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법령해석 사례
문서번호/일자 서울세제-746(2017.01.13) 
서울세제-746(2017.01.13) 취득세 
 
 제목
종교단체(비영리사업자) 부동산 감면대상 여부에 대한 질의 회신
[관계법령]
「지방세특례제한법」제50조 제1항
[답변요지]
종교단체가 취득하는 부동산이 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하여는 취득세 및 재산세가 감면된다고 할 것이나, 당해 건물이 종교시설로 용도변경이 불가능한 경우에는 종교목적으로 사용한다 하더라도 이는 언제든지 시정명령의 대상이 되는 임시적·불법적인 사용이라 할 수 밖에 없으므로 이는 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 볼 수 없다.
[본문]
【질의요지】
○ 종교단체인 ○○교회(비영리사업자)가 취득하는 부동산의 건축물대장상 건축물현황이 다음과 같을 때 용도변경 없이 예배실(종교의식), 교육장(종교교육) 등 종교행위 목적으로 하는 사업에 직접사용 할 경우 취득세 및 재산세 감면 여부.
- 1층 : 교회
- 2층 : 교육연구시설(학원), 업무시설(사무실)
- 3층 : 교육연구시설(학원), 교육연구시설
【회신내용】
○ 「지방세특례제한법」제50조 제1항에서 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하되, 수익사업에 사용하는 경우와 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고,
○ 같은법 제50조 제2항에서 종교단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다라고 규정하고 있습니다.
○ 따라서 종교단체가 취득하는 부동산이 종교의식·예배·축전·종교교육·선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하여는 취득세 및 재산세가 감면된다고 할 것이나, 당해 건물이 종교시설로 용도변경이 불가능한 경우에는 종교목적으로 사용한다 하더라도 이는 언제든지 시정명령의 대상이 되는 임시적·불법적인 사용이라 할 수 밖에 없으므로 이는 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 해당한다고 볼 수 없다(같은 취지, 대법원 2015두58928 판결, 2016.3.10. 선고)고 판단됩니다.
○ 다만, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 구체적이고 객관적인 사실관계 등을 종합적으로 검토하여 최종 결정할 사안임을 알려드립니다.   끝.
번호 제목 문서번호/일자
2619 용도변경 불허가로 운동시설을 불법으로 종교시설로 사용하는 경우 재산세 감면 여부 대법원 2015두58928(2016.03.10) 
» 종교단체(비영리사업자) 부동산 감면대상 여부에 대한 질의 회신 서울세제-746(2017.01.13) 
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2610 미완성 건물을 그 부지와 함께 경매로 취득한 후 추가공사를 하여 사용승인을 받은 경우 위 건물이 취득세 과세대상이 되는 취득시기 및 위 건물과 부속토지에 적용되는 취득세율 청주지방법원 2017. 7. 20. 선고 2017구합1402