청구번호 조심 2008지12

주 문

처분청이 2007.3.12. 청구인에게 한 취득세 91,165,710원, 농어촌특별세 7,889,400원, 등록세 45,577,970원, 지방교육세 8,398,440원의 부과처분 중 취득세 91,008,700원, 농어촌특별세 7,881,400원, 등록세 42,639,460원, 지방교육세 7,856,580원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분 개요

가. 처분청은 청구인이 2000.12.14.부터 2004.3.15.까지 전라북도 전주시 ○○○외 23필지 토지 5,757㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를, 2003.6.16. 전라북도 전주시 완산구 ○○○외 34필지상의 건축물 6,687.91㎡(교육연구 및 복지시설, 이하 “이 사건 건축물”이라 하고, 이 사건 토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한데 대하여 학교법인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득․등기하는 부동산으로 보아 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 각각 비과세하였으나, 청구인이 이 사건 부동산 취득․등기일부터 3년 내에 대학설립인가를 받지 못하였으므로 정당한 사유없이 이를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 판단하여 그 취득가액(3,586,095,550원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에 같은 법 제121조 제1항 제1호 및 제2호, 제151조 제1호 및 제2호의 가산세를 합한 취득세 91,165,710원, 농어촌특별세 7,889,400원, 등록세 45,577,970원, 지방교육세 8,398,440원, 합계 153,031,520원(가산세 포함)을 2007.3.12. 청구인에게 부과 고지하였다.

나. 청구인은 대학설립인가를 받지 못하였지만 이 사건 부동산을 유예기간 내에 학교용에 직접 사용하였으므로 취득세 등을 추징한 것은 부당하다는 등의 주장을 하면서 2007.6.13. 전라북도지사에게 이의신청을 하고, 2007.9.20. 기각결정통보를 받은 후 2007.12.11. 이 사건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 사건 부동산은 학교의 강의실이나 연구실로 사용될 건물과 그 부속토지 및 운동장으로서 이미 채용된 교수와 직원들이 근무를 하면서 건물 관리 이외에 교무행정활동을 하고 있으므로 교육사업에 직접 사용되고 있는 것으로 보아야 하겠고, 설사 이 사건 부동산이 고유업무에 직접 사용되고 있는 것으로 보기 어렵다 하더라도 청구인은 이 사건 토지 취득 이후 그 지상에 학교 건물을 신축하고 교수와 직원을 모집하면서 구 교육인적자원부장관에게 대학설립인가 신청서를 제출하는 등 전문대학의 개교를 위하여 모든 준비를 진행하여 왔음에도 구 교육인적자원부장관은 기존 정책의 폐단을 이유로 계속하여 대학설립인가 신청서를 반려함으로써 개교를 지연시켰을 뿐만 아니라 청구인이 한 장학법인으로의 조직변경신청조차 거부하였으므로, 이는 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 봄이 타당하다.

(2) 취득세와 등록세는 취득 및 등기시점을 기준으로 하여 납세의무가 성립하는 조세이므로 취득․등기 당시의 지방세법령에 근거하여 과세하여야 하는 것이고, 이는 가산세에도 동일하게 적용되어야 할 것으로, 청구인은 이 사건 토지를 1997.7.18.부터 2002.6.18.까지의 사이에 취득․등기하였고, 당시 지방세법령에는 신고불성실가산세 규정만 있었지 납부불성실가산세에 대하여는 규정이 없었으므로 이 사건 취득세 등을 추징하면서 신고불성실가산세만 부과하였어야 함에도 납부불성실가산세까지 부과한 것은 위법하다.

또한, 지방세법령에서 취득세 등을 비과세 받은 후 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 취득세 등을 신고하고 납부토록 규정하고 있는바, 설사 납부불성실가산세 부과처분이 적법하다 하더라도 이 사건 부동산 각각의 취득․등기일부터 3년 30일까지는 가산세가 가산되지 아니하여야 한다.

(3) 구 지방세법 제107조 본문 및 제1호, 제127조 제1항 본문 및 제1호의 규정을 보면, 당해 부동산을 다른 용도에 사용하지 아니하는 경우에는 취득․등기 후 3년이 경과되지 아니한 부동산에 대하여는 비과세한 취득세 등을 추징할 수 없다 할 것임에도 이러한 유예기간이 경과되지 아니한 일부 토지에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징한 것은 부당하다.

(4) 이 사건 건축물 신축공사와 관련하여 1998.3.17. ○○○(주)와 총공사대금을 3,130,000,000원으로 하여 공사도급계약을 체결하였다고는 하나, ○○○(주)가 건축공사를 제대로 하지 아니함으로써 당초 약정보다 671,630,777원만큼 미시공되었고, 하자발생으로 9,569,000원이 부실시공되었으므로, 건축물 취득가액은 총공사금액에서 위 금액(681,199,777원)을 제외한 3,053,267,923원이라 할 것임에도 공사도급금액에 설계 및 감리비용을 합하여 산출한 3,252,500,000원으로 판단한 것은 잘못이 있다.

(5) 이 사건 토지의 경우 과세대상 토지는 전라북도 전주시 ○○○ 전 126㎡(이하 “대표토지”라 한다)뿐이고 해당 필지의 개별공시지가는 불과 수십만원에 불과함에도 처분청이 아무런 근거도 없이 이 사건 토지에 대한 취득세와 등록세 등의 과세표준으로 333,595,530원을 적용한 것은 부당하고, 설사 청구인이 대표토지 취득 이후에 취득한 여러 필지의 토지가 전라북도 전주시 ○○○ 토지 28,859㎡로 최종적으로 병합되었다 하더라도 과세는 병합전 각각의 토지에 대하여 별개로 이루어져야 할 것이지 병합후의 것으로 일괄하여 부과하는 것은 과세의 대상을 알 수 없어 부적법하다.

(6) 지방세법에서 보존등기에 대한 등록세율은 1,000분의 8이고, 농지에 대한 등록세율은 1,000분의 10으로 규정하고 있으므로, 이 사건 토지 중 등기 당시 지목이 농지인 토지에 대하여 1,000분의 30의 등록세율을 적용한 것은 부당하다.

(7) 지방교육세는 2000.12.29. 지방세법 개정(법률 제6312호)으로 국세에서 지방세로 전환되어 2001.1.1부터 시행되었으므로, 2001.1.1. 이전에 등기된 토지에 대하여 지방교육세를 부과한 것은 부당하다.

(8) 현행 농어촌특별세법에는 가산세에 관한 규정이 없으므로 이 사건 부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하면서 농어촌특별세에 가산세까지 가산하여 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 학교법인이 교육사업에 직접 사용한다는 의미는 학교법인이 설치․경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 하고(대법원 1994.10.28. 선고 94누224 판결), 이 사건 부동산 취득 이후 대학설립인가를 받지 못하였다면 학술을 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위한 준비로 보아야 하므로 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 경우로 볼 수는 없다(대법원 판결 2002두6491, 2001.10.11. 참조) 할 것이며,

한편 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 각 본문 단서에서 말하는 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비과세의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(대법원 1993.2.26. 선고 92누8750 판결 등)인바,

청구인은 사립학교법 제28조 제2항에서 학교교육에 직접 사용되는 재산은 이를 매도하거나 담보로 제공할 수 없도록 규정하고 있는데도 2003.6.20. 대학설립인가 신청 당시 교육용 기본재산 및 수익용 기본재산에 대한 가압류설정등기의 장애요인을 해소하지 아니한 결과로 인해 대학설립인가 신청서가 반려되었는바, 이는 청구인의 귀책사유로 보아야 하겠고, 2004.6.20.에 한 대학설립인가 신청 또한 이 사건 건축물 시공업자로부터 공사대금 미지급과 관련하여 민원이 제기되었다는 사유로 구 교육인적자원부가 이를 반려하였음에도 청구인은 이에 대하여 이의를 제기하지 아니함으로써 이러한 구 교육인적자원부의 반려를 받아들였으며, 이 사건 건축물의 공사대금과 관련 판결문을 보면 청구인은 교사신축시공업자에게 기성고율 85%에 해당하는 공사대금을 미지급하였고, 공사지연에 따른 지체상금 등과 상계처리하여 미지급 공사대금을 산출하였음을 볼 때 공사대금과 관련된 분쟁이 청구인에게 귀책사유가 전혀 없다고는 볼 수 없으며, 또한 인구감소에 따른 신입생 격감 등 사회적 교육여건의 변화에 따른 대학구조개혁은 대학의 특성화를 통한 대학경쟁력의 강화를 위해 국립대학은 지역여건을 고려하여 의무적인 정원감축, 교육여건 개선을 추진하는 것으로, 사립대학은 자율적인 특성화․정원감축을 유도하고 행․재정지원과 연계하여 추진하고 있었는바, 이러한 정부정책(대학구조개혁사업)이 신규 설립을 억제하였다고는 볼 수 없고, 2005년에도 청구인은 구 교육인적자원부에 대학설립인가 신청을 하였으나, 청구인의 내부사정에 의하여 대학설립인가 신청을 1년간 유보하여 달라고 요구함으로써 구 교육인적자원부 대학설립심사 위원회 심사대상에서 제외되었음을 알 수 있을 뿐만 아니라 2006년도에는 대학설립인가 신청을 하지 아니한 채 개설학과 변경, 임원변경, 법인정관 개정, 교명변경만을 추진한 것에 비추어 볼 때, 청구인이 이 사건 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 사용하고자 정상적인 노력을 다하였다거나 유예기간 내에 이를 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 위 대법원 판례와 같이 외부적으로 어쩔 수 없는 사정이 있었다고 보기는 어렵다.

(2) 구 지방세법 제120조 제3항 및 같은 법 제150조의2 제3항은 취득세 등을 비과세 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 취득세와 등록세를 신고하고 납부하여야 한다고 규정하여 당초 취득․등기일이 아닌 “그 사유발생일”에 납세의무가 발생하는 것으로 규정하고 있는바,

취득세 등의 비과세대상이었다가 추징요건 성립으로 인해 과세대상으로 전환된 이 사건 토지 및 건축물에 대한 납세의무 성립일은 건축물 사용승인서 교부일(2003.6.16)부터 유예기간을 판단하여 3년 이후인 2006.6.16.이라 하겠고, 이로부터 30일 이내인 2006.7.16.까지 취득․등록세 산출세액을 신고․납부하지 않을 경우 납세의무 성립 당시의 지방세법의 규정을 적용하는 것이므로, 처분청이 취득세 등의 납세의무 성립일(추징요건 성립일)을 2006.6.16.로 판단하고 비과세한 취득세 등을 추징하면서 당시 지방세법령에 규정되어 있는 납부불성실가산세를 가산하여 부과한 것은 적법하다.

(3) 청구인과 ○○○(주)를 당사자로 하여 이루어진 소송 판결문에서 청구인이 제외하여 줄 것을 주장하는 미시공 공사금액 등은 확인이 되고 있으나, 이러한 판결이 있은 후부터 이 사건 건축물의 사용승인일인 2003.6.16일까지 발생한 공사금액에 대하여는 언급이 없을 뿐만 아니라 이에 대하여 청구인이 별도로 취득가액을 입증할 만한 법인장부 등을 제출한 사실도 없는 점, 공사 도급계약이라 함은 공사를 시공하면서 시공업자의 공사실행원가의 과부족에 따른 손익에 관계없이 당초 계약한 금액을 도급자가 수급자에 지급하는 점 등으로 미루어 볼 때, 처분청이 이 사건 취득세 등의 과세 당시 지방세법 제111조 제5항 제3호에서 규정한 취득가격을 파악하는 것은 불가능하다 하겠으므로 공사도급계약금액에 감리용역비와 설계용역비를 합한 3,252,500,000원을 이 사건 건축물에 대한 취득세와 등록세 등의 과세표준으로 삼은 것은 정당하다.

(4) 이 사건 부동산 중 대표토지를 제외한 전라북도 전주시 ○○○는 2003.6.16. 건축물 준공시까지 부속토지로서 공사가 진행중이었고, 다만 준공후인 2004.7.12. 대표토지에 합병되어 처분청이 이 사건 부동산에 대한 과세시 대표토지인 “전주시 완산구 ○○○ 토지․건물”로 표기하였을 뿐, 과세표준 계산시에는 감면 부동산의 가액이 모두 포함되었으므로 정당하다 할 것이며, 또한 감면토지들의 취득가액 계산시 적용된 가액은 지방세법 제111조 제5항 제3호의 규정을 적용하여 해당 토지의 개별공시지가 아닌 수용권자인 청구인이 종전 토지 소유자들로부터 수용한 필지별 가액 등 사실상 취득가격을 인정한 것이므로, 처분청의 이 사건 토지에 대한 취득가액은 적법하게 산정되었다 할 것이다.

한편, 청구인은 이 사건 취득세 등의 부과 고지일인 2007.3.16.로부터 소급하여 5년 전인 2002.3.17. 이전에 취득한 토지는 이미 지방세법에서 정한 부과제척기간을 경과하였으므로 처분청의 부과처분에 위법성이 있다고 주장하나, 지방세법 제120조 제3항 및 같은 법 제150조의2 제3항은 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세 등을 비과세․과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고․납부하여야 한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 “그 사유발생일”인 2006.6.17.(이 사건 건축물 사용승인서 교부일부터 3년 30일이 경과한 날)을 납세의무 발생일로 보고 그 사유발생일로부터 5년 이내인 2007.3.12.에 이 사건 취득세 등을 부과한 것은 적법하다.

(5) 농지에 대한 등록세율 적용의 적법여부와 관련하여 해당 토지의 지목이 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 농지(전, 답, 과수원, 목장용지)인 경우에는 지방세법 제131조 제1항 제3호 (1)목의 규정에 의거 취득가액에 10/1,000의 등록세율을 적용하여야 할 것인바, 이 사건 토지를 개별필지별로 검토한 결과 전라북도 전주시 ○○○ 답 116㎡외 ○○○에 대하여는 농지에 대한 등록세율인 1,000분의 10을 적용하였어야 함에도 1,000분의 30을 적용하였으므로, 이 부분에 있어서는 등록세 등을 과다하게 부과한 잘못이 있다.

(6) 지방교육세의 경우 이 사건 부동산 중 지방교육세가 신설되기 전인 2000.12.31.까지 청구인 명의로 소유권이전등기가 이루어진 부동산은 없을 뿐만 아니라 2000.12.14. 취득한 토지 또한 2001.1.3. 등록세 감면신청을 하였으므로 청구인이 주장하는 것처럼 개정 법률을 소급 적용하여 지방교육세를 부과한 것이 아니라 2001.1.1.부터 시행된 지방세법에 근거하여 과세된 것이어서 이는 적법하다.

(7) 농어촌특별세 가산세의 경우 납세의무 성립 당시의 구 농어촌특별세법 제11조에서 시장․군수는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 신고․납부하여야 할 자가 기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다고 규정하고 있으므로, 농어촌특별세를 추징하면서 산출세액에 가산세(10/100)를 가산하여 부과한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 학교법인이 대학설립인가를 받지 아니한 채 취득한 부동산을 이미 채용된 교수와 직원들이 근무하면서 사용․관리토록 하고 있는 경우 이를 교육용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 및 계속되는 구 교육인적자원부장관의 대학설립인가 신청서 반려로 인해 유예기간을 경과한 경우 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 볼 수 있는지 여부

(2) 취득․등록세 비과세 당시에는 지방세법령에 납부불성실가산세 규정이 없었으나 추징요건 성립으로 비과세한 취득․등록세를 추징할 당시에는 납부불성실가산세 규정이 신설되어 있는 경우 산출세액에 신고불성실가산세 뿐만 아니라 납부불성실 가산세를 가산하여 부과한 처분이 적법한지 및 납부불성실가산세 기산일 산정의 적법여부

(3) 이 사건 취득세 등을 추징하면서 유예기간이 미경과된 토지를 추징대상에 포함한 것이 적법한지 여부

(4) 공사도급계약에 의하여 건축물을 신축하는 경우 도급금액에 설계 및 감리비용을 합한 금액을 취득세 등의 과세표준으로 적용한 것이 적법한지 여부

(5) 토지 취득가액 산정의 적정여부 및 학교법인이 수개의 부동산을 취득․등기하면서 증빙자료 등을 첨부하여 과세표준 등을 신고한 경우 그 후 이에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하면서 세액의 산출근거를 생략하여 납세고지서를 발부한 것이 적법한지 여부

(6) 등기 당시 지목이 농지인 토지에 대한 등록세율을 1000분의 10인 아닌 1000분의 30을 적용한 것이 적법한지 여부

(7) 2001.1.1. 이후 등기한 부동산에 대한 지방교육세 부과처분의 적법여부

(8) 2006.12.30. 법률 제8139호에 의하여 농어촌특별세법 제11조(가산세)가 삭제된 경우 2007.1.1. 이전에 농어촌특별세 납세의무 성립분에 대하여 가산세를 가산하여 부과한 처분의 적법여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점(1), (3) 관련법령

(가) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

구 지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기․등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사․종교․자선․학술․기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(나) 구 지방세법시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제79조【비영리사업자의 범위】① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 초․중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교를 경영하는 자 및 평생교육법에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

구 지방세법시행령 제94조【비영리사업자의 범위 등】① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

(다) 고등교육법 제4조【학교의 설립등】① 학교를 설립하고자 하는 자는 시설․설비등 대통령령이 정하는 설립기준을 갖추어야 한다.

② 국가외의 자가 학교를 설립하고자 하는 경우에는 교육과학기술부장관의 인가를 받아야 한다.

(라) 사립학교법 제2조【정의】① 이 법에서 “사립학교”라 함은 학교법인 또는 공공단체외의 법인 기타 사인이 설치하는 「유아교육법」 제2조제2호와 「초․중등교육법」 제2조 및 「고등교육법」 제2조에 규정된 학교를 말한다.

② 이 법에서 “학교법인”이라 함은 사립학교만을 설치․경영함을 목적으로 이 법에 의하여 설립되는 법인을 말한다.

사립학교법 제5조【자산】① 학교법인은 그 설치․경영하는 사립학교에 필요한 시설․설비와 당해 학교의 경영에 필요한 재산을 갖추어야 한다.

② 제1항에 규정한 사립학교에 필요한 시설․설비와 재산에 관한 기준은 대통령령으로 정한다.

사립학교법 제28조【재산의 관리 및 보호】① 학교법인이 그 기본재산을 매도․증여․교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다.

② 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산중 대통령령이 정하는 것은 이를 매도하거나 담보에 제공할 수 없다.

(마) 사립학교법시행령 제5조【재산의 구분】① 학교법인의 재산중 다음 각호의 1에 해당하는 재산은 기본재산으로 한다.

1. 부동산

2. 정관에 의하여 기본재산으로 되는 재산

3. 이사회의 결의에 의하여 기본재산에 편입되는 재산

4. 학교법인에 속하는 회계의 매년도 세계잉여금중 적립금

② 학교법인의 자산 중 제1항 각호 이외의 재산은 보통재산으로 한다.

사립학교법시행령 제12조【처분할 수 없는 재산의 범위】① 법 제28조 제2항의 규정에 의하여 학교법인이 매도하거나 담보에 제공할 수 없는 재산은 당해 학교법인이 설치․경영하는 사립학교의 교육에 직접 사용되는 재산으로서 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다. 다만, 교육환경의 개선을 위하여 교지의 전부와 교육용 기본시설의 일부를 확보한 후 학교를 이전하거나 본교와 분교를 통합하고자 하는 경우로서 이전 또는 통합으로 용도가 폐지되는 제1호 내지 제3호에 규정된 재산의 경우와 교육․연구의 경쟁력 강화 및 특성화를 위하여 학교법인간에 교환하는 방법으로 처분하는 다음 각호의 1에 해당하는 재산의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 교지

2. 교사(강당을 포함한다)

3. 체육장(실내체육장을 포함한다)

4. 실습 또는 연구시설

5. 기타 교육에 직접 사용되는 시설․설비 및 교재․교구

(2) 쟁점(2) 관련법령

(가) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제120조【신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 그 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세․과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

구 지방세법 제121조【부족세액의 추징 및 가산세】① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 “가산율”이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

구 지방세법 제150조의2【신고 및 납부】① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.

③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세․과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.

구 지방세법 제151조【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.

1. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

2. 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

(나) 구 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제86조의2【납부불성실가산세】법 제121조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 1일 10,000분의 3을 말한다.

(다) 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제121조【부족세액의 추징 및 가산세】② 취득세 납세의무자가 취득세과세물건을 사실상 취득한 후 그 취득일로부터 2년내에 제120조의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하고 매각하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 제111조 및 제112조제1항의 규정에 의한 산출세액에 100분의 80을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다. 다만, 대통령령으로 정하는 과세물건에 대하여는 그러하지 아니하다.

구 지방세법 제151조【부족세액의 추징 및 가산세】등록세 납세의무자가 제150조의2의 규정에 의한 신고납부를 하지 아니하거나 신고납부한 세액이 제130조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에 미달한 때에는 제130조의 규정에 의한 과세표준에 제131조의 규정에 의한 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다.

(라) 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정된 것) 부칙 제4조【취득세 가산세에 관한 적용례】제121조 및 제121조의2의 개정규정은 다음 각호의 처분에 대하여도 적용한다. 이 경우 제121조 및 제121조의2의 개정규정에 의하여 산출한 가산세가 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 초과하는 경우에는 100분의 20에 상당하는 금액으로 한다.

1. 이 법 시행일전까지 종전의 120조의 규정에 의하여 취득세를 신고납부하지 아니한 자에 대한 취득세 가산세 징수처분

2. 200년 9월 25일전에 행하여진 취득세 가산세 징수처분(이의신청, 심사청구 또는 행정소송이 제기된 것이 한한다)

(3) 쟁점(4), (5) 관련법령

(가) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제1조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호의 정하는 바에 의한다.

5. 납세고지서 : 납세의무자가 납부할 지방세에 대하여 그 부과의 근거가 되는 법률 및 당해지방자치단체의 조례의 규정, 납세의무자의 주소, 성명, 과세표준액, 세율, 세액, 납기, 납부장소, 납기한까지 미납한 경우에 취하여질 조치 및 부과의 위법 또는 착오가 있는 경우의 구제방법 등을 기재한 문서로서 당해지방자치단체가 작성한 것을 말한다.

구 지방세법 제25조【납세의 고지】① 지방세를 징수하고자 할 때에는 지방자치단체의 장 또는 그 위임을 받은 공무원은 납세의무자 또는 특별징수의무자에 대하여 납부 또는 납입할 금액, 기한, 장소 기타 필요한 사항을 기재한 문서로써 납부 또는 납입의 고지를 하여야 한다.

② 납세고지서 및 납입통지서의 발부시기는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 납기한이 일정한 것에 대하여는 납기개시 5일전

2. 납기한이 일정하지 아니한 것에 대하여는 징수결정을 한 때

3. 법령에 의하여 기간을 정하여 징수유예 등을 한 것에 대하여는 그 기간이 만료된 날의 다음 날

구 지방세법 제111조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여․기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항의 규정에 의한 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문․법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

구 지방세법 제130조【과세표준】① 부동산․선박․항공기․자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기․등록당시의 가액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기․등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조 제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다.

③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기․등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다.

⑤ 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 과세표준이 되는 가액의 범위 및 그 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(나) 구 지방세법시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것) 제8조【납세의 고지】법 제25조의 규정에 의한 납부 또는 납입의 고지는 다음 사항을 기재한 납세고지서 또는 납입통지서로서 하여야 한다.

1. 납부 또는 납입할 지방세의 연도와 세목․납부 또는 납입기한과 금액

2. 세액의 산출근거와 납부 또는 납입장소. 다만, 1매의 고지서에 3이상의 과세대상을 동시에 고지하는 경우에는 세액의 산출근거를 생략할 수 있으며, 이 경우 납세의무자가 세액산출 근거의 열람신청을 하는 때에는 과세기관은 지체없이 이에 응하여야 한다.

구 지방세법시행령 제82조의2【취득가격의 입증 등】① 법 제111조 제5항 제3호에서 “판결문․법인장부 중 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장․보조장․출납전표, 결산서

구 지방세법시행령 제82조의3【취득가격의 범위】① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접․간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

(4) 쟁점(6) 관련법령

(가) 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제131조【부동산등기의 세율】① 부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

3. 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득

(1) 농지

부동산가액의 1,000분의 10

(2) 기타

부동산가액의 1,000분의 30

4. 소유권의 보존

부동산가액의 1,000분의 8

(나) 구 지방세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것) 제89조 (정의규정) ② 법 제131조 제1항에서 “농지”라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전․답․과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.

(5) 쟁점(7), (8) 관련법령

(가) 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것) 제260조의2【납세의무자】지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 경주․마권세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세(국가 또는 지방자치단체를 제외한다), 담배소비세 및 종합토지세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

구 지방세법 제260조의3【과세표준과 세율】① 지방교육세는 다음 각호의 1의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

구분	과세표준	세율
1	이 법의 규정에 의한 납부하여야 할 등록세	100분의 20

구 지방세법 부칙 제1조【시행일】이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 법률 제6260호 지방세법중개정법률 부칙 제2항 및 제3항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제196조의5 제1항 제1호의2 및 제196조의 17의 개정규정은 2001년 7월 1일부터 시행한다.

(나) 구 교육세법(2000.12.29. 제6296호로 개정되기 전의 것) 제3조【납세의무자】다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교육세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법의 규정에 의한 등록세(지방세법 제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다)의 납세의무자

(다) 구 교육세법(2000.12.29. 제6296호로 개정된 것) 제3조 (납세의무자) 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교육세를 납부할 의무를 진다.

5. 삭제

구 교육세법 부칙 제5조【등록세액을 과세표준으로 하는 교육세에 관한 경과조치】이 법 시행당시 종전의 제3조 제5호 및 제5조 제1항 제5호의 규정에 의하여 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세는 2000년 12월 31일 이전에 등기 또는 등록한 분에 한하여 종전의 규정에 의한다.

(라) 구 농어촌특별세법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제2조【정의】① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법․관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세․세액면제․세액감면․세액공제 또는 소득공제

② 이 법에서 “본세”라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 감면을 받는 당해 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세

6. 제5조 제1항 제6호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 취득세

구 농어촌특별세법 제3조【납세의무자】다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

구 농어촌특별세법 제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

호별	과세표준	세율
1	조세특례제한법․관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세․법인세․관세․취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다)	100분의 20
6	지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액	100분의 10

구 농어촌특별세법 제7조【신고․납부등】① 제5조 제1항 제1호의 규정에 의한 농어촌특별세는 당해 본세를 신고․납부(중간예납을 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고․납부하여야 하며, 신고․납부할 본세가 없는 경우에는 당해 본세의 신고․납부의 예에 따라 신고․납부하여야 한다. 다만, 제2항 및 제3항의 규정이 적용되는 경우에는 그러하지 아니하다.

구 농어촌특별세법 제8조【부과․징수】② 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세의 신고․납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각호의 규정에 의한다.

3. 제3조 제1호의 납세의무자중 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자와 제3조 제5호의 규정에 의한 납세의무자에 대하여는 시장․군수 및 자치구의 구청장(이하 “시장․군수”라 한다)이 당해 본세의 부과․징수의 예에 따라 부과․징수한다.

구 농어촌특별세법 제11조【가산세】세무서장․세관장 및 시장․군수는 제7조의 규정에 의하여 농어촌특별세를 신고․납부하거나 거래징수 또는 원천징수하여 납부하여야 할 자가 이를 기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다.

(마) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정된 것) 부칙 제1조【시행일】이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제3조 제1항의 개정규정과 제47조의2 내지 제47조의5의 개정규정 중 종합부동산세(그 종합부동산세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 2008년 1월 1일부터 시행하고, 제84조의2의 개정규정은 2007년 7월 1일부터 시행한다.

국세기본법 부칙 제7조【무신고가산세 등에 관한 적용례】⑩ 제47조의2 내지 제47조의5의 개정규정 중 「농어촌특별세법」제5조 제1항 제2호의 이자․배당소득에 대한 소득세의 감면세액에 부과되는 농어촌특별세는 이 법 시행 후 최초로 이자․배당소득을 지급하는 분부터 적용하고, 취득세․등록세 또는 레저세를 본세로 하는 농어촌특별세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 취득 또는 등기․등록하거나 발매하는 분부터 적용한다.

국세기본법 부칙 제15조【다른 법률의 개정】② 농어촌특별세법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제11조를 삭제한다.

국세기본법 부칙 제16조【다른 법률의 개정에 따른 경과조치】이 법 시행 전에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 세법의 규정에 따라 부과하였거나 부과하여야 할 가산세에 관하여는 부칙 제15조 제1항 내지 제7항의 규정에 따라 개정되는 해당 각 호의 세법의 개정규정에 불구하고 해당세법의 종전의 규정에 따른다.

2. 「농어촌특별세법」 : 「농어촌특별세법」제11조

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 2000.12.14.부터 2004.3.15.까지의 사이에 이 사건 부동산을 취득 또는 등기하는 과정에서 2003.6.20. 구 교육인적자원부장관에게 2004.3월 개교 예정으로 한 2004학년도 대학설립인가 신청서 제출하였으나, 2003.7.4. 구 교육인적자원부장관은 “기본요건 불충족[교육용 기본재산(교지 3필지)과 수익용 기본재산(오피스텔) 가압류 설정]”을 이유로 이를 반려(전문81413-664)하였다.

(나) 2004.8.20. 청구인은 2005.3월 개교 예정으로 한 2005학년도 대학설립인가 신청서를 제출하였으나 2004.10.29. 구 교육인적자원부장관은 “교사건축 공사대금 미지급에 따른 민원제기”를 이유로 반려(사학지원과-4865)하였다.

(다) 2005.6.8. 청구인은 「학교법인 ○○○」에서 「재단법인 ○○○」으로 변경하기 위하여 학교법인 조직변경 인가신청서를 제출하였으나, 2005.6.13. 구 교육인적자원장관은 “사립학교법 제2조제2항의 규정에 의거할 때 학교법인은 사립학교만을 설치․경영함을 목적으로 설립된 법인이므로 이를 재단법인(장학재단)으로 전환 변경하는 것은 불가”함을 이유로 반려(사학지원과-3874)하였다.

(라) 2005.6.20. 청구인은 2006.3월 개교 예정으로 한 2006학년도 대학설립인가 신청서를 제출하였다가, 2005.8.29. “입학생 격감 등 사회적 교육여건의 변화에 따른 대학구조개혁에 적극 동참한다는 취지에서 대학설립인가 신청을 1년간 유보하여 달라”고 구 교육인적자원부장관에게 신청하였고, 이에 구 교육인적자원부장관은 2005.8.31. 이를 반려(사학지원과-6043)하였다.

(마) 2007.2.20. 청구인은 2008.3월 개교 예정으로 한 2008학년도 대학설립인가 신청서를 제출하였으나, 구 교육인적자원부장관은 “수익용 기본재산 기준 미달, 대학헌장 미흡, 학교(학과)신설의 타당성과 교육과정 편성운영계획 미흡, 개교준비 미흡 등”을 이유로 반려한 사실은 구 교육인적자원부장관이 전라북도지사에게 통보한 청구인 전문대학설립인가 관련자료(전문대학정책과-471, 2007.8.24)에 의하여 알 수 있다.

(바) 청구인은 구 교육인적자원부장관에게 대학설립인가 신청을 하는 과정에서 2006.8.14. 전북도민일보에 교수초빙공고를 하고 자체 심사과정을 거쳐 홍정화 등 13명의 교원을 선발하였다.

(사) 한편, 구 교육인적자원부장관은 2004.3.11. 학교법인 설립 허가를 받은 법인 중 법인설립 허가 조건을 이행하지 못하여 대학설립이 어렵다고 판단되는 대학에 대하여 법인설립 허가 취소 및 법인 해산명령을 예고(교육인적자원부 공고 제2004-16호)하였으나, 청구인은 위 대상에서 제외하였다.

(아) 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호에서 “그 용도에 직접 사용”이라 함은 현실적으로 목적사업에 직접 사용되고 있는 경우를 뜻하는 것이므로 목적사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없는 것이고, 대학(학교)이라 함은 일정한 목적․교육과정․설비․제도 및 법규에 의하여 교수(교사)가 계속적으로 학생에게 교육을 실시하는 기관으로서, 관련법령에서 국가외의 자가 학교를 설립하고자 하는 경우에는 인가를 받도록 규정하고 있음을 볼 때,

청구인이 이 사건 부동산을 학교법인의 기본재산으로 등록하였고, 채용된 교수와 직원들이 상주하면서 건물관리 이외에 교무행정을 수행하고 있다고는 하나 대학설립 인가를 받지 못함으로써 정상적인 학생 모집, 교육 등을 수행하지 못하고 있는 이상, 이는 고유업무에 직접 사용하기 위한 준비작업을 하고 있는 것에 불과하고 현실적으로 교육사업에 직접 사용되고 있는 것으로 인정하기는 어렵다 하겠다.

한편, 구 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 각 본문 각 단서에서 말하는 “정당한 사유”라 함은 비영리사업자가 그 취득․등기한 부동산을 고유업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지․제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 부동산을 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것으로,

청구인은 이 사건 부동산 취득 과정 또는 취득 이후 2003년도부터 4차례에 걸쳐 구 교육인적자원부장관에게 대학설립인가 신청서를 제출하였다고는 하나, 2003년도에는 사립학교법 제28조에서 학교교육에 직접 사용되는 학교법인의 재산 중 교지, 교사(강당 포함), 체육장(실내체육장 포함), 실습 또는 연구시설, 기타 교육에 직접 사용되는 시설․설비 및 교재․교구는 담보에 제공할 수 없다고 규정하고 있음에도 이를 간과한 채 교육용 기본재산(교지 3필지)과 수익용 기본재산(오피스텔)에 대하여 가압류등기가 되어 있는 상태에서 인가신청을 하였다가 “기본요건 불충족”을 이유로 반려된 점, 2004년도에는 “교사건축 공사대금 미지급에 따른 민원제기”를 이유로 반려되었음에도 이에 대하여 이의를 제기하지 아니하고 수용한 점, 2005년도에는 장학법인으로 조직을 변경하고자 조직변경 신청을 하였으나 구 교육인적자원부장관이 “사립학교법에 의한 학교법인은 사립학교만을 설치․경영함을 목적으로 설립된 법인이므로 재단법인(장학재단)으로 전환 변경하는 것은 불가하다”고 하면서 이를 반려하였고, 그 후 청구인 또한 스스로 “입학생 격감 등 사회적 교육여건의 변화에 따른 대학구조개혁에 적극 동참한다”는 취지에서 대학설립인가 신청을 1년간 유보토록 요청한 점, 2007년도에는 “수익용 기본재산 기준 미달, 대학헌장 미흡, 학교(학과)신설의 타당성과 교육과정 편성운영계획 미흡, 개교준비 미흡 등”을 이유로 반려된 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 구 교육인적자원부장관으로부터 대학설립 인가를 받지 못한 데에는 행정기관의 정책변경에 기인한 것이 아니라 청구인이 법령에서 정한 기본요건을 충족하고 있지 아니하거나 청구인 스스로 인가를 유보토록 한 것에 있다고 보아야 하겠으므로, 청구인이 이 사건 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다거나 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 인정하기는 어렵다 할 것이다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 이 사건 토지를 2000.12.14.부터 2004.3.15.까지의 사이에 국가(구 재정경제부)와의 국유재산 매매계약과 전라북도지방토지수용위원회 수용재결 및 중앙토지수용위원회의 수용재결에 의하여 취득한 후 2001.1.3.부터 2004.3.15.까지의 사이에 청구인 명의로 소유권이전등기절차를 완료하였고, 이 사건 건축물은 1997.12.3. 처분청으로부터 건축허가를 받아 1997.12.30. 공사를 착공한 후 이 사건 토지 취득․등기일부터 3년 이내인 2003.6.16. 사용승인을 받은 다음 2003.6.21. 청구인 명의로 소유권보존등기절차를 완료하였다.

(나) 처분청은 이 사건 부동산에 대하여 비과세한 취득세와 등록세를 추징하면서 납부불성실가산세 기산일을 이 사건 건축물의 사용승인서 교부일(2003.6.16)부터 3년 30일이 경과한 날인 2006.7.16.로 하였음은 처분청이 제출한 과세자료에 의하여 알 수 있다.

(다) 구 지방세법(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정된 것) 제120조 제3항, 제121조 제1항 제2호, 제150조의2 제3항, 제151조 제2호의 규정에서 취득세와 등록세를 비과세 받은 후에 당해 과세물건이 취득세와 등록세 추징대상이 된 때에는 그 사유발생일부터 30일 이내에 취득세와 등록세를 신고하고 납부하여야 한다고 하면서, 납세의무자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 산출세액 또는 그 부족세액에 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 징수한다고 규정하고 있는바, 비영리사업자의 부동산 취득에 대하여 취득세와 등록세를 비과세하였다가 유예기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니함으로써 추징대상이 되었음에도 그 사유발생일부터 30일 이내에 취득세 등을 신고․납부하지 아니하였다면 그 납부불성실가산세 기산일은 신고납부기한 경과일이 되는 것이라 할 것으로,

청구인은 이 사건 부동산을 유예기간 내에 교육사업용에 직접 사용하지 아니하였으므로 유예기간 만료일(사유발생일)부터 30일 이내에 비과세받은 취득세와 등록세를 신고납부하였어야 함에도 이를 이행하지 아니하였고, 처분청은 당초 비과세한 이 사건 취득세 등을 추징하면서 납부불성실가산세 기산일을 이 사건 건축물의 사용승인서 교부일(2003.6.16)부터 3년 30일 경과한 시점인 2006.7.16.로 보아 납부불성실 가산세를 산출하였으므로, 유예기간 3년이 경과한 즉시 가산세를 가산한 것은 부당하다는 청구인의 주장은 받아들일 수는 없다 할 것이나(비영리사업자가 고유업무에 직접 사용하기 위하여 토지를 취득․등기한 후 일련의 절차를 거쳐 이로부터 3년 내에 교사 신축 등을 위한 공사착공을 한 경우 정당한 사유가 있는 것으로 본다. 같은 취지의 대법원 2004.7.22. 선고 2002두11950 판결 ; 구 행정자치부 심사결정 제2002-31호, 2002.1.28. 참조), 다만 신고납부기한인 2006.7.16.과 그 다음 날인 2006.7.17.은 공휴일이어서 실제 납부불성실가산세 기산일은 신고납부기한(2006.7.18)의 다음 날인 2006.7.19.이 되는 것이라 하겠으므로 이 부분에 대한 납부불성실가산세는 잘못이 있다 하겠다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 이 사건 토지 중 전라북도 전주시 완산구 ○○○ 임야 17㎡(이하 “유예기간 미경과 토지)를 2004.3.15. 취득한 후 같은 날 청구인 명의로 소유권이전등기절차를 완료하였다.

(나) 신고납세방식의 조세인 취득세와 등록세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 신고납부기한내에 신고납부를 하지 아니하여야만 비로소 과세관청이 부과처분을 할 수 있는 것이므로, 구 지방세법 제107조 제1호 및 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 당초 비과세하였다가 위 규정에 의하여 다시 부과하기 위하여는 취득 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다 할 것으로, 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 판단하여 비과세한 취득세 등을 추징하고자 하였다면 그 취득일이 2004.3.15.이어서 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 날인 2007.3.12. 당시 유예기간 또는 신고납부기간이 경과하지 아니한 유예기간 미경과 토지는 추징대상에서 제외하였어야 함에도 이를 추징대상에 포함하였으므로 이 부분에 대하여는 잘못이 있다 할 것이다.

(4) 쟁점(4)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 이 사건 건축물 신축과 관련하여 1996.10.23.에 백○○○과 계약금액을 90,000,000원으로 하여 ○○○ 건축물 설계계약을 체결하였고, 1997.12.26.에 이○○○과 계약금액을 32,500,000원으로 하여 ○○○ 신축관련 감리계약을 체결하였으며, 1998.3.17.에 ○○○(주)와 공사금액을 3,130,000,000원으로 하는 ○○○ 신축공사계약을 체결하였고, 한편 청구인은 2003.6.16. 처분청으로부터 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받은 후 2003.6.19. 이에 대한 취득신고 및 지방세감면신청을 하였다.

(나) 청구인과 ○○○(주) 및 ○○○(주)가 이 사건 건축물 신축공사와 관련한 손해배상 사건에 대한 광주고등법원 판결문(2001나6168, 2002.8.23)에 “… 청구인은 1998.3.17. ○○○(주)와 공사금액을 3,130,000,000원으로 하여 공사도급계약을 체결하였으나, ○○○(주)는 일부 작업공정에서 제2차 설계도면에 의한 공사를 하지 않았을 뿐만 아니라 비가 오는데도 레미콘 타설을 강행하는 등으로 부실공사의 원인을 제공하였으며, 현장소장이 자주 바뀌어 공사 감독이 제대로 행해지지 않아 청구인과 감리자로부터 이러한 사항에 대하여 여러 차례 지적을 받았고, 한편 제2차 설계도면에 따를 때 이 사건 건물은 별지 기재와 같이 건축공사와 설비공사 및 전기통신공사 부분에 재시공이 필요하여 그 비용으로 671,630,777원이 소요되고, 재시공은 필요하지 아니하나 주 계단실 벽체 및 각 층 벽체에 발생한 균열 부위에 실링식 하자 보수가, 인조석 현장갈기바닥에는 에폭시 그라우팅으로 보강하는 하자 보수가 각 필요하여 그 비용으로 9,569,000원이 소요되며, 그 밖에 건축공사, 기계 및 소방설비공사 그리고 전기공사 부분에는 각 미 시공된 부분이 있어 지금까지 사용승인이 나지 못하고 있다. 따라서 이 사건 공사의 부실시공으로 인하여 청구인이 입은 재시공 및 하자 보수에 갈음한 손해액은 합계 681,199,777원(671,630,777 + 9,569,000원)이 된다. … 위 감정결과에 의하면 이 사건 계약이 해제된 1999.8.25. 현재 위 법리에 따른 기성고율은 85.46%인 사실이 인정되므로 청구인이 평화종합건설(주)에게 지급하여야 할 남은 공사금액은 위 기성고율에 따른 공사금액 2,674,898,000원(3,130,000,000원 × 0.8546)에서 청구인이 이미 지급한 1,885,000,000원을 공제하면 789,898,000원이다.”라고 되어 있고, 한편 청구인은 평화종합건설(주)와의 공사도급계약 해제 이후 건축공사를 더 이상 진행하지 아니한 채 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받았으므로 추가로 투입된 공사비가 없다고 주장하고 있으나, 이를 입증할 만한 증빙자료(법인장부 등)를 제시하지는 못하고 있다.

(다) 청구인은 ○○○(주)가 건축공사를 제대로 하지 아니하여 당초 약정보다 671,630,777원만큼 미시공되었고, 하자발생으로 인하여 9,569,000원이 부실시공되었으며, 그 후 추가로 투입된 비용이 없으므로, 공사도급금액 중 681,199,777원(671,630,777 + 9,569,000원)은 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하나, 구 지방세법 제111조 제5항 제3호, 제130조제3항, 같은법시행령 제82조의3 제1항에서 취득세와 등록세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용을 말한다고 규정하고 있는바, 여기에서 말하는 “취득가격”에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 하겠으므로, 건물의 신축에 따른 과세표준은 건설원가 즉 건축공사비와 그 부대비용의 합계액이라 할 것으로,

청구인은 이 사건 건축물 신축공사와 관련하여 공사수급자인 ○○○(주)와 도급금액을 3,130,000,000원으로 하는 공사도급계약을 체결하였고, 이와 관련한 설계 및 감리는 그 비용을 각각 90,000,000원과 32,500,000원으로 하여 백○○○과 각각 설계 및 감리계약을 체결하였으며, 2003.6.19. 공사도급계약서와 설계 및 감리계약서를 첨부하여 이 사건 건축물 사용승인에 따른 취득신고 및 지방세감면신청을 하면서 이러한 지방세감면신청서상에 그 취득가액을 공사도급금액에 설계․감리비용을 합한 금액(3,252,500,000원)으로 기재한 점, 광주고등법원 판결문(2002.8.23. 선고 2001나6168 판결)에서 2002.8.23. 판결 당시 이 사건 건축물은 건축공사와 설비공사 및 전기통신공사 부분에 재시공이 필요하고, 재시공은 필요하지 아니하나 주 계단실 벽체 및 각 층 벽체에 발생한 균열 부위에 실링식 하자 보수가, 인조석 현장갈기바닥에는 에폭시 그라우팅으로 보강하는 하자보수가 필요하며, 그 밖에 건축공사, 기계 및 소방설비공사 그리고 전기공사 부분에는 각 미 시공된 부분이 있어 지금까지 사용승인이 나지 못하고 있다고 하고 있음에도 2003.6.16. 처분청으로부터 사용승인을 받은 점, 청구인은 ○○○(주)와의 공사도급계약 해제 이후 추가 공사를 진행하지 아니하였다는 주장을 뒷받침할 만한 법인장부 등 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인은 처분청으로부터 이 사건 건축물에 대한 사용승인을 받기 위해 위 판결문에서 적시한 부분에 대하여 그 비용을 들여 추가공사를 하였다고 봄이 타당하다 하겠고, 설계 및 감리용역비용은 이 사건 건축물 신축과 관련된 비용이므로, 처분청이 이 사건 건축물에 대한 취득세 등의 과세표준을 공사도급금액(3,130,000,000원)에 설계 및 감리비용(122,500,000원)을 합한 3,252,500,000원으로 산정한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

(5) 쟁점(5)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 2000.12.14. 구 재정경제부장관과 전라북도 전주시 완산구 ○○○를 35,014,000원에 취득하기로 하는 국유재산 매매계약을 체결한 후 2001.1.3. 매매계약서 등을 첨부하여 처분청에 취득신고 및 지방세감면신청을 하였고, 2001.7.3. 구 재정경제부장관과 전라북도 전주시 완산구 ○○○ 구거 338㎡를 20,280,000원에 취득하기로 하는 국유재산 매매계약을 체결한 후 매매계약서 등을 첨부하여 처분청에 취득신고 및 지방세감면신청을 하였으며, 2002.5.17. 청구인은 전라북도지방토지수용위원회로부터 최공례 등 9인 소유의 전라북도 전주시 완산구 ○○○를 2002.6.17. 청구인이 수용하고, 그 손실보상금은 266,124,000원으로 한다는 내용으로 수용재결을 받은 후 2002.6.17. 위 토지에 대하여 수용재결서를 첨부하여 취득신고 및 지방세감면신청을 하였고, 2003.5.14. 전라북도 전주시 완산구 ○○○ 답 141㎡(보상금액 8,537,550원)에 대하여 중앙토지수용위원회의 수용재결서를 첨부하여 취득신고 및 지방세감면신청을 하였으며, 2004.3.15. 구 재정경제부장관과 유예기간 미경과 토지를 3,640,000원에 취득하기로 하는 국유재산 매매계약을 체결한 후 같은 날 매매계약서 등을 첨부하여 처분청에 취득신고 및 지방세감면신청을 하였다.

(나) 전라북도 전주시 완산구 ○○○ 토지는 청구인이 이를 취득할 당시 그 지목과 면적이 전 126㎡이었으나, 2004.8.10. 전라북도 전주시 완산구 ○○○ 학교용지 116㎡ 등 여러 필지를 합병함으로써 학교용지 28,859㎡가 되었다.

(다) 한편, 처분청은 이 사건 부동산에 대하여 비과세한 취득세 등을 추징하면서 2007.3.16. 발부한 취득세와 등록세 납세고지서상 과세대상란에는 ○○○(학교부지 및 건물)로, 부과내역(과표)란에는 3,586,095,550원이라고 기재하였다.

(라) 처분청이 이 사건 부동산에 대하여 취득세 등을 추징하면서 청구인에게 교부한 납세고지서에 기재된 ○○○ 토지는 과세대상 토지를 대표하여 표기한 것일 뿐 이에 대하여만 과세대상으로 삼는다는 것을 의미하는 것은 아니라고 보여지고, 학교법인이 토지를 취득한 후 유예기간 내에 고유업무에 사용하기 위하여 교사를 신축하는 등의 절차를 진행한 경우 정당한 사유가 있다고 보는 점에 비추어 2000.12.14. 취득하고 2001.1.3. 등기한 토지는 청구인이 주장하는 것처럼 부과제척기간이 경과하였다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과고지하면서 청구인이 1998년도에 증여 취득한 토지는 추징대상으로 하고 있지 아니하므로 청구인이 이 사건 토지에 대한 취득신고를 하면서 제출한 매매계약서, 수용재결서 등에 비추어 볼 때, 이 사건 토지에 대한 취득․등록세 과세표준 산정에 잘못이 있다고 볼 수는 없다 할 것이다.

한편, 처분청은 이 사건 취득세와 등록세 등의 부과처분과 관련하여 세목(취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세), 연도(2007), 납기(2007.4.30), 납부금액(취득세 91,165,710원, 농어촌특별세 7,889,400원, 등록세 45,577,970원, 지방교육세 8,398,440원), 부과내역(과표 3,586,095,550원) 납세자(청구인), 과세대상(삼천동3가 234 학교부지 및 건물) 등을 기재한 취득세 및 등록세 납세고지서를 2007.3.12. 청구인에게 발부하였는바, 이 사건 취득세와 등록세 등의 부과처분은 처분청이 당초 청구인의 이 사건 부동산 취득․등기에 대하여 구 지방세법 제107조 및 같은 법 제127조 제1항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 비과세하였다가 청구인이 유예기간 내에 정당한 사유없이 이 사건 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세와 등록세 등을 다시 추징한 것으로,

처분청이 이 사건 취득세와 등록세 등의 부과처분과 관련하여 납세고지서를 발부함에 있어 “세액의 산출근거”에 대하여 명확하게 기재하지는 아니하였으나 이는 구 지방세법시행령 제8조 제2호 단서에 의하여 생략한 것으로 보이는 점, 청구인이 당초 자진신고한 세액에 가산세만을 추가하여 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세의 징수처분이나 그 가산세를 부과․징수하는 절차로서 행하여진 것이라는 점, 따라서 청구인이 세액산출 근거와 내역의 열람을 통해 쉽게 이를 알 수 있는 것으로 보일 뿐만 아니라 취득세 등 자진신고내역에 가산세만을 추가하여 납세고지서를 발부한 것이므로 세액산출 근거와 내역을 이미 알고 있을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 취득세와 등록세 등의 부과처분과 관련하여 청구인에게 발부한 취득세와 등록세 납세고지서상에 근거법령이 요구하는 법정기재사항이 누락되었으므로 위법하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(대법원 2006.6.2. 선고 2006두644 판결 참조).

(6) 쟁점(6)에 대하여 본다.

(가) 청구인이 취득한 이 사건 토지 중 전라북도 전주시 완산구 ○○○(이하 “이 사건 농지”라 한다)는 취득․등기 당시 공부상 지목이 농지이었고, 처분청이 제출한 2001년도 및 2002년도 구 종합토지세 과세대장을 보면 그 지목이 농지로 되어 있다.

(나) 유상승계취득으로 인한 소유권이전등기에 있어서 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 제131조 제1항 제3호 (1)목에서 농지는 부동산가액의 1,000분의 10의 등록세율을 적용토록 규정하고 있고, 처분청이 제출한 자료에 의하면 이 사건 농지는 등기 당시 구 종합토지세 과세대장상 지목이 농지였으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징하면서 이에 대하여는 농지에 대한 등록세율인 1,000분의 10을 적용하였어야 함에도 이 사건 토지 중 당초부터 농지에 대한 등록세율을 적용한 전라북도 전주시 완산구 ○○○ 답 141㎡를 제외한 이 사건 농지에 대하여는 1,000분의 30의 등록세율을 적용하였으므로, 이 부분에 대한 등록세 등을 과다하게 부과한 잘못이 있다 할 것이다.

(7) 쟁점(7)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 2000.12.14.부터 2004.3.15.까지의 사이에 이 사건 부동산을 취득하고 2001.1.3.부터 2004.3.15.까지의 사이에 청구인 명의로 소유권이전 또는 소유권보존등기절차를 완료하였고, 한편 처분청은 청구인이 취득․등기한 부동산에 대하여 비과세한 취득세와 등록세 등을 추징하면서 2000.12.14.부터 2004.3.15.까지의 사이에 취득하고 2001.1.3.부터 2004.3.15.까지의 사이에 등기절차를 완료한 이 사건 부동산만을 그 추징대상으로 하였다.

(나) 지방교육세는 2000년도까지 국세의 목적세로 부과하던 교육세 중 지방세에 부가하여 징수하던 부분을 삭제하고, 2001년도부터 시․도세, 목적세로서 독립하여 부과․징수하도록 신설된 세목으로, 2000.12.29. 개정 교육세법(법률 제6296호) 부칙 제5조에서 등록세액을 과세표준으로 하는 교육세는 2000.12.31. 이전에 등기 또는 등록한 분에 한하여 종전의 규정에 의한다고 규정하고 있으므로 지방교육세는 2001.1.1.부터 등기 또는 등록하는 분부터 적용된다 할 것으로, 등록세 과세대상이 되는 이 사건 부동산은 전부 2001.1.1. 이후에 청구인 명의로 등기된 사실이 부동산등기부등본에 의하여 알 수 있으므로 비과세한 등록세를 추징하면서 지방교육세를 같이 부과한 것은 잘못이 없다 할 것이다.

(8) 쟁점(8)에 대하여 본다.

구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제120조 제3항, 제121조 제1항 제1호 및 제2호, 제150조의2 제3항, 제151조 제1호 및 제2호에서 취득세 또는 등록세를 비과세 받은 후에 당해 과세물건이 추징대상이 되는 때에는 납세의무자는 그 사유발생일부터 30일 이내에 취득세 또는 등록세를 신고․납부하여야 하며, 납세의무자가 신고 또는 납부하지 아니한 때에는 산출세액 또는 부족세액에 가산세를 가산하여 징수한다고 규정하고 있고, 구 농어촌특별세법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항, 제8조, 제11조에서 농어촌특별세는 당해 본세를 신고․납부하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고․납부하여야 하고, 농어촌특별세를 신고․납부하여야 할 자가 이를 기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 가산세로 가산하여 징수한다고 규정하고 있는바, 청구인은 이 사건 부동산 취득․등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니한 채 유예기간을 경과하였으므로 유예기간이 경과한 시점에서 30일 이내에 비과세 받은 취득세와 등록세를 신고․납부하면서 취득세에 부가되는 농어촌특별세를 신고․납부하였어야 함에도 이를 이행하지 아니한 이상 납부하여야 할 농어촌특별세에 10%의 가산세를 가산하여 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 취득세 등을 추징하면서 납부불성실가산세 기산일 산정부분과 유예기간 또는 신고납부기한 미경과 토지의 추징대상 포함부분 및 이 사건 농지에 대한 등록세율 적용부분에 대하여는 일부 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부이유 있으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2009.01.21