법령해석 사례
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청구번호 조심 2008지0787
주 문
심판청구를 기각한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 처분청은 청구인이 2003.11.21. 설립된 법인으로 2006.12.28. 주택건설사업자로 등록하여 2007년 2월부터 2007년 12월까지 서울특별시 동작구 ○○○동 156-15번지 201호 외 142건(내역 별첨, 이하 “이 건 부동산”이라고 한다)을 취득한 것에 대하여 지방세법 제138조 및 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호의 규정에 의거 등록세를 중과세하지 아니하였으나, 청구인이 위 규정에서 정한 유예기간 내에 주택건설에 직접 사용하지 아니하고 ○○○동 ○○○주택조합 등에게 소유권을 이전하자 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 중과세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 2,678,816,650원, 교육세 493,470,050원, 농어촌특별세 104,585,060원, 합계 3,276,871,760원(가산세 포함)을 2008.6.10. 부과고지하였다.
나. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 아파트 건설사업의 추진과정
(가) 청구인은 2006.12.28. 주택법 제9조 규정에 따라 등록된 주택건설사업자로서, 주택건설사업자가 보유한 토지를 이용한 주택조합의 설립인가 등이 가능한 구 주택법시행령(2007.7.30. 대통령령 제20208호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 및 제40조 규정에 의하여, 지역주택조합과 공동으로 공동주택을 공급할 목적으로 ○○○동 ○○○신축공사(2차)를 추진하였으며, 그 추진과정은 2006년 12월말부터 이 건 부동산의 매도자들(조합원)로부터 이 건 부동산을 매입하면서 매도자에게 조합가입시 아파트분양권 1매를 공급하고 주택조합형식사업을 하는 것으로 특약을 하였다.
(나) 청구인은 2007년 5월 청구인을 시행사로, ○○○㈜을 시공사로, 공사기간을 2007.12.1.～2009.11.30.로 하는 아파트건설공사에 관한 공사도급계약을 체결하고, 청구인은 토지매입자금을 조달하기 위하여 2007.5.23. ○○○은행 및 ○○○㈜(아파트건설유동화회사)와 차주를 청구인으로, 채무자인수인을 ○○○(주)로 하는 시공사 조건부채무인수조건의 프로젝트파이낸싱계약을 체결하였다.
(다) 청구인은 주택건설사업 시행을 위하여 2007.1.3. ㈜○○○종합건축사사무소와 건축물의 설계용역계약과 지구단위계획 및 마스터플랜수입용역변경계약을, 2007년 6월 ㈜○○○엔지니어와 지반조사용역계약을, 2007년 6월 ㈜○○○이엔씨와 교통영향평가 용역계약을 각각 체결하였다.
(라) 그런데, 구 주택법시행령 제40조 제2항에 의하면 주택조합이 주택등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설사업에 사용할 수 있었으나, 2007.7.30. 위 규정이 주택등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택조합에서 사용할 수 없도록 하는 것으로 개정됨에 따라 청구인은 주택조합형식의 아파트건설사업을 계속하기 위해 부득이 이 건 부동산 중 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 2007.11.12. ○○○주택조합(이하 “주택조합”이라 한다) 명의로 소유권이전등기를 하고, 2007.11.26. 처분청에 주택조합설립인가를 신청하고, 2008.1.25. 주택조합승인을 득하여 공동사업주체로서 주택조합형식의 아파트건설사업을 계속하고 있다.
(2) 심판청구 이유
(가) 지방세법 제138조 제1항 및 지방세법시행령 제101조 제1항․제2항의 규정에 의하면 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업용으로 등기하는 부동산에 대하여 그 취득일로부터 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에는 등록세 중과대상에서 제외하나, 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 지방세법 제138조제1항 본문의 중과세율을 적용하는 것으로 규정하고 있다.
(나) 대법원은 일관되게 지방세법시행령 제101조 제2항 본문의 ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유를 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 해석하고 있고(대법원 2004.7.8. 선고 2002두6668 판결 등 다수), 청구인은 2006년부터 구 주택법시행령을 신뢰하여 PF를 통해 매도자(조합원)로부터 이 건 토지를 매수하여 아파트건설사업을 추진하였으나 주택법시행령 제37조 및 제40조 개정으로 당초 계획대로 청구인의 소유인 이 건 토지를 가지고는 주택조합이 설립인가를 받을 수가 없게 되었으며, 만약, 아파트건설사업 시작 전에 주택법령이 개정되었다면, 청구인은 이 건 토지의 소유권을 등기한 상태에서 아파트건설사업을 시작하지는 않았을 것이고, 또한, 청구인은 이미 이 건 토지 매수단계에서 이 건 토지의 매도자들에게 주택조합방식에 의한 분양권을 부여하는 특약을 하였기 때문에 당초 사업계획대로 주택조합형식의 사업을 하지 않는 경우에는 주택조합사업시행의 중단에 따른 막대한 민․형사상 손해배상책임 문제가 발생하게 되고, 청구인이 이 건 토지를 2년 이상 사용하지 못하고 부득이 주택조합에 소유권을 이전한 것은 주택법시행령의 개정에 의한 것으로 이는 법령에 의한 금지․제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 발생한 것에 해당하므로 지방세법시행령 제101조 본문 소정의 정당한 사유에 해당한다.
(다) 청구인은 당초 진행중이던 아파트건설공사를 속행하기 위해 주택조합에 이 건 토지를 이전하였을 뿐이며, 청구인과 주택조합은 아파트건설공사를 추진함에 있어 건축심의 등의 허가과정에서부터 분양에 이르기까지 주택조합과 공동사업주체이므로 개정 주택법령에 의하여 청구인이 주택조합에 소유권을 이전하였다고 하더라도 공동사업주체로서 이 건 토지를 아파트건설사업에 사용하고 있고, 지방세법 제138조에서는 「주택법」제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업의 경우에는 “대도시내의 부동산취득의 억제라는 목적” 보다는 그 사업을 세제상 지원함으로써 주택건설을 촉진하여 서민의 주거생활 안정과 주거수준 향상이라는 목적에 우선을 두어 등록세 중과세 규정의 적용을 배제하고 있고, 청구인은 주택건설 공급을 위하여 이 건 토지의 소유권이전 후에도 계속해서 주택조합과 공동으로 아파트건설사업을 하고 있으며, 청구인이 주택조합에 사업부지의 소유권을 이전한 것은 당해 사업에 사용하지 않기 위해서가 아니라 당해 아파트건설사업에 사용하기 위해서 소유권이전등기를 한 것으로 청구인은 계속해서 등록세 중과배제 입법취지를 준수하고 있으므로 이 건 등록세 중과처분은 입법취지를 간과한 처분으로 부당하다.
나. 서울특별시장 의견
(1) 지방세법 제138조 제1항 및 지방세법시행령 제101조에서 대통령령이 정하는 업종이라 함은 주택법 제9조의 규정에 의거 건설교통부에 등록된 주택건설사업자가 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 3년이 경과할 때가지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 중과세 하도록 규정하고 있고, 주택법시행령 제40조 제2항에서 주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설대지로 사용하여서는 아니 된다고 규정하고 있고, 주택법령의 개정취지는 건설업체 등 주택건설사업자가 사실상 주택조합의 설립․운영 등을 주도하는 등 분양가 상한제의 적용을 피하려는 조합주택 형식의 주택건설사업 추진을 방지하기 위한 것이다.
(2) 그런데, 청구인은 주택법시행령이 개정된 이후에도 계속적으로 토지를 매입하였고, 주택법시행령 제40조 제2항에서 규정하는 금지․제한 등을 인지한 후에도 일반분양방식의 사업구도로 전환하거나 잔여사업부지의 매입을 중지하는 등 다른 방법을 강구하지 않았으므로 이 건 부동산을 고유업무에 사용하기 위해 적극적으로 노력하였다고 볼 수 없다할 것이고,
(3) 또한, 사업부지의 매수단계에서 토지의 매도자에게 주택조합방식에 의한 분양권을 부여하는 특약을 하였기 때문에 당초 사업계획대로 사업이 불가능하게 되면 조합원에 대한 막대한 민․형사상의 손해배상 책임문제가 발생하는 것은 청구인과 조합원간의 문제로 등록세 중과세와는 무관하다 할 것이다.
(4) 따라서, 청구인이 이 건 부동산을 등록세 중과세 유예기간 이내에 소유권을 이전한 이상 처분청의 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
주택건설사업자가 주택건설용으로 부동산을 취득․등기한 다음, 등기일로부터 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 주택조합에 매각한 경우, 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법
제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
③제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.
(2) 지방세법시행령
제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외) ①법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.
5. 「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)
②제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 「전기통신사업법」 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.
(3) 주택법
제32조 (주택조합의 설립 등) ①다수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하고자 하는 경우(제3항의 규정에 의한 직장주택조합의 경우를 제외한다)에는 관할 시장·군수·구청장의 인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 주택조합을 해산하고자 할 때에도 또한 같다.
(4) 구 주택법시행령(2007.7.30. 대통령령 제20208호로 개정되기 전의 것)
제37조 (주택조합의 설립인가 등) ①법 제32조제1항의 규정에 의하여 주택조합의 설립·변경 또는 해산의 인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각 호의 구분에 의한 서류를 첨부하여 주택조합의 주택건설대지(리모델링주택조합의 경우에는 당해 주택의 소재지를 말한다. 이하 같다)를 관할하는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 시장·군수 또는 구청장은 사업계획의 승인전까지 당해 주택건설대지의 소유권을 확보하는 것이 가능한지 여부를 판단하기 위하여 필요한 경우에는 토지사용승낙서를 제출하도록 할 수 있다. <개정 2005.3.8, 2006.2.24, 2007.3.16>
1. 설립인가의 경우
가.～나. (생략)
2. 변경인가의 경우 : 변경의 내용을 증명하는 서류
3. 해산인가의 경우 : 조합원의 동의를 얻은 정산서
제40조 (주택조합의 사업계획승인신청 등) ②주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지중 다음 각호의 1에 해당하는 택지를 주택건설대지로 사용하여서는 아니된다. <개정 2005.3.8>
1. 「택지개발촉진법」에 의하여 개발한 택지
2. 국가·지방자치단체·정부투자기관 또는 지방공사가 법·「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」·「산업입지 및 개발에 관한 법률」 등 관계 법률에 의하여 개발한 택지
(5) 주택법시행령(2007.7.30. 대통령령 제20208호로 개정된 것)
제37조 (주택조합의 설립인가 등) ①법 제32조제1항의 규정에 의하여 주택조합의 설립·변경 또는 해산의 인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각 호의 구분에 의한 서류와 해당 주택건설대지의 100분의 80 이상의 토지에 대한 토지사용승낙서(지역·직장주택조합의 경우에 한한다)를 첨부하여 주택조합의 주택건설대지(리모델링주택조합의 경우에는 당해 주택의 소재지를 말한다. 이하 같다)를 관할하는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 토지사용승낙의 비율을 산정함에 있어서 등록사업자의 사용승낙분이 포함되어 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다. <개정 2005.3.8, 2006.2.24, 2007.3.16, 2007.7.30>
1. 설립인가의 경우
가.～나. (생략)
2. 변경인가의 경우 : 변경의 내용을 증명하는 서류
3. 해산인가의 경우 : 조합원의 동의를 얻은 정산서
제40조 (주택조합의 사업계획승인신청 등) ②주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설대지로 사용하여서는 아니된다. 다만, 경매 또는 공매를 통하여 등록사업자의 토지를 매입하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007.7.30>
부칙 <제20208호, 2007.7.30>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제37조제1항·제3항 및 제5항제4호, 제38조제1항제1호가목(투기과열지구 안에 있는 경우에 있어서의 기간 산정 부분은 제외한다), 제39조제3항, 제40조제2항, 제42조의2부터 제42조의15까지, 제45조의2제1항 및 제2항, 제95조제4항 전단의 개정규정은 2007년 9월 1일부터 시행하고, 제38조제1항제1호가목의 개정규정 중 투기과열지구 안에 있는 경우에 있어서의 기간산정 부분은 2008년 9월 1일부터 시행한다.
(6) 건설교통부공고 제2007-192호 2007.5.17.
1. 개정이유
주택 분양가상한제 및 분양가 내역 공시 제도의 확대 시행 등을 주요내용으로 하는 주택법일부개정법률안이 국회 본회의를 통과(2007.4.2.)하여 공포(2007.4.20.)됨에 따라 이의 시행을 위하여 택지의 감정평가 세부절차를 정하고, 분양가 공시제가 적용되는 지역을 구체적으로 정하는 등 이 법에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항 및 현행 제도의 운영 과정상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
다. 등록사업자가 소유하고 있는 토지에 대해 조합주택건설대지로 사용하지 못하게 하되, 경·공매를 통해 등록사업자의 토지를 매입하는 경우는 제외한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청 구인은 2003.11.21. 본점을 서울특별시 강남구 ○○○동 58-6번지 ○○○빌딩 402호로, 목적을 부동산 컨설팅업, 부동산 분양대행업 등으로 하여 법인 설립등기를 하고, 2006.12.28. 주택건설사업자 등록(서울-주택○○○)을 한 다음, 아파트 및 근린생활시설 건축을 위하여 2007 년 2월부터 2007년 12월까지 이 건 부동산을 매입하고, 2007년 5월 ○○○주식회사와 공사기간을 2007.12.1.～2009.11.30.로 하는 「○○○ 신축공사(2차)」도급계약을 체결하였으나, 2007년 11월부터 2008년 1월 사이에 이 건 부동산을 주택조합에 매각하였으며, 이에 대하여 처분청은 청구인이 주택건설사업자가 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 이 건 부동산을 그 등기일로부터 2년 이상 당해 업종에 직접사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하는 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.
(2) 쟁점에 대하여 본다.
(가) 지 방세법 제138조 제1항 제3호, 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호, 제2항, 제102조 제2항의 각 규정에 의하면, 법인이 대도시 내에서 설립 또는 지점설치 등 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기는 등록세 중과대상이 되지만, 주택법 제9조의 규정에 의하여 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산을 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하면 등록세 중과대상에서 제외되며, 그 등기일로부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다 하더라도 거기에 정당한 사유가 있으면 역시 중과대상에서 제외되는 것이고, 이들 경우에 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(같은 취지의 대법원 1999.2.24. 선고 97누3132 판결 참조).
(나) 그런데, 청구인은 2007.7.30. 주택법시행령의 개정으로 이 건 부동산을 주택건설사업에 사용할 수 없어 매각하였다고 주장하나, 건 설교통부장관은 2007.5.17. 주택 분양가상한제 및 분양가 내역 공시 제도의 확대 시행 등을 위하여 등록사업자가 소유하고 있는 토지 중 경·공매를 통해 등록사업자의 토지를 매입하는 경우를 제외하고는 조합주택건설대지로 사용하지 못하게 하는 것으로 주택법시행령 개정 입법예고(건설교통부공고 제2007-192호)를 하고, 2007.7.30. 주택법시행령을 개정하면서 그 제40조 제2항에서 주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설대지로 사용할 수 없는 것으로 개정한 취지는 건설업체 등 주택건설사업자가 사실상 주택조합의 설립․운영 등을 주도하여 분양가 상한제의 적용을 피하려는 조합주택 형식의 주택건설사업 추진을 방지하기 위한 것으로 청구인과 같은 주택건설사업자에 대한 제한사항을 확대한 것으로 보기보다는 주택조합에 대한 제한사항을 확대한 것으로 보아야 할 것이므로, 이는 청구인의 경우와 같이 주택건설사업자가 주택건설사업을 하는데 장애가 있는 것으로 보기 어렵다 할 것이다.
(다) 또한, 청 구인은 위 입법예고일로부터 등록사업자가 소유하고 있는 토지는 조합주택건설대지로 사용할 수 없다는 사정을 알 수 있었다 할 것이고, 주택법시행령에서 주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 조합주택건설대지로 사용할 수 없는 것으로 개정되었다하더라도 청구인이 주택건설사업을 하는데 특별한 제한이 있는 것으로 보이지 아니하고, 2007.7.30. 주택법시행령이 개정된 이후에도 2007 년 12월까지 이 건 부동산을 지속적으로 매입하면서 이 건 토지를 매각한 것은 이 건 부동산을 청구인의 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 수 없다할 것이고, 청구인이 이 건 토지를 매각한 이상 청구인이 건축허가, 사업진행 컨설팅, 준공인가, 분양 등의 업무를 대행한다하더라도 이를 청구인이 주택조합과 공동으로 주택건설사업으로 하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.
(라) 청구인이 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 제1조에서는 계약목적을 「본계약은 “을(청구인)”이 “갑(매도인)”소유의 위 표시 부동산을 매입하여 “을”이 사업목적으로 하는 공동주택을 건립하기 위하여 상호권리와 의무를 성실히 이행함을 목적으로 한다. 따라서 본 계약 각조의 해석은 공동주택 건립 목적을 기본으로 하여 해석한다.」고 하여 단지 공동주택을 건립하는 것으로 하였고, 계약서 제3조에서는 계약의 해제 조건으로 1) 도시계획변경, 건축심의, 지구단위계획심의 부결(보류 및 유보 포함) 및 사업승인 등 인허가가 불가능할 경우, 2) 지구단위계획 심의 결과 공동주택건립 대지면적이 현저히 감소되어 공동주택사업이 불가능하다고 판단될 경우, 3) “을”이 매수하고자 하는 사업대상부지에 대하여 완전한 매수가 이루어지지 못하여 “을”의 사업추진이 어려운 경우, 4) “갑”이 본 계약서의 각 조항을 성실히 이행하지 않을 경우, 5) “갑”이 “을”의 사업목적에 위반되는 행동을 하여 “을”이 계속 추진하지 못할 경우, 6) 계약체결 이후 관련법(주택법) 또는 정책의 변화, 천재지변 등 “을”의 귀책사유가 아닌 사유로 사업을 추진할 수 없는 경우에는 “을(청구인)”의 통보만으로 조건없이 본 계약을 해약할 수 있도록 한 반면, “갑(매도자)”은 매매대금을 정상적으로 지불하지 않은 경우를 제외하고는 일방적으로 본 계약을 해제 할 수 없는 것으로 계약하였으므로 청구인은 계약체결 이후 관련법(주택법)이 개정된 경우에도 손해배상책임 없이 계약을 해제할 수 있는 것으로 보이는 등, 위와 같은 사정을 종합하면, 청구인이 이 건 부동산을 등기한 날로부터 2년 이상 당해 업종에 사용하지 아니하고 매각한데 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.
(3) 따라서, 처분청이 이 건 부동산의 취득가액을 과세표준액으로 하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
주 문
심판청구를 기각한다.
이 유
1. 처분 개요
가. 처분청은 청구인이 2003.11.21. 설립된 법인으로 2006.12.28. 주택건설사업자로 등록하여 2007년 2월부터 2007년 12월까지 서울특별시 동작구 ○○○동 156-15번지 201호 외 142건(내역 별첨, 이하 “이 건 부동산”이라고 한다)을 취득한 것에 대하여 지방세법 제138조 및 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호의 규정에 의거 등록세를 중과세하지 아니하였으나, 청구인이 위 규정에서 정한 유예기간 내에 주택건설에 직접 사용하지 아니하고 ○○○동 ○○○주택조합 등에게 소유권을 이전하자 지방세법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 중과세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 2,678,816,650원, 교육세 493,470,050원, 농어촌특별세 104,585,060원, 합계 3,276,871,760원(가산세 포함)을 2008.6.10. 부과고지하였다.
나. 청구인은 이에 불복하여 2008.9.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 아파트 건설사업의 추진과정
(가) 청구인은 2006.12.28. 주택법 제9조 규정에 따라 등록된 주택건설사업자로서, 주택건설사업자가 보유한 토지를 이용한 주택조합의 설립인가 등이 가능한 구 주택법시행령(2007.7.30. 대통령령 제20208호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 및 제40조 규정에 의하여, 지역주택조합과 공동으로 공동주택을 공급할 목적으로 ○○○동 ○○○신축공사(2차)를 추진하였으며, 그 추진과정은 2006년 12월말부터 이 건 부동산의 매도자들(조합원)로부터 이 건 부동산을 매입하면서 매도자에게 조합가입시 아파트분양권 1매를 공급하고 주택조합형식사업을 하는 것으로 특약을 하였다.
(나) 청구인은 2007년 5월 청구인을 시행사로, ○○○㈜을 시공사로, 공사기간을 2007.12.1.～2009.11.30.로 하는 아파트건설공사에 관한 공사도급계약을 체결하고, 청구인은 토지매입자금을 조달하기 위하여 2007.5.23. ○○○은행 및 ○○○㈜(아파트건설유동화회사)와 차주를 청구인으로, 채무자인수인을 ○○○(주)로 하는 시공사 조건부채무인수조건의 프로젝트파이낸싱계약을 체결하였다.
(다) 청구인은 주택건설사업 시행을 위하여 2007.1.3. ㈜○○○종합건축사사무소와 건축물의 설계용역계약과 지구단위계획 및 마스터플랜수입용역변경계약을, 2007년 6월 ㈜○○○엔지니어와 지반조사용역계약을, 2007년 6월 ㈜○○○이엔씨와 교통영향평가 용역계약을 각각 체결하였다.
(라) 그런데, 구 주택법시행령 제40조 제2항에 의하면 주택조합이 주택등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설사업에 사용할 수 있었으나, 2007.7.30. 위 규정이 주택등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택조합에서 사용할 수 없도록 하는 것으로 개정됨에 따라 청구인은 주택조합형식의 아파트건설사업을 계속하기 위해 부득이 이 건 부동산 중 토지(이하 “이 건 토지”라 한다)를 2007.11.12. ○○○주택조합(이하 “주택조합”이라 한다) 명의로 소유권이전등기를 하고, 2007.11.26. 처분청에 주택조합설립인가를 신청하고, 2008.1.25. 주택조합승인을 득하여 공동사업주체로서 주택조합형식의 아파트건설사업을 계속하고 있다.
(2) 심판청구 이유
(가) 지방세법 제138조 제1항 및 지방세법시행령 제101조 제1항․제2항의 규정에 의하면 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업용으로 등기하는 부동산에 대하여 그 취득일로부터 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에는 등록세 중과대상에서 제외하나, 주택건설사업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 지방세법 제138조제1항 본문의 중과세율을 적용하는 것으로 규정하고 있다.
(나) 대법원은 일관되게 지방세법시행령 제101조 제2항 본문의 ‘정당한 사유’의 판단 기준은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유를 포함하며, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유와 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다고 해석하고 있고(대법원 2004.7.8. 선고 2002두6668 판결 등 다수), 청구인은 2006년부터 구 주택법시행령을 신뢰하여 PF를 통해 매도자(조합원)로부터 이 건 토지를 매수하여 아파트건설사업을 추진하였으나 주택법시행령 제37조 및 제40조 개정으로 당초 계획대로 청구인의 소유인 이 건 토지를 가지고는 주택조합이 설립인가를 받을 수가 없게 되었으며, 만약, 아파트건설사업 시작 전에 주택법령이 개정되었다면, 청구인은 이 건 토지의 소유권을 등기한 상태에서 아파트건설사업을 시작하지는 않았을 것이고, 또한, 청구인은 이미 이 건 토지 매수단계에서 이 건 토지의 매도자들에게 주택조합방식에 의한 분양권을 부여하는 특약을 하였기 때문에 당초 사업계획대로 주택조합형식의 사업을 하지 않는 경우에는 주택조합사업시행의 중단에 따른 막대한 민․형사상 손해배상책임 문제가 발생하게 되고, 청구인이 이 건 토지를 2년 이상 사용하지 못하고 부득이 주택조합에 소유권을 이전한 것은 주택법시행령의 개정에 의한 것으로 이는 법령에 의한 금지․제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유가 발생한 것에 해당하므로 지방세법시행령 제101조 본문 소정의 정당한 사유에 해당한다.
(다) 청구인은 당초 진행중이던 아파트건설공사를 속행하기 위해 주택조합에 이 건 토지를 이전하였을 뿐이며, 청구인과 주택조합은 아파트건설공사를 추진함에 있어 건축심의 등의 허가과정에서부터 분양에 이르기까지 주택조합과 공동사업주체이므로 개정 주택법령에 의하여 청구인이 주택조합에 소유권을 이전하였다고 하더라도 공동사업주체로서 이 건 토지를 아파트건설사업에 사용하고 있고, 지방세법 제138조에서는 「주택법」제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업의 경우에는 “대도시내의 부동산취득의 억제라는 목적” 보다는 그 사업을 세제상 지원함으로써 주택건설을 촉진하여 서민의 주거생활 안정과 주거수준 향상이라는 목적에 우선을 두어 등록세 중과세 규정의 적용을 배제하고 있고, 청구인은 주택건설 공급을 위하여 이 건 토지의 소유권이전 후에도 계속해서 주택조합과 공동으로 아파트건설사업을 하고 있으며, 청구인이 주택조합에 사업부지의 소유권을 이전한 것은 당해 사업에 사용하지 않기 위해서가 아니라 당해 아파트건설사업에 사용하기 위해서 소유권이전등기를 한 것으로 청구인은 계속해서 등록세 중과배제 입법취지를 준수하고 있으므로 이 건 등록세 중과처분은 입법취지를 간과한 처분으로 부당하다.
나. 서울특별시장 의견
(1) 지방세법 제138조 제1항 및 지방세법시행령 제101조에서 대통령령이 정하는 업종이라 함은 주택법 제9조의 규정에 의거 건설교통부에 등록된 주택건설사업자가 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 3년이 경과할 때가지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 중과세 하도록 규정하고 있고, 주택법시행령 제40조 제2항에서 주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설대지로 사용하여서는 아니 된다고 규정하고 있고, 주택법령의 개정취지는 건설업체 등 주택건설사업자가 사실상 주택조합의 설립․운영 등을 주도하는 등 분양가 상한제의 적용을 피하려는 조합주택 형식의 주택건설사업 추진을 방지하기 위한 것이다.
(2) 그런데, 청구인은 주택법시행령이 개정된 이후에도 계속적으로 토지를 매입하였고, 주택법시행령 제40조 제2항에서 규정하는 금지․제한 등을 인지한 후에도 일반분양방식의 사업구도로 전환하거나 잔여사업부지의 매입을 중지하는 등 다른 방법을 강구하지 않았으므로 이 건 부동산을 고유업무에 사용하기 위해 적극적으로 노력하였다고 볼 수 없다할 것이고,
(3) 또한, 사업부지의 매수단계에서 토지의 매도자에게 주택조합방식에 의한 분양권을 부여하는 특약을 하였기 때문에 당초 사업계획대로 사업이 불가능하게 되면 조합원에 대한 막대한 민․형사상의 손해배상 책임문제가 발생하는 것은 청구인과 조합원간의 문제로 등록세 중과세와는 무관하다 할 것이다.
(4) 따라서, 청구인이 이 건 부동산을 등록세 중과세 유예기간 이내에 소유권을 이전한 이상 처분청의 이 건 등록세 등의 부과처분은 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
주택건설사업자가 주택건설용으로 부동산을 취득․등기한 다음, 등기일로부터 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 주택조합에 매각한 경우, 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 지방세법
제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과) ①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.
3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기
③제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.
(2) 지방세법시행령
제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외) ①법 제138조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.
5. 「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 「주택법」 제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)
②제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 「전기통신사업법」 제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.
(3) 주택법
제32조 (주택조합의 설립 등) ①다수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하고자 하는 경우(제3항의 규정에 의한 직장주택조합의 경우를 제외한다)에는 관할 시장·군수·구청장의 인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 주택조합을 해산하고자 할 때에도 또한 같다.
(4) 구 주택법시행령(2007.7.30. 대통령령 제20208호로 개정되기 전의 것)
제37조 (주택조합의 설립인가 등) ①법 제32조제1항의 규정에 의하여 주택조합의 설립·변경 또는 해산의 인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각 호의 구분에 의한 서류를 첨부하여 주택조합의 주택건설대지(리모델링주택조합의 경우에는 당해 주택의 소재지를 말한다. 이하 같다)를 관할하는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 시장·군수 또는 구청장은 사업계획의 승인전까지 당해 주택건설대지의 소유권을 확보하는 것이 가능한지 여부를 판단하기 위하여 필요한 경우에는 토지사용승낙서를 제출하도록 할 수 있다. <개정 2005.3.8, 2006.2.24, 2007.3.16>
1. 설립인가의 경우
가.～나. (생략)
2. 변경인가의 경우 : 변경의 내용을 증명하는 서류
3. 해산인가의 경우 : 조합원의 동의를 얻은 정산서
제40조 (주택조합의 사업계획승인신청 등) ②주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지중 다음 각호의 1에 해당하는 택지를 주택건설대지로 사용하여서는 아니된다. <개정 2005.3.8>
1. 「택지개발촉진법」에 의하여 개발한 택지
2. 국가·지방자치단체·정부투자기관 또는 지방공사가 법·「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」·「산업입지 및 개발에 관한 법률」 등 관계 법률에 의하여 개발한 택지
(5) 주택법시행령(2007.7.30. 대통령령 제20208호로 개정된 것)
제37조 (주택조합의 설립인가 등) ①법 제32조제1항의 규정에 의하여 주택조합의 설립·변경 또는 해산의 인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각 호의 구분에 의한 서류와 해당 주택건설대지의 100분의 80 이상의 토지에 대한 토지사용승낙서(지역·직장주택조합의 경우에 한한다)를 첨부하여 주택조합의 주택건설대지(리모델링주택조합의 경우에는 당해 주택의 소재지를 말한다. 이하 같다)를 관할하는 시장·군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 제출하여야 한다. 이 경우 토지사용승낙의 비율을 산정함에 있어서 등록사업자의 사용승낙분이 포함되어 있는 경우에는 이를 없는 것으로 본다. <개정 2005.3.8, 2006.2.24, 2007.3.16, 2007.7.30>
1. 설립인가의 경우
가.～나. (생략)
2. 변경인가의 경우 : 변경의 내용을 증명하는 서류
3. 해산인가의 경우 : 조합원의 동의를 얻은 정산서
제40조 (주택조합의 사업계획승인신청 등) ②주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설대지로 사용하여서는 아니된다. 다만, 경매 또는 공매를 통하여 등록사업자의 토지를 매입하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007.7.30>
부칙 <제20208호, 2007.7.30>
제1조 (시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제37조제1항·제3항 및 제5항제4호, 제38조제1항제1호가목(투기과열지구 안에 있는 경우에 있어서의 기간 산정 부분은 제외한다), 제39조제3항, 제40조제2항, 제42조의2부터 제42조의15까지, 제45조의2제1항 및 제2항, 제95조제4항 전단의 개정규정은 2007년 9월 1일부터 시행하고, 제38조제1항제1호가목의 개정규정 중 투기과열지구 안에 있는 경우에 있어서의 기간산정 부분은 2008년 9월 1일부터 시행한다.
(6) 건설교통부공고 제2007-192호 2007.5.17.
1. 개정이유
주택 분양가상한제 및 분양가 내역 공시 제도의 확대 시행 등을 주요내용으로 하는 주택법일부개정법률안이 국회 본회의를 통과(2007.4.2.)하여 공포(2007.4.20.)됨에 따라 이의 시행을 위하여 택지의 감정평가 세부절차를 정하고, 분양가 공시제가 적용되는 지역을 구체적으로 정하는 등 이 법에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항 및 현행 제도의 운영 과정상 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것임.
2. 주요내용
다. 등록사업자가 소유하고 있는 토지에 대해 조합주택건설대지로 사용하지 못하게 하되, 경·공매를 통해 등록사업자의 토지를 매입하는 경우는 제외한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청 구인은 2003.11.21. 본점을 서울특별시 강남구 ○○○동 58-6번지 ○○○빌딩 402호로, 목적을 부동산 컨설팅업, 부동산 분양대행업 등으로 하여 법인 설립등기를 하고, 2006.12.28. 주택건설사업자 등록(서울-주택○○○)을 한 다음, 아파트 및 근린생활시설 건축을 위하여 2007 년 2월부터 2007년 12월까지 이 건 부동산을 매입하고, 2007년 5월 ○○○주식회사와 공사기간을 2007.12.1.～2009.11.30.로 하는 「○○○ 신축공사(2차)」도급계약을 체결하였으나, 2007년 11월부터 2008년 1월 사이에 이 건 부동산을 주택조합에 매각하였으며, 이에 대하여 처분청은 청구인이 주택건설사업자가 주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 이 건 부동산을 그 등기일로부터 2년 이상 당해 업종에 직접사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하는 것으로 보아 이 건 등록세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다.
(2) 쟁점에 대하여 본다.
(가) 지 방세법 제138조 제1항 제3호, 지방세법시행령 제101조 제1항 제5호, 제2항, 제102조 제2항의 각 규정에 의하면, 법인이 대도시 내에서 설립 또는 지점설치 등 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기는 등록세 중과대상이 되지만, 주택법 제9조의 규정에 의하여 등록된 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산을 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하면 등록세 중과대상에서 제외되며, 그 등기일로부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하였다 하더라도 거기에 정당한 사유가 있으면 역시 중과대상에서 제외되는 것이고, 이들 경우에 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론, 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 나아가 그 정당사유의 유무를 판단하는 데에는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득 목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(같은 취지의 대법원 1999.2.24. 선고 97누3132 판결 참조).
(나) 그런데, 청구인은 2007.7.30. 주택법시행령의 개정으로 이 건 부동산을 주택건설사업에 사용할 수 없어 매각하였다고 주장하나, 건 설교통부장관은 2007.5.17. 주택 분양가상한제 및 분양가 내역 공시 제도의 확대 시행 등을 위하여 등록사업자가 소유하고 있는 토지 중 경·공매를 통해 등록사업자의 토지를 매입하는 경우를 제외하고는 조합주택건설대지로 사용하지 못하게 하는 것으로 주택법시행령 개정 입법예고(건설교통부공고 제2007-192호)를 하고, 2007.7.30. 주택법시행령을 개정하면서 그 제40조 제2항에서 주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 주택건설대지로 사용할 수 없는 것으로 개정한 취지는 건설업체 등 주택건설사업자가 사실상 주택조합의 설립․운영 등을 주도하여 분양가 상한제의 적용을 피하려는 조합주택 형식의 주택건설사업 추진을 방지하기 위한 것으로 청구인과 같은 주택건설사업자에 대한 제한사항을 확대한 것으로 보기보다는 주택조합에 대한 제한사항을 확대한 것으로 보아야 할 것이므로, 이는 청구인의 경우와 같이 주택건설사업자가 주택건설사업을 하는데 장애가 있는 것으로 보기 어렵다 할 것이다.
(다) 또한, 청 구인은 위 입법예고일로부터 등록사업자가 소유하고 있는 토지는 조합주택건설대지로 사용할 수 없다는 사정을 알 수 있었다 할 것이고, 주택법시행령에서 주택조합은 등록사업자가 소유하고 있는 토지를 조합주택건설대지로 사용할 수 없는 것으로 개정되었다하더라도 청구인이 주택건설사업을 하는데 특별한 제한이 있는 것으로 보이지 아니하고, 2007.7.30. 주택법시행령이 개정된 이후에도 2007 년 12월까지 이 건 부동산을 지속적으로 매입하면서 이 건 토지를 매각한 것은 이 건 부동산을 청구인의 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 수 없다할 것이고, 청구인이 이 건 토지를 매각한 이상 청구인이 건축허가, 사업진행 컨설팅, 준공인가, 분양 등의 업무를 대행한다하더라도 이를 청구인이 주택조합과 공동으로 주택건설사업으로 하는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.
(라) 청구인이 이 건 부동산에 대한 매매계약을 체결하면서 제1조에서는 계약목적을 「본계약은 “을(청구인)”이 “갑(매도인)”소유의 위 표시 부동산을 매입하여 “을”이 사업목적으로 하는 공동주택을 건립하기 위하여 상호권리와 의무를 성실히 이행함을 목적으로 한다. 따라서 본 계약 각조의 해석은 공동주택 건립 목적을 기본으로 하여 해석한다.」고 하여 단지 공동주택을 건립하는 것으로 하였고, 계약서 제3조에서는 계약의 해제 조건으로 1) 도시계획변경, 건축심의, 지구단위계획심의 부결(보류 및 유보 포함) 및 사업승인 등 인허가가 불가능할 경우, 2) 지구단위계획 심의 결과 공동주택건립 대지면적이 현저히 감소되어 공동주택사업이 불가능하다고 판단될 경우, 3) “을”이 매수하고자 하는 사업대상부지에 대하여 완전한 매수가 이루어지지 못하여 “을”의 사업추진이 어려운 경우, 4) “갑”이 본 계약서의 각 조항을 성실히 이행하지 않을 경우, 5) “갑”이 “을”의 사업목적에 위반되는 행동을 하여 “을”이 계속 추진하지 못할 경우, 6) 계약체결 이후 관련법(주택법) 또는 정책의 변화, 천재지변 등 “을”의 귀책사유가 아닌 사유로 사업을 추진할 수 없는 경우에는 “을(청구인)”의 통보만으로 조건없이 본 계약을 해약할 수 있도록 한 반면, “갑(매도자)”은 매매대금을 정상적으로 지불하지 않은 경우를 제외하고는 일방적으로 본 계약을 해제 할 수 없는 것으로 계약하였으므로 청구인은 계약체결 이후 관련법(주택법)이 개정된 경우에도 손해배상책임 없이 계약을 해제할 수 있는 것으로 보이는 등, 위와 같은 사정을 종합하면, 청구인이 이 건 부동산을 등기한 날로부터 2년 이상 당해 업종에 사용하지 아니하고 매각한데 정당한 사유가 있는 것으로 보기는 어렵다 할 것이다.
(3) 따라서, 처분청이 이 건 부동산의 취득가액을 과세표준액으로 하여 산출한 이 건 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.