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2016년9월부터 2017년까지 한시적 운영, 차후 통칙개정 예정
서울특별시세 가산세 운영지침 

제1조 【목적】본 지침은 서울특별시세 가산세 부과·징수에 필요한 사항    및 가산세를 부과하지 아니하는 정당한 사유 등을 규정함으로써 지방세 부과·징수 사무의 법적안정성 및 예측가능성을 제공하고 서울특별시민의 납세의무의 원활한 이행에 기여하여 신뢰세정구현에 이바지함을 목적으로 한다
제2조 【정의】 본 지침에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
  1. “가산세”란 지방세관계법에서 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니할 경우에 지방세관계법(지방세기본법, 지방세법, 지방세특례제한법, 조세특례제한법, 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법)에 따라 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액을 말한다. 단, 가산금은 이에 포함하지 아니한다.
  2. “정당한 사유”란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 사유를 말한다.
제3조 【정당한 사유】 ① 과세권자는 가산세 부과 원인이 되는 사유가 다음 각 호에 해당되는 경우에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 납세자가 천재지변, 사변, 화재 등 재해를 입거나 도난당한 경우
2. 납세자 또는 그 동거가족이 질병으로 인하여 위독하거나 사망하여 상중인 경우
3. 권한 있는 기관에 장부·서류가 압수되거나 영치된 경우
4. 정전, 프로그램의 오류, 그 밖의 부득이한 사유로 서울시 금고가 운영하는 정보처리장치, 지방세 수납대행기관이 운영하는 정보처리 장치, 세입금통합수납처리 시스템 등을 정상적으로 가동시킬 수 없는 경우(WETAX 또는 ETAX 서비스 지연 등 정상적으로 가동시킬 수 없는 경우 포함.
5. 납세자가 그 사업에 심각한 손해를 입거나 그 사업이 중대한 위기에 처한 경우(납부의 경우에 한정한다)
6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
② 과세권자는 가산세 부과 원인이 되는 사유가 지방세기본법 통칙 54-2의 정당한 사유에 해당하는 경우에는 그 가산세를 부과하지 아니한다.
 1. 납세자가 수분양자의 지위에서 과세물건을 취득하고 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하였으나 추후 분양자의 공사비정산 등으로 인해 수정신고를 하는 경우에는 과소신고 가산세와 납부불성실 가산세를 부과하지 아니한다.
 2. 납부불성실 가산세를 가산하여 납세의 고지를 하였으나 기재사항 누락으로 위법한 부과처분이 되어 당초의 고지를 취소하고 다시 고지를 하는 경우에는 추가로 늘어나는 기간에 대한 납부불성실 가산세는 가산하지 아니한다. 
③ 제1항 및 제2항외에 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유는 다음 각 호와 같다.
1. 법률이 개정되어 과세대상으로 변경되었음에도 불구하고 실무상의 업무처리에 아무런 변화가 없었고, 과세관청과 납세자 모두 과세대상임을 인지하지 못하였으며, 감사원의 지적을 받고 나서야 비로소 과세관청 내부에서 면세대상인지 여부를 놓고 갑론을박이 있었고 그 이후에 대통령령이 명확히 개정됨에 따라 과세관청에서 과세방침을 확정한 경우 (대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두13632 판결)
2. 법률이 개정되어 과세범위가 변경되었음에도 불구하고 부칙에서 종전의 규정에 의한다는 경과규정을 둠에 따라 납세자가 종전의 규정에 따라 과세범위가 결정된다고 이해할 여지가 상당하였던 경우로서 과세관청 역시 관계 규정의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하였던 경우( 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결)
3. 대법원 판례가 변경되어 과세대상이 된 경우(대법원 2012. 4. 12.선고 2011두31673 판결)
4. 법원에 의하여 선임된 상속재산 관리인이 일반상속채권자와 유증받은 자의 권리신고 공고 기한의 다음날부터 6개월 이내에 피상속인의 취득세 등을 신고납부한 경우 (서울고등법원 2013. 4. 24. 선고 2012누35438 판결)

5. 후순위 상속인이 선순위 상속권자가 상속을 포기하여 승계하는 경우에는 상속개시 사실을 안 날부터 6개월 이내에 취득세를 신고납부한 경우(수원지방법원 2011. 5. 4 선고 2010구합17411 판결; 확정)
6. 지방세관계법령에 대한 해석에 대하여 과세관청과 이의가 있고 법원의 판단이 없는 경우로, 동일한 법규해석에 대한 조세심판원, 감사원 등 불복청구 위원회의 결정을 신뢰한 경우로 법원의 확정판결이 있기 전에 납세의무가 성립한 부분 (대구지방법원 2011. 7. 20. 선고 2011구합1391 판결 등)
7. 아파트를 분양받은 납세자가 취득세 등을 신고납부하면서 분양계약서 및 공부상 면적을 기준으로 일반세율로 신고납부를 하였으나, 실제로 불법증축 부분의 면적을 고려하였을 때 중과세율이 적용되어야 하는 경우로서, 건축주가 무단 증축을 한 사실을 납세자가 알 수 없었다고 봄이 상당한 경우 (서울행정법원 2014. 10. 17. 선고 2014구합7435판결)
8. 납세자로부터 차량 취득세 신고서를 제출받지 아니한 채 업무담당자가 납세자가 제출한 자동차등록원부, 이전등록신청서 등을 기초로 과세표준 산정에 필요한 차량 제작년도 등을 전산에 입력하는 과정에서 업무담당자가 차량 제작년도를 잘못 입력함에 따라 납세자가 과세표준을 과소신고 및 납부하게 된 경우 (조심 2013지1005, 2014. 2. 26.)
9. 자치구청장이 서울특별시장에게 지방세 감면에 대한 질의를 하여 서울특별시장이 감면대상에 해당한다고 회신하였으나, 추후 행정자치부 장관이 과세대상이라고 유권해석을 하여 기 감면된 지방세를 추징하게 된 경우(서울특별시 2014. 10. 2. 결정 과세전적부심사 2014-100)로 행정자치부장관의 새로운 유권해석이 있기 전에 납세의무가 성립한 부분
10. 공무원이 공부(장애인 복지카드 등급, 주민등록등본, 국가유공자 등록증 등)를 잘못 등기·등록·등재 이를 신뢰하고 지방세를 감면받은 자에 대하여 공부의 착오를 이유로 감면받은 세액을 추가 징수하는 경우(서울시 심사 2004-144)
11. 행정관청의 단순한 의견표시를 벗어나 납세자가 과세요건을 공개하여 질의를 하고 과세관청이 이에 대하여 문서로 회신한 사항을 신뢰한 경우(다만, 납세자 이외의 제3자에 대한 질의회신과 과세관청 이외의 행정기관이 회신한 것은 이에 포함되지 아니한다)
12. 그 밖에 제1호부터 제11호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
제4조 【정당한 사유에 해당되지 않는 경우】 본 지침에서 서울특별시세 가산세가 제외되는 ‘정당한 사유’에 해당되지 않는 경우 다음과 같다.
 1. 납세의무자의 단순한 법령의 부지 및 착오 (대법원 2004. 06. 24. 선고 2002두10780 판결)
 2. 세무공무원의 잘못된 행정지도를 신뢰한 경우에도 그것이 관계법령에 어긋나는 것이 명백한 경우(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결 등)와 건물신축시 취득세 등 신고 시 세무공무원의 안내착오 (인천지방법원 2010. 12. 17. 선고 2010구합3736 판결 등)
 3. 과세관청이 감면결정을 하고 추후 세무조사를 실시하여 감면이 적법하다고 결정통지를 하였으나, 추후에 감사원 지적을 받고 부과처분을 한 경우(납세자가 법률전문가의 자문을 얻어 지방세 감면신청을 한 경우도 같다) (대법원 2012. 9. 27. 선고 2012두11607판결)
 4. 특정 조세법규의 해석에 있어서 다양한 해석이 가능한 상황에서 납세자가 과세관청과 달리 해석한 경우 (대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결 참조)
 5. 상담센터에 질의하여 받은 회신문을 믿고 신고·납부를 하였으나, 위 회신문에는 일반적 의미의 관련 법규만 제시되어 있을 뿐 납세자의 사안에 대하여 구체적으로 판단하지 않은 경우 (조심 2012서5243, 2013. 1. 30.)
 6. 납세자가 업무량 폭주 등으로 원천징수 의무를 이행 하지 못한 경우, 신고납부 사무를 담당하는 직원이 신고납부를 하지 아니한 경우, 납세자가 구속 상태에 있는 경우 등 납세자의 개인적인 사정으로 의무이행을 해태한 경우
 7. 과세관청 이외의 지방자치단체의 질의회신 및 유권해석에 따라 의무이행을 해태한 경우 (인천지방법원 2014. 5. 29. 선고 2013구합10902 외 다수)
 8. 과세관청 담당공무원으로부터 납세안내를 받기로 하였으나 납세안내를 받지 못하여 신고납부를 하지 못한 경우 (조심 2014지0884, 2016. 1. 21.)
 9. 납세자가 조세감면 신청을 하고 과세관청이 감면결정을 하였으나 위 감면결정이 관련 법령에 어긋난 것이 확인 된 경우 (조심 2015지0416, 2016. 1. 7. 감사원 2015. 12. 17. 결정 감심 제982호 등)
10. 납세자가 조세회피 시도 과정에서 그 주장에 부합하는 질의회신을 얻고 이를 신뢰한 경우 (대법원 2012. 2. 9. 선고 2008두13293 판결(환송판결), 서울고등법원 2012. 9. 14. 선고 2012누4625 판결(환송후판결))
11. 납세자가 과세요건 등에 영향을 주는 사실을 누락하고 질의회신을 한 경우 
12. 그 밖에 제1호부터 제11호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우
제5조【부정과소신고】지방세기본법 제53조의3 제2항을 적용함에 있어서 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’는 다음과 같다.
1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓기장
2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취
3. 장부와 기록의 파기
4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐
5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 
6. 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위
제6조【직권감면】① 자치구청장은 납세자가 신고납부 의무를 해태함에 있어서 제3조에 의한 정당한 사유가 있다고 인정되는 경우에는 직권으로 감면할 수 있다. 단, 감면세액이 5천만원 이상인 경우에는 사전에 서울특별시장의 승인을 받아야 한다.
② 제1항의 경우 자치구청장은 지체 없이 서울특별시장에게 감면내역을 보고하여야 한다.
제7조 【정보제공】① 과세권자는 조건이 부여되어 있는 납세자의 지방세 비과세·감면 결정을 함에 있어서는 추징 조건 등에 대하여 납세자에게 충분히 설명하여야 한다.
② 과세권자는 납세자가 대도시내 신설법인으로 잠정적인 취득세 중과세 대상에 해당되는 경우에도 중과유예 조건 등에 대하여 납세자에게 충분히 설명하여야 한다.
③ 과세권자는 납세자의 과세물건이 중과세 대상이 된 경우에는 그 사유가 발생한 날을 안 날 부터 30일 이내에 신고납부 하도록 납세자에게 사전 안내를 하여야 한다.
제8조 【과세예고】자치구청장은 가산세를 포함하여 지방세 과세예고를 하는 경우에는 가산세 부분에 대하여 별도로 불복할 수 있음을 명시하여야 한다.
제9조 【입증책임】 가산세 감면에 대한 입증책임은 이를 주장하는 자에게 있다.
제10조 【적용방법】① 본 지침은 본 지침 시행일부터지방세의 납세의무가 성립하는 부분부터 적용한다.
② 본 지침에 규정된 정당한 사유가 법령의 제·개정 및 법원의 확정판결 등으로 인해 변경되는 경우에는 그 적용을 배제하고 새롭게 변경된 내용을 적용한다.
③ 본 지침은 과세관청 내부에서 적용되는 것이므로 납세자는 이를 근거로 가산세 감면의 정당한 사유를 주장할 수 없다.
④ 과세권자는 본 지침을 해석함에 있어 유추·확장 해석을 통한 부당한 감면이 이루어지지 않도록 주의하여야 한다.