법령해석 사례
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청구번호 조심2008지0255
주 문
심판청구를 기각합니다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구인은 기존부터 소유하고 있던 서울특별시 ○○○번지 토지 12,987㎡상에 건축물(연면적 98,330.87㎡, 지하4층, 지상15층, 아파트형공장 및 근린생활시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 2007.4.13. 신축․취득한 후, 신고가액 72,346,252,497원을 과세표준으로 하여 아파트형 공장분의 취득세 등은 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 과세면제 받고, 근린생활시설분(건축물 : 27,372.43 ㎡, 이하 “이 건 지원시설”이라 한다)은 취득세 402,782,920원, 농어촌특별세 249,106,710원, 합계 651,889,630원은 2007.5.14. 신고․납부하고 등록세 161,113,160원, 지방교육세 32,222,630원, 농어촌특별세 83,531,370원, 합계 276,867,160원은 2007.5.14. 신고한 후 2007.7.20. 납부하였으며, 그 후에 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡ 중 1,946.46㎡에 대한 변경분과 공사비정산을 사유로 증가된 공사비를 합한 3,949,171,996원을 과세표준으로 하여 취득세 52,191,900원 농어촌특별세 12,720,820원, 등록세 20,876,770원, 지방교육세 4,175,350원, 합계 89,964,840원을 2007.11.29. 수정신고․납부 하였고, 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡에서 기 신고․납부한 1,946.46㎡을 공제한 4,332.45㎡에 대한 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 67,231,080원, 등록세 26,892,430원, 지방교육세 5,378,480원, 합계 99,501,990원을 2007.12.12. 신고하였다.
나. 청구인은 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 당초 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경된 부분인 4,332.45㎡에 대하여는 취득세 등의 과세대상이 아닌데도 과세대상으로 하여 잘못 신고한 것이라고 주장하면서 2008.3.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 국세에서 표방하고 있는 실질과세의 원칙을 보더라도 법적형식보다는 경제적 실질을 중요시 하는 것을 알 수 있고, 법적 형식만 강조하면 경제적인 실질을 그르치게 되어 불공평한 조세부담을 초래 할 수도 있으며, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제4조의5에 의한 아파트형 공장은 3층이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말하는 것으로서 고층의 공장화를 통해 중소기업의 공업용지 및 입지부족을 해결하고 공장의 집적을 통하여 동종, 이종업종간 교류촉진 및 수도권의 공장 등의 난립을 방지하기 위함에 있다.
(2) 임대업 특성상 지속적으로 특정면적의 용도가 변경될 수 있는데 공장시설의 입주를 확충하기 위하여 특정면적 변경시 마다 재계산 한다면 전체면적 중 30%만을 지원시설로 사용하더라도 결과적으로 100%에 대해 과세되는 상황도 발생할 수 있어 감면취지 및 법의 형평성에 맞지 않는다고 할 것이고, 부가가치세법의 경우 과세와 면세가 겸용된 건물의 최초 취득 후 면세비율이 변동이 될 때 면세비율 증가에 따른 추가납부 규정만 있었으나, 이 조항이 조세정의에 맞지 않는다고 판단하여 2001년 법개정을 통해 면세비율 감소에 따른 환급규정을 신설하고 5% 범위내의 변동은 추가 납부․환급이 없도록 하여 납세자 권리보호 및 법의 형평성을 갖추도록 하고 있다.
(3) 이 건 부동산 중에서 당초 지원시설에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 등을 신고․납부하였으나, 그 중에서 2007.11.12. 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경된 면적 4,332.45 ㎡에 대하여는 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 면제대상이 되는 것이므로 기 신고․납부한 취득세 등을 환부하여 줄 것을 요구하고, 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의한 아파트형공장 취득에 따른 취득세 등의 과세면제 판단은 전체 아파트형공장인 1개동을 기준으로 아파트형공장과 지원시설의 비율로 안분하여 판단하여야 하고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률시행령 제36조의4제3항에 따른 지원시설비율 30%를 결과적으로 유지하고 있으므로 지원시설 누진면적을 기준으로 취득세 등을 신고․납부토록 하는 것은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 서 울특별시세감면조례 제23조제1항의 아파트형공장 설립자 감면규정을 보면, 단서규정에서 건축물 사용승인서 교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유 없이, 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양․임대 하거나 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 이 건 부동산 중 감면배제 되는 근린생활시설(지원시설)의 면적 증가가 정당한 사유에 해당하는지 여부를 보면 청구인은 부동산임대업의 사업수행을 위하여 부득이 공장과 지원시설의 교환이 이루어졌다고는 하나 이것은 극히 청구인의 영업이익 달성을 위한 것이며 법적 강제나 천재지변 또는 객관적으로 납득할 만한 정당한 사유에 해당되지 않는다고 판단되고, 청구인은 공장시설 업체의 사용면적 증가나 특정한 층에 대한 요구로 부득이 지원시설면적을 교환했다고 주장하나 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에서는 지원시설의 최고비율만을 규정하였지 최저비율은 규정하고 있지 않으며, 지원시설은 반드시 두어야하는 아파트형공장의 필수요건이 아니므로 지원시설면적을 일정비율 유지할 필요도 없는 것이고, 지원시설비율을 일정비율 유지하기 위하여 공장을 지원시설로 용도 변경하는 것은 공장시설에 비해 상대적으로 임대료가 우위에 있는 지원시설의 확충을 위한 일종의 영업행위에 불과한 것이다.
(2) 아 파트형공장 설립자 감면규정은 5년이내 공장이나 벤처기업이외의 용도로 분양․임대하거나 매각하는 경우 감면된 세액을 추징한다고 명확히 규정하고 있고, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 할 것이며, 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003.1.24. 선고, 2002두9537 판결)이므로, 명백히 아파트형공장에서 근린생활시설로 용도변경된 이 건 지원시설의 경우 당초 감면대상에서 추징대상으로 전환되는 것이 타당한 것이고, 청 구인은 이 건 전체건물에 대해 임대사업을 하므로 전체면적에 대한 감면면적의 비율로 관리되어야 한다고 주장하고 있으나, 취득세 및 등록세의 과세대상인 건축물은 독립적으로 지방세가 과세되는 물적기초를 의미하므로 개별적으로 사용, 수익, 처분될 수 있는 각각의 호수를 기준으로 그 과세대상, 시점 등을 판단하여야 하는 것이므로, 전체 219호수로 이루어진 집합건축물로 각각의 호수별로 독립되어 사용, 수익, 거래의 대상이 되는 이 건 부동산 중에서 공장에서 근린생활시설로 용도변경된 호수는 그 해당호수를 기준으로 과세대상 물건으로 전환됨이 타당하다.
(3) 청구인은 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경한 면적과 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경한 면적을 상계하여야 한다고 주장하지만, 과세에서 과세면제로 전환된다는 것은 소급하여 감면해야 한다는 것으로 취득세 및 등록세는 지방세법시행령 제77조에서 규정하는 바와 같이 취득세는 취득당시에, 등록세는 등기당시를 기준으로 그 과세표준․납세의무자․세율 및 세액이 확정되므로 감면규정 적용에 있어서도 그 취득당시와 등록당시를 기준으로 감면요건 해당여부를 판단함이 타당하며, 취득당시 하자없이 적법하게 신고․납부함으로서 확정된 취득세 및 등록세를 나중에 그 용도가 변경되었다고 하여 소급하여 과세면제하는 것은 부당하므로 기존 지원시설면적과 더불어 아파트형공장에서 새롭게 지원시설로 변경된 면적을 합산한 면적이 이 건 부동산 중 일반과세 대상물건이 되는 것이므로, 청구인이 이 건과 관련하여 처분청에 한 취득세 등의 신고는 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
아파트형공장을 신축․취득한 후 공장은 취득세 등을 감면받고 지원시설은 취득세 등을 납부하였으며, 그 후 공장 일부를 지원시설로, 지원시설 일부를 공장으로 용도변경 하였을 경우 지원시설에서 공장으로 용도변경된 부분에 대해 취득세 등이 환부될 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 서울특별시세감면조례
제23조 (아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면)
①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양ㆍ임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.
(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률
제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. "아파트형공장"이라 함은 동일건축물안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.
7. "산업단지"라 함은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제6조·제7조·제7조의2 및 제8조에 따라 지정·개발된 국가산업단지·일반산업단지·도시첨단산업단지 및 농공단지를 말한다.
제28조의5 (아파트형공장에의 입주)
①아파트형공장에 입주할 수 있는 시설은 다음 각호의 시설로 한다.
1. 제조업, 연구개발업 그 밖에 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설
2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설
3. 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설
②제1항제1호의 규정에 의하여 아파트형공장에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.
(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률시행령
제4조의5 (아파트형공장) 법 제2조제6호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 3층이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말한다.
제36조의4 (아파트형공장에의 입주) ①법 제28조의5제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다.
②법 제28조의5제1항제3호의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설은 다음 각호의 시설로 한다. 다만, 시장·군수 또는 구청장이나 관리기관이 당해 아파트형공장의 입주자의 생산활동에 지장을 초래할 수 있다고 인정하는 시설을 제외한다.
1. 금융·보험·교육·의료·무역·판매업(당해 아파트형공장에 입주한 자가 생산한 제품을 판매하는 경우에 한한다)을 영위하기 위한 시설
2. 물류시설 기타 입주기업의 사업을 지원하거나 보육시설·기숙사 등 종업원의 복지증진을 위하여 필요한 시설
3.「건축법 시행령」 별표 1 제3호 및 제4호의 규정에 의한 근린생활시설(면적제한이 있는 경우에는 그 제한면적범위 이내의 시설에 한한다)
③제2항 각 호에 따른 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설의 규모는 다음 각 호의 범위 이내로 하여야 한다.
1. 법 제2조제7호에 따른 산업단지 안의 아파트형공장은 건축연면적의 100분의 20
2. 법 제2조제7호에 따른 산업단지 밖의 아파트형공장으로서 다음 각 목에 해당하는 경우에는 그 해당 범위
가.「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 안의 아파트형공장 : 건축연면적의 100분의 30
나.「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 밖의 아파트형공장 : 건축연면적의 100분의 50
(4) 수도권정비계획법
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "수도권"이란 서울특별시와 대통령령으로 정하는 그 주변 지역을 말한다.
(5) 지방세법
제120조 (신고 및 납부)
③이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
(6) 지방세법시행령
제77조 (취득당시의 현황부과) 부동산(광업권ㆍ어업권을 제외한다)ㆍ차량ㆍ기계장비 또는 항공기에 있어서는 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 기존부터 소유하고 있던 서울특별시 ○○○번지 토지 12,987㎡상에 건축물(연면적 98,330.87㎡, 지하4층, 지상15층, 아파트형공장 및 근린생활시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 2007.4.13. 신축․취득한 후, 신고가액 72,346,252,497원을 과세표준으로 하여 아파트형 공장분은 서울특별시세감면조례 제23조제1항에 의해 면제받고, 근린생활시설분(건축물 : 27,372.43㎡)은 취득세 등을 신고․납부하였으며, 그 후에 공사비정산을 사유로 증가된 공사비와 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡ 중에서 공장에서 지원시설로 용도변경된 4,332.45㎡를 공제한 1,946.46㎡의 과세분에 대해 2007.11.29. 취득세 등을 수정신고․납부 하였으며, 그 후 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡ 중에서 기 신고․납부한 1,946.46㎡을 공제한 4,332.45㎡의 과세표준액 3,361,554,176원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 2007.12.12. 신고하였음이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다.
(2) 청구인은 이 건 부동산을 2007.4.13. 신축․취득한 후 아 파트형공장에 대하여는 서울특별시세감면조례 제23조제1항에 의해 취득세 및 등록세를 면제받고, 지원시설(근린생활시설)에 대하여는 취득세 및 등록세 등을 신고․납부하였으며, 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡에 대하여는 지원시설로 보아 취득세 및 등록세 등을 신고하였으므로, 이는 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 단서규정인 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 이외의 용도로 임대한 경우에 해당되어 취득세 및 등록세를 추징하는 경우에 해당하여 적법하다 할 것이다.
(3) 청구인의 경우 당초에 공장으로 용도를 정한 호실을 공장으로 임대를 하지 아니하고 지원시설 등 공장 이외의 용도로 임대한 것이 정당한 사유에 해당하는지 여부를 보면, 청구인과 임대차계약을 체결한 청구외 미래에셋증권이 당초 아파트형공장용도인 이 건 부동산 13층 3,523.87㎡를 지원시설로 용도변경하여 줄 것을 특약조건으로 요구함에 따라 아파트형공장용도를 지원시설로 용도변경한 것이고, 이에 따라 아파트형공장용 면적을 확보하기 위해 이 건 부동산 중에서 지원시설 일부를 아파트형공장으로 용도변경하게 된 것이므로, 이것은 청구인의 임대영업을 위해 당초 아파트형공장용도를 지원시설용도로 변경한 것에 불과하므로 이는 정당한 사유로 볼 수 없다고 할 것이다.
(4) 청구인은 이 건 부동산 전체에 대해 임대사업을 하고 있으므로 이 건 부동산 중에서 공 장시설과 지원시설의 면적(공장70%:지원30%)비율 내에서 당초 신고한 위치가 바뀌었다는 이유만으로 실제로는 30%만 지원시설로 사용하고 있음에도 불구하고 34%를 과세하는 것은 법의 취지와 형평성에 맞지 않는 부당한 처분이라고 주장하나, 아파트형공장의 지원시설에 대한 규정은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5제1항 및 같은 법 시행령 제36조의4제3항제2호가목에서 아파트형공장의 지원시설에 대한 상한선을 건축연면적의 100분의 30으로 규정하고 있는 것이고, 아파트형공장의 지원시설에 대하여 서울특별시세감면조례 제23조제1항에서 취득세 및 등록세에 대한 면제규정을 두고 있지 아니하며, 이 건 부동산은 전체 219호수로 이루어진 집합건축물로 각각의 호수별로 독립되어 사용, 수익, 거래의 대상이 되는 것이므로, 청구인이 이 건 부동산 중에서 당초 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경한 6,278.91㎡를 취득세 등의 과세대상으로 보아 취득세 및 등록세 등을 신고․납부한 것은 적법하다고 판단된다.
(5) 청구인이 이 건 부동산 중에서 당초 지원시설에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 등을 신고․납부하였으나, 그 중에서 2007.11.12. 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경된 면적 4,332.45㎡에 대하여는 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 면제대상이 되는 것이므로 기 신고․납부한 취득세 등을 환부하여 줄 것을 요구하나, 지 방세법시행령 제77조에서 취득세는 취득당시에, 등록세는 등기당시를 기준으로 그 과세표준․납세의무자․세율 및 세액이 확정되는 것이므로, 감면규정 적용에 있어서도 그 취득당시와 등록당시를 기준으로 감면요건 해당여부를 판단함이 타당하고, 취득당시 적법하게 신고․납부함으로써 확정된 취득세 및 등록세를 그 후에 과세대상에서 과세면제대상으로 용도변경 되었다고 하여 소급하여 취득세 및 등록세를 면제할 수는 없는 것이다.
따라서, 청구인이 기존 지원시설면적과 더불어 아파트형공장에서 새롭게 지원시설로 용도변경된 면적을 합산한 면적을 취득세 과세대상으로 하여 취득세 등을 신고한 것은 적법한 것이라 하겠다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장에 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2008년 8월 28일
주 문
심판청구를 기각합니다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구인은 기존부터 소유하고 있던 서울특별시 ○○○번지 토지 12,987㎡상에 건축물(연면적 98,330.87㎡, 지하4층, 지상15층, 아파트형공장 및 근린생활시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 2007.4.13. 신축․취득한 후, 신고가액 72,346,252,497원을 과세표준으로 하여 아파트형 공장분의 취득세 등은 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 과세면제 받고, 근린생활시설분(건축물 : 27,372.43 ㎡, 이하 “이 건 지원시설”이라 한다)은 취득세 402,782,920원, 농어촌특별세 249,106,710원, 합계 651,889,630원은 2007.5.14. 신고․납부하고 등록세 161,113,160원, 지방교육세 32,222,630원, 농어촌특별세 83,531,370원, 합계 276,867,160원은 2007.5.14. 신고한 후 2007.7.20. 납부하였으며, 그 후에 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡ 중 1,946.46㎡에 대한 변경분과 공사비정산을 사유로 증가된 공사비를 합한 3,949,171,996원을 과세표준으로 하여 취득세 52,191,900원 농어촌특별세 12,720,820원, 등록세 20,876,770원, 지방교육세 4,175,350원, 합계 89,964,840원을 2007.11.29. 수정신고․납부 하였고, 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡에서 기 신고․납부한 1,946.46㎡을 공제한 4,332.45㎡에 대한 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 67,231,080원, 등록세 26,892,430원, 지방교육세 5,378,480원, 합계 99,501,990원을 2007.12.12. 신고하였다.
나. 청구인은 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 당초 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경된 부분인 4,332.45㎡에 대하여는 취득세 등의 과세대상이 아닌데도 과세대상으로 하여 잘못 신고한 것이라고 주장하면서 2008.3.10. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 국세에서 표방하고 있는 실질과세의 원칙을 보더라도 법적형식보다는 경제적 실질을 중요시 하는 것을 알 수 있고, 법적 형식만 강조하면 경제적인 실질을 그르치게 되어 불공평한 조세부담을 초래 할 수도 있으며, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제4조의5에 의한 아파트형 공장은 3층이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말하는 것으로서 고층의 공장화를 통해 중소기업의 공업용지 및 입지부족을 해결하고 공장의 집적을 통하여 동종, 이종업종간 교류촉진 및 수도권의 공장 등의 난립을 방지하기 위함에 있다.
(2) 임대업 특성상 지속적으로 특정면적의 용도가 변경될 수 있는데 공장시설의 입주를 확충하기 위하여 특정면적 변경시 마다 재계산 한다면 전체면적 중 30%만을 지원시설로 사용하더라도 결과적으로 100%에 대해 과세되는 상황도 발생할 수 있어 감면취지 및 법의 형평성에 맞지 않는다고 할 것이고, 부가가치세법의 경우 과세와 면세가 겸용된 건물의 최초 취득 후 면세비율이 변동이 될 때 면세비율 증가에 따른 추가납부 규정만 있었으나, 이 조항이 조세정의에 맞지 않는다고 판단하여 2001년 법개정을 통해 면세비율 감소에 따른 환급규정을 신설하고 5% 범위내의 변동은 추가 납부․환급이 없도록 하여 납세자 권리보호 및 법의 형평성을 갖추도록 하고 있다.
(3) 이 건 부동산 중에서 당초 지원시설에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 등을 신고․납부하였으나, 그 중에서 2007.11.12. 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경된 면적 4,332.45 ㎡에 대하여는 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 면제대상이 되는 것이므로 기 신고․납부한 취득세 등을 환부하여 줄 것을 요구하고, 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의한 아파트형공장 취득에 따른 취득세 등의 과세면제 판단은 전체 아파트형공장인 1개동을 기준으로 아파트형공장과 지원시설의 비율로 안분하여 판단하여야 하고, 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률시행령 제36조의4제3항에 따른 지원시설비율 30%를 결과적으로 유지하고 있으므로 지원시설 누진면적을 기준으로 취득세 등을 신고․납부토록 하는 것은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 서 울특별시세감면조례 제23조제1항의 아파트형공장 설립자 감면규정을 보면, 단서규정에서 건축물 사용승인서 교부일로부터 5년 이내에 정당한 사유 없이, 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양․임대 하거나 매각하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 이 건 부동산 중 감면배제 되는 근린생활시설(지원시설)의 면적 증가가 정당한 사유에 해당하는지 여부를 보면 청구인은 부동산임대업의 사업수행을 위하여 부득이 공장과 지원시설의 교환이 이루어졌다고는 하나 이것은 극히 청구인의 영업이익 달성을 위한 것이며 법적 강제나 천재지변 또는 객관적으로 납득할 만한 정당한 사유에 해당되지 않는다고 판단되고, 청구인은 공장시설 업체의 사용면적 증가나 특정한 층에 대한 요구로 부득이 지원시설면적을 교환했다고 주장하나 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에서는 지원시설의 최고비율만을 규정하였지 최저비율은 규정하고 있지 않으며, 지원시설은 반드시 두어야하는 아파트형공장의 필수요건이 아니므로 지원시설면적을 일정비율 유지할 필요도 없는 것이고, 지원시설비율을 일정비율 유지하기 위하여 공장을 지원시설로 용도 변경하는 것은 공장시설에 비해 상대적으로 임대료가 우위에 있는 지원시설의 확충을 위한 일종의 영업행위에 불과한 것이다.
(2) 아 파트형공장 설립자 감면규정은 5년이내 공장이나 벤처기업이외의 용도로 분양․임대하거나 매각하는 경우 감면된 세액을 추징한다고 명확히 규정하고 있고, 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 할 것이며, 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평원칙에도 부합한다 할 것(대법원 2003.1.24. 선고, 2002두9537 판결)이므로, 명백히 아파트형공장에서 근린생활시설로 용도변경된 이 건 지원시설의 경우 당초 감면대상에서 추징대상으로 전환되는 것이 타당한 것이고, 청 구인은 이 건 전체건물에 대해 임대사업을 하므로 전체면적에 대한 감면면적의 비율로 관리되어야 한다고 주장하고 있으나, 취득세 및 등록세의 과세대상인 건축물은 독립적으로 지방세가 과세되는 물적기초를 의미하므로 개별적으로 사용, 수익, 처분될 수 있는 각각의 호수를 기준으로 그 과세대상, 시점 등을 판단하여야 하는 것이므로, 전체 219호수로 이루어진 집합건축물로 각각의 호수별로 독립되어 사용, 수익, 거래의 대상이 되는 이 건 부동산 중에서 공장에서 근린생활시설로 용도변경된 호수는 그 해당호수를 기준으로 과세대상 물건으로 전환됨이 타당하다.
(3) 청구인은 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경한 면적과 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경한 면적을 상계하여야 한다고 주장하지만, 과세에서 과세면제로 전환된다는 것은 소급하여 감면해야 한다는 것으로 취득세 및 등록세는 지방세법시행령 제77조에서 규정하는 바와 같이 취득세는 취득당시에, 등록세는 등기당시를 기준으로 그 과세표준․납세의무자․세율 및 세액이 확정되므로 감면규정 적용에 있어서도 그 취득당시와 등록당시를 기준으로 감면요건 해당여부를 판단함이 타당하며, 취득당시 하자없이 적법하게 신고․납부함으로서 확정된 취득세 및 등록세를 나중에 그 용도가 변경되었다고 하여 소급하여 과세면제하는 것은 부당하므로 기존 지원시설면적과 더불어 아파트형공장에서 새롭게 지원시설로 변경된 면적을 합산한 면적이 이 건 부동산 중 일반과세 대상물건이 되는 것이므로, 청구인이 이 건과 관련하여 처분청에 한 취득세 등의 신고는 적법하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
아파트형공장을 신축․취득한 후 공장은 취득세 등을 감면받고 지원시설은 취득세 등을 납부하였으며, 그 후 공장 일부를 지원시설로, 지원시설 일부를 공장으로 용도변경 하였을 경우 지원시설에서 공장으로 용도변경된 부분에 대해 취득세 등이 환부될 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 서울특별시세감면조례
제23조 (아파트형공장 및 협동화공장에 대한 감면)
①「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조제6호의 규정에 의한 아파트형공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산(이미 아파트형공장용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하며, 그 부동산을 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 또는 벤처기업 이외의 용도로 분양ㆍ임대하거나 매각하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세 및 등록세를 추징한다.
(2) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률
제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. "아파트형공장"이라 함은 동일건축물안에 다수의 공장이 동시에 입주할 수 있는 다층형 집합건축물로서 대통령령이 정하는 것을 말한다.
7. "산업단지"라 함은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」제6조·제7조·제7조의2 및 제8조에 따라 지정·개발된 국가산업단지·일반산업단지·도시첨단산업단지 및 농공단지를 말한다.
제28조의5 (아파트형공장에의 입주)
①아파트형공장에 입주할 수 있는 시설은 다음 각호의 시설로 한다.
1. 제조업, 연구개발업 그 밖에 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설
2.「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설
3. 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설
②제1항제1호의 규정에 의하여 아파트형공장에 입주할 수 있는 시설의 범위 및 규모는 대통령령으로 정한다.
(3) 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률시행령
제4조의5 (아파트형공장) 법 제2조제6호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 3층이상의 집합건축물로서 6이상의 공장이 입주할 수 있는 건축물을 말한다.
제36조의4 (아파트형공장에의 입주) ①법 제28조의5제1항제1호에서 "대통령령이 정하는 사업"이라 함은 다음 각호의 사업을 말한다.
②법 제28조의5제1항제3호의 규정에 의한 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설은 다음 각호의 시설로 한다. 다만, 시장·군수 또는 구청장이나 관리기관이 당해 아파트형공장의 입주자의 생산활동에 지장을 초래할 수 있다고 인정하는 시설을 제외한다.
1. 금융·보험·교육·의료·무역·판매업(당해 아파트형공장에 입주한 자가 생산한 제품을 판매하는 경우에 한한다)을 영위하기 위한 시설
2. 물류시설 기타 입주기업의 사업을 지원하거나 보육시설·기숙사 등 종업원의 복지증진을 위하여 필요한 시설
3.「건축법 시행령」 별표 1 제3호 및 제4호의 규정에 의한 근린생활시설(면적제한이 있는 경우에는 그 제한면적범위 이내의 시설에 한한다)
③제2항 각 호에 따른 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설의 규모는 다음 각 호의 범위 이내로 하여야 한다.
1. 법 제2조제7호에 따른 산업단지 안의 아파트형공장은 건축연면적의 100분의 20
2. 법 제2조제7호에 따른 산업단지 밖의 아파트형공장으로서 다음 각 목에 해당하는 경우에는 그 해당 범위
가.「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 안의 아파트형공장 : 건축연면적의 100분의 30
나.「수도권정비계획법」 제2조제1호에 따른 수도권 밖의 아파트형공장 : 건축연면적의 100분의 50
(4) 수도권정비계획법
제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "수도권"이란 서울특별시와 대통령령으로 정하는 그 주변 지역을 말한다.
(5) 지방세법
제120조 (신고 및 납부)
③이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
(6) 지방세법시행령
제77조 (취득당시의 현황부과) 부동산(광업권ㆍ어업권을 제외한다)ㆍ차량ㆍ기계장비 또는 항공기에 있어서는 공부상의 등재 또는 등록사항에 불구하고 사실상으로 취득한 때의 당해 물건의 현황에 의하여 부과한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 기존부터 소유하고 있던 서울특별시 ○○○번지 토지 12,987㎡상에 건축물(연면적 98,330.87㎡, 지하4층, 지상15층, 아파트형공장 및 근린생활시설, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 2007.4.13. 신축․취득한 후, 신고가액 72,346,252,497원을 과세표준으로 하여 아파트형 공장분은 서울특별시세감면조례 제23조제1항에 의해 면제받고, 근린생활시설분(건축물 : 27,372.43㎡)은 취득세 등을 신고․납부하였으며, 그 후에 공사비정산을 사유로 증가된 공사비와 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡ 중에서 공장에서 지원시설로 용도변경된 4,332.45㎡를 공제한 1,946.46㎡의 과세분에 대해 2007.11.29. 취득세 등을 수정신고․납부 하였으며, 그 후 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡ 중에서 기 신고․납부한 1,946.46㎡을 공제한 4,332.45㎡의 과세표준액 3,361,554,176원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등을 2007.12.12. 신고하였음이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다.
(2) 청구인은 이 건 부동산을 2007.4.13. 신축․취득한 후 아 파트형공장에 대하여는 서울특별시세감면조례 제23조제1항에 의해 취득세 및 등록세를 면제받고, 지원시설(근린생활시설)에 대하여는 취득세 및 등록세 등을 신고․납부하였으며, 2007.11.12. 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경된 면적 6,278.91㎡에 대하여는 지원시설로 보아 취득세 및 등록세 등을 신고하였으므로, 이는 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 단서규정인 건축물의 사용승인서 교부일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 공장 이외의 용도로 임대한 경우에 해당되어 취득세 및 등록세를 추징하는 경우에 해당하여 적법하다 할 것이다.
(3) 청구인의 경우 당초에 공장으로 용도를 정한 호실을 공장으로 임대를 하지 아니하고 지원시설 등 공장 이외의 용도로 임대한 것이 정당한 사유에 해당하는지 여부를 보면, 청구인과 임대차계약을 체결한 청구외 미래에셋증권이 당초 아파트형공장용도인 이 건 부동산 13층 3,523.87㎡를 지원시설로 용도변경하여 줄 것을 특약조건으로 요구함에 따라 아파트형공장용도를 지원시설로 용도변경한 것이고, 이에 따라 아파트형공장용 면적을 확보하기 위해 이 건 부동산 중에서 지원시설 일부를 아파트형공장으로 용도변경하게 된 것이므로, 이것은 청구인의 임대영업을 위해 당초 아파트형공장용도를 지원시설용도로 변경한 것에 불과하므로 이는 정당한 사유로 볼 수 없다고 할 것이다.
(4) 청구인은 이 건 부동산 전체에 대해 임대사업을 하고 있으므로 이 건 부동산 중에서 공 장시설과 지원시설의 면적(공장70%:지원30%)비율 내에서 당초 신고한 위치가 바뀌었다는 이유만으로 실제로는 30%만 지원시설로 사용하고 있음에도 불구하고 34%를 과세하는 것은 법의 취지와 형평성에 맞지 않는 부당한 처분이라고 주장하나, 아파트형공장의 지원시설에 대한 규정은 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제28조의5제1항 및 같은 법 시행령 제36조의4제3항제2호가목에서 아파트형공장의 지원시설에 대한 상한선을 건축연면적의 100분의 30으로 규정하고 있는 것이고, 아파트형공장의 지원시설에 대하여 서울특별시세감면조례 제23조제1항에서 취득세 및 등록세에 대한 면제규정을 두고 있지 아니하며, 이 건 부동산은 전체 219호수로 이루어진 집합건축물로 각각의 호수별로 독립되어 사용, 수익, 거래의 대상이 되는 것이므로, 청구인이 이 건 부동산 중에서 당초 아파트형공장에서 지원시설로 용도변경한 6,278.91㎡를 취득세 등의 과세대상으로 보아 취득세 및 등록세 등을 신고․납부한 것은 적법하다고 판단된다.
(5) 청구인이 이 건 부동산 중에서 당초 지원시설에 해당하는 부분에 대하여는 취득세 등을 신고․납부하였으나, 그 중에서 2007.11.12. 지원시설에서 아파트형공장으로 용도변경된 면적 4,332.45㎡에 대하여는 서울특별시세감면조례 제23조제1항의 규정에 의하여 취득세 등의 면제대상이 되는 것이므로 기 신고․납부한 취득세 등을 환부하여 줄 것을 요구하나, 지 방세법시행령 제77조에서 취득세는 취득당시에, 등록세는 등기당시를 기준으로 그 과세표준․납세의무자․세율 및 세액이 확정되는 것이므로, 감면규정 적용에 있어서도 그 취득당시와 등록당시를 기준으로 감면요건 해당여부를 판단함이 타당하고, 취득당시 적법하게 신고․납부함으로써 확정된 취득세 및 등록세를 그 후에 과세대상에서 과세면제대상으로 용도변경 되었다고 하여 소급하여 취득세 및 등록세를 면제할 수는 없는 것이다.
따라서, 청구인이 기존 지원시설면적과 더불어 아파트형공장에서 새롭게 지원시설로 용도변경된 면적을 합산한 면적을 취득세 과세대상으로 하여 취득세 등을 신고한 것은 적법한 것이라 하겠다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장에 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2008년 8월 28일