청구법인(창업벤처중소기업)이 다른 법인을 흡수합병한 후, 소멸법인이 영위하던 종전 사업에 청구법인이 취득세 등을 면제받은 사업용 재산(토지, 건축물)을 사용하고 있다고 보아 취득세 등을 추징한 처분의 당부(취소)

청구번호 : 2009지0898      결정일자 : 2010-05-31      세목 : 취득세

청구번호 조심 2009지0898

주 문

처분청이 2009.7.7. 청구법인에게 한 취득세 1,151,424,520원, 농어촌특별세 98,250,020원, 등록세 877,515,530원, 지방교육세 163,037,100원, 합계 2,290,227,170원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 청구법인○○○이 2006.11.28. ○○○ 1358 공장용지 35,331.6㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를, 2008.3.14. 이 건 토지상에 공장용 건축물 18,955.6㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 각각 취득(신축)하였다.

나. 이에 처분청은 청구법인의 이 건 부동산 취득이 구 「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의한 창업벤처중소기업이 당해 사업에 사용하기 위하여 취득하는 사업용 재산에 해당되는 것으로 보아 취득세와 등록세를 각각 면제하였다.

다. 그 후 처분청은 2009년 2월 실시된 ○○○의 세정업무 지도점검 결과 청구법인은 구 「조세특례제한법」상 조세감면대상이 아닌 ○○○ 소재 주식회사 ○○○를 2005.10.20. 흡수합병한 후 소멸법인이 영위하던 사업을 승계하여 동종의 사업을 영위하였을 뿐더러 이 건 부동산을 취득(등기)한 이후에도 이를 계속하여 소멸법인이 영위하던 사업에 사용하고 있어 구 「조세특례제한법」 제6조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 창업벤처중소기업에 해당되지 아니한 것으로 판단하여 이 건 부동산의 취득가액 41,453,936,888(토지 24,305,619,202원, 건축물 17,148,317,686원)을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,151,424,520원, 농어촌특별세 98,250,020원, 등록세 877,515,530원, 지방교육세 163,037,100원, 합계 2,290,227,170원(가산세 포함)을 2009.7.7. 청구법인에게 부과고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

휴대폰 키패드 제조업을 영위하기 위하여 2004.7.19. ○○○ 975를 사업장 소재지로 하여 구 「조세특례제한법」 제6조 제4항에 해당되지 아니하는 정상적인 창업을 한 후 2005.6.3. 벤처기업으로 확인을 받고 위 사업을 영위하다가 구 「조세특례제한법」상의 창업중소기업에 해당되지 아니하는 소멸법인을 2005.10.20.에 흡수합병하면서 상호를 변경한 다음 벤처기업으로 확인을 받은 날부터 4년 이내인 2006.11.28. 과 2008.3.14.에 이 건 토지와 건축물을 각각 취득하고 본점 사무실과 연구실, 휴대폰 키패드 시험생산용 공장 등으로 사용하고 있는바,

2005.10.20. 합병 당시 소멸법인이 보유한 키패드 관련 기계장치는 메탈 키패드 검사장비 및 포장용 라인으로서 플라스틱 키패드를 생산할 수 있는 기계장치라고 할 수 없는 반면, 청구법인이 보유한 키패드관련 기계장치는 플라스틱 키패드 생산과 관련된 장비에 해당되고,

소멸법인이 영위하던 메탈류의 키패드는 도금공정이 반드시 필요하고 이는 화학약품 등 환경유해물질을 배출할 수 밖에 없는 공정과정을 수반하는 반면, 이 건 부동산 소재지는 수자원 보호구역일 뿐만 아니라 지구단위계획상 도시형 공장에 한정하여 입주할 수 있기 때문에 도금공정과정이 있는 제품을 생산하는 업체는 입주할 수 없어 합병 이후 소멸법인이 보유하고 있던 ○○○ 내의 기계장치 중 매각가능한 것은 매각하고 나머지는 용도폐기하였으며,

구 「한국표준산업분류」(2007.12.28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)상 청구법인은 통신장비 및 무선기기 제조업(구 분류번호 32202)을, 소멸법인은 그 외 기타 전자부품 제조업(구 분류번호 32199)을 영위하여 그 업종이 서로 달라 합병 이후 청구법인이 소멸법인이 영위하던 사업을 계속하여 영위하였다고 볼 수 없다 하겠고,

청구법인이 소멸법인을 흡수합병한 후 소멸법인의 모든 자산과 종업원을 승계하였다고 하여 합병 전에 가지고 있던 창업벤처중소기업의 지위가 없어지는 것은 아닐 뿐만 아니라 구 「조세특례제한법」상 정상적으로 창업을 한 후 1년 3개월 동안 사업을 영위하던 중 동종의 사업에 사용되던 자산을 인수한 경우라 하더라도 이를 감면대상에서 배제하는 규정이 없으며,

더구나 이 건 부동산을 취득하면서 구 행정자치부장관으로부터 구 「조세특례제한법」상 취득세 등의 감면대상에 해당된다는 회신○○○을 받았음에도 불구하고 청구법인이 합병 이후 소멸법인이 영위하던 종전의 사업을 계속 영위하고 있다고 보아 창업벤처중소기업이 아니라고 판단하여 면제된 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

소멸법인은 2001.7.1. 개인사업자인 ○○○이 ○○○ 304-34에서 사업을 영위하다 2004.4.6. 법인전환을 통으로 설립된 법인으로서 2005.4.7. 벤처기업으로 확인을 받았고, 2005.6.20. ○○○공장 소재지인 ○○○로 본점을 이전한 후 2005.10.20. 청구법인에게 흡수합병 되었는바,

구 「조세특례제한법」 제6조 제4항은 외형상 창업의 형태를 갖추고 있더라도 실질적으로 창업하였다고 보기 어려운 경우 이를 창업에서 배제함으로써 조세감면혜택을 주지 아니하겠다는 규정이지, 단지 형식상 창업 이후에 다른 회사를 흡수합병하였다거나 목적사업이 추가되었다는 이유로 바로 조세감면혜택을 주지 아니하겠다는 취지의 규정이라고 볼 수는 없다○○○ 하더라도 거주자(개인사업자)가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립한 경우에는 「조세특례제한법」상 창업으로 보지 아니하므로, 그 후 벤처기업으로 확인을 받았다 하더라도 구 「조세특례제한법」상 조세감면대상인 창업벤처중소기업으로 볼 수 없고, 창업벤처중소기업이라 하더라도 감면대상이 아닌 법인을 흡수합병한 이후 소멸법인이 영위하던 종전의 사업에 사용하기 위하여 사업용 재산을 취득․등기한 경우에는 구 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의한 취득세와 등록세의 감면대상에서 제외되는 것으로 보아야 할 것으로(행정안전부 지방세운영과-2084, 2009.5.25.),

소멸법인의 대표이사인 ○○○은 2001.7.1. 개인사업체인 ○○○를 설립하여 사업을 영위하던 중 2003년 10월 세계최초 일체형 금속키패드를 개발 양산하였을 뿐만 아니라 법인전환 직전인 2003년도에 전체 매출액(3,938,000,000원)의 57.23%를 (주)○○○에 제품을 납품하였는데, (주)○○○은 개인휴대통신 단말기 제조 및 판매업체로서 청구법인과 동일한 분류번호로 등록되어 있었으므로 사실상 주된 제품생산이 휴대폰 제조와 관련이 있는 것으로 보이는 점,

소멸법인은 일체형 아크릴 터치패드가 구비된 일체형 아크릴 키패드를 특허출원○○○로 하였고, 청구법인과의 합병 이후 동 특허권이 청구법인에 이전된 사실로 볼 때, 소멸법인의 공장등록증상 업종은 그 외 기타 전자부품 제조업이지만 사실상 청구법인과 동일한 업종을 영위하였다고 할 수 있는 점,

청구법인은 합병 이후 상호를 소멸법인의 상호로 변경하였고, 본점을 소멸법인의 본점 소재지로 이전하였으며, 소멸법인의 종전 사업장인 ○○○공장을 합병 이후에도 폐쇄되지 아니하고 사업자등록번호와 법인등록번호만 청구법인의 것으로 변경된 채 유지되었음이 청구법인이 2005.10.28. ○○○에 제출한 산업단지 입주계약 변경신청서 등에서 확인되고 있는 점,

내국법인은 구 「조세특례제한법」제143조 제1항 규정에 의하여 창업중소기업에 대한 세액감면에 해당하는 감면사업소득과 기타사업소득(과세사업소득)이 함께 있는 경우에는 감면소득과 기타소득을 구분경리하여야 하는데, 청구법인이 국세청에 제출한 2006년 법인세 과세표준 및 세액신고서상 소득구분계산서(구분경리)에 ○○○ 975-1 소재 공장○○○ 소득은 감면분으로, ○○○공장 소득은 비감면분으로 구분되어 있어 창업벤처중소기업 감면에 대해 지방세와 동일한 규정을 적용받는 국세(법인세)의 경우에도 ○○○공장 소득에 대해 감면대상으로 인정받지 못하고 있음이 확인되고 있는 점,

청구법인은 합병 이후 이 건 토지를 취득한 후 도시형 공장○○○인 이 건 건축물을 신축 취득하였는데, 이는 ○○○공장의 계약기간이 만료(2008.4.7. 폐쇄)됨에 따라 공장을 신축하여 이전한 것으로, ○○○공장에서 ○○○공장에서 제조하던 플라스틱 키패드를 생산하고 있고, ○○○공장이 준공된 이후에도 청구법인의 종전 사업장이었던 ○○○공장은 계속하여 존속하고 있으며, 이 건 부동산 소재지인 ○○○지역은 수자원보호구역으로 ○○○공장에서 생산하고 있는 메탈 키패드는 생산할 수 없는 사실 등으로 볼 때, ○○○공장은 소멸법인의 종전 사업장인 ○○○공장의 사업을 그대로 승계한 것으로 보일 뿐 청구법인이 영위하던 종전 사업과는 연관성이 없다고 보이는 점,

소멸법인은 합병으로 소멸되기 이전인 2005.2.19. 일체형 아크릴 키패드를 고안하여 실용신안 등록○○○을 하였고, 2005.4.7. 벤처기업 등록을 한 사실이 있으며, 2005.2.28.부터 합병일인 2005.10.20.까지 지속적으로 키패드 관련 기계장치인 키패드 2차압착기 NEST, KEY PAD조립라인, KEY PAD조립라인 UPGRAD, KEY PAD 검사장비, KEY PAD 조립LINE 등을 취득한 사실이 2005년 세무조정 계산서상 기계장치 계정명세서에 의하여 확인되고 있는 반면, 청구법인은 합병 전․후 KEY PAD 관련 기계장치를 취득한 사실이 없는 점 등을 종합하여 볼 때,

소멸법인은 플라스틱(아크릴) 키패드 실용신안 등록을 하고 벤처기업 등록을 한 후 ○○○공장으로 이전하여 플라스틱 키패드를 생산하다 메탈 키패드를 생산하는 청구법인에 흡수합병되었고, 존속법인인 청구법인은 합병 이후에 소멸법인의 ○○○공장 사업을 그대로 승계하여 플라스틱 키패드를 생산하다가 ○○○공장의 계약기간이 만료되는 시점에 ○○○공장을 신축하여 이전하였다고 보이고, 그렇다면 이 건 부동산은 소멸법인이 영위하던 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)한 사업용 재산에 해당된다고 봄이 타당하므로 구 「조세특례제한법」상 감면대상이 아니라고 보아 면제된 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

창업벤처중소기업이 사업(구 분류번호 32202)을 영위하던 중 업종(구 분류번호 32199)이 다른 중소기업을 흡수합병한 후 제3자 소유의 토지를 취득하고 이에 도시형 공장용 건축물을 신축 취득(등기)한 경우 당해 사업에 사용하기 위하여 취득한 사업용 재산으로 보아 취득세 등을 면제하였다가 소멸법인이 영위하던 종전 사업에 사용하고 있는 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】②「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 따른 벤처기업(이하 “벤처기업”이라 한다)중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 2009년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병․분할․현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지․건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용 자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우를 제외한다.

2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우

제119조【등록세의 면제 등】③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용․처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기

제120조【취득세의 면제 등】③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용․처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

제143조【구분경리】① 내국인은 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항․제5항, 제32조 제4항, 제33조의2, 제55조의2 제4항, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제102조, 제121조의2, 제121조의4, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항, 제122조와 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

(2) 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】④ 법 제6조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기업”이란 다음 각 호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항 제2호 나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)

⑪ 법 제6조 제4항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 비율”이라 함은 100분의 30을 말한다.

⑫ 법 제6조 제4항을 적용할 때 동종의 사업의 분류는 한국표준산업분류에 따른 세분류를 따른다.

(3) 구 한국표준산업분류(2007.12.28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정된 것)

32 전자부품, 영상, 음향 및 통신장비 제조업

전자부품, 방송장비, 유선전신 또는 전화용 기기, 방송수신기 및 관련기기, 영상․음성기록 및 재생기, 음성폭죽기 등을 제조하는 산업활동

≪제외≫ 엑스선관 제조(3311)

321 반도체 및 기타 전자부품 제조업)

다이오드, 트랜지스터 및 유사 반도체 소자, 초소형 집적회로, 열전자관, 냉음극관 및 광전관, 인쇄회로판, 전자콘덴서, 전자저항기와 이들의 부분품을 제조하는 산업활동

≪제외≫ 특정 유도매체(회로판 등)에 각종 초소형 전기회로를 장착하여 특정 기계용 구성품을 조립할 경우는 그 부품이 사용될 기계 제조와 동일산업으로 분류

전열저항체 제조(29511), 전자변성기 제조(31103), 전기회로 개폐, 보호, 접속장치 제조(3120)

3219 기타 전자부품 제조업

반도체 및 집적회로를 제외한 기타 전자부품을 제조하는 산업활동

32199 그 외 기타 전자부품 제조업

≪예시≫ 디플렉션코일 제조, 새도우마스크 제조, 전자총 제조, 리드프레임 제조, 전자접속자 제조, 전자감지장치(센서) 제조, 감광 전자감지장치(감광센서) 제조

≪제외≫ 전자 변성기, 전자코일 및 유도자 제조(31103)

322 통신기기 및 방송장비 제조업

3220 통신기기 및 방송장비 제조업

유선통신장치, 무선통신․방송 및 응용장치를 제조하는 산업활동. 이러한 통신기기에는 수신장치, 음성기록 및 재생장치가 결합될 수도 있다.

≪제외≫ 일반 목적용 전기 및 전자부품 제조(31 또는 321), 전기경보 및 신호장비 제조(31991)

32202 방송 및 무선통신기기 제조업

유, 무선 텔레비전방송용 송신기 및 중계용 기기, 폐쇄회로 텔레비전 기기, 텔레비전카메라 등의 방송 및 관련응용장치를 제조하는 산업활동과 라디오 방송용 기기, 무선통신장비 등을 제조하는 산업활동이 포함된다.

≪예시≫ 텔레비전방송 중계기 제조, 유/무선 방송 전송기 제조, 무선전신기 제조, 무선전신용 송신기 제조, 무선전화기 제조, 팩시밀리 제조(무선), 라디오방송용 기기 제조(무선), 무선통신응용장치 제조, 텔레비전 카메라 및 수중 카메라 제조, 유/무선 폐쇄회로 카메라 제조(공업용 및 과학용, 교통관제용 등)

≪제외≫ 무선전화기가 부착되는 유선전화 및 전신장비 제조(32201), 방송수신기 제조(32300), 통신위성 제조(35310)

다. 사실관계 및 판단

(1) 소멸법인은 개인사업자 ○○○이 2001.7.1.부터 ○○○ 304-34를 사업장 소재지로 하여 영위하던 ○○○의 법인전환을 통하여 설립된 법인으로, 2004.4.6. 상호를 주식회사 ○○○로, 본점 소재지를 ○○○ 304-34로, 목적사업을 전자제품제조업, 도매무역업, 시계부품제조업, 제조업, 무역업, 도매업, 부동산 임대업으로 하여 설립등기절차를 완료하였다.

(2) 2005.6.22. ○○○세무서장이 교부한 소멸법인의 사업자등록증○○○에 법인명은 (주)○○○로, 개업년월일은 2004.4.6.로, 사업의 종류는 (업태)제조․도매, (종목) 전자부품․무역으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 2004.7.19. 상호를 주식회사 ○○○으로, 본점 소재지를 ○○○공장 소재지로, 목적사업을 전자제품제조 및 조립업, 도매무역업, 시계부품제조업, 부동산 임대업으로 하여 설립등기절차를 완료하였는데, 소멸법인과 청구법인의 대표이사는 ○○○으로 동일하다.

(4) 청구법인의 사업자등록증○○○에는 법인명은 (주)○○○으로, 개업년월일은 2004.7.19.로, 사업의 종류는 (업태)제조․도매, (종목)전자․시계부품․무역으로 기재되어 있다.

(5) 2004.7.22. 구 ○○○은 청구법인에게 ○○○ 입주를 허가○○○하였는데, 그 허가사항을 보면 업종은 무선통신기기(휴대폰) 부품 제조(구 분류번호 32202)와 시계부품 제조(구 분류번호 33402)로, 생산품목은 휴대폰 키패드로, 입주위치는 ○○○공장 소재지로, 입주면적은 대지 3,858.11㎡, 건물 2,743.16㎡로 기재되어 있다.

(6) 2005.6.3. ○○○은 청구법인에게 벤처기업확인서 교부○○○하였다.

(7) 2005.6.20. 소멸법인은 본점을 ○○○공장 소재지로 이전한 후 2005.8.3. 공장등록을 하였는데, ○○○를 보면 공장 소재지는 ○○○공장 소재지로, 공장의 업종은 그 외 기타 전자부품 제조업(구 분류번호 32199)으로, 생산품목은 전자부품으로, 설립승인일은 2005.7.5.로, 사업시작일은 2004.4.6.로, 종업원수는 남자 9명․여자 5명으로, 건축면적은 1,706.53㎡(제조시설 1,472.5㎡, 부대시설 234.03㎡)로, 보유구분은 임차로 기재되어 있다.

(8) 2005.9.1. 청구법인과 소멸법인은 청구법인이 소멸법인을 흡수합병하는 것으로, 소멸법인은 합병기일 현재의 대차대조표와 그 부속명세서 및 기타사항에 의한 자산, 부채에 관한 권리와 의무 일체를 합병기일에 청구법인에게 인계하고 청구법인은 이를 인수하는 것으로, 합병기일은 2005년 10월 20일로, 합병기일 현재 소멸법인의 종업원은 합병 후 청구법인의 종업원으로서 계속해서 근무하는 것으로 하는 내용의 합병계약을 체결하였고, 2005.10.20. 청구법인은 소멸법인을 흡수합병한 후 상호를 주식회사 ○○○에서 주식회사 ○○○로 변경하였으며, 2005.10.24. 청구법인은 본점을 ○○○공장 소재지로 이전하였다.

(9) 2005.10.28. 청구법인은 회사합병을 사유로 ○○○공장에 대하여 당초 소멸법인과 ○○○이 체결한 산업단지 입주계약을 청구법인이 승계하는 것으로 내용으로 하는 변경신청서를 제출하였고, 2005.11.16. ○○○이 청구법인에게 발급한 공장등록증명서에도 청구법인이 소멸법인의 지위를 승계한 것으로 기재되어 있다.

(10) 2006.11.28. 청구법인은 이 건 토지를 취득하였다.

(11) 2007.3.29. 처분청이 청구법인에게 교부한 ○○○ 공장신설승인서에 업종은 방송 및 무선통신기기 제조업(구 분류번호 32202)으로, 규모는 공장용지 면적 35,331.6㎡․제조시설 면적 29,633.11㎡․부대시설 면적 20,045.41㎡로, 종업원수는 150명으로 기재되어 있다.

(12) 2008.3.14. 청구법인은 도시형 공장용 건축물인 이 건 건축물을 신축 취득한 후 2008.4.10. 이 건 부동산 소재지로 본점을 이전하였고, 한편 2009.2.24. ○○○이 청구법인에게 교부한 기존공장 폐쇄확인서에 ○○○공장은 2008.4.7. 폐쇄된 것으로 기재되어 있다.

(13) 2008.8.1. 처분청이 청구법인에게 교부한 ○○○ 공장등록증명서에 공장등록일은 2008.7.31.로, 공장부지 면적은 35,331.6㎡로, 종업원수는 남자 35명․여자 50명으로, 제조시설과 부대시설은 각각 7,971.15㎡와 10,984.45㎡로, 공장의 업종은 이동전화기 제조업(분류번호 26422 : 구 분류번호 32202)으로, 보유구분은 자가로 기재되어 있다.

(14) 청구법인과 소멸법인의 기계장치 취득내역에 의하면 합병 이전 청구법인은 사출기, CNC선반, 마킹기(Ink Jet Print), 자동도금라인 등의 기계장치를, 소멸법인은 키패드 2차압착기NEST, Key Pad 조립라인, Key Pad 조립라인 Upgrad, Key Pad 검사장비 등의 기계장치를 각각 보유하고 있었던 것으로 되어 있고, 합병 이후 청구법인은 소멸법인이 보유하고 있던 종전의 기계장치 등을 매각 또는 용도폐기하는 것으로 회계처리를 하였다.

(15) 합병 당시 청구법인과 소멸법인의 자산내역과 합병 전․후 기계장치 투자내역은 아래 표와 같다.

※ 자산내역

구 분	청구법인	소멸법인
메탈 키패드 생산 검사	2,037,375,273 원	134,150,225 원
플라스틱 키패드 생산	582,614,958원	-
일반 전자부품, 데코류	-	500,768,227 원
합 계	2,619,990,231 원	634,918,452 원

※ 투자내역

(단위 : 백만원)

구 분	합병 이전		합병 이후(청구법인)				해외투자 (’05～’08)
	청구법인	소멸법인	2005년	2006년	2007년	2008년
데 코 류	-	501	-	-	-	-	-
메 탈	2,037	134	128	2,303	1,579	17	-
플라스틱	583	-	1,889	3,265	674	909	8,057
터치패드	-	-	-	-	-	355	-
계	2,620	635	2,017	5,568	2,253	1,280	8,057

(16) 청구법인의 2006년도 거래처별 매출현황을 아래 표와 같다.

○○○

(17) 합병 이전인 2003년도 소멸법인의 거래처별 매출현황(상세내역 아래 참조)을 보면, 주된 제품이 휴대폰 장식품인 데코류이고, 총매출액 3,938,403,861원의 57.23%(2,254,118,054원)를 차지하고 있는 (주)○○○은 1994.8.19. 설립된 이래 무선호출기 제조 및 판매업을 영위하다가 1998.3.27. 이후에는 개인휴대통신 단말기 제조 및 판매업(구 분류번호 32202)을 영위하였으며, 2005.1.3. 모토로라코리아 주식회사에 흡수합병되었다.○○○

(18) 청구법인은 일체형 아크릴 터치패드가 구비된 일체형 아크릴 키패드, 통신기기용 합성수지 전면커버, 일체형 휴대폰용 금속키패드의 제조방법 등 24개의 특허를 보유하고 있는데, 이 중 일체형 아크릴 터치패드가 구비된 일체형 아크릴 키패드에 관한 특허는 합병 이전에는 소멸법인이 보유하고 있었다.

(19) 청구법인의 2006년도 세무조정신고서(법인세)에 ○○○공장 소득은 감면분으로, ○○○공장 소득은 비감면분으로 구분경리하고 있는 것으로 나타나고 있다.

(20) 구 「조세특례제한법」 제6조 제2항에서 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업의 경우 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하여 창업벤처중소기업에 관하여 정의하면서, 같은 조 제4항에서 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다고 하여 같은 조 제2항의 창업으로 보지 않는 경우를 규정하고 있으므로, 구 「조세특례제한법」 제6조 이하에서 창업벤처중소기업에 해당하는지 여부에 관하여는 법 제6조가 적용된다 하겠고, 따라서 같은 법 제119조 제3항 제1호, 제120조 제3항 소정의 창업벤처중소기업 해당여부 또한 법 제6조 규정에 의하여 판단하여야 하는 것이지만○○○,

구 「조세특례제한법」 제6조 제4항은 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 법인의 설립을 같은 법 제6조 제2항 또는 제3항의 규정에 의한 창업벤처중소기업 또는 창업중소기업으로 보지 아니하겠다는 것으로, 위 규정에 의한 창업벤처중소기업 또는 창업중소기업이 설립 후 정상적으로 당해 사업을 영위하다가 다른 중소기업을 합병하거나 다른 업종을 추가한다고 하여 바로 「조세특례제한법」상 조세감면대상인 창업벤처중소기업 또는 창업중소기업에서 배제된다고 할 수는 없다 하겠으므로,

흡수합병에 있어 존속법인인 창업벤처중소기업 또는 창업중소기업이 위 법령에서 정한 기간 내에 당해 법인의 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득(등기)한 경우 구 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의한 취득세 등의 감면대상으로 보아야 할 것으로,

이 건의 경우 첫째, 구 「조세특례제한법」에서 동일 업종에 해당되는지 여부는 「한국표준산업분류」에 따른 세분류에 의하여 판단하도록 규정하고 있는데, 청구법인이 영위한 업종은 방송 및 무선통신기기 제조업(구 분류번호 32202)인 반면, 소멸법인이 영위한 업종은 그 외 기타 전자부품 제조업(구 분류번호 32199)으로 서로 다른 점,

둘째, 2003년도 소멸법인의 매출현황에서 가장 큰 비중(57.2%)을 차지하고 있는 (주)○○○이 영위한 업종(구 분류번호 32202)이 청구법인과 동일한 업종이라고는 하지만 소멸법인이 (주)○○○에 납품한 제품은 로고 등 휴대폰에 부착하는 장식품의 일종인 데코류로서 청구법인이 ○○○공장이나 ○○○공장에서 생산하고 있는 휴대폰 키패드와는 그 생산공정이나 특성이 달라 소멸법인이 영위한 업종과 청구법인이 영위한 업종이 서로 같다고 할 수는 없는 점,

셋째, 합병 이전 소멸법인은 키패드 2차압착기 NEST, Key Pad 조립라인, Key Pad 조립라인 Upgrad, Key Pad 검사장비 등의 기계장치를, 청구법인은 사출기, CNC선반, 마킹기(Ink Jet Print), 자동도금라인 등의 기계장치를 보유하고 있었음이 청구법인과 소멸법인의 기계장치 보유현황에 의하여 확인되고 있는데, 이는 소멸법인이 플라스틱 키패드를 생산하다 메탈 키패드를 생산하는 청구법인에 흡수합병되었다는 처분청의 의견과 달리 플라스틱 키패드 생산은 합병 이후 청구법인에 의하여 이루어졌다고 볼 수 있는 점,

넷째, 청구법인은 합병 이후 소멸법인 소유의 기존 기계장치 등을 매각하거나 용도폐기하였고, 더구나 이 건 부동산은 소멸법인이 영위하던 자산에 해당되지 아니할 뿐더러 소멸법인이 영위하던 업종이 아닌 청구법인이 영위하는 사업에 사용되고 있음이 ○○○ 공장등록증명서에서 확인되고 있는 점,

다섯째, 구 「조세특례제한법」 제143조 제1항 및 같은 법 시행령 제136조 제1항에서 「법인세법」 제113조의 규정을 준용하여 감면사업과 기타의 사업을 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있는데, 이는 「조세특례제한법」에 의한 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우 감면사업에 대한 소득과 기타의 사업의 구분경리하도록 하여 감면사업이 아닌 기타사업의 소득에 대해서는 감면을 적용하지 않고 감면사업에 대하여만 감면을 적용받을 수 있도록 함으로써 조세의 부당 감면을 방지하고자 함에 있는 것으로, 창업벤처중소기업 또는 창업중소기업이 당해 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득(등기)하는 경우 취득세 등을 면제토록 규정하고 있는 같은 법 제119조 제3항 제1호와 제120조 제3항은 여기에서 제외하고 있어 위 규정을 청구법인의 이 건 부동산 취득에 적용할 수는 없는 점 등을 종합하여 볼 때,

이 건 부동산은 창업벤처중소기업인 청구법인이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득(등기)한 부동산일 뿐만 아니라 당해 사업에 직접 사용하고 있는 부동산에 해당된다고 봄이 타당하다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과고지한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.