쟁점(1) 종교단체가 기존의 임차인이 있는 부동산을 취득한 후 임대차기간을 승계하여 임대하였으나, 중도에 임대차계약기간을 변경하는 새로운 계약을 체결하여 계속 임대하는 것이 수익사업에 해당하는지 여부(기각)

청구번호 : 2010지0702 결정일자 : 2011-06-09 세목 : 취득세

청구번호 조심 2010지0702

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2006.12.29. ○○○를 ○○○으로부터 매매를 원인으로 취득하여 소유권이전등기를 경료하고, ｢지방세법｣(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 따라 종교사업에 사용할 목적으로 취득한 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세 받았다.

나. 처분청은 청구법인이 이 사건 부동산 중 384-5 외 2필지 토지 450.4㎡, 건물 126.75㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 취득일부터 3년이 경과하였음에도 정당한 사유없이 종교용에 직접 사용하지 않는 것을 확인하고 취득세 등을 신고납부할 것을 안내하자, 청구법인은 쟁점부동산의 취득가액 637,000,000원을 과세표준으로 ｢지방세법｣ 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 29,302,000원을 2010.1.29. 신고납부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.26. ○○○에게 이의신청을 제기하였으나, 2010.6.8. 기각되자 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 비영리사업자로서 이 사건 부동산을 선교활동의 집회장소로 사용하기 위하여 취득한 후 유예기간 이내에 종교용에 직접 사용하기 위한 건축물 신축공사를 착공하였고, 기존의 쟁점부동산에 체결되어 있던 임대차계약을 승계하였으므로 수익사업에 사용하였다고 할 수 없다.

(2) 또한 쟁점부동산은 임차인이 부동산 명도를 거부함에 따라 종교사업에 직접 사용하지 못한 것으로서 유예기간내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있으므로 이 건 취득세 등의 신고납부는 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 비록 이 사건 부동산에 대하여 종교용 시설을 설치하기 위해 유예기간 이내인 2009.11.13. 착공신고를 하고 신고납부시점에 쟁점부동산을 제외한 토지상에 종교용 시설을 착공한 사실과 공사가 진행 중인 점은 확인되고 있으나, 쟁점부동산의 임대행위가 수익사업으로서의 부동산임대업에 해당하는지 여부는 그 임대행위가 수익을 목적으로 함은 물론, 그 규모, 회수, 태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있는지 여부를 고려하여 사회통념에 비추어 가려야 할 것인바(대법원 1995.3.3. 선고 94누11170 판결 참조),

청구법인은 2006.12.29. 쟁점부동산을 취득하면서 기존 임대차계약을 승계하면서 임대차기간이 유예기간 이내인 향후 2년 6개월을 보장하는 임대차보장확인서를 작성하여 교부한 후, 임대기간 중인 2007.2.3. 새로운 임대차계약을 체결하면서 임대차기간을 유예기간 만료일을 경과한 2010.2.3.까지로 하는 새로운 임대차계약을 체결한 이상 이는 기존의 임대차계약을 그대로 승계한 것에 그치지 아니하고 임대차계약의 주요내용인 기간을 변경하여 기존의 계약과는 본질적으로 다른 새로운 계약을 체결한 것이어서 기존의 임대차관계가 종료하는 대로 종교용에 사용할 목적으로 단순히 임대인의 지위를 승계하였다고 볼 수 없고 새로운 임대차계약의 체결에 의한 수익사업을 영위했다고 할 것○○○이므로 청구인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보아 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 쟁점부동산을 유예기간 이내에 종교용도로 직접 사용하지 못한 것은 임차인의 명도 거부로 인한 것이며 이는 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하나, 청구법인이 쟁점부동산을 수익사업에 사용한 이상 유예기간 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유 여부는 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 종교법인이 종교용으로 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산을 기존 임대차계약을 승계하여 임대하였으나, 중도에 임대차 계약기간을 변경하는 새로운 계약을 체결하여 계속 임대하는 것이 수익사업에 해당하는지 여부

② 임차인의 부동산 명도거부에 의해 유예기간(3년) 이내 직접 사용하지 못한 것이 정당한 사유에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제78조의2(수익사업의 범위) ① 법 제107조 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 ｢법인세법｣ 제3조제3항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

제93조의2(수익사업의 범위) ① 법 제127조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 수익사업”이라 함은 제78조의2의 규정에 의한 사업을 말한다.

제94조(비영리사업자의 범위 등) ①법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(3) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2. ｢소득세법｣ 제16조제1항에 따른 이자소득

3. ｢소득세법｣ 제17조제1항에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 아래의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인은 ｢지방세법 시행령｣ 제79조의 규정에 의한 비영리사업자로서 ○○○으로부터 2006.12.4. 이 사건 부동산을 3,060,000,000원에 매수하기로 하는 계약을 체결한 후 2006.12.29. 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 경료하고, 같은 날 처분청으로부터 이 사건 부동산이 ｢지방세법｣ 제107조 및 제127조의 규정에 따라 비영리사업자가 종교사업에 사용할 목적으로 취득한 부동산이라 하여 취득세 등을 비과세 받았다.

(나) 한편, 청구법인이 이 사건 부동산을 취득할 당시에 쟁점부동산에는 전 소유자인 ○○○과 임차인 ○○○ 간에 부동산임대차 계약이 체결되어 임차인이 영업○○○을 하고 있었던 것으로 보이나, 임대차 계약기간의 잔여기간은 확인되지 않는다.

(다) 청구법인이 이 사건 부동산을 취득함에 따라 쟁점부동산의 임차인 ○○○은 종전 임대차 계약기간을 보장해 줄 것을 청구법인에게 요구하여 “향후 2년 6개월까지 그 기간을 보장한다”라는 임대차보장확인서를 청구법인과 ○○○을 계약당사자로 하여 2006년 12월경 작성하였다.

(라) 그 후, 2007.2.3. 청구법인의 담임목사 ○○○(임대인)와 ○○○(임차인)은 임대차 계약기간을 36개월(2007.2.3.부터 2010.2.3.까지)로 하고, 전세 보증금을 30,000,000원으로, 월 임대료는 200,000원으로 하는 부동산 임대차계약을 다시 체결하였다.

(마) 청구법인은 2009.9.8.경부터 2009.12.16.까지 8차례에 걸쳐 임차인에게 쟁점부동산의 명도를 요청하고 2009.12.8. 협조공문을 발송하자, 임차인○○○의 상속인 ○○○는 2009.12.21. 임대차 계약기간을 5년 추가연장을 주장하는 내용증명을 청구법인에게 발송하였고, 청구법인은 2010년 1월 ○○○에 건물명도 소를 제기하여 2010.5.19. 동 법원의 화해권고결정에 따라 ○○○로부터 쟁점부동산을 명도받았다.

(바) 청구법인은 2009.10.3. 이 사건 부동산에 대하여 종교시설 신축허가서를 처분청에 제출하고, 2009.11.16. 쟁점부동산을 제외한 부분에 대한 공사에 착공하여 2010.7.19. 사용승인을 받았다.

(2) 위의 사실관계 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대해 살펴본다.

(가) ｢지방세법｣ 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의하면, 종교사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득․등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하지만, 당해 부동산을 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, ｢지방세법 시행령｣ 제78의2 제1항 및 ｢법인세법｣ 제3조 제3항에서 부동산 임대사업은 수익사업에 해당한다고 규정하고 있다.

(나) 여기에서 비영리사업자가 당해 부동산을 “그 사업에 사용”한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, “그 사업에 사용”의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 하며, 특히 종교단체가 “그 사업에 사용”한다 함은 종교의식, 종교교육, 선교활동 등 종교목적으로 직접 사용하는 경우를 의미한다고 보아야 할 것이고(대법원 2008.4.24. 선고 2008두693 판결, 대법원 2002.10.11. 선고 2001두878 판결 참조),

(다) 이미 임대되어 있는 부동산을 매수하여 스스로 새로이 계속 반복하여 임대할 의사가 없이 기존의 임대차관계가 종료되는 대로 자신이 사용할 의사로 임대인의 지위를 승계하였을 뿐인 경우에는 부동산임대 자체를 계속적 반복적으로 사업으로 하는 것이라고 하기는 어려워 이를 수익사업을 영위하는 것으로 볼 수는 없다 할 것(대법원 1995.6.30. 선고 94누14575 판결 같은 뜻)이지만,

(라) 청구법인의 경우는 기존의 임차인이 있는 이 사건 부동산을 2006.12.29. 취득하면서 쟁점부동산의 임대차 계약기간 동안 기존 임대차계약을 그대로 승계한 것에 그치지 아니하고, 기존의 임차인과 전세계약기간을 2007.2.3.부터 3년간으로 하고 전세보증금액을 30,000,000원으로, 월 임대료를 200,000원으로 하여 부동산 임대차 계약을 체결하여 쟁점부동산을 임대하고 있는 사실에 비추어 볼 때, 청구법인이 쟁점부동산에 대한 임대차 관계가 종료되는 대로 종교용에 사용할 목적으로 단순히 임대인의 지위만을 승계하였다고 보기는 어렵다고 판단되므로, 처분청에서 이 사건 부동산 중 쟁점부동산에 해당하는 부분에 대하여는 청구법인이 이를 종교용에 직접 사용하지 아니하고 임대로 인한 수익사업에 사용하고 있는 것으로 보아 당초 비과세한 취득세 등을 추징한 것은 달리 잘못이 없다고 하겠다.

(3) 다음으로 쟁점②에 대해 살펴본다.

쟁점②에 대한 청구주장은 쟁점①에 대한 심리에서 쟁점부동산을 청구법인이 수익사업에 사용하는 경우에 해당된다고 판단하였으므로 그 심리실익이 없어 판단을 생략한다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제123조제4항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조제1항제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.