법령해석 사례
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대법원 2013.02.15 선고 2012두6407 판결
【등록세등부과처분취소】
【등록면허세】 【지방교육세】 【기타】
【당사자】
【원고】
원고
【원고소송대리인】
원고소송대리인
【피고】
피고
【피고소송대리인】
피고소송대리인
【원심판결】
서울고등법원 2012. 1. 31. 선고 2011누12025 판결
【주문】
원심판결 중 등록세, 지방교육세, 농어촌특별세의 각 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.
나머지 상고를 기각한다.
【청구취지】
【이유】
상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제2점에 관하여
구 지방세법(2009. 2. 6. 법률 제9433호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제126조 제2항은 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.
위 규정의 입법 취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 하는 것은 그 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 국가 등이 직접 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 하는 경우와 동일하게 평가할 수 있다고 보아 그 경우 등록세를 비과세하는 구 지방세법 제126조 제1항과 같은 취지에서 등록세를 비과세하겠다는 데에 있으므로, 위 규정에 의하여 등록세가 비과세되기 위해서는 부동산을 취득하여 그에 관한 등기를 할 당시에 그 취득자가 당해 부동산을 국가 등에 귀속시키는 것이 사실상 확정되어 있어야 한다( 대법원 2011. 7. 28. 선고 2010두6977 판결 참조).
원심은, 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 이 사건 각 토지 중 하남시에 무상으로 귀속된 1,118.02㎡는 지방자치단체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산이므로 그 등기에 대하여는 구 지방세법 제126조 제2항에 의하여 등록세가 비과세되어야 한다는 원고의 주장에 대하여, 원고가 이 사건 각 토지를 취득하여 그에 관한 등기를 한 후 이 사건 건물에 대한 건축허가가 이루어졌을 때 비로소 원고와 하남시 사이에 이 사건 각 토지 중 일부를 하남시에 기부채납하기로 하는 합의가 이루어졌으므로 이 사건 각 토지를 취득할 당시에 그 일부를 하남시에 기부채납할 것으로 조건으로 하였다고 볼 수 없고, 달리 이를 인정할 증거가 없다고 판단하여 위 주장을 배척하였다.
원심판결 이유를 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 앞에서 본 법리에 기초한 것으로서 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 등록세의 비과세에 관한 법리오해나 무상귀속 등에 관한 의사 합치 존재 및 그 시점 등에 관하여 심리를 다하지 아니한 잘못으로 인하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 없다.
2. 상고이유 제1점, 제3점에 관하여
구 지방세법 제138조 제1항은 본문 제3호에서 대도시 내에서의 법인의 설립 이후의 부동산 등기에 대하여는 등록세를 일반세율의 3배에 의하여 중과한다고 규정하면서, 같은 항 단서와 구 지방세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호에서 국토해양부에 등록된 주택건설사업 업종에 사용하기 위하여 주택건설용으로 취득․등기하는 부동산(그 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)은 예외로 한다고 규정하고 있다. 그리고 구 지방세법 제150조의2 제2항은 ‘등록세 과세물건을 등기한 후 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 하여 신고하고 납부하여야 한다’고 규정하고, 구 지방세법 시행령 제104조의2 제2항 제3호는 구 지방세법 제150조의2 제2항에서 규정하는 ‘대통령령이 정하는 날’의 하나로 ‘ 제101조 제1항 각호의 업종에 사용하기 위하여 취득한 부동산이 법 제138조의 적용대상이 된 때에는 다음 각목이 정하는 날’이라고 규정하면서, (가)목에서 ‘부동산을 취득한 후 제101조 제2항의 기간인 3년 내에 당해 업종에 사용하지 아니하는 경우에는 그 기간이 경과된 날’이라고 규정하고 또한 (나)목에서 ‘부동산을 취득한 후 다른 업종에 겸용하는 경우에는 겸용을 개시한 날’이라고 규정하고 있다.
이와 같이 주택건설사업 업종에서 취득한 부동산이라고 하더라도 주택건설용으로 취득하여 실제로 이에 사용되는 경우에 한하여 대도시 법인의 등록세 중과세 대상에서 벗어날 수 있고 주택건설과 다른 용도로 겸용하는 경우에는 그 때부터 등록세 중과세 대상이 되는 것에 비추어 보면, 주상복합아파트를 신축할 경우라 하더라도 주택과 구분되는 판매시설을 건축하기 위하여 그 부지로 취득․사용되는 토지 부분에 대하여는 등록세 중과세 대상이 된다 할 것이며, 주택과 판매시설의 공동부지로 취득․사용되는 토지의 경우에는 판매시설 면적의 비율에 따른 토지의 지분이 판매시설을 위한 부지에 해당하는 것으로 보아 등록세 중과세 대상이 된다고 봄이 상당하다.
그리고 주택건설사업 업종에서 주상복합아파트를 신축할 목적으로 부동산을 취득한 경우에 그 취득시점에서 아직 건축허가 등에 의하여 주택과 판매시설의 면적이 확정되지 아니하여 등록세 중과세 대상인 판매시설을 위한 부지 지분을 특정할 수 없는 때에는 등록세 과세물건의 등기 후에 등록세 중과세 대상이 되는 경우의 신고․납부 절차를 정한 구 지방세법 제150조의2 제2항에 따라 처리함이 상당하며, 따라서 취득 후 3년이 지나도록 주택건설을 위한 착공을 하지 아니한 경우는 물론이고 주택건설을 위한 착공을 한 경우라도 위에서 본 바와 같이 판매시설 면적의 비율에 따른 판매시설 건설 부지 사용을 겸용하는 범위 내에서는 그 때부터 30일 이내에 그 부분에 관한 등록세 중과세에 대하여 신고․납부하여야 할 것이다.
기록에 의하면, 원고는 2006. 3. 21. 대도시 내에 설립된 법인으로서 주상복합아파트인 이 사건 건물을 건설할 목적으로 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 소유권이전등기를 마친 사실, 원고는 2006. 5. 17. 피고에게 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가 신청을 하여 2007. 4. 2. 건축 연면적을 99,201.67㎡(주거 부분 49.4%, 판매시설 부분 50.6%)로 하는 내용의 건축허가를 받았으며, 위 건축허가는 2007. 8. 3. 건축 연면적이 99,247.07㎡(주거 부분 49.47%, 판매시설 부분 50.53%)로 변경된 사실, 이에 대하여 피고는 원고가 2007. 4. 2. 위 건축허가를 받음으로써 그 때 이 사건 각 토지 중 판매시설의 부지 지분에 해당하는 50.53%가 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세 대상이 되었음에도 구 지방세법 제150조의2 제2항에 따라 그 때부터 30일 이내에 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제한 금액을 신고․납부할 의무를 이행하지 아니하였다는 이유로 2009. 2. 11. 원고에 대하여 이 사건 각 부과처분으로써 등록세 591,245,770원과 그 가산세(신고불성실가산세 및 납부불성실가산세 포함, 이하 같다) 233,541,990원, 지방교육세 118,249,070원과 그 가산세 34,883,460원, 농어촌특별세 2,805,210원과 그 가산세 1,108,050원을 각 부과한 사실을 알 수 있다.
이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 토지는 그 취득․등기시에는 건축허가 등이 없어 판매시설의 부지 지분을 특정할 수 없으므로 그 전체가 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세 대상에서 제외되지만 그 후 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받아 그에 따른 착공을 하면 이 사건 각 토지 중 판매시설의 부지 지분이 특정됨과 아울러 그에 관하여 판매시설 부지로의 겸용이 개시되었다고 할 수 있으므로 이 사건 건물의 건설을 위한 착공시에 이 사건 각 토지 중 판매시설의 부지 지분이 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세 대상이 된다고 할 것이다. 따라서 원고는 구 지방세법 제150조의2 제2항에 따라 이 사건 건물의 건설을 위한 착공을 한 때부터 30일 이내에 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제한 금액을 신고․납부할 의무가 있다고 할 것임에도 이러한 신고․납부의무를 이행하지 아니하였으므로 우선 이 사건 각 부과처분 중 각 가산세를 제외한 등록세 591,245,770원 및 그에 따른 지방교육세 118,249,070원, 농어촌특별세 2,805,210원의 각 부과처분은 적법하다고 할 것이다.
원심이 이 부분의 이유 설시에 있어 이 사건 토지 중 판매시설 부지 지분에 관하여 그 취득․등기시에 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의한 등록세의 신고․납부의무가 있다고 본 것은 부적절하지만 이 사건 각 부과처분 중 등록세 591,245,770원과 지방교육세 118,249,070원, 농어촌특별세 2,805,210원의 각 부과처분이 적법하다고 본 부분의 결론은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 구 지방세법 제138조 제1항에 의한 등록세 중과세의 범위와 그 납세의무의 성립시기에 관한 법리오해 등으로 인하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 없다.
하지만, 구 지방세법 제138조 제1항의 규정에 의하여 중과되는 등록세 및 그에 따른 지방교육세와 농어촌특별세의 신고․납부의무의 이행기는 위에서 본 바와 같이 이 사건 건물의 건설을 위한 착공시부터 30일이 되는 날이므로 납부지연일수에 비례하는 그 각 납부불성실가산세는 그 이행기의 다음날부터 기산하여 산정하여야 할 것임에도, 피고는 이 사건 건물의 건축허가일부터 30일이 되는 날의 다음날부터 기산하여 이를 산정하였으므로 이 사건 건물의 건설을 위한 착공일이 그 건축허가일보다 늦다면 그 각 납부불성실가산세액이 과다하게 산정되었다고 할 것이다. 반면에 그 각 신고불성실가산세는 본세의 신고지연일수에 관계없이 본세의 일정비율만큼 부과되므로 그 세액이 과다하게 산정되었다고 할 수 없다. 그런데 피고는 이 사건 각 부과처분을 하면서 신고불성실가산세액과 납부불성실가산세액을 별도로 구분하여 고지하지 아니하였고 기록상으로도 이를 구분할 자료가 없으므로 이 사건 각 부과처분상의 각 가산세액 중 적법하게 산정된 부분과 과다하게 산정된 부분을 구별할 수 없다.
그렇다면 원심으로서는 이 사건 각 부과처분상의 세액 중 각 신고불성실가산세액과 납부불성실가산세액을 구분한 다음 그 중 각 납부불성실가산세액에 관하여는 이 사건 건물의 건설을 위한 착공일이 언제인지를 심리하여 그에 따라 부적법한 부분을 가려내었어야 함에도 이러한 심리 없이 이 사건 각 가산세 부과처분도 모두 적법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판결에는 납부불성실가산세의 기산일에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다. 이 부분 상고이유는 이 점을 지적하는 범위 내에서 이유 있다.
3. 결론
그러므로 원심판결 중 이 사건 각 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리․판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고는 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
서울고등법원 2012.01.31 선고 2011누12025 판결
【등록세등부과처분취소】
【등록면허세】 【지방교육세】 【기타】
【당사자】
【 원고 】
원고
【 소송대리인 】
원고소송대리인
【 피고 】
피고
【 소송수행자 】
피고소송대리인
【원심판결】
수원지방법원 2011. 2. 17. 선고 2010구합11857 판결
【주문】
1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.
【 청구취지 】
제1심 판결을 취소한다. 피고가 2009. 2. 11. 원고에 대하여 한 등록세 824,787,760원, 지방교육세 153,132,530원, 농어촌특별세 3,913,260원의 부과처분을 모두 취소한다.
【이유】
1. 제1심 판결의 인용
이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결 중 원고의 제②주장에 관한 판단 부분에 아래 제2항 부분을 추가하고, 제8면 제1항 이하 부분을 아래 제3항과 같이 고치는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.
2. 추가하는 부분
『오히려 앞서 든 증거들에 갑 제21, 42 내지 45, 74호증(각 가지번호 포함), 을 제4호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 귀속토지는 대부분 1필지의 토지 중 일부분씩만이 하남시에 귀속된 것으로 나타나므로, 원고가 당초부터 이 사건 귀속토지를 하남시에게 무상으로 귀속시킬 의도로 이 사건 귀속토지가 포함된 토지를 취득하였다고 보기는 어려운 점, ② 원고가 2006. 5. 17. 최초 건축허가신청 당시 제출한 건축허가신청서에 첨부된 건축설계도면상으로는 하남시에 무상귀속 시킬 예정인 토지의 면적이 총 183.61㎡에 불과하고, 대상 토지의 위치도 최종적으로 확정된 부분과 상이한 것으로 나타나는 점, ③ 원고는 2006. 6. 19. 피고의 건축허가신청에 대한 보완사항을 반영하여 피고에게 보완서류를 제출하였는데, 위 제출서류 중 하나인 건축설계도면상으로 기부채납 예정면적이 183.61㎡에서 496.75㎡로 증가되었으나, 여전히 최종적으로 확정된 면적에 비하여 상당히 작을 뿐만 아니라, 그 위치도 확정된 부분에 완전히 포섭되어 있다고 보기 어려운 점, ④ 원고는 건축허가신청을 한 2006. 5. 17. 무렵부터 피고가 건축허가신청서 보완통보를 한 2006. 9. 19.까지 이 사건 귀속토지를 포함한 대부분 토지의 취득을 완료하였는데, 피고는 그 이후인 2006. 10. 2.에도 여전히 원고에게 ‘사업지 전면부 35m 도로의 부지 역시 공공시설로 조성하여 무상귀속 되어야 한다’는 취지의 보완통보를 하고 있던 상황이므로, 이 시점까지도 하남시에 무상으로 귀속될 토지 부분이 특정되거나 그 귀속에 관하여 원고와 하남시 사이에 확정적인 의사의 합치가 있었다고 보기는 어려운 점, ⑤ 이 사건 건축허가 당시 하남시에 무상귀속될 토지의 면적은 당초보다 대폭 늘어난 1,118.02㎡로 되었다가 그 후 심사결정 과정에서 이 사건 건축허가 이후 원고가 취득한 하남시 소재지(을 제4호증에는 그 소재지로 기재되어 있으나, 오기로 보인다) 토지 1㎡은 비과세 규정의 대상이 된다는 이유로 과세부분에서 제외된 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 귀속토지를 취득하여 등기한 후 이 사건 건축허가시점에 비로소 이 사건 귀속토지에 관하여 하남시와 사이에 기부채납 등의 합의가 이루어졌다고 보아야 할 것이다.』
3. 고치는 부분
『가) 지방세법 제29조 제1항 제2호, 제30조 제1호에 의하면 등록세의 납세의무는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때 성립하고, 신고하는 때에 그 납세의무가 확정되며, 앞서 본 바와 같이 지방세법 제138조 제1항, 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호에 의하면, 이 사건과 같이 과밀억제권역인 서울특별시에서 법인 설립 이후의 부동산등기에 대하여는 지방세법 제131조, 제137조가 규정한 당해 세율의 3배에 해당하는 세율을 적용하되, 주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 위하여 주택건설용으로 등기하는 부동산에 대하여는 중과세율을 적용하지 않는 것으로 되어 있으므로, 납세의무자는 재산권 등 권리의 등기 또는 등록하는 시점에 있어서 자신의 사용목적과 객관적인 용도에 맞게 지방세법 제131조, 제137조 소정의 일반 세율 또는 제138조 제1항 소정의 중과세율을 적용하여 등록세를 신고ㆍ납부하여야 한다.
한편, 건축물의 용도나 그 면적은 건축허가 또는 그 변경허가시가 아니라 최종적으로 사용승인시에 확정되고, 이에 따라 그 부지인 토지의 용도 또한 이 시점에서 객관적으로 확정된다 할 것인데, 건축물의 사용시점에서 확정된 토지의 용도가 당초 등록세를 신고ㆍ납부할 당시의 용도와 달라지는 등 등기ㆍ등록 이후의 사정변경 등 후발적 사유로 인하여 객관적인 용도 등이 변경되었다면 납세의무자는 수정신고(당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액보다 적은 경우 등, 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정되어 2011. 1. 1.부터 시행된 지방세기본법 제50조 참조) 또는 경정청구(당초 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 지방세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 등, 지방세기본법 제51조 참조)를 통하여 구제받을 수 있는 반면, 과세관청으로서는 중과세율 적용 대상 면적 증가나 감소 등 후발적 사유로 납세의무자가 납부하여야 할 등록세액이 변경되는 상황이 발생한 경우에는 객관적인 토지의 용도를 토대로 지방세법령에 따라 등록세 증액경정처분 또는 감액경정처분을 함으로써 적정한 조세정의를 실현할 수 있다.
그러나 이와 같이 토지의 용도가 객관적으로 확정되기 이전이라 하더라도 납세의무자가 당초 신고ㆍ납부한 등록세액에 잘못이 있는 것으로 밝혀진 경우 과세관청이 이를 근거로 한 증액경정처분 또는 감액경정처분 등을 할 수 있음은 별개의 문제이다.
나) 그런데 이 사건의 경우, 원고가 2006. 5. 17. 피고에게 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가신청을 하였고, 그 후 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 각 등기를 마친 사실, 원고는 이 사건 각 토지에 관한 이 사건 각 등기에 따른 등록세액을 신고ㆍ납부할 당시 이 사건 각 토지 위에 허가신청서에 첨부된 설계도면과 같은 주상복합아파트를 건축하려고 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고로서는 위에서 본 등록세에 관한 법리에 따라 이 사건 각 토지의 등록 당시 객관적인 용도별 면적 비율에 따라 주거용으로 사용할 부분에 대해서만 일반 세율을 적용하고, 나머지 부분은 중과세율을 적용하여 등록세를 신고납부 하였어야 함에도 이와 달리 이 사건 각 토지가 전부 주거용 건물에 제공됨을 전제로 일반 세율을 적용하여 등록세를 신고ㆍ납부함으로써 등록세를 과소신고ㆍ납부 하였다고 할 것이고, 피고는 이와 같은 과소신고ㆍ납부가 되었음을 전제로 이를 바로잡기 위하여 이 사건 각 처분으로써 이 사건 등록세의 신고ㆍ납부 당시 확인되는 이 사건 건물의 용도별 면적 비율을 토대로 증액경정처분을 한 것이므로, 이 사건 각 처분에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없다.
원고는 이 사건 각 처분 이후 이 사건 건물에 관하여 사용승인이 이루어졌고, 위 사용승인으로 이 사건 건물의 용도별 면적 비율이 확정되었으므로, 사용승인시의 이 사건 건물의 용도별 면적 비율을 토대로 하지 않은 이 사건 각 처분은 위법하다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 건물의 용도별 면적은 사용승인시 최종적으로 확정되므로, 등록 당시 객관적인 상황에 맞게 등록세를 신고ㆍ납부하였더라도 등록 당시의 객관적인 상황이 후발적으로 변경됨으로써 등록세액도 변경되어야 할 경우 납세의무자는 수정신고 또는 감액경정청구를 통하여, 과세관청은 증액 또는 감액경정청구를 통하여 각 과소 또는 과다신고한 등록세액을 추가납부 또는 징수하거나 환급받거나 환급할 수 있다 할 것이나, 이 사건 각 처분은 위에서 본 바와 같이 당초 신고ㆍ납부한 등록세액이 후발적으로 감액 또는 증액되는 사유가 발생하였음을 전제로 이루어진 것이 아니라, 원고가 당초 신고ㆍ납부한 등록세액 자체가 그 당시 객관적인 상황에 맞지 않게 정당한 세액보다 과소신고하였음을 문제삼아 이루어진 것이므로, 원고가 주장하는 사유는 이 사건 각 처분의 적법성에 아무런 영향을 미치지 못한다.
따라서 원고의 제③주장도 이유 없다.』
4. 결론
그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
수원지방법원 2011.02.17 선고 2010구합11857 판결
【등록세등부과처분취소】
【등록면허세】 【지방교육세】 【기타】
당사자】
【원고】
원고
【원고소송대리인】
원고소송대리인
【피고】
피고
【피고소송대리인】
피고소송대리인
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【청구취지】
피고가 2009. 8. 3. 원고에게 한 취득세 39,807,640원 및 농어촌특별세 2,795,650원의 부과처분을 취소한다.
【이유】
1. 처분 경위
가. 원고는 2006. 3. 21. 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역인 서울특별시에 설립된 회사로서, 주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 영위하는 과정에서 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 이에 관하여 각 원고 명의의 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 각 등기’)를 마쳤다.
나. 원고는 2006. 5. 17. 피고에게 원고 외 72인 명의로 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가 신청을 하였고, 2007. 4. 2. 피고로부터 원고 외 5인 명의로 이 사건 각 토지 중 일부토지를 하남시에 무상귀속하는 것을 조건으로 연면적 99,201.67㎡(주거 면적 49.4%, 판매시설 면적 50.6%)의 소외아파트1동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 건축허가를 받았는데, 위 허가는 2007. 8. 3. 건축연면적이 99,247.07㎡(주거 면적 49.47%, 판매시설 면적 50.53%)로 변경되었다.
다. 한편 원고는 이 사건 각 토지의 취득과 관련하여 2006. 5. 16.경부터 2007. 7. 25.경까지 취득가액 29,948,003,410원을 과세표준으로 하여 지방세법 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 등록세 583,081,090원, 지방교육세 117,016,210원, 농어촌특별세 2,775,790원 등 합계 704,873,090원을 신고ㆍ납부하였다.
라. 피고는 2009. 2. 11. 원고에 대하여 ‘이 사건 각 토지 중 주택건설용으로 사용되지 않는 판매시설 50.53%에 해당하는 토지 2,961.05㎡(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)는 지방세법상 등록세 중과세 예외대상에 해당하지 아니한다’는 이유로 청구취지 기재와 같이 각 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’)을 하였다.
마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2009. 3. 31. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2010. 5. 24. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 18, 41, 47 내지 73호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 본안전 항변에 관한 판단
가. 피고 주장
지방세법 제72조 제1항, 행정소송법 제20조 제1항에는 ‘지방세법에 의한 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 보며, 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정되어 있는데, 원고는 이 사건 각 토지를 취득하면서 2007. 7. 25.경까지 등록세 등을 신고ㆍ납부하였음에도 그로부터 90일이 경과하도록 불복 신청을 하지 아니하였으므로, 이 사건 소는 제소기간이 도과된 소로서 부적법하다.
나. 판단
증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다( 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).
이 사건에서, 이 사건 각 처분은 원고가 2006. 5. 16.경부터 2007. 7. 25.경까지 이 사건 토지에 관하여 신고ㆍ납부한 등록세 등에 대한 증액경정처분이라 할 것이므로, 이 사건 각 처분만이 이 사건 소송의 심판대상이 되는 것이어서 이와 다른 전제에 선 피고의 본안전 항변은 이유 없다.
3. 이 사건 각 처분의 적법 여부
가. 원고 주장
원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.
1) 원고는 주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 영위하고 있고 이 사건 토지는 주택건설용으로 취득한 것이므로 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호의 규정에 의해 등록세 중과세 제외대상에 해당하고, 주상복합아파트의 경우 토지의 용도비율에 따라 안분하여 등록세를 중과하도록 한 법령상 근거가 없다(이하 ‘제①주장’이라 한다).
2) 원고는 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받기 전인 교통영향평가 및 건축심의, 건축허가신청 단계에서 이미 하남시와 무상귀속 또는 기부채납(이하 통틀어 ‘기부채납’이라 한다)할 토지 및 면적을 특정하였고, 그 이후에 이 사건 토지를 취득한 것이므로 이 사건 토지 중 하남시에 무상으로 귀속된 1,118.02㎡(무상귀속분 649.69㎡ + 기부채납분 114.63㎡ + 제척분 353.7㎡, 이하 ‘이 사건 귀속토지’라 한다)에 대하여는 지방세법 제126조 제2항 규정에 의해 등록세가 비과세 되어야 한다(이하 ‘제②주장’이라 한다).
3) 등록세 중과세 여부를 결정하는 토지의 용도에 대한 판단기준 시점은 건물사용승인시임에도 이 사건 각 처분은 건축허가시를 기준으로 판단하였으므로 위법하다(이하 ‘제③주장’이라 한다).
나. 쟁점 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
1) 제①주장에 관한 판단
지방세법(2009. 2. 6. 법률 9433호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항, 지방세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호에는 ‘ 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시)내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기에 대하여는 지방세법 제131조, 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300을 부과하되, 다만 주택법 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 위하여 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.
조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다( 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).
앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 주상복합아파트인 이 사건 건물을 건설하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 점, 이 사건 건물 총 연면적 중 주택 면적은 49.47%, 판매시설 면적은 50.53%인 점을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 이 사건 토지 중 주택건설용도로 사용되는 면적 비율은 49.47%에 불과하므로, 그 부분에 대해서만 지방세법 제138조의 등록세 중과세 규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.
이에 대하여 원고는 주상복합아파트의 경우 토지의 용도비율에 따라 안분하여 등록세를 중과하도록 한 법령상 근거가 없으므로 이 사건 토지 전체가 등록세 중과의 예외에 해당한다고 주장하나, 집합건물의 경우 구분소유권에 부종하는 대지지분을 특정할 수 있으므로 주상복합아파트의 경우 주택건설용도로 사용되는 대지 면적과 판매시설건설용도로 사용되는 대지 면적을 구분 산정할 수 있고, 주택건설용도로 사용되는 대지 부분에 대하여만 중과세 예외를 인정하는 것이 위 지방세법령의 취지와 조세공평의 원칙에도 부합하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
2) 제②주장에 관한 판단
가) 지방세법 제126조 제2항에 의하면 ‘국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.
이 사건과 같이 기부채납 조건이 있는 건축허가 이전에 취득한 토지에 관하여 지방세법 제126조 제2항 소정의 등록세 비과세 조항이 적용되기 위하여는, 그 토지 취득 이전에 이미 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지 토지의 위치나 면적이 특정되고, 기부채납에 관한 구체적인 의사의 합치가 있었다는 등의 특별한 사정이 있어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 각 토지의 취득 당시 위와 같은 특별한 사정이 있었는지를 살펴보기로 한다.
나) 기부채납의 대상이 되는 도로의 위치나 면적의 특정 여부
먼저, 이 사건 귀속토지가 그 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 도로가 개설될 토지로서 위치나 면적이 특정된 상태였는지에 관하여 보건대, 이에 부합하는 듯한 증거로서 갑 제6 내지 17, 19 내지 39호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 이우윤의 일부 증언이 있으나, 위 증거들은 그 자체로도 원고의 이 사건 건물신축허가를 받기 이전 과정에서 기부채납 토지의 위치나 면적이 계속 변경된 사정을 엿볼 수 있고, 그 중 일부 증거는 사설 건축사사무소에서 작성한 계획도에 불과하여, 원고의 이 사건 귀속토지 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 특정되었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.
다) 기부채납 의사의 합치 여부
설령 이 사건 귀속토지가 그 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 도로가 개설될 토지로서 위치나 면적이 특정된 상태였고 원고가 이러한 사정을 감안하여 이 사건 귀속토지를 취득하였다 하더라도, 하남시장 등과 사이에 기부채납에 관한 구체적인 의사의 합치가 있었다는 점에 관하여, 위 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없다.
라) 소결
따라서 이 사건 귀속토지는 기부채납을 조건으로 취득된 것이라고 볼 만한 사정이 없어, 지방세법 제126조 제2항 소정의 등록세 비과세 대상이라 할 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.
3) 제③주장에 관한 판단
지방세법 제29조 제1항 제2호는 ‘등록세 납세의무의 성립시기는 재산권 기타 권리를 등록하는 때’라고 규정하고 있다. 그리고 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 이에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 이 사건 건물에 대하여는 2007. 4. 2. 건축허가일에 건축허가서 및 설계도 등을 통하여 주거 면적과 판매시설 면적이 특정되었음을 인정할 수 있다.
위 인정사실에, 등록세 중과세 규정 적용 여부를 판단하는 비주거 면적의 기준시점에 대한 특별한 규정이 없는 점을 감안하면, 건축허가시에 특정된 원고의 토지 취득목적을 기준으로 하여 등록세 중과세 적용 여부를 결정한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.
4. 결론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.