쟁점  학교법인의 전입에 따른 등록세 중과세 적법 여부

청구번호 : 2010지0754 결정일자 : 2011-07-15 세목 : 등록세

청구번호 조심 2010지0754

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분개요

가. 처분청은 2009.11.19. ○○○을 주사무소로 하여 설립등기한 청구법인이 ○○○으로 주사무소를 이전하면서「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문개정 되기 전의 것, 이하 같다)제127조제1항제3호의 규정에 의하여 등록세 비과세를 신청한 데 대하여, 청구법인의 주사무소 이전이「사립학교법」에 의한 학교법인의 설립등기에 해당하는 것으로 보아 2010.3.18. 등록세를 비과세 하였으나, 「사립학교법」에 의한 학교법인이 대도시내로 주사무소를 이전하는 경우에는 등록세 비과세 대상이 아닌 중과세 대상에 해당한다는 행정안전부장관의 유권해석○○○에 따라 청구법인의 자산총액 20,528,333,000원을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 123,169,990원, 지방교육세 24,633,990원, 합계 147,803,980원을 2010.7.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.13. 심판청구를 제기 하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은「지방세법」제127조제1항제3호에서「사립학교법」에 의한 학교법인의 설립과 합병에 대한 등기에 대하여 등록세를 비과세하도록 규정하고 있고, 대도시내 전입에 대하여는 별도의 비과세 규정이 없으므로 청구법인의 경우에는 비과세 대상이 아니라고 주장하지만, 처분청의 논리에 의하면 처음부터 학교법인이 대도시내에서 설립하면 비과세 대상이고 대도시외의 지역에서 설립하였다가 전입한 경우에는 비과세 대상이 아니라고 하는 것은 논리에 맞지 아니하므로, 학교법인의 경우「지방세법」제138조제1항제2호를 적용하는 것이 아니라 설립 장소와 설립이나 전입여부에 관계없이 제127조제1항제3호를 적용하여 등록세를 비과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2000.12.13. 설립된 법인으로서 2009.10.31. 설립인허가를 받아 재단법인 ○○○을 조직변경하여 ○○○을 소재지로 하여 학교법인을 설립한 후, 2010.3.3. ○○○으로 주사무소를 이전하였는바,「지방세법」제127조제1항제3호에 의한 등록세 비과세는 사립학교법인의 설립과 합병의 경우에 한한다 할 것이고, 대도시내 전입에 대하여는 별도의 규정이 없으므로 청구법인의 대도시내 전입에 대하여 「지방세법」제138조 제1항의 규정에 따라 등록세를 중과세한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「사립학교법」에 의한 학교법인의 대도시지역내의 전입등기가「지방세법」제127조제1항제3호에 의한 등록세 비과세에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문개정 되기 전의 것)

제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

3.「사립학교법」에 의한 학교법인 또는「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인의 설립과 합병의 등기

제138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 전문개정 되기 전의 것)

제102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계

㈎ 법인등기사항전부증명서, 법인정관 및 처분청의 과세기록에 따르면, 청구법인은 2000.12.13. 재단법인 ○○○로 설립되었다가 2009.11.19. 학교법인으로 조직변경하면서, 법인 명칭을 ○○○로, 주사무소를 ○○○으로, 설립인허가연월일을 2009.10.31.로, 자산총액을 금20,528,333,000원으로 하여 학교법인 설립등기를 경료한 다음 2010.3.3. 주사무소를 ○○○으로 이전등기하였다.

㈏ 이에 처분청은 청구법인이 2010.3.3. 주사무소를 ○○○로의 전입등기한 행위에 대하여「지방세법」제138조제1항제2호에 따라 이 건 등록세를 중과세하였다.

(2) 판 단

㈎「지방세법」제127조제1항제3호에서「사립학교법」에 의한 학교법인의 설립과 합병의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제138조제1항제2호에서 대도시지역외의 법인이 대도시지역내로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기에 대하여는 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하도록 규정하고 있으며, 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

㈏ 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2002.7.26. 선고 2001두5521 판결, 대법원 2009.12.24. 선고 2008두15350 판결 등 같은 뜻)할 것이다.

㈐ 법리를 살피건대,「지방세법」제127조제1항제3호에서「사립학교법」에 의한 학교법인의 설립과 합병의 등기에 대하여만 등록세를 비과세한다고 규정하고 있고, 사립학교법인의 주사무소 이전등기 등에 대하여는 별도의 비과세 규정을 두고 있지 아니하므로, ○○○ 지역에서 학교법인을 설립한 후 ○○○지역으로 주사무소를 이전등기한 청구법인의 경우에는 설립이나 합병에 해당되지 아니하여 등록세 비과세 대상으로 해석되지는 아니한다.

㈑ 한편, 청구법인은 학교법인의 경우「지방세법」제138조를 적용해서는 아니되고 제127조제1항제3호에 따라 대도시지역내로의 주사무소이전에 대하여도 등록세를 비과세하여야 한다고 주장하나,「지방세법」제127조제1항제3호는 학교법인의 설립과 합병을 장려하기 위한 국가정책적 목적을 세제면에서 지원함에 그 의미가 있는 것이고,「지방세법」제138조는 대도시지역 즉 수도권과밀억제권역○○○이란 특정지역으로 법인이 전입등기하는 경우에 과밀억제를 위한 국가정책적 목적을 세제면에서 억제하는 조항으로 읽히는 바, 다른 법인과의 특별한 예외규정을 두지 아니한 이상, 초기자본이 많이 소요되는 법인설립(또는 합병) 이후 이 지역으로 전입등기하는 경우까지를 학교법인이라 하여 중과세규정을 벗어나 비과세할 아무런 법적근거와 이유가 없고, 나아가 대도시지역외에 있는 학교법인이 대도시지역외로 주사무소를 이전등기할 경우「지방세법」제137조제1항제4호에 따라 등록세가 과세되는 측면을 보아도 과세형평성에 어긋나게 되는 것이다.

또한「지방세법」제138조제1항제2호 후단의 ‘이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율 적용’의 의미는 법인의 본점 또는 주사무소의 대도시지역내로의 전입시 일반세율을 적용하여 중과세할 경우 그 억제효과가 미미하므로 법인설립에 해당하는 가액에 세율을 적용하여 중과세 한다는 의미이지 대도시지역내로의 전입자체를 법인설립으로 본다는 의미로 해석되지는 아니한다.

그렇다면, 학교법인의 설립과 합병이란 행위에 대한 비과세 적용조항인「지방세법」제127조제1항제3호를 학교법인이란 비과세 주체에 대한 적용조항으로 본 청구법인의 주장은 그 법리를 오해한 것이다. 따라서 청구법인이 주사무소를 대도시내로의 전입등기한 행위에 대하여「지방세법」제138조제1항의 규정에 따라 등록세를 중과세한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제123조제4항과「국세기본법」 제81조 및 제65조제1항제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.