법령해석 사례
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쟁점
(1)취득세 등 신고가액이 시가표준액보다 낮은 경우 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부한 것이 적법한지 여부(기각)
청구번호 : 2010지0925 결정일자 : 2011-03-22 세목 : 등록세
청구번호 조심 2010지0784
주 문
처분청이 2010.2.10. 청구법인에게 한 등록세 25,600,000 및 지방교육세 5,120,000원, 합계 30,720,000원의 부과처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 소비제품 포장지 제작 및 판매를 목적사업으로 2003.12.19. 설립된 외국인투자기업으로, 2006.8.1. 8,000,000,000원의 자본금 증자등기(이하 “쟁점증자등기”라 한다)를 하면서 등록세 32,000,000원, 지방교육세 6,400,000원 합계 38,400,000원을 신고․납부하였다가, 이후「조세특례제한법」제121조의4 제1항 등에 의거 쟁점증자등기에 관하여 등록세 감면신청을 하였고, 처분청은 구 행정자치부장관의 질의회신○○○ 등에 따라 2009.5.19. 외국인투자비율 80%에 대하여 등록세 25,600,000원, 지방교육세 5,120,000원 합계 30,720,000원을 감액결정하고 2009.5.21. 등록세 등을 환부하였다.
나. 이후 행정안전부장관이 종전의 해석을 변경하여 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니한다○○○고 해석하자, 처분청은 청구법인이 쟁점증자등기에 관하여 기 감면받은 등록세 25,600,000원, 지방교육세 5,120,000원 합계 30,720,000원을 2010.2.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 ○○○에게 2010.3.30. 이의신청을 하여 2010.6.9. 기각결정 통지를 받고 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 구 행정자치부장관의 해석사례○○○에 의거 등록세 감면신청을 하고 감면통보를 받았음에도 불구하고, 처분청이 이를 번복하고 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다. 신의성실의 원칙 적용요건을 이 건의 사실관계에 비추어 보면, ① 공적 견해의 표명은 일반납세자에 대한 것이든 특정 납세자에 대한 것이든 불문하는바○○○, 구 행정자치부장관의 해석사례가 있었고 이에 근거한 청구법인의 감면신청을 처분청이 받아들인 것은 과세관청의 공적 견해 표명에 해당한다 할 것이고, ②「조세특례제한법」제121조의2 제4항에 대한 여러 가지 해석이 가능한 상황에서 구 행정자치부장관의 해석을 신뢰하고 감면신청한 청구법인에게 귀책사유가 있었다고 할 수 없을 것이며, ③ 모든 기업은 매년 예산을 편성하고 그 한도 내에서 수익창출 및 비용절감을 위해 노력하는데, 수년이 지난 시점에서 과세관청이 위 공적 견해 표명에 반하여 이 건 부과처분을 함으로써 청구법인에게 추가 손실을 부담하게 하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다.
(2)「지방세법」제1조의2 제3항에서 세법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 판례○○○에서도 소급과세금지 원칙의 적용 요건으로 ① 상당 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, ② 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있으며, ③ 이와 같은 공적인 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되었을 것이 필요하다고 판시하고 있는바, 청구법인의 경우 수차례에 거쳐 처분청에 등록세 감면신청을 하였고, 처분청이 이를 모두 받아들여 감면통보한 이상, 상기 세가지 요건을 모두 충족하였다 할 것이다. 따라서, 이미 납세의무가 종료된 청구법인의 증자등록세에 대해 과세관청이 새로운 해석○○○을 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에도 위배된다.
나. 처분청 및 ○○○ 의견
(1) 처분청 의견
구 행정자치부의 회신은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 통보하는 경우○○○와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우○○○가 있는데 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심의 의결기관○○○이나 본 기관에 의해 통일적인 세정운영을 위해 달리 해석 될 수 있어 처분청의 쟁점사안의 등록세 부과처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배되지 않는다고 할 것이고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이므로 「조세특례제한법」에서 외국인투자기업 증자에 대한 면제 규정이 없고, 증자한 행위가 사업용 재산의 취득 등기로 볼 수 없으므로「조세특례제한법」을 좁게 해석했다고 볼 수 없고, ○○○의 행정안전부장관의 지침○○○에 반한 행정은 시정조치 대상으로 처분청의 부과가 위법한 행위로 볼 수 없다.
(2) ○○○ 의견
(가)「지방세법」제1조의2 제3항에서 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 받아들이진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 과세되지 아니한다는 규정에 따라 신청인에게 기 면제한 세액을 부과한 것은 소급과세로서 부당하게 신청인의 재산권을 침해하였다고 하지만, 처분청에서 구 ○○○에서 외국인투자기업이 자본금을 증자하는 경우 외국인 투자비율에 따라 지방세가 감면된다고 한 것은 구 행정자치부에서 조세행정의 통일적인 지침적인 성격으로 통보를 한 것이 아니라 개별납세자의 질의에 답변으로서 그 후에 공신력 있는 심의의결기관에서 달리 내려질 수 있는 것에 의해서 기 납부한 등록세를 납부한 것을 환급하였다가, 구 행정자치부에서 2009.12.18. ○○○로「조세특례제한법」제121조4 규정에 대하여 통일적인 세정운영을 위하여 지침에 따라 법리관계를 오해해서 감면했던 세액을 다시 부과한 것은 소급과세라기 보다는 정당한 법해석에 따른 정상적인 과세로 전환한 것이라고 할 것이다.
(나) 청구인은 기 납부된 세액을 감액 후 환급한 것을 다시 부과하는 것은 신의성실에 위반된다고 하지만, 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이러한 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하는 것이나, 이러한 신의성실의 원칙 또한 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 할 것○○○으로, 처분청에서 구 행정자치부에서 질의 회신에 근거해서 관계법령의 해석 잘못으로 인하여 감면해 준 사실은 있지만, 통상의 경우 과세관청은 부과에 대한 누락 또는 오류가 있는 사실이 발견되는 때에는 5년의 부과제척기간이 도래되기 전까지는 경정 또는 부과를 할 수 있는 것이므로, 처분청에서 법령해석의 오류를 시정한 이 건 등록세 부과 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것은 아니라고 할 것이다.
(다) 외국인투자로 인해 취득하는 자본금도 결과적으로 사업을 위해 필수 불가결하게 등록이 필요한 사안이므로「조세특례제한법」제121조4의 규정에 따라 지방세 감면의 대상에 포함되어야한다고 하지만, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이므로「조세특례제한법」제121조4에서 외국인투자기업 증자로 인한 외국인 투자비율만큼 취득·보유하고 있는 재산에 대한 취득세 및 등록세 등을 감면하는 것으로 동 규정에 자본금 증자에 대한 별도의 면제규정이 없고, 자본금은 사업을 위해서 취득 보유하는 재산이 아니라 사업을 위한 재원으로서 사용하기위한 자금으로서 그 자체가 사업용 재산으로 볼 수 없으므로 처분청에서 등록세를 면제한 것은 잘못이 없다 할 것이다.
(라) 유사한 건에 대하여 자치단체별로 다르게 지방세를 부과하는 것은 조세평등주의에 위반된다고 하지만, 조세를 부과함에 있어 모든 납세자에게 평등해야한다는 원칙 및 규정은 어디에도 없고, 도세 부과·징수의 경우 도지사가 부과를 하여야하나 관련 규정에 따라 그 부과 징수의 권한을 해당 기초 지방자치단체에 위임을 하고 있으며, 그 부과는 과세권자가 지방세관련 법규를 기준으로 판단하여 부과하는 것으로 다른 자치단체의 동일한 과세물건에 대한 과세여부에 영향을 받는 것이 아니라 할 것이므로, 처분청에서 행정안전부의 유권해석에 근거해서 외국인투자기업의 자본금 증자 등기는「조세특례제한법」제124조의4 규정에 의한 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
외국인투자기업의 증자분에 대한 등록세 감면과 관련하여 행정안전부장관의 유권해석 변경에 따른 이 건 등록세 등 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 「지방세법」 제9조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
(2) 지방세법
제1조의2(해석의 기준 등) ③ 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들어진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
제84조(국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.
(3) 국세기본법
제15조(신의․성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
(4) 정부조직법(2008.2.29. 법률 제8852호로 전부개정되기 전의 것)
제34조(행정자치부) ① 행정자치부장관은 국무회의의 서무, 법령 및 조약의 공포, 공무원의 복무 및 연금관리 상훈, 정부조직과 정원의 관리, 정부혁신, 행정능률, 전자정부, 정부청사의 관리, 지방자치제도, 지방자치단체의 사무지원·재정·세제, 지방자치단체간 분쟁조정, 선거, 국민투표, 민방위·재난관리 제도에 관한 사무를 관장한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 소비제품 포장지 제작 및 판매를 목적사업으로 2003.12.19. 설립된 외국인투자기업으로, 2006.8.1. 8,000,000,000원의 자본금 증자등기를 하면서 등록세 32,000,000원, 지방교육세 6,400,000원 합계 38,400,000원을 신고․납부하였다가, 이후 쟁점증자등기에 관하여 등록세 감면신청을 하였고, 처분청은 구 행정자치부장관의 질의회신○○○등에 따라 2009.5.19. 외국인투자비율 80%에 대하여 등록세 25,600,000원, 지방교육세 5,120,000원 합계 30,720,000원을 감액결정하고 2009.5.21. 등록세 등을 환부하였다.
(나) 이후 행정안전부장관이 종전의 해석을 변경하여 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니한다○○○고 해석하자, 처분청은 청구법인이 쟁점증자등기에 관하여 기 감면받은 등록세 등을 2010.2.10. 청구법인에게 부과고지 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 ○○○에게 2010.3.30. 이의신청을 하여 2010.6.9. 기각결정 통지를 받고 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.
(2) 외국인투자기업의 증자분에 대한 등록세 감면과 관련하여 행정안전부장관의 유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부에 관하여 살펴본다.
(가)「조세특례제한법」 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에는 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다고 규정하고 있는바, 이에 대하여 구 행정자치부장관(2008.2.29. 행정안전부장관으로 변경됨)은 ① 2004.6.8. ○○○에게 “외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당하다”고 회신○○○)하였고, ② 2008.10.23. ○○○에게 “외국인투자기업이 증자하는 경우에는「조세특례제한법」제121조의2의 규정을 준용하여 등록세 등의 감면대상이라고 보이나, 법인설립등기의 경우에는 증자에 대한 감면과 같이 별도의 감면규정이 없으므로 감면대상에서 제외하는 것이 합리적이다”라고 회신○○○하였으며, ③ 2009.12.18. 종전 질의회신을 변경하여 “「조세특례제한법」 제121조의4 제1항 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 최초 투자시 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용재산에 대한 취득․등록․재산세를 외국인투자비율만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니하는 것”이어서, ‘부과제척기간 미도과분에 대하여 가산세는 배제하고 등록세를 추징’하도록 하는 ‘외국인투자기업 증자등기에 대한 등록세 감면에 관한 법규해석 및 세정운영 기준○○○’을 전국 시․도지사에게 통보하였다.
(나) 한편, ○○○이 2004.6.16. ○○○에게 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세는 감면대상이 아니라고 회신○○○한 사실이 있지만, 동 회신내용과는 달리 ○○○에서는 외국인투자기업의 증자등기에 대하여 등록세를 감면하여 왔으며, ○○○에서도 각 시․군별로 등록세 감면 적용 여부를 달리 하다가 2008.10.23. 행정안전부장관이 감면대상이라는 취지로 회신한 이후 감면대상으로 보아 외국인투자기업이 감면신청한 등록세를 환부하여준 사실은 심리자료에서 알 수 있다.
(다) 일반적으로 조세법률관계에서 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙의 적용은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의․형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있다 할 것이다○○○.
(라) 살피건대,「정부조직법」제34조는 구 행정자치부장관이 지방자치단체의 세제에 관한 사무를 관장하는 것으로 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법」 제121조의2 제4항이 취득세, 등록세 및 재산세를 감면하는 대상에 관하여 “외국인투자기업이 사업을 영위하기 위하여 취득․보유하는 재산”이라고만 규정하고 있어 감면대상에 자본금 증자등기에 대한 등록세가 포함되는지 여부에 대하여 여러 가지 해석이 있을 수 있는 상황에서, 구 행정자치부장관이 2004.6.8.과 2008.10.23. 외국인투자기업의 증자등기는 등록세 감면대상이라고 회신하였던 점, 이에 따라 ○○○ 및 ○○○ 등이 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세를 감면해 준 사실이 있는 점, 2009.12.18.자 행정안전부장관의 변경된 유권해석은 그 이후 납세의무가 성립한 분부터 적용하는 것이 납세자의 법적 안정성․정의․형평 등의 관점에서 더 합리적인 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 새로운 유권해석에 따라 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다○○○.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
(1)취득세 등 신고가액이 시가표준액보다 낮은 경우 시가표준액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고납부한 것이 적법한지 여부(기각)
청구번호 : 2010지0925 결정일자 : 2011-03-22 세목 : 등록세
청구번호 조심 2010지0784
주 문
처분청이 2010.2.10. 청구법인에게 한 등록세 25,600,000 및 지방교육세 5,120,000원, 합계 30,720,000원의 부과처분은 이를 취소한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 소비제품 포장지 제작 및 판매를 목적사업으로 2003.12.19. 설립된 외국인투자기업으로, 2006.8.1. 8,000,000,000원의 자본금 증자등기(이하 “쟁점증자등기”라 한다)를 하면서 등록세 32,000,000원, 지방교육세 6,400,000원 합계 38,400,000원을 신고․납부하였다가, 이후「조세특례제한법」제121조의4 제1항 등에 의거 쟁점증자등기에 관하여 등록세 감면신청을 하였고, 처분청은 구 행정자치부장관의 질의회신○○○ 등에 따라 2009.5.19. 외국인투자비율 80%에 대하여 등록세 25,600,000원, 지방교육세 5,120,000원 합계 30,720,000원을 감액결정하고 2009.5.21. 등록세 등을 환부하였다.
나. 이후 행정안전부장관이 종전의 해석을 변경하여 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니한다○○○고 해석하자, 처분청은 청구법인이 쟁점증자등기에 관하여 기 감면받은 등록세 25,600,000원, 지방교육세 5,120,000원 합계 30,720,000원을 2010.2.10. 청구법인에게 부과고지 하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 ○○○에게 2010.3.30. 이의신청을 하여 2010.6.9. 기각결정 통지를 받고 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 구 행정자치부장관의 해석사례○○○에 의거 등록세 감면신청을 하고 감면통보를 받았음에도 불구하고, 처분청이 이를 번복하고 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다. 신의성실의 원칙 적용요건을 이 건의 사실관계에 비추어 보면, ① 공적 견해의 표명은 일반납세자에 대한 것이든 특정 납세자에 대한 것이든 불문하는바○○○, 구 행정자치부장관의 해석사례가 있었고 이에 근거한 청구법인의 감면신청을 처분청이 받아들인 것은 과세관청의 공적 견해 표명에 해당한다 할 것이고, ②「조세특례제한법」제121조의2 제4항에 대한 여러 가지 해석이 가능한 상황에서 구 행정자치부장관의 해석을 신뢰하고 감면신청한 청구법인에게 귀책사유가 있었다고 할 수 없을 것이며, ③ 모든 기업은 매년 예산을 편성하고 그 한도 내에서 수익창출 및 비용절감을 위해 노력하는데, 수년이 지난 시점에서 과세관청이 위 공적 견해 표명에 반하여 이 건 부과처분을 함으로써 청구법인에게 추가 손실을 부담하게 하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다.
(2)「지방세법」제1조의2 제3항에서 세법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니하는 것으로 규정하고 있고, 판례○○○에서도 소급과세금지 원칙의 적용 요건으로 ① 상당 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, ② 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있으며, ③ 이와 같은 공적인 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되었을 것이 필요하다고 판시하고 있는바, 청구법인의 경우 수차례에 거쳐 처분청에 등록세 감면신청을 하였고, 처분청이 이를 모두 받아들여 감면통보한 이상, 상기 세가지 요건을 모두 충족하였다 할 것이다. 따라서, 이미 납세의무가 종료된 청구법인의 증자등록세에 대해 과세관청이 새로운 해석○○○을 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에도 위배된다.
나. 처분청 및 ○○○ 의견
(1) 처분청 의견
구 행정자치부의 회신은 전국적으로 통일적인 세정운영을 위하여 특별히 지침적인 성격으로 통보하는 경우○○○와 단지 납세자의 질의에 따라 회신하는 경우○○○가 있는데 후자의 경우는 개별적인 질의에 대한 의견이므로 그 의견은 추후 공신력 있는 심의 의결기관○○○이나 본 기관에 의해 통일적인 세정운영을 위해 달리 해석 될 수 있어 처분청의 쟁점사안의 등록세 부과처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배되지 않는다고 할 것이고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이므로 「조세특례제한법」에서 외국인투자기업 증자에 대한 면제 규정이 없고, 증자한 행위가 사업용 재산의 취득 등기로 볼 수 없으므로「조세특례제한법」을 좁게 해석했다고 볼 수 없고, ○○○의 행정안전부장관의 지침○○○에 반한 행정은 시정조치 대상으로 처분청의 부과가 위법한 행위로 볼 수 없다.
(2) ○○○ 의견
(가)「지방세법」제1조의2 제3항에서 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 받아들이진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 과세되지 아니한다는 규정에 따라 신청인에게 기 면제한 세액을 부과한 것은 소급과세로서 부당하게 신청인의 재산권을 침해하였다고 하지만, 처분청에서 구 ○○○에서 외국인투자기업이 자본금을 증자하는 경우 외국인 투자비율에 따라 지방세가 감면된다고 한 것은 구 행정자치부에서 조세행정의 통일적인 지침적인 성격으로 통보를 한 것이 아니라 개별납세자의 질의에 답변으로서 그 후에 공신력 있는 심의의결기관에서 달리 내려질 수 있는 것에 의해서 기 납부한 등록세를 납부한 것을 환급하였다가, 구 행정자치부에서 2009.12.18. ○○○로「조세특례제한법」제121조4 규정에 대하여 통일적인 세정운영을 위하여 지침에 따라 법리관계를 오해해서 감면했던 세액을 다시 부과한 것은 소급과세라기 보다는 정당한 법해석에 따른 정상적인 과세로 전환한 것이라고 할 것이다.
(나) 청구인은 기 납부된 세액을 감액 후 환급한 것을 다시 부과하는 것은 신의성실에 위반된다고 하지만, 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 이러한 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요하는 것이나, 이러한 신의성실의 원칙 또한 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의, 형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것이고, 이를 적용함에 있어서도 과세 잘못을 시정하는 것까지 금지하는 것은 아니라 할 것○○○으로, 처분청에서 구 행정자치부에서 질의 회신에 근거해서 관계법령의 해석 잘못으로 인하여 감면해 준 사실은 있지만, 통상의 경우 과세관청은 부과에 대한 누락 또는 오류가 있는 사실이 발견되는 때에는 5년의 부과제척기간이 도래되기 전까지는 경정 또는 부과를 할 수 있는 것이므로, 처분청에서 법령해석의 오류를 시정한 이 건 등록세 부과 처분은 신의성실의 원칙을 위반한 것은 아니라고 할 것이다.
(다) 외국인투자로 인해 취득하는 자본금도 결과적으로 사업을 위해 필수 불가결하게 등록이 필요한 사안이므로「조세특례제한법」제121조4의 규정에 따라 지방세 감면의 대상에 포함되어야한다고 하지만, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이므로「조세특례제한법」제121조4에서 외국인투자기업 증자로 인한 외국인 투자비율만큼 취득·보유하고 있는 재산에 대한 취득세 및 등록세 등을 감면하는 것으로 동 규정에 자본금 증자에 대한 별도의 면제규정이 없고, 자본금은 사업을 위해서 취득 보유하는 재산이 아니라 사업을 위한 재원으로서 사용하기위한 자금으로서 그 자체가 사업용 재산으로 볼 수 없으므로 처분청에서 등록세를 면제한 것은 잘못이 없다 할 것이다.
(라) 유사한 건에 대하여 자치단체별로 다르게 지방세를 부과하는 것은 조세평등주의에 위반된다고 하지만, 조세를 부과함에 있어 모든 납세자에게 평등해야한다는 원칙 및 규정은 어디에도 없고, 도세 부과·징수의 경우 도지사가 부과를 하여야하나 관련 규정에 따라 그 부과 징수의 권한을 해당 기초 지방자치단체에 위임을 하고 있으며, 그 부과는 과세권자가 지방세관련 법규를 기준으로 판단하여 부과하는 것으로 다른 자치단체의 동일한 과세물건에 대한 과세여부에 영향을 받는 것이 아니라 할 것이므로, 처분청에서 행정안전부의 유권해석에 근거해서 외국인투자기업의 자본금 증자 등기는「조세특례제한법」제124조의4 규정에 의한 감면대상에 해당되지 않는 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
외국인투자기업의 증자분에 대한 등록세 감면과 관련하여 행정안전부장관의 유권해석 변경에 따른 이 건 등록세 등 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제121조의2(외국인투자에 대한 법인세 등의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자(「외국인투자촉진법」제2조 제1항 제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세, 등록세 및 재산세를 각각 감면한다.
1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업
④ 외국인투자기업이 신고한 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세·등록세 및 재산세에 대해서는 다음 각 호와 같이 그 세액을 감면하거나 일정금액을 과세표준에서 공제한다. 다만, 지방자치단체가 「지방세법」 제9조에 따른 조례로 정하는 바에 따라 감면기간 또는 공제기간을 15년까지 연장하거나 연장한 기간에 감면비율 또는 공제비율을 높인 경우에는 제1호 및 제2호에도 불구하고 그 기간 및 비율에 따른다.
1. 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 5년 동안은 해당 재산에 대한 산출세액에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항, 제5항, 제12항제3호 및 제4호에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호의7까지 및 제3호에 따른 감면대상이 되는 사업을 하기 위하여 취득·보유하는 재산에 대한 취득세, 등록세 및 재산세는 사업개시일부터 3년 동안은 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 동안은 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각각 감면한다.
제121조의4(증자의 조세감면) ① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다.
③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.
(2) 지방세법
제1조의2(해석의 기준 등) ③ 이 법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들어진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 아니한다.
제84조(국세기본법 등의 준용) 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다.
(3) 국세기본법
제15조(신의․성실) 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
(4) 정부조직법(2008.2.29. 법률 제8852호로 전부개정되기 전의 것)
제34조(행정자치부) ① 행정자치부장관은 국무회의의 서무, 법령 및 조약의 공포, 공무원의 복무 및 연금관리 상훈, 정부조직과 정원의 관리, 정부혁신, 행정능률, 전자정부, 정부청사의 관리, 지방자치제도, 지방자치단체의 사무지원·재정·세제, 지방자치단체간 분쟁조정, 선거, 국민투표, 민방위·재난관리 제도에 관한 사무를 관장한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 사실관계는 다음과 같다.
(가) 청구법인은 소비제품 포장지 제작 및 판매를 목적사업으로 2003.12.19. 설립된 외국인투자기업으로, 2006.8.1. 8,000,000,000원의 자본금 증자등기를 하면서 등록세 32,000,000원, 지방교육세 6,400,000원 합계 38,400,000원을 신고․납부하였다가, 이후 쟁점증자등기에 관하여 등록세 감면신청을 하였고, 처분청은 구 행정자치부장관의 질의회신○○○등에 따라 2009.5.19. 외국인투자비율 80%에 대하여 등록세 25,600,000원, 지방교육세 5,120,000원 합계 30,720,000원을 감액결정하고 2009.5.21. 등록세 등을 환부하였다.
(나) 이후 행정안전부장관이 종전의 해석을 변경하여 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니한다○○○고 해석하자, 처분청은 청구법인이 쟁점증자등기에 관하여 기 감면받은 등록세 등을 2010.2.10. 청구법인에게 부과고지 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 ○○○에게 2010.3.30. 이의신청을 하여 2010.6.9. 기각결정 통지를 받고 2010.9.3. 심판청구를 제기하였다.
(2) 외국인투자기업의 증자분에 대한 등록세 감면과 관련하여 행정안전부장관의 유권해석 변경에 따른 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙 등에 위배되는지 여부에 관하여 살펴본다.
(가)「조세특례제한법」 제121조의4 제1항에서 외국인투자기업이 증자하는 경우에는 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제121조의2 및 제121조의3의 규정을 준용한다고 규정하고 있는바, 이에 대하여 구 행정자치부장관(2008.2.29. 행정안전부장관으로 변경됨)은 ① 2004.6.8. ○○○에게 “외국인투자기업의 자본증자 등기도 외국인투자비율에 따라 등록세를 감면하는 것이 타당하다”고 회신○○○)하였고, ② 2008.10.23. ○○○에게 “외국인투자기업이 증자하는 경우에는「조세특례제한법」제121조의2의 규정을 준용하여 등록세 등의 감면대상이라고 보이나, 법인설립등기의 경우에는 증자에 대한 감면과 같이 별도의 감면규정이 없으므로 감면대상에서 제외하는 것이 합리적이다”라고 회신○○○하였으며, ③ 2009.12.18. 종전 질의회신을 변경하여 “「조세특례제한법」 제121조의4 제1항 감면규정은 외국인투자기업의 증자분에 대하여 최초 투자시 감면규정인 같은 법 제121조의2를 준용하여 자본증자에 관한 변경등기를 한 날을 사업개시일로 보아 사업용재산에 대한 취득․등록․재산세를 외국인투자비율만큼 추가로 감면하겠다는 것이므로, 외국인투자기업의 자본금 증자등기 자체에 대한 등록세는 감면대상에 해당하지 아니하는 것”이어서, ‘부과제척기간 미도과분에 대하여 가산세는 배제하고 등록세를 추징’하도록 하는 ‘외국인투자기업 증자등기에 대한 등록세 감면에 관한 법규해석 및 세정운영 기준○○○’을 전국 시․도지사에게 통보하였다.
(나) 한편, ○○○이 2004.6.16. ○○○에게 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세는 감면대상이 아니라고 회신○○○한 사실이 있지만, 동 회신내용과는 달리 ○○○에서는 외국인투자기업의 증자등기에 대하여 등록세를 감면하여 왔으며, ○○○에서도 각 시․군별로 등록세 감면 적용 여부를 달리 하다가 2008.10.23. 행정안전부장관이 감면대상이라는 취지로 회신한 이후 감면대상으로 보아 외국인투자기업이 감면신청한 등록세를 환부하여준 사실은 심리자료에서 알 수 있다.
(다) 일반적으로 조세법률관계에서 신의성실의 원칙 내지 금반언의 원칙의 적용은 합법성을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의․형평에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 적용되는 것으로서 납세자의 신뢰보호라는 점에 그 법리의 핵심적 요소가 있다 할 것이다○○○.
(라) 살피건대,「정부조직법」제34조는 구 행정자치부장관이 지방자치단체의 세제에 관한 사무를 관장하는 것으로 규정하고 있는 점, 「조세특례제한법」 제121조의2 제4항이 취득세, 등록세 및 재산세를 감면하는 대상에 관하여 “외국인투자기업이 사업을 영위하기 위하여 취득․보유하는 재산”이라고만 규정하고 있어 감면대상에 자본금 증자등기에 대한 등록세가 포함되는지 여부에 대하여 여러 가지 해석이 있을 수 있는 상황에서, 구 행정자치부장관이 2004.6.8.과 2008.10.23. 외국인투자기업의 증자등기는 등록세 감면대상이라고 회신하였던 점, 이에 따라 ○○○ 및 ○○○ 등이 외국인투자기업의 증자등기에 대한 등록세를 감면해 준 사실이 있는 점, 2009.12.18.자 행정안전부장관의 변경된 유권해석은 그 이후 납세의무가 성립한 분부터 적용하는 것이 납세자의 법적 안정성․정의․형평 등의 관점에서 더 합리적인 것으로 보이는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 새로운 유권해석에 따라 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다○○○.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.