쟁점(1) 종교단체가 취득한 교회를 청구인이 아닌 다른 종교단체가 사용하고 있는 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분의 당부(기각)

청구번호 : 2011지0152 결정일자 : 2011-06-09 세목 : 취득세

청구번호 조심 2011지0152

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 처분청은 청구인이 2007.6.20. ○○○를 ○○○로부터 취득하고, 2008.5.29. 그 지상에 건축물 2,338.71㎡(지하 2층, 지상 4층, 이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축한 데 대하여 2007.6.20. 및 2008.6.27. 각각「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였다.

나. 2010.4.7. 및 2010.4.9. 처분청 세무담당공무원의 현지출장결과, 이 건 건축물 중 2층 전체(439.34㎡)는 ○○○에서, 3층 일부(55.2㎡)는 ○○○에서 사용하고 있고, 4층 일부(402호 및 403호, 278.4㎡)는 청구인의 전도사, ○○○의 담임목사 및 부목사 등이 거주하고 있음을 확인하고, 그 면적(772.94㎡, 이하 “이 건 제1쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 그 사용일부터 2년 이상 종교용에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하고 있다고 보아 이 건 부동산의 취득가액(2,809,632,310원) 중 이 건 제1쟁점건축물에 해당하는 가액(863,287,615원)에 대하여 기 비과세한 취득세 23,044,570원, 농어촌특별세 2,304,440원, 등록세 15,105,500원, 지방교육세 2,796,240원, 합계 43,250,750원(가산세 포함)을 2010.6.10. 부과고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.8. ○○○에게 지방세 이의신청을 하였고, ○○○는 2010.10.27. 청구인의 이의신청을 기각하는 결정을 하였으며, 청구인은 결정서를 2010.11.2. 수령하였다.

라. 이후 처분청은 2010.4.7. 및 2010.4.9. 세무담당공무원의 현지출장 당시, 이 건 건축물 중 4층 일부(401호, 160.94㎡, 이하 “이 건 제2쟁점건축물”이라 하고, 제1쟁점건축물과 합하여 “이 건 쟁점건축물”이라 한다)에 청구인의 ○○○가 거주하고 있음을 확인하였고, 전도사는 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고 할 수 없음에도 이를 종교단체가 그 용도에 직접 사용하는 것으로 보아 2010.6.10. 부과고지 시 이를 제외하였음을 확인하고 2010.12.10. 제2쟁점건축물의 취득가액(179,535,504원)에 대하여 기 비과세한 취득세 4,989,620원, 농어촌특별세 498,930원, 등록세 3,269,760원, 지방교육세 607,170원, 합계 9,365,480원(가산세 포함)을 청구인에게 2010.12.10. 부과고지 하였다.

마. 청구인은 처분청의 이의신청 기각결정과 추가로 고지한 취득세 등 부과에 불복하여 2010.12.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건 건축물 중 2층(439.34㎡)은 ○○○에서 2009. 2.16.부터 2009.8.15.까지 6개월간 ○○○를 목적으로 상주하였으며, 1부는 ○○○가 2부는 청구인의 담임목사인 ○○○가 서로 협조하여 예배를 진행하였으므로 이는 종교시설 본래의 용도에 직접 사용한 것이다.

(2) 이 건 건축물 3층(439.34㎡) 중 일부(55.2㎡)는 ○○○ 사무실로 선교회 소속 ○○○ 목사가 예배 등의 준비장소로 신도들에게 개방하여 언제든지 신앙상담을 할 수 있는 장소로 사용하였고, 4층(439.34㎡) 중 일부(402호 및 403호, 278.4㎡)는 ○○○가 목회용 사무실로 사용하면서 부흥회 기간(2009.2.16.부터 2009.8.15.까지) 중 일시적으로 목회를 목적으로 생활하는 장소로 신도들의 신앙상담, 설교 및 집회를 준비하는 교무수행장소로 사용하였으므로 이 또한 종교용으로 직접 사용한 것이다.

(3) 처분청에서 ○○○ 목회자들이 청구인도 모르게 이 건 쟁점건축물 중 일부에 주민등록을 전입하였다 하여 교회를 주거용으로 임대하고 있다고 판단하였지만, 청구인은 주민등록 전입여부에 관여한 사실도 없고, ○○○가 청구인에 기부한 4,500만원은 ○○○의 재정으로 수입처리되었으며, 나중에 ○○○ 목사가 교회를 임의로 점유하자 ○○○에서 헌금으로 기부한 4,500만원 중 4,000만원은 반환하기로 한 것이므로 수익사업에도 해당하지 아니하며, 청구인의 부동산임대 사업자등록은 ○○○를 ○○○에 임대에 따른 것이고 이 건 부동산에는 임대부동산이 없으므로, 부흥회 목적으로 ○○○가 일시적으로 사용하였다고 하여 임대로 볼 수는 없다.

(4) 또한, 2010년 4월 처분청의 현지출장 당시에는 이 건 건축물의 401호가 청구인의 담임목사가 사용한 것으로 보아 부과대상이 아닌 것으로 판단하였음에도 청구인이 이의신청을 함에 따라 청구인의 전도사가 사용한다고 하여 2010.12.10. 청구인에게 추가로 취득세 등을 부과고지한 것은「국세기본법」제18조 제1항의"세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다."라는 규정과 같은 법 제19조의"세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다."라는 규정을 위배한 처분이고, 이는 불이익변경금지에도 위배되는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인의 경우 2007.6.20. 이 건 토지를 취득하고 2008.5.29. 그 지상에 이 건 건축물을 신축하여 각각 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산으로 취득세 및 등록세를 비과세 받았으나 이 건 쟁점건축물에 대하여 2008.11.7.부터 ○○○에서, 2009.2.16.부터 ○○○ 및 ○○○ 담임목사와 부목사 등이 각각 사용하고 있음이 처분청의 2010.4.7. 및 2010.4.9. 세무담당공무원의 현지출장보고서 등에서 확인되고 있고 청구인 스스로도 그것을 인정하고 있는 이상, 이 건 쟁점건축물을 그 사용일(2008.5.29.)부터 2년 이상 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 다른 용도(임대)로 사용하고 있다고 봄이 타당하다 할 것이므로 처분청에서 이 건 쟁점건축물에 대하여 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

(2) 불이익변경금지의 원칙은 결정의 주문 내용이 청구대상인 과세처분보다 청구인에게 불이익한 경우에 적용되는 것이므로, ○○○는 이의신청에 대하여 원처분을 초과하여 세액을 결정하지 아니하였으므로 청구인에게 불리하다고 할 수 없는 것이어서 불이익변경금지의 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종교단체인 청구인이 종교용으로 취득한 부동산을 청구인이 아닌 다른 교회가 사용하고 있는 경우, 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부와 이의신청 결정 후 처분청에서 비과세 추징사유 확인에 따라 취득세 등을 부과한 것이 불이익변경금지에 위배되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 (용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기․등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

제30조의4(부과의 제척기간) ① 지방세는 부과할 수 있는 날부터 다음 각호에 정하는 기간이 만료되는 날까지 부과하지 아니하는 경우에는 이를 부과할 수 없다. 이 경우 지방세를 부과할 수 있는 날은 대통령령으로 정한다.

1. 납세자가 사기 그 밖의 부정한 행위로 지방세를 포탈하거나 환부 또는 경감받은 경우에는 10년

2. 납세자가 법정신고기한내에 소득세, 법인세 또는 부가가치세의 과세표준신고서를 제출하지 아니하여 해당 지방소득세 소득분 또는 지방소비세를 부과할 수 없는 경우에는 7년

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 5년

(2) 지방세법 시행령(2010.9.20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1. 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

(3) 국세기본법

제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

제19조(세무공무원의 재량의 한계) 세무공무원이 재량으로 직무를 수행할 때에는 과세의 형평과 해당 세법의 목적에 비추어 일반적으로 적당하다고 인정되는 한계를 엄수하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 및 청구인이 제출한 심리자료에 의하면 이 건 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구인은 2007.1.16. 이 건 토지를 취득하고 2008.5.29. 그 지상에 이 건 건축물을 신축한 데 대하여 2007.6.20. 및 2008.6.27. 처분청으로부터 각각「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 종교용에 직접 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산으로 취득세 등을 비과세 받았다.

(나) 처분청이 2010.4.7. 및 2010.4.9. 현지출장 후 작성한 출장보고서에 의하면, 지하 2층은 예배실로, 지하 1층은 식당으로, 1층은 현관 및 주차장으로 사용하고 있으며, 2층은 ○○○에서 점유중이고, 3층은 대부분 공실로 물건을 쌓아놓았으며 일부 면적에 ○○○ 사무실이 있으며, 4층은 3개 호수로 분리된 가정집이 존재하고, 401호에는 청구인의 ○○○가, 402호 및 403호는 ○○○의 담임목사, 부목사 등이 거주하고 있음이 나타난다.

(다) 처분청은 이 건 건축물 중 2층 전체(439.34㎡), 3층 일부(55.2㎡), 4층 일부(402호 및 403호, 278.4㎡)에 해당하는 이 건 쟁점건축물에 대하여 그 사용일부터 2년 이상 종교용에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하고 있다고 보아 이에 대하여 기 비과세한 취득세 등 43,250,750원(가산세 포함)을 2010.6.10. 부과고지하였다.

(라) 청구인은 위 부과처분에 불복하여 2010.9.8. ○○○에 지방세 이의신청을 하였으며, ○○○는 2010.10.27. 청구인의 이의신청을 기각하는 결정을 하였다.

(마) 이후 처분청은 2010.4.7. 및 2010.4.9. 현지출장 당시, 이 건 건축물 중 4층 일부(401호, 160.94㎡)에 청구인의 ○○○가 거주하고 있음을 확인하였고, 전도사는 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고 할 수 없음에도 이에 대하여 종교단체가 그 용도에 직접 사용하는 것으로 보아 2010.6.10. 부과고지시 이를 제외하였음을 확인하고 2010.12.10. 기 비과세한 취득세 등 9,365,480원(가산세 포함)을 부과고지 하였다.

(바) 청구인은 상호명을 ○○○, 대표자는 ○○○, 사업장 및 본점소재지는 이 건 부동산 소재지로 하고, 업태 및 종목은 부동산 임대업으로 하며, 개업일은 2006.6.5.로 하여 사업자등록○○○을 한 사실이 있다.

(사) 청구인은 2008.11.7. ○○○ 목사에게 12,000,000원을 차용하면서 이 건 건축물 중 3층 공원 쪽 약 13평을 ○○○ 사무실로 무상사용함을 확인한다는 내용으로 문서를 작성한 사실이 있고, ○○○」관련 인쇄물에 의하면 2009.2.16.부터 2009.8.15.까지 이 건 부동산 건축물 소재지에서 개최하며, ○○○ 목사가 주강사로 되어 있으며, 청구인의 담임목사 ○○○ 등 9명이 강사로 되어 있음이 나타난다.

(아) 2010.4.7. 확인한 전입세대열람 결과, 이 건 건축물 중 4층 402호에는 ○○○, 403호에는 부목사 ○○○이 2009년 2월부터 전입하여 거주하고 있음을 알 수 있다.

(자) ○○○ 목사는 청구인에게 “매달 말에 천만원과 모든 전기세, 수도세, 가스비, 난방비, 오물세, 봉고 기름값을 계산하며 주일날을 포함해서 식당의 쌀값을 책임진다”, “예배와 사회는 물론 서로 협조한다”, “1부예배는 ○○○ 목사가, 2부예배는 청구인의 ○○○ 목사가 설교한다”고 각서를 작성한 사실이 있다.

(차) 청구인이 소속되어 있는 ○○○에서 2009.12.23. ○○○ 목사에게 2009.12.28.에 이사를 시행하여 주기를 바라고, 약속한 비용(4,000만원)을 지급하겠다는 내용의 약속이행 촉구를 한 사실이 있다.

(카) 청구인은 2010.2.4. ○○○으로 내용증명우편물을 발송한 사실이 있으며, 동 내용증명의 일부 내용은 명도일시는 2010.2.15.까지이고, 명도장소는 ○○○로 되어 있다.

(타) 2010.2.17. 청구인은 ○○○와 약정서를 작성하였고, 동 약정서의 일부 내용은 갑은 청구인으로 하고 을은 ○○○로 하며 2010년 2월 16일부터 8월 15일까지 6개월간 집회장소를 빌리는 조건으로 일정한 사용료를 지급하고 집회일정을 마무리 하며, 을은 이사일정을 2010.3.22.까지 명도할 것을 약속한다고 되어 있다.

(파) ○○○는 2010.3.21. 청구인에게 2010.4.7. 이전까지 기존 사용하던 부동산을 비워주겠다는 각서를 작성하였고, 2010.4.5. 문제가 해결되지 않아 기도원이나 지하실이라도 갈 수 있는 처소를 만들어서 2010.5.27.까지 마무리 짓겠다고 하면서 체류보상으로 장의자, 스피커, 책상 및 걸상 등을 제공하겠다고 각서를 작성한 사실이 있다.

(하) 2010.7.6. ○○○에서는 청구인의 건물명도사건○○○에 대하여 피고○○○는 2010.8.15.까지 이 건 쟁점건축물을 청구인에게 인도하고, 위 날짜까지 인도하면 임료 또는 임료상당의 부당이득금에 대한 청구를 포기한다는 화해결정을 한 사실이 있다.

(2) 먼저, 종교단체가 종교용으로 취득한 부동산을 청구인이 아닌 다른 교회가 사용하고 있는 경우, 기 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 관하여 살펴본다.

이 건 건축물 중 2층 전체(439.34㎡)는 2009.2.16.부터 ○○○에서 사용하고 있고, 3층 일부(55.2㎡)는 2008.11.7.부터 ○○○에서 사용하고 있으며, 4층 401호(160.94㎡)는 청구인의 전도사가 거주하고 있고, 402호 및 403호(278.4㎡)는 ○○○의 담임목사 및 부목사가 거주하고 있음이 처분청의 2010.4.7. 및 2010.4.9. 현지출장보고서로 확인됨은 물론 청구인도 이러한 사실을 인정하고 있으며,

또한, 청구인의 대표자인 ○○○ 목사가 작성한 확인서에서 2009년 2월부터 8월까지 월세 4,500만원을 3월 2일에 1,000만원, 4월 29일 500만원, 7월 23일 3,000만원을 ○○○ 월세로 받았음이 확인된 점, 청구인의 건물명도사건○○○의 화해조서를 보면"피고 ○○○은 2010.10.31.까지 ○○○4층 종교시설 중 2, 3, 4층 각 439.34㎡를 인도한다. 만일 피고가 인도를 지체하면 피고는 원고에게 2010.11.1.부터 인도완료일까지 월 500만원의 비율에 의한 금원을 지급한다. 원고는 피고에 대하여 2010.10.31.까지의 임료 또는 임료 상당 부당이득금의 청구를 포기한다."라고 되어 있어 ○○○가 이 건 쟁점건축물을 임차하고 있었다는 사실이 확인되고 있고,

처분청에서 2010.4.7. 확인한 주민등록 전입세대열람 내역에 의하면 이 건 쟁점건축물 중 4층 402호에는 ○○○이 거주하고 있고, 403호에는 부목사 ○○○이 2009.2.9.부터 전입하여 거주하는 사실이 확인된 점으로 보아 이 건 쟁점부동산은 청구인이 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 임대 등 다른 용도로 사용된 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 이의신청 결정 후 처분청에서 비과세 추징사유 확인에 따라 취득세 등을 부과한 것이 불이익변경금지에 위배되는지 여부에 대하여 살펴본다.

「지방세법」제30조의4 제1항에서 지방세는 부과할 수 있는 날부터 부과의 제척기간이 만료되는 날까지는 지방세를 부과할 수 있는 것으로 규정하고 있고, 취득세 등 이의신청 결정 후라고 하더라도 지방세를 부과할 수 있는 과세요건이 성립된 것을 알았을 때에는 부과제척기간이 종료되기 전까지는 지방세를 부과할 수 있는 것이므로, 처분청에서 2010.4.7. 및 2010.4.9. 세무담당공무원의 현지출장 당시 이 건 건축물 중 4층 일부(401호, 160.94㎡)에 청구인의 전도사○○○가 거주하고 있음을 확인하였으나 이에 대하여 종교단체가 그 용도에 직접 사용하는 것으로 보아 2010.6.10. 부과고지 시 이를 제외하였다가, 이 건과 관련한 이의신청 결정 이후인 2010.12.10.에 처분청에서 전도사는 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다고 할 수 없음을 확인하고 이 건 제2쟁점건축물에 대하여 기 비과세하였던 세액을 추징한 것은 납세자의 재산권을 부당하게 침해하거나 과세의 형평에 어긋난다고 보기는 어렵다 하겠다.

또한, 불이익변경금지의 원칙은 결정의 주문 내용이 청구대상인 과세처분보다 청구인에게 불리한 경우에 적용되는 것이어서, ○○○는 청구인의 이의신청에 대하여 원처분을 초과하여 세액결정을 하지 아니하였으므로 불이익변경금지를 위배하였다고도 볼 수 없다고 하겠다.

따라서, 처분청에서 청구인이 이 건 쟁점부동산을 종교용으로 직접 사용하지 아니하고 임대 등 다른 용도로 사용한 것으로 보아 청구인에게 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢지방세기본법｣ 제123조 제4항과 ｢국세기본법｣ 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.