청구번호 조심 2009지0619     결정일자 : 2010-06-18

주 문

심판청구를 기각한다.

이 유

1. 처분 개요

가. ○○○은 ○○○ 162-90 외 1필지에서 개인병원○○○을 운영하다가 2008.9.3. 사업양수도 방법에 따라 의료법인 ○○○의료재단(이하 “청구법인”이라 한다)을 설립하였다.

나. 청구법인은 2008.9.5. 사업양수도에 따라 취득한 ○○○ 162-90 외 1필지 토지 2,724㎡ 및 건축물 9,691.43㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 지방세 감면신청을 하였고, 처분청은 2008.9.7. 「지방세법」 제287조 제2항의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당되는 것으로 보아 이 사건 부동산에 대한 취득세를 면제하였다.

다. 청구법인은 2008.9.12. 이 사건 부동산의 시가표준액 6,707,809,614원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 100,617,140원, 지방교육세 20,123,420원, 합계 120,740,560원을 신고납부하였다.

라. 청구법인은 「조세특례제한법」 제119조 제4항의 규정에 의하여 이 사건 부동산에 대한 등록세 또한 면제되어야 한다고 주장하며 2008.12.2. 이의신청을 하였으나 2009.3.3. 기각결정을 받자 2009.5.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

「조세특례제한법」 제119조 제4항에 의하면 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 법인으로 전환하는 경우 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여 등록세를 면제한다고 되어 있을 뿐 동 법인을 영리법인으로 제한하고 있지 아니하므로 비영리법인으로 전환하는 경우에도 동 규정을 적용하여 등록세를 면제하여야 할 것이다.

나. 처분청 및 ○○○ 의견

「조세특례제한법」에서 사업양수도와 관련하여 지방세를 감면하는 규정은 그 입법취지가 기업의 구조조정을 위한 것이므로 같은 법 119조 제4항은 비영리법인의 경우 적용이 배제된다 할 것이다. 설령 비영리법인도 「조세특례제한법」 제119조 제4항의 적용대상에 해당된다 하더라도 같은 법 제32조 및 같은 법 시행령 제28조, 제29조에 의하면 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세대상 요건은 첫째 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 사업용고정자산을 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장(소멸기업)의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하여야 하며, 둘째, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양 도한 경우이어야 하는바 청구법인 설립전 ○○○의 2007.12.31. 현재 대차대조표에 기재된 유형자산은 시가로 평가된 것이 아니라 장부상 가액이므로 2008.7.23. ○○○감정평가법인에 의뢰하여 평가된 유형자산가액 20,292백만원을 동 대차대조표에 반영하면 2007.12.31. 현재 순자산가액이 10,098백만원이 되기 때문에 청구인의 경우 소멸하는 사업장의 순자산가액 미만을 투자한 것이므로 이 건 처분은 적법하다 할 것이다.

2007.12.31. 기준 대차대조표

(단위: 백만원)

자 산	계			10,641
	유동자산			2,253
	비유동자산	계		8,388
		투자자산		103
		유형자산	토지	1,479
			건물	5,868
			기타	838
		무형자산		32
		기 타		68
부 채	계	6,325
	유동부채	외상매입금		361
		미지급금		59
		예수금		48
		단기차입금		0
		미지급비용		422
	비유동부채	장기차입금		5,075
		퇴직급여충당금		360
자 본	4,316

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

개인병원을 사업양수도 방법에 따라 비영리의료법인으로 전환하였으나 새로이 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 미만인 경우, 당해 사업용재산이 등록세 면제대상에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제119조(등록세의 면제 등) ④ 제32조의 규정에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.

제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 따라 2009년 12월 31일까지 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제 1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액이상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용청구를 하여야 한다.

④ 제1항의 규정에 의하여 설립되는 법인에 대하여는 제31조 제4항 내지 제6항의 규정을 준용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세) ② 법 제32조 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업양수도방법"이라 함은 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

④ 법 제32조 제2항에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등) ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 증빙자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

(가) ○○○ 등 6명은 2008.7.22. 법인설립을 위한 발기인 회의를 개최하였는바, 동 회의록에 의하면 ○○○이 이 사건 부동산을 포함한 자산 20,292,347,000원을 설립법인에 출연하고, 설립법인이 출연 부동산에 담보설정된 부채 5,650,000,000원을 인수한다고 되어 있다.

(나) 2008.8.26. 사업양수도 계약서에 의하면 양수인(청구법인)은 2008.10.1. 현재 양도인○○○의 평가된 자산총액과 부채총액을 인수하되, 자산․부채는 양도․양수일 현재 기업회계기준에 의하여 계상된 장부가액에 의하고, 부동산은 감정가액에 의한다고 되어 있다.

(다) 청구법인은 2008.9.1. 「의료법」 제48조의 규정에 의하여 ○○○로부터 설립허가를 받아 2008.9.3. 설립되었는바, 법인등기부등본상 자산총액은 20,292,347,000원으로 되어 있다.

(라) 2008.10.1. 사업양수도일 현재 소멸하는 사업장○○○의 대차대조표상 순자산가액(자본)은 6,799,476,763원으로, 청구법인의 개시 대차대조표상 자본금은 5,655,813,632원으로 되어 있다.

.

(2) 「조세특례제한법」 제119조 제4항에 의하면 제32조의 규정에 따른 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제한다고 규정되어 있는바 동 규정은 개인사업을 영위하는 자가 발기인이 되어 법인으로 전환되는 개인사업장의 순자산가액(법인설립일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상을 출자하여 법인을 설립하고 법인설립일로부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 경우 법인전환에 따라 취득하는 사업용 재산에 대한 등록세를 면제하되, 소비성 서비스업을 영위하는 법인의 경우에는 그 적용을 배제한다는 것일 뿐, 전환법인을 영리법인으로 제한하고 있지 아니하므로 비영리법인이라 하여 이를 달리 취급할 이유는 없다 할 것이다. 다만 「조세특례제한법」 제32조의 규정은 설립되는 법인의 자본금이 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상인 경우에 한하여 적용되는 것인바 사업양수도일 현재 결산자료에 의하면, 청구법인의 자본금(5,655,813,632원)이 소멸하는 사업장의 순자산가액(6,799,476,763원)에 미달되므로 이 사건 부동산에 관한 등기는 등록세 면제대상에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 처분청에서 이 사건 부동산에 대한 등록세 등을 면제하지 아니한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.