴면법인은 본점을 ○○○○시 ○○○구 ○○동 3가 76번지로, 목적사업은 농수산물 가공기계 등 제작판매업·금속가공 제조판매업 등으로 하여 설립되었고(1980.11.3. 개업하여 1995.9.30. 폐업함), 2002.12.3. 위 휴면법인은 해산간주와 동시에 같은 날 대표이사 ○○○ 및 이사 ○○○는 해산으로 말소 등기(2003.8.25. 위 ○○○은 청산인으로 등재된 후 다음날 말소)되었으며, 2003.8.25.(8.26. 등기) 청구인은 위 휴면법인을 인수함과 동시에 회사계속 등기를 경료하면서 등기부상 상호 및 본점 및 목적사업 및 임원에 관한 사항을 모두 변경등기하였고, 같은 날 관할세무서장에게 업종을 도매(무역) 및 부동산임대로 하는 사업자등록을 하였으며, 2003.9.2. 이 사건 부동산에 대하여 취득등기를, 2003.10.14. 및 2003.12.22. 2차례에 걸쳐 이 사건 자본금 증자를 한 사실을 볼 때, 청구인이 위 휴면법인을 인수함과 동시에 회사계속등기 및 등기부상 제반 사항을 모두 변경등기한 때(2003.8.26.)를 실질적으로 법인을 새로이 설립하였다고 봄이 위 대법원판례 및 지방세법상 중과세 취지상 상당하다 할 것이며, 이로부터 5년이내인 2003.9.2. 이 사건 부동산에 대하여 취득등기를, 2003.10.14. 및 2003.12.22. 이 사건 자본금 증자를 한 이상 이는 등록세 중과세요건에 해당하므로 처분청이 청구인에게 이 사건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 하겠고, 한편, 청구인은 처분청의 부과 부당성에 대한 근거로서 휴면법인의 설립일을 인정하는 행정자치부 유권해석을 제시하고 있으나, 위 유권해석은 전국적으로 통일적인 과세기준으로 삼는 지침과 달리 개별적인 사안에 대한 납세자 질의에 대한 회시로서 신의성실의 원칙이 적용되지 않는 것이므로 이러한 경우 과세관청이나 불복청구와 관련된 결정기관에서 반드시 따라야 하는 것이 아니고, 또한, 청구인이 동일한 법인이라고 근거로서 제시하고 있는 처분청이 위 휴면법인의 체납액을 청구인에게 부과고지한 처분(이하 “위 처분”이라 한다)이 정당한 지 여부(이 사건 심사청구에 포함되었지 아니함)는, 위 처분이 청구인이 위 휴면법인의 사업을 양수하여 제2차 납세의무자에 해당되어서 부과되었는지에 대한 판단은 별론으로 하면서, 우선 처분청은 2004.4.14. 위 처분을 하여서 청구인이 이에 대한 불복을 하려면 그 때로부터 90일내 이의신청 등의 불복청구를 하여야 함에도 그 불복청구기간을 도과하였으므로 본안심의대상이 아니라고 하겠다.

   따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 
                                                2007. 11. 26.

                       행 정 자 치 부 장 관