법령해석 사례
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쟁점 - (1) 청구법인이 서울특별시 내에 벤처기업집적시설 (건축물)을 신축 등기한 후, 당해 부동산의 일부를 본점으로 사용하는
경우 본점용 부동산외 나머지 분양용 부동산에 대하여도 본점 전입에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 한 처분의 당부(경정)
청구번호 : 2010지0035 결정일자 : 2010-07-20 세목 : 등록세
청구번호 조심 2010지0035
주 문
처 분청이 2009.5.10. 청구법인에게 한 등록세 272,220,030원, 지방교육세 51,090,550원, 합게 323,310,580원의 부과처분은 ○○○ 건축물 4,853.38㎡ 중 495㎡에 대하여만 등록세 중과세 대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 1995.7.22. 인쇄주변기기 제조 및 도소매업 등을 목적사업으로 하고, ○○○을 본점소재지로 하여 설립된 법인○○○으로서 2002.8.27. ○○○ 94-2 외 1필지 토지 1,288.1㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 등기하면서 취득세와 등록세를 신고납부하고 그 지상에 지하1층 지상6층 벤처기업집적시설건축물 4,853.38㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 건축하여 2004.7.9. 사용승인을 받음과 동시에 벤처기업집적시설사업시행자로 지정받아「지방세법」제276조 제3항 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 면제받은 후 2004.7.21. 소유권 보존등기를 하였고, 2005.1.21. 증축한 건축물 373.03㎡에 대하여도 취득세와 등록세 등을 면제 받은 후 2005.1.28. 소유권보존등기하였다.
나. 2006.6.8. 처분청은 이 건 부동산을 현지 확인한 결과, 청구법인이 이 건 건축물을 취득하여 495㎡를 청구법인의 본점사업용으로 사용하는 것으로 확인한 후 이 건 건축물 중 495㎡와 이에 대한 면적으로 안분한 토지 취득가액을 포함한 465,208,340원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제112조의2 제1항 제2호 규정을 적용하여 산출한 취득세 18,928,860원, 농어촌특별세 1,486,120원, 합계 20,413,980원(가산세 포함)을 2003.6.13. 부과고지하자 2006.6.30. 청구법인은 이를 납부하였다.
다. 그 후 청구법인은 경 영악화를 이유로 2006.7.27. 이 건 부동산을 ○○○(주)에 매각한 후 2006.8.25. 벤처기업집적시설지정소유자가 ○○○(주)로 변경되었으나, 2008.4.23. ○○○(주)에서 이 건 건축물에 대한 벤처기업집적시설등록을 자진취소○○○함에 따라 청구법인은 이 건 부동산 취득등기시 면제받았던 취득세와 등록세 등 86,006,600원 역시 2008.6.11. 신고납부하였다.
라. 2009.2.18. ○○○의 처분청에 대한 법인세무조사 지도점검시 ○○○에 본점소재지를 두고 있는 청구법인의 전체 4개부서 31명 중 회장, 전무를 포함한 27명이 이 건 부동산으로 이전하여 495㎡를 본 점사업용으로 사용함에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 납부하였으므로 ○○○에 소재한 청구법인의 본점이 사실상 이 건 부동산 취득일부터 5년 이내에 대도시내로 전입한 것으로 보아 등록세도 중과세 하여야 한다는 지적에 따라 처분청은 이 건 부동산의 취득가액 4,720,513,290원을 과세표준으로 하고「지방세법」제138조 제1항 규정의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 272,220,030원, 지방교육세 51,090,550원, 합계 323,310,580원(가산세 포함)을 2009.5.10. 부과고지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.17. ○○○에게 이의신청을 하였으나 2009.9.2. 기각결정서를 수령한 후 2009.11.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
⑴ 이 건 부동산을 취득한 것은 ○○○에 소재하고 있는 본점 전입을 위한 것 이 아니라 벤처기업집적시설 건축물을 분양 및 임대하기 위하여 신축하여 취득하였으나 분양과 임대 저조로 인한 차입금에 대한 이자부담과 장기간 공실로 인한 이미지 개선 및 관리비 문제 등을 감안하여 2005년 6월 인천광역시에 소재한 청구법인의 본점 4개부서 31명 중 27명이 이 건 건축물의 공실 중 일부인 495㎡로 이전하여 분양할 때까지 사용하게 된 것으로서,
⑵「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 대도시내로 법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기라 함은 당해 법인 등이 전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있고, 여기서 일체의 부동산등기라 함은 법인의 전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻한다 할 것이므로 반드시 그 부동산의 전부가 법인의 업무에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 그 전입과 관련없이 취득한 부동산의 등기는 등록세의 중과세 대상에 포함되지 아니한다 할 것이고, 2005년 6월부터 이 건 부동산에 인적·물적설비를 갖추었다고 할 수는 있으나 등기 또는 사업자등록을 한 사실이 없으므로 이 건 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다 할 것이며,
⑶ 설사, 청구법인이 이 건 부동산 취득등기일부터 5년 이내인 2005년 6월 대도시내로 전입한 것으로 보아 등록세 중과세대상이 된다 하더라도 청구법인이 직접 사용한 이 건 건축물 495㎡와 이에 해당하는 부속토지를 제외한 부분은 청구법인이 본점용도로 사용한 사실이 없으므로 등록세 중과세 대상에서 제외하여야 한다.
나. 처분청 및 ○○○ 의견
⑴ 처분청의 2006.6.8. 이 건 부동산에 대한 현장조사보고서에 의하면 청구법인은 이 건 건축물 신축하여 2004.7.9. 사용승인을 받은 후 ○○○소재 법인의 본점 임직원 전체 31명 중 회장, 전무를 포함한 27명이 이 건 건축물 일부로 이전하여 사용한데 대하여 처분청은 청구법인이 사용하는 부분을 대도시내 본점사업용 부동산으로 보아 2006.6.10. 취득세를 중과세 하여 부과고지하자 2006.6.30. 납부한 사실이 있고,
⑵ 2004년 이전에는 사업장별로 안분하여 납부하여야 하는 법인세할 주민세를 납부한 사실이 없었으나 2004년 귀속분부터 납부한 사실로 미루어 볼 때, 청구법인은 이 건 건축물의 취득과 함께 이 건 부동산에서 실질적인 사업이 이루어진 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 토지 취득등기일인 2002.8.27. 및 이 건 건축물 소유권 보존등기일인 2004.7.21.(증축분 2005.1.28.)부터 5년 이내에 인천광역시 소재 청구법인의 본점이 서울특별시내로 전입한 것으로 보아 이 건 등록세 등를 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
○○○에 본점소재지를 두고 있는 청구법인이 ○○○에 소재한 토지를 취득하여 분양·임대하기 위한 벤처기업집적시설 건축물을 신축한 후 일부면적에 본점을 이전하여 사무실로 사용하는 경우 신축한 건축물 전체면적에 대하여 등록세를 중과세 한 것이 적법한지 여부
나. 관련 법령
⑴ 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)
제 138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
제 276조 (산업단지 등에 대한 감면) ③「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조 규정에 의한 산업단지개발사업시행자,「산업기술단지지원에관한특례법」에 의한 사업시행자 및「벤처기업육성에 관한특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일로부터 5년 이내에 벤처기업의 집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다.
⑵ 구 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)
제 102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
다. 사실관계 및 판단
⑴ 청구법인은 이 건 부동산은 청구법인이 ○○○내로 전입하기 위하여 취득한 부동산의 등기가 아니므로 등록세 중과세 대상에 포함되지 아니하고, 이 건 건축물 4,853.38㎡ 중 495㎡에 ○○○에 소재하고 있던 청구법인의 본점사무실을 사실상 이전하여 인적·물적설비를 갖추었다고 할 수는 있으나 대도시내로의 법인등기를 하였거나 사업자등록을 한 사실이 없으므로 이 건 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다고 주장하고 있다.
⑵ 청구법인은 1995.7.22. ○○○을 본점소재지로 하여 설립된 법인○○○으로서 2002.8.27. 이 건 토지 1,288.1㎡ 취득하여 등기 한 후 그 지상에 벤처기업집적시설건축물 4,853.38㎡을 건축하여 2004.7.21. 소유권 보존등기를 하였고, 2005.1.21. 증축한 건축물 373.03㎡에 대하여도 2005.1.28. 소유권보존등기한 것이 처분청에서 제출한 이 건 부동산등기부등본 등에서 입증되고 있다.
⑶ 청구법인은 2004년 귀속분 법인세할 주민세를 처분청에 납부한 사실은 있으나, 이는 청구법인이 2004.7.9. 이 건 건축물 사용승인과 동시에 이 건 부동산으로 본점을 전입하여 사업이 이루어진 것으로 추정하여 2005.11.17. 처분청에서 2004년 귀속분 법인세할 주민세를 직권으로 부과고지한 것을 2006.4.30. 납부한 것일 뿐, 청구법인이 이 건 건축물 사용승인일인 2004.7.9. 부터 이 건 부동산으로 전입한 것으로 보여지는 아무런 근거가 없는 점, 처분청에서 2004년 귀속분 법인세할 주민세를 직권으로 부과고지 한 후에도 청구법인은 2005.1.1.~2005.12.31. 까지의 법인세와 2005.10.1.~2005.12.31.까지의 부가가치세를 ○○○에게 납부한 것이 청구법인의 법인세과세표준 및 세액신고서와 일반과세자 부가가치세신고서에서 확인되고 있는 점, 인천광역시에 소재하고 있는 청구법인의 본점 총 4개부서 31명 중 27명이 이 건 건축물 중 495㎡로 이전하여 본점 사업용으로 사용하는 것으로 보아 취득세 등 20,413,980원을 과세예고 통지한데 대하여 2006.6.30. 납부한 점, 청구법인이 이 건 건축물 중 495㎡로 이전하기 위하여 2005.6.1. (주)○○○와 총 5,359,650원의 통신공사 도급계약을 체결하여 키폰설치공사를 체결한 점, 2005.6.1. (주)○○○와 2005.6.18.부터 2006.6.17.까지(1년)간 사원식당운영계약을 체결한 점, 2005.6.11. (주)○○○와 ○○○ 에 소재한 청구법인 본점의 책상 외 사무집기와 상품·제품 일체를 2,000,000원에 2005.6.18. 16:00까지 ○○○로 포장이사해 주기로 하는 계약을 체결한 점과 청구법인의 법인장부 보조원장○○○에서 2005.6.30. 사무실이전 운반비 2,000,000원이 지출된 것으로 확인되고 있는 점 등을 종합해볼 때, 청구법인은 등록세 중과세 대상이 되는 대도시내로의 법인의 본점 등기는 이루어지지는 아니하였지만 2005.6.18. 사실상 ○○○에서 ○○○내로 본점을 전입한 것○○○으로 보아야 할 것이다.
⑷ 구「지방세법 시행령」(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이고,○○○「지방세법 시행령」제102조 제2항의 개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호)이유는 대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인·지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기로 명확하게 정함”으로 확인되고 있는바,
⑸ 이 건 건축물은 청구법인이 벤처기업집접시설을 분양 및 임대하기 위하여 신축한 건축물로서 청구법인이 ○○○에서 ○○○내로 본점을 전입하기 위하여 취득하여 등기한 건축물은 아니라 하더라도 2005.6.18. 청구법인이 사실상 ○○○내로 본점 전입 당시 이 건 건축물 4,853.38㎡ 중 청구법인의 본점 사무실용도로 직접 사용중이던 495㎡ 와 이에 대한 부속토지에 해당하는 부분은 등록세 중과세 대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 청구법인이 벤처기업집적시설을 건축한 후 분양·임대하기 위하여 취득등기한 이 건 건축물 4,853.38㎡ 중 청구법인의 본점 사무실용도로 사용한 495㎡를 제외한 4,358.38㎡와 이에 대한 부속토지는 청구법인의 본점 전입과 아무런 관련이 없는 부동산에 해당된다 할 것이므로 등록세 중과세 대상이 되지 않는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
청구번호 : 2010지0035 결정일자 : 2010-07-20 세목 : 등록세
청구번호 조심 2010지0035
주 문
처 분청이 2009.5.10. 청구법인에게 한 등록세 272,220,030원, 지방교육세 51,090,550원, 합게 323,310,580원의 부과처분은 ○○○ 건축물 4,853.38㎡ 중 495㎡에 대하여만 등록세 중과세 대상으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구법인은 1995.7.22. 인쇄주변기기 제조 및 도소매업 등을 목적사업으로 하고, ○○○을 본점소재지로 하여 설립된 법인○○○으로서 2002.8.27. ○○○ 94-2 외 1필지 토지 1,288.1㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 등기하면서 취득세와 등록세를 신고납부하고 그 지상에 지하1층 지상6층 벤처기업집적시설건축물 4,853.38㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 “이 건 부동산”이라 한다)을 건축하여 2004.7.9. 사용승인을 받음과 동시에 벤처기업집적시설사업시행자로 지정받아「지방세법」제276조 제3항 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 면제받은 후 2004.7.21. 소유권 보존등기를 하였고, 2005.1.21. 증축한 건축물 373.03㎡에 대하여도 취득세와 등록세 등을 면제 받은 후 2005.1.28. 소유권보존등기하였다.
나. 2006.6.8. 처분청은 이 건 부동산을 현지 확인한 결과, 청구법인이 이 건 건축물을 취득하여 495㎡를 청구법인의 본점사업용으로 사용하는 것으로 확인한 후 이 건 건축물 중 495㎡와 이에 대한 면적으로 안분한 토지 취득가액을 포함한 465,208,340원을 과세표준으로 하고,「지방세법」제112조의2 제1항 제2호 규정을 적용하여 산출한 취득세 18,928,860원, 농어촌특별세 1,486,120원, 합계 20,413,980원(가산세 포함)을 2003.6.13. 부과고지하자 2006.6.30. 청구법인은 이를 납부하였다.
다. 그 후 청구법인은 경 영악화를 이유로 2006.7.27. 이 건 부동산을 ○○○(주)에 매각한 후 2006.8.25. 벤처기업집적시설지정소유자가 ○○○(주)로 변경되었으나, 2008.4.23. ○○○(주)에서 이 건 건축물에 대한 벤처기업집적시설등록을 자진취소○○○함에 따라 청구법인은 이 건 부동산 취득등기시 면제받았던 취득세와 등록세 등 86,006,600원 역시 2008.6.11. 신고납부하였다.
라. 2009.2.18. ○○○의 처분청에 대한 법인세무조사 지도점검시 ○○○에 본점소재지를 두고 있는 청구법인의 전체 4개부서 31명 중 회장, 전무를 포함한 27명이 이 건 부동산으로 이전하여 495㎡를 본 점사업용으로 사용함에 따라 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 납부하였으므로 ○○○에 소재한 청구법인의 본점이 사실상 이 건 부동산 취득일부터 5년 이내에 대도시내로 전입한 것으로 보아 등록세도 중과세 하여야 한다는 지적에 따라 처분청은 이 건 부동산의 취득가액 4,720,513,290원을 과세표준으로 하고「지방세법」제138조 제1항 규정의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 납부한 세액을 차감한 등록세 272,220,030원, 지방교육세 51,090,550원, 합계 323,310,580원(가산세 포함)을 2009.5.10. 부과고지하였다.
마. 청구법인은 이에 불복하여 2009.6.17. ○○○에게 이의신청을 하였으나 2009.9.2. 기각결정서를 수령한 후 2009.11.19. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
⑴ 이 건 부동산을 취득한 것은 ○○○에 소재하고 있는 본점 전입을 위한 것 이 아니라 벤처기업집적시설 건축물을 분양 및 임대하기 위하여 신축하여 취득하였으나 분양과 임대 저조로 인한 차입금에 대한 이자부담과 장기간 공실로 인한 이미지 개선 및 관리비 문제 등을 감안하여 2005년 6월 인천광역시에 소재한 청구법인의 본점 4개부서 31명 중 27명이 이 건 건축물의 공실 중 일부인 495㎡로 이전하여 분양할 때까지 사용하게 된 것으로서,
⑵「지방세법 시행령」제102조 제2항에서 대도시내로 법인의 본점 전입에 따른 부동산 등기라 함은 당해 법인 등이 전입이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있고, 여기서 일체의 부동산등기라 함은 법인의 전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻한다 할 것이므로 반드시 그 부동산의 전부가 법인의 업무에 사용되어야 하는 것은 아니라 하더라도 그 전입과 관련없이 취득한 부동산의 등기는 등록세의 중과세 대상에 포함되지 아니한다 할 것이고, 2005년 6월부터 이 건 부동산에 인적·물적설비를 갖추었다고 할 수는 있으나 등기 또는 사업자등록을 한 사실이 없으므로 이 건 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다 할 것이며,
⑶ 설사, 청구법인이 이 건 부동산 취득등기일부터 5년 이내인 2005년 6월 대도시내로 전입한 것으로 보아 등록세 중과세대상이 된다 하더라도 청구법인이 직접 사용한 이 건 건축물 495㎡와 이에 해당하는 부속토지를 제외한 부분은 청구법인이 본점용도로 사용한 사실이 없으므로 등록세 중과세 대상에서 제외하여야 한다.
나. 처분청 및 ○○○ 의견
⑴ 처분청의 2006.6.8. 이 건 부동산에 대한 현장조사보고서에 의하면 청구법인은 이 건 건축물 신축하여 2004.7.9. 사용승인을 받은 후 ○○○소재 법인의 본점 임직원 전체 31명 중 회장, 전무를 포함한 27명이 이 건 건축물 일부로 이전하여 사용한데 대하여 처분청은 청구법인이 사용하는 부분을 대도시내 본점사업용 부동산으로 보아 2006.6.10. 취득세를 중과세 하여 부과고지하자 2006.6.30. 납부한 사실이 있고,
⑵ 2004년 이전에는 사업장별로 안분하여 납부하여야 하는 법인세할 주민세를 납부한 사실이 없었으나 2004년 귀속분부터 납부한 사실로 미루어 볼 때, 청구법인은 이 건 건축물의 취득과 함께 이 건 부동산에서 실질적인 사업이 이루어진 것으로 보아야 할 것이므로 이 건 토지 취득등기일인 2002.8.27. 및 이 건 건축물 소유권 보존등기일인 2004.7.21.(증축분 2005.1.28.)부터 5년 이내에 인천광역시 소재 청구법인의 본점이 서울특별시내로 전입한 것으로 보아 이 건 등록세 등를 부과고지한 것은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
○○○에 본점소재지를 두고 있는 청구법인이 ○○○에 소재한 토지를 취득하여 분양·임대하기 위한 벤처기업집적시설 건축물을 신축한 후 일부면적에 본점을 이전하여 사무실로 사용하는 경우 신축한 건축물 전체면적에 대하여 등록세를 중과세 한 것이 적법한지 여부
나. 관련 법령
⑴ 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)
제 138조 (대도시지역 내 법인등기 등의 중과) ① 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만,「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기
2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
제 276조 (산업단지 등에 대한 감면) ③「산업입지 및 개발에 관한 법률」제16조 규정에 의한 산업단지개발사업시행자,「산업기술단지지원에관한특례법」에 의한 사업시행자 및「벤처기업육성에 관한특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일로부터 5년 이내에 벤처기업의 집적시설의 지정이 취소되거나 벤처기업육성에관한특별조치법 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 추징한다.
⑵ 구 지방세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것)
제 102조 (대도시내 법인등 중과세의 범위와 적용기준) ② 법 제138조 제1항 제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 서울특별시외의 지역에서 서울특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이 조에서 같다)이전에 취득하는 일체의 부동산등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산등기를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)를 말하며, "그 설립·설치·전입이후의 부동산등기"라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입이후 5년이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산등기에는 공장의 신설·증설, 공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함하며, "지점등"이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다.
다. 사실관계 및 판단
⑴ 청구법인은 이 건 부동산은 청구법인이 ○○○내로 전입하기 위하여 취득한 부동산의 등기가 아니므로 등록세 중과세 대상에 포함되지 아니하고, 이 건 건축물 4,853.38㎡ 중 495㎡에 ○○○에 소재하고 있던 청구법인의 본점사무실을 사실상 이전하여 인적·물적설비를 갖추었다고 할 수는 있으나 대도시내로의 법인등기를 하였거나 사업자등록을 한 사실이 없으므로 이 건 등록세 중과세 대상이 되지 아니한다고 주장하고 있다.
⑵ 청구법인은 1995.7.22. ○○○을 본점소재지로 하여 설립된 법인○○○으로서 2002.8.27. 이 건 토지 1,288.1㎡ 취득하여 등기 한 후 그 지상에 벤처기업집적시설건축물 4,853.38㎡을 건축하여 2004.7.21. 소유권 보존등기를 하였고, 2005.1.21. 증축한 건축물 373.03㎡에 대하여도 2005.1.28. 소유권보존등기한 것이 처분청에서 제출한 이 건 부동산등기부등본 등에서 입증되고 있다.
⑶ 청구법인은 2004년 귀속분 법인세할 주민세를 처분청에 납부한 사실은 있으나, 이는 청구법인이 2004.7.9. 이 건 건축물 사용승인과 동시에 이 건 부동산으로 본점을 전입하여 사업이 이루어진 것으로 추정하여 2005.11.17. 처분청에서 2004년 귀속분 법인세할 주민세를 직권으로 부과고지한 것을 2006.4.30. 납부한 것일 뿐, 청구법인이 이 건 건축물 사용승인일인 2004.7.9. 부터 이 건 부동산으로 전입한 것으로 보여지는 아무런 근거가 없는 점, 처분청에서 2004년 귀속분 법인세할 주민세를 직권으로 부과고지 한 후에도 청구법인은 2005.1.1.~2005.12.31. 까지의 법인세와 2005.10.1.~2005.12.31.까지의 부가가치세를 ○○○에게 납부한 것이 청구법인의 법인세과세표준 및 세액신고서와 일반과세자 부가가치세신고서에서 확인되고 있는 점, 인천광역시에 소재하고 있는 청구법인의 본점 총 4개부서 31명 중 27명이 이 건 건축물 중 495㎡로 이전하여 본점 사업용으로 사용하는 것으로 보아 취득세 등 20,413,980원을 과세예고 통지한데 대하여 2006.6.30. 납부한 점, 청구법인이 이 건 건축물 중 495㎡로 이전하기 위하여 2005.6.1. (주)○○○와 총 5,359,650원의 통신공사 도급계약을 체결하여 키폰설치공사를 체결한 점, 2005.6.1. (주)○○○와 2005.6.18.부터 2006.6.17.까지(1년)간 사원식당운영계약을 체결한 점, 2005.6.11. (주)○○○와 ○○○ 에 소재한 청구법인 본점의 책상 외 사무집기와 상품·제품 일체를 2,000,000원에 2005.6.18. 16:00까지 ○○○로 포장이사해 주기로 하는 계약을 체결한 점과 청구법인의 법인장부 보조원장○○○에서 2005.6.30. 사무실이전 운반비 2,000,000원이 지출된 것으로 확인되고 있는 점 등을 종합해볼 때, 청구법인은 등록세 중과세 대상이 되는 대도시내로의 법인의 본점 등기는 이루어지지는 아니하였지만 2005.6.18. 사실상 ○○○에서 ○○○내로 본점을 전입한 것○○○으로 보아야 할 것이다.
⑷ 구「지방세법 시행령」(2008.2.29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것) 제102조 제2항에서 말하는 일체의 부동산등기라 함은 당해 법인 또는 그 지점 등이 그 설립·설치·전입과 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산의 등기를 뜻하는 것이므로 그 설립·설치·전입과 아무런 관련이 없이 취득한 부동산의 등기는 포함되지 않는다 할 것이고,○○○「지방세법 시행령」제102조 제2항의 개정(2009.5.21. 대통령령 제21498호)이유는 대도시내 법인의 사무소로 직접 사용되지 않는 부동산에 대해서까지 등록세가 중과되는 문제를 해소하기 위하여, 대도시내에 법인·지점 또는 분사무소가 설립 또는 설치되거나 대도시내로 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소가 전입될 때 하는 부동산등기에 대하여 등록세를 중과하는 대상을 “법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 용도로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산등기로 명확하게 정함”으로 확인되고 있는바,
⑸ 이 건 건축물은 청구법인이 벤처기업집접시설을 분양 및 임대하기 위하여 신축한 건축물로서 청구법인이 ○○○에서 ○○○내로 본점을 전입하기 위하여 취득하여 등기한 건축물은 아니라 하더라도 2005.6.18. 청구법인이 사실상 ○○○내로 본점 전입 당시 이 건 건축물 4,853.38㎡ 중 청구법인의 본점 사무실용도로 직접 사용중이던 495㎡ 와 이에 대한 부속토지에 해당하는 부분은 등록세 중과세 대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 청구법인이 벤처기업집적시설을 건축한 후 분양·임대하기 위하여 취득등기한 이 건 건축물 4,853.38㎡ 중 청구법인의 본점 사무실용도로 사용한 495㎡를 제외한 4,358.38㎡와 이에 대한 부속토지는 청구법인의 본점 전입과 아무런 관련이 없는 부동산에 해당된다 할 것이므로 등록세 중과세 대상이 되지 않는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「지방세법」제77조 제5항과「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.