청구법인이 교육용 건축물(학교시설)을 신축하기 위하여 토지를 취득하였으나, 당해 토지 인근의 토지를 취득하는데 많은 시간이 소요되 는 등 예측하지 못한 사정으로 건축물을 신축하지 못하고 유예기간(3년)이 경과한 것이므로 이는 정당한 사유에 해당된다는 청구 주장 의 당부(기각)

청구번호 : 2009지0775      결정일자 : 2010-05-31      세목 : 취득세

청구번호 조심 2009지0775

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 처분청은 청구법인이 2004.8.27. ○○○ 87 토지 240㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 경락으로 취득한데 대해, 2004.9.2. 이 건 부동산이 학교용도로 사용할 목적으로 취득한 부동산에 해당한다 하여 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의거 취득세 및 등록세 비과세 통지를 하였고, 청구인은 2004.9.14. 소유권이전등기를 완료하였다.

나. 이후, 처분청의 세무조사결과 청구법인이 이 건 부동산을 취득․등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 않았다 하여, 이 건 부동산의 취득가격인 190,097,501원을 과세표준으로 하고 「지방세법」제112조 제1항 및 제131조 제1항의 규정을 적용하여 산출한 취득세 5,231,860원, 농어촌특별세 523,170원, 등록세 5,215,890원, 지방교육세 967,130원, 합계 11,938,050원(가산세 포함)을 2009.5.8. 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 캠퍼스 조성부지 중 일부토지에 대한 명도소송 진행 과정 중에 이 건 부동산을 포함한 나머지 토지의 그 실제현황(임야 및 전)을 활용하여 2007년 3월부터 관련 학과의 교육용 실습장으로 사용해 오고 있으므로, 이 건 부동산은 취득일로부터 3년 이내에 용도에 직접 사용한 경우에 해당한다.

설령, 취득일로부터 3년 이내에 용도에 직접 사용하지 않았다고 보는 경우에도, 청구법인이 현재 포화상태의 정릉 캠퍼스의 교육여건을 개선하기 위하여 이 건 부동산을 포함한 일단의 토지를 취득하여 ○○○ 캠퍼스 조성사업에 착수하고자 노력하였으나, 이 건 부동산 등 위에 (주)○○○이 불법으로 폐기물적치장으로 사용하고 있어서 이와 관련한 명도 소송으로 인하여 3년 이내에 그 목적사업에 사용하지 못하였고, 또한, 청구법인은 이 건 부동산 등의 취득 이후, 승계된 임대차계약의 잔여 계약기간이 경과한 후에도 이 건 부동산을 포함한 토지 모두를 취득하여야만 캠퍼스를 조성할 수 있는데, 캠퍼스 조성 예정부지 중 ○○○ 83, 84는 ○○○와 청구법인이 2분의1 지분을 각각 소유하고 하고 있고, 같은 동 145-1, 147-2는 ○○○와 청구법인이 각각 2분의 1씩을 소유하고 있어, ○○○ 및 ○○○로부터 나머지 2분의1 지분을 취득하는 데는 2년 이상이 소요되므로 이 또한 목적사업에 사용하지 못하는 정당한 사유에 해당한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2004.9.14. ○○○ 87 토지(전)를 학교 기숙사 건축용 토지로 취득하여, 취득일로부터 3년이 지난 2009년 3월 현재까지 기숙사 용도 및 기타 교육용도로 사용하지 않고 있으므로, 이 건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 용도에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다.

또한, 청구법인은 이 건 부동산의 취득시점 이후, 승계된 임대차계약의 잔여 계약기간이 경과한 후에도 이 건 부동산을 포함한 토지 모두를 취득하여야만 캠퍼스를 조성할 수 있는데, 캠퍼스 조성 예정부지 중 ○○○ 83, 84는 ○○○와 청구법인이 2분의1 지분을 각각 소유하고 하고 있고, 같은 동 145-1, 147-2는 ○○○와 청구법인이 각각 2분의 1씩을 소유하고 있어, ○○○ 및 ○○○로부터 나머지 2분의1지분을 취득하는 데는 2년 이상이 소요된다는 주장이나, 같은 동 83, 84는 이의신청일 현재까지도 매수하지도 못한 상태이고, 설사 전체토지를 취득하였다고 하더라도 무수한 행정절차를 걸쳐 토지조성이 시작되는데 이러한 절차를 거치지 못한 점을 고려하면, 청구법인이 적극적인 노력을 다하였다고 볼 수 없으므로 청구법인이 이 건 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인이 학교용도로 취득한 이 건 부동산을 취득일로부터 3년이내에 그 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 및 직접 사용한 것으로 보지 않는 경우 이에 대한 정당한 사유가 존재하는지 여부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)

제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가) 청구법인은 2004.8.27. 이 건 부동산인 ○○○ 87 대지 340㎡를 임의경매절차를 통해 매수하여 2004.9.14. 소유권이전등기하였고, 이 건 부동산 외에도 <표1>와 같이 ○○○ 부지 조성 목적의 부동산을 매수하였다.

(나) 처분청은 2004.9.2. 고등교육법에 의해 학교를 경영하는 청구법인이 학교 교육시설을 신축하기 위해 이 건 부동산을 취득한 것으로 보아 이 건 부동산을 포함한 4필지의 토지 및 건물에 대하여 취득세 및 등록세를 비과세 처리하였다.

(다) 청구법인은 2006.3.27. ○○○ 외 3인으로부터 ○○○ 83 대지 63㎡, 같은 동 84 대지 545㎡, 같은 동 147-2 대지 14,149㎡의 각 1/2지분을 ○○○ 조성부지의 일부토지로 매수하면서 ○○○ 외 3인과 임차인 사이에 2004.10.10. 체결한 위의 토지관련 임대차계약에 대해 임대인 지위를 승계하며, 그 임대차 기간은 종전 임대차계약에서 2006.10.10.까지로 하는 임대차권리 양도양수계약을 체결한 후 2006.4.7. 소유권 이전등기한 사실이 있다.

(라) 청구법인은 ○○○ 실습림이 ○○○에 위치한 ○○○이어서 평상시 실습장으로 사용이 불가함에 따라 ○○○ 캠퍼스가 조성될때까지 이 건 부동산을 포함한 학교부지를 ○○○의 묘포지 등 실습용지로 활용하기 위해 2006년 4월 ○○○ 캠퍼스 조성부지에 대한 관련 학과○○○ 실습교육용 활용방안 연구용역 실시하였고, 2007학년도 제1학기부터 이 건 부동산을 포함한 학교부지를 묘포장 및 조림학 실습장용으로 사용하고, 2007년 4월 실습장 활용실태를 ○○○에게 보고한 사실이 있다.

(마) 청구법인은 2006.9.6. 상기 (다)의 부동산 관련 임차인인 ○○○에게 임대차 만료기간 30일 전에 임대차계약 해지를 통보하면서 같은 부동산상의 지상건물을 철거한 후 2006.10.10.까지 청구법인에게 인도할 것을 문서로 요청하였고, ○○○은 2006.9.25. 새로 이전할 부지를 찾지 못하여 계약기간 1년 연장을 청구법인에 요구한 사실이 있다.

(바) 청구법인은 2007.1.9. ○○○을 상대로 적치물 철거 및 토지인도 청구의 소를 법원에 제기하여 2007.11.8. 승소하였고, 2007.11.29.에 대체집행을 신청○○○하여 2008.12.12. 대체집행 결정을 받은 사실이 있으며, 2007.3.7.에는 철거단행가처분 신청을 하여 2007.4.24. 철거단행가처분 결정을 받은 사실이 있다.

(사) 한편, 청구법인은 2006.11.13. ○○○교육청에 도시계획시설인 학교용지 지정계획 변경을 공문으로 요청하였고, ○○○교육청은 2007.2.21. 학교용지 지정계획 변경요청에 대한 회신○○○에서 당초 초․중학교 부지를 대학교 부지로 변경하는 것에 동의한 사실이 관련 공문등에 의해 나타난다.

(아) 2009.4.3.처분청은 ○○○ 감사결과에서 학교법인인 청구법인이 2004년 8월 학교 기숙사 건축용 토지를 취득하고도 취득일부터 3년이 지난 2009년 3월까지 기숙사 용도 및 기타 교육용도로 사용하고 있지 아니한 사실이 확인되자, 2009.5.8. 기 비과세 처리한 이 건 부동산 취득관련 취득세, 등록세를 부과고지하였다.

취득일	○○○동 지 번	면적(㎡)	공부상 지목	비고
2004. 9	87	340	대	쟁점 토지
2004. 9	88	3,394	전
2004. 9	88-1	3,386	전
2004. 9	100	1,441	전
1차 취득 소계		(8,561)
2004. 12	81-1	552	전
2004. 12	81-5	621	전
2004. 12	81-6	392	전
2004. 12	81-7	3	전
2004. 12	82	118	대
2004. 12	82-4	209	전
2차 취득 소계		(1,895)
2006. 4	147-2 *	7,074.5	대	1/2공유지분
2006. 4	145-12*	3,065	대
2006. 4	83*	31.5	대	1/2공유지분
2006. 4	84*	272.5	대	1/2공유지분
3차 취득 소계		(10,443.5)
2006. 9	145-1	211.5	대	1/2공유지분
4차 취득 소계		(211.5)
2009. 2	147-2	7,074.5	대	1/2공유지분
2009. 2	145-1	211.5	대	1/2공유지분
5차 취득 소계		(7,286)
합 계		(28,397)		도시계획시설(학교) 결정 해당 면적 23,356㎡

<표1> 청구법인 ○○○ 캠퍼스 조성용 토지(28,397㎡) 취득 현황

(2)「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호 및 제94조 제1항에 의하면, 초․중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득․등기에 대하여는 취득세․등록세를 비과세 한다고 규정하면서, 그 단서에서는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득(등기)일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기에서 학교법인이 “그 사업에 직접 사용한다고 함”은 학교법인의 교육용 기본재산에 편입된 당해 토지가 당초 학교법인이 제출한 신규 매입토지 활용계획서상의 용도에 직접 사용되는 것으로서 학교법인이 설치․경영하는 사립학교의 교지, 교사, 체육장 등 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 하고, “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 토지의 취득목적에 비추어 용도에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 용도에 직접 사용할 수 없는 법령사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 용도에 직접사용하기 위해 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 종합적으로 고려하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단함이 타당하다 할 것이다.

(3) 살피건대, 비과세 대상인 비영리사업자의 부동산 취득ㆍ등기는 특단의 사정이 없는 한 “그 용도에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득ㆍ등기”로 보아야 하고, “그 용도에 직접 사용”한다고 함은 당초 신규매입 토지 활용계획서상 기재된 용도에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것이므로, 이 건 경우 학교법인인 청구법인이 이 건 부동산을 취득ㆍ등기함에 있어 당초 취득세와 등록세의 비과세대상이 되기 위해서는 당초 신규매입토지 활용계획서상의 용도에 직접 사용되고 있어야 할 것이나, 처분청의 청구법인에 대한 ‘비과세 사후관리 사항 확인서’에 의하면 청 구법인이 2004.9.14. 이 건 부동산을 취득한 이후 2009.4.3.까지도 당초 취득 목적인 학교 기숙사 건축 및 기타 교육용도로 사용하지 아니하고 있다고 확인하고 있는 점, 명도소송 진행과정 중에 이 건 부동산을 포함한 나머지 토지를 일부 단과대학 학과의 교육용 실습장으로 임시 사용했다는 사실만으로는 이 건 부동산의 당초 활용계획서상 기재된 용도에 직접 사용한 것으로 보기는 어려운 점 등에서 청구법인이 이 건 부동산을 용도에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

또한, 청구법인이 이 건 부동산을 용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 경우에도 여기에는 정당한 사유가 존재한다는 청구주장의 경우, 청구법인이 이 건 부동산 취득당시 전체 학교시설용지 결정 면적을 취득하지 못하면 ○○○동 캠퍼스 조성사업이 어렵다는 사실을 알고 있었던 점, 이 건 부동산 취득 이후 유예기간이 경과할 때까지도 전체 학교시설용지 결정 면적의 일부인 ○○○ 83, 84를 매수하지 못하고 있어 캠퍼스 조성을 위한 토지취득 절차도 완료하지 못한 점 등에서 이 건 부동산 취득 당시부터 존재한 법령상 또는 사실상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었다거나 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 있었다고 보기는 어렵고, 전체 학교시설용지 결정 면적 중 일부 면적에 대한 불법 점유 임차인과의 명도소송 진행 사실도 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」제77조 제5항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.