법령해석 사례
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청구번호 조심2008지0120
주 문
심판청구를 기각합니다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구인은 2007.10.2. 청구외 (주)○○○를 흡수합병하고 부산광역시 ○○○번지의 부동산(공장용지 7,799㎡, 공장용건축물 4,937.52㎡, 이하"이 건 부동산"이라 한다)을 취득한 후, 이 건 부동산의 시가표준액 4,124,372,960원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항(1,000분의 15)의 세율을 적용하여 산출한 등록세 61,865,590원, 지방교육세 12,373,110원, 합계 74,238,700원을 2007.10.19. 신고하고 2007.11.6. 납부하였다.
나. 청구인은 이를 부당하다고 하면서 2008.1.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 청구외 (주)○○○와 2007.10.2. 중소기업간 통합을 하여 청구외 (주)○○○의 사업용재산을 청구인의 명의로 등록하였으므로 조세특례제한법 제119조제1항제3호 규정에 의하여 이 건 부동산에 대한 등록세는 면제되어야 한다.
(2) 이 건 부동산 취득에 대한 등록세의 면제범위는 처분청이 주장하는 개인과 법인의 통합뿐만이 아니라 법인과 법인의 통합에도 적용되어 등록세 면제대상이 되는 것이므로 기 납부한 등록세 등에 대해 환급을 요구하였다.
나. 처분청 의견
(1) 중소기업의 통합에 대한 정의가 조세특례제한법상에는 없지만 조세특례제한법 제119조제1항제2호 및 제3호를 보면 법인기업간의 통합인 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대한 등록세 면제는 그 제2호의 규정을 적용하고, 법인간의 합병을 제외한 개인기업간 또는 개인기업과 법인기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등록세 면제는 그 제3호를 적용하는 것이 타당하므로, 청구인의 경우 2007.6.15. 청구외 (주)○○○와 합병계약을 체결하고 2007.10.2. 청구인을 존속법인으로 흡수합병 하였으나 소멸법인인 청구외 (주)○○○는 2006.12.13. 설립된 법인이므로 합병일인 2007.10.2. 현재 1년이상 사업을 영위하지 아니한 경우에 해당되어 조세특례제한법 제119조제2항의 규정에 의한 면제대상에 해당되지 아니하는 것이다.
(2) 청구인은 등록세의 면제범위가 개인과 법인의 통합뿐만이 아니라 법인과 법인의 통합에도 적용된다고 주장하나, 조세특례제한법 제119조제1항제3호에서 등록세가 면제되는 중소기업간의 통합의 범위를 규정하면서 같은 법 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용재산을 양수함에 따른 등기라고 하였고, 같은 법 제31조제1항에서 중소기업간의 통합의 경우 사업용고정자산에 대한 양도소득세의 이월과세 적용을 규정하고 있으며, 같은 법 제2조제6호에서 이월과세에 대하여 정의하면서 개인이 법인에게 사업용고정자산을 양도하는 경우 개인에게 양도소득세를 과세하지 아니한다라고 규정하고 있어 사업용고정자산을 양도하는 중소기업은 개인기업이 되어야 하는 것이므로, 청구인의 경우와 같이 2007.10.2. 청구인과 흡수통합한 청구외 (주)○○○는 개인이 아닌 법인이므로 등록세 면제대상에 해당하지 아니한다고 주장한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
법인간의 흡수합병도 조세특례제한법 제119조제1항제3호에서 규정하고 있는 중소기업간의 통합에 해당되어 등록세가 면제되는지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제119조(등록세의 면제 등)
①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
2. 제49조의 규정에 의한 합병 또는 영업의 전부양도 기타 대통령령이 정하는 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기
3. 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용재산을 양수함에 따른 등기
제31조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
①대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에게 2009년 12월 31일까지 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.
②제1항의 적용대상이 되는 중소기업간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제2조(정 의)
①이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. "이월과세"라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 동법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.
제49조(금융기관합병에 대한 법인세 등 과세특례)
①금융산업의구조개선에관한법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)이 동법에 따라 1999년 12월 31일이전에 합병 또는 영업을 전부양도하는 경우 그 합병 또는 영업의 전부양도로 인하여 소멸하는 금융기관의 주주·사원 또는 출자자가 지급받는 소득세법 제17조제2항제3호·제4호 또는 법인세법 제16조제1항제4호·제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 과세하지 아니하며, 당해 금융기관에 대하여는 법인세법 제77조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세는 이를 과세하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법시행령
제116조(지방세면제)
①법 제119조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 합병"이라 함은 합병일 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 "합병법인"이라 한다)간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 때에는 당해 합병을 포함한다.
제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세등의 이월과세 등)
①법 제31조제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것
2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것
(3) 중소기업기본법
제2조(중소기업자의 범위)
①중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
가. 업종의 특성
나. 상시 근로자 수
다. 자산규모
라. 매출액 등
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
(4) 중소기업기본법시행령
제3조(중소기업의 범위)
「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소 기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 청구외 (주)○○○와 2007.6.15. 흡수합병계약을 체결하고 2007.10.2. 흡수합병 등기를 하였으며, 흡수합병에 의거 취득한 이 건 부동산에 대해 과세표준을 4,124,372,960원으로 하여 산출한 등록세 등을 2007.10.19. 신고하고 2007.11.6. 납부하였으며, 청구인과 청구외 (주)○○○의 법인등기부 등본에 의하면 청구인의 법인설립일은 2005.1.26.이고, 청구외 (주)○○○의 법인설립일은 2006.12.13.이며, 주주등의명세서에 의하면 청구인이 청구외 (주)○○○를 2007.10.2. 흡수합병할 당시에 청구인의 주주는 김○○○, 김○○○, 김○○○로 구성되어 있었고, 청구외 (주)○○○ 법인은 김○○○, 김○○○, 김○○○, 하○○○로 구성되어 있었으며, 청구인이 청구외 (주)○○○를 2007.10.2. 흡수합병한 후에는 주주의 구성이 김○○○, 김○○○, 김○○○, 김○○○, 하○○○로 되어 있으며, 청구인은 2007.10.2. 청구외 (주)○○○를 흡수합병할 당시에 상시 종업원수 33명, 자본금 1,310,000,000원, 전기절연물 제조업이고, 청구외 (주)○○○는 상시 종업원수 1명, 자본금 100,000,000원, 배전반판넬외함 제조업이어서 중소기업기본법 제2조 및 중소기업기본법시행령 제3조에서 규정하고 있는 해당업종 제조업으로서 규모기준인 상시 근로자수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하에 속하여 중소기업에 해당됨이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다.
(2) 조세특례제한법 제119조제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제한다라고 하고, 그 제3호에서 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용재산을 양수함에 따른 등기라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제31조제1항에서 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산이라고 규정하고 있으며, 조세특례제한법시행령 제28조제1항에서 법 제31조제1항에서 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합이라 함은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다.)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다.)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다라고 하고, 그 제1호에서 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것, 그 제2호에서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)이상일 것이라고 규정하고 있다.
(3) 조세특례제한법 제119조제1항제2호 및 제3호를 보면 법인간 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대한 등록세 면제는 제2호의 규정을 적용하고, 법인간의 합병을 제외한 개인중소기업간 또는 개인중소기업과 법인중소기업간, 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등록세 면제는 제3호를 적용하는 것이 타당한 것인바, 청구인의 경우 이 건 부동산 등기에 대해 소멸법인인 청구외 (주)○○○가 합병일 현 재 1년 이상 사업을 영위하지 아니한 경우에 해당되어 조세특례제한법 제119조제1항제2호 및 조세특례제한법시행령 제116조제1항에서 규정하고 있는 합병일 현재 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병에 해당하지 아니하는 것이므로 청구인이 등록한 이 건 부동산은 등록세 면제대상에 해당되지 아니하는 것이다.
(4) 설령 청구인의 주장대로 법인간의 합병이 조세특례제한법 제119조제1항제3호에서 규정한 중소기업간의 통합에 해당된다고 하더라도 같은 법 시행령 제28조제1항제1호에서 통합으로 소멸되는 사업장의 중소기업자는 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것으로 규정하고 있으므로, 소멸되는 사업장의 중소기업자가 (주)○○○와 같은 법인일 경우에는 그 법인 자체명의로 통합 후 존속하는 법인의 주주 또는 출자자가 되어야 하나 청구인의 경우 (주)○○○가 통합 후 존속하는 법인의 주주가 된 것이 아니라 (주)○○○의 주주가 통합 후 존속하는 법인의 주주가 된 것이기 때문에 조세특례제한법 제119조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제28조제1항제1호에서 규정한 등록세 면제요건을 충족하지 못한 것으로 판단된다.
따라서, 이 건 부동산에 대하여는 등록세가 면제되지 아니하는 것이어서 청구인이 등록세 등을 처분청에 신고․납부한 것은 아무런 잘못이 없다 하겠다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장에 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2008년 7월 28일
주 문
심판청구를 기각합니다.
이 유
1. 처분 개요
가. 청구인은 2007.10.2. 청구외 (주)○○○를 흡수합병하고 부산광역시 ○○○번지의 부동산(공장용지 7,799㎡, 공장용건축물 4,937.52㎡, 이하"이 건 부동산"이라 한다)을 취득한 후, 이 건 부동산의 시가표준액 4,124,372,960원을 과세표준으로 하고 지방세법 제131조제1항(1,000분의 15)의 세율을 적용하여 산출한 등록세 61,865,590원, 지방교육세 12,373,110원, 합계 74,238,700원을 2007.10.19. 신고하고 2007.11.6. 납부하였다.
나. 청구인은 이를 부당하다고 하면서 2008.1.24. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 청구인은 청구외 (주)○○○와 2007.10.2. 중소기업간 통합을 하여 청구외 (주)○○○의 사업용재산을 청구인의 명의로 등록하였으므로 조세특례제한법 제119조제1항제3호 규정에 의하여 이 건 부동산에 대한 등록세는 면제되어야 한다.
(2) 이 건 부동산 취득에 대한 등록세의 면제범위는 처분청이 주장하는 개인과 법인의 통합뿐만이 아니라 법인과 법인의 통합에도 적용되어 등록세 면제대상이 되는 것이므로 기 납부한 등록세 등에 대해 환급을 요구하였다.
나. 처분청 의견
(1) 중소기업의 통합에 대한 정의가 조세특례제한법상에는 없지만 조세특례제한법 제119조제1항제2호 및 제3호를 보면 법인기업간의 통합인 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대한 등록세 면제는 그 제2호의 규정을 적용하고, 법인간의 합병을 제외한 개인기업간 또는 개인기업과 법인기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등록세 면제는 그 제3호를 적용하는 것이 타당하므로, 청구인의 경우 2007.6.15. 청구외 (주)○○○와 합병계약을 체결하고 2007.10.2. 청구인을 존속법인으로 흡수합병 하였으나 소멸법인인 청구외 (주)○○○는 2006.12.13. 설립된 법인이므로 합병일인 2007.10.2. 현재 1년이상 사업을 영위하지 아니한 경우에 해당되어 조세특례제한법 제119조제2항의 규정에 의한 면제대상에 해당되지 아니하는 것이다.
(2) 청구인은 등록세의 면제범위가 개인과 법인의 통합뿐만이 아니라 법인과 법인의 통합에도 적용된다고 주장하나, 조세특례제한법 제119조제1항제3호에서 등록세가 면제되는 중소기업간의 통합의 범위를 규정하면서 같은 법 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용재산을 양수함에 따른 등기라고 하였고, 같은 법 제31조제1항에서 중소기업간의 통합의 경우 사업용고정자산에 대한 양도소득세의 이월과세 적용을 규정하고 있으며, 같은 법 제2조제6호에서 이월과세에 대하여 정의하면서 개인이 법인에게 사업용고정자산을 양도하는 경우 개인에게 양도소득세를 과세하지 아니한다라고 규정하고 있어 사업용고정자산을 양도하는 중소기업은 개인기업이 되어야 하는 것이므로, 청구인의 경우와 같이 2007.10.2. 청구인과 흡수통합한 청구외 (주)○○○는 개인이 아닌 법인이므로 등록세 면제대상에 해당하지 아니한다고 주장한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
법인간의 흡수합병도 조세특례제한법 제119조제1항제3호에서 규정하고 있는 중소기업간의 통합에 해당되어 등록세가 면제되는지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제119조(등록세의 면제 등)
①다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」제138조제1항의 세율을 적용하지 아니한다.
2. 제49조의 규정에 의한 합병 또는 영업의 전부양도 기타 대통령령이 정하는 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기
3. 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용재산을 양수함에 따른 등기
제31조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)
①대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에게 2009년 12월 31일까지 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다.
②제1항의 적용대상이 되는 중소기업간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.
제2조(정 의)
①이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.
6. "이월과세"라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 "종전사업용고정자산등"이라 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 동법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.
제49조(금융기관합병에 대한 법인세 등 과세특례)
①금융산업의구조개선에관한법률에 의한 금융기관(이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)이 동법에 따라 1999년 12월 31일이전에 합병 또는 영업을 전부양도하는 경우 그 합병 또는 영업의 전부양도로 인하여 소멸하는 금융기관의 주주·사원 또는 출자자가 지급받는 소득세법 제17조제2항제3호·제4호 또는 법인세법 제16조제1항제4호·제5호의 규정에 의한 소득에 대하여는 소득세 또는 법인세를 과세하지 아니하며, 당해 금융기관에 대하여는 법인세법 제77조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세는 이를 과세하지 아니한다.
(2) 조세특례제한법시행령
제116조(지방세면제)
①법 제119조제1항제2호에서 "대통령령이 정하는 합병"이라 함은 합병일 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 "합병법인"이라 한다)간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 때에는 당해 합병을 포함한다.
제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세등의 이월과세 등)
①법 제31조제1항에서 "대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합"이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것
2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것
(3) 중소기업기본법
제2조(중소기업자의 범위)
①중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.
1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
가. 업종의 특성
나. 상시 근로자 수
다. 자산규모
라. 매출액 등
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것
(4) 중소기업기본법시행령
제3조(중소기업의 범위)
「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항에 따른 중소 기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.
1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.
가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업
나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인
2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 별표 2의 기준에 맞는 기업
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 청구외 (주)○○○와 2007.6.15. 흡수합병계약을 체결하고 2007.10.2. 흡수합병 등기를 하였으며, 흡수합병에 의거 취득한 이 건 부동산에 대해 과세표준을 4,124,372,960원으로 하여 산출한 등록세 등을 2007.10.19. 신고하고 2007.11.6. 납부하였으며, 청구인과 청구외 (주)○○○의 법인등기부 등본에 의하면 청구인의 법인설립일은 2005.1.26.이고, 청구외 (주)○○○의 법인설립일은 2006.12.13.이며, 주주등의명세서에 의하면 청구인이 청구외 (주)○○○를 2007.10.2. 흡수합병할 당시에 청구인의 주주는 김○○○, 김○○○, 김○○○로 구성되어 있었고, 청구외 (주)○○○ 법인은 김○○○, 김○○○, 김○○○, 하○○○로 구성되어 있었으며, 청구인이 청구외 (주)○○○를 2007.10.2. 흡수합병한 후에는 주주의 구성이 김○○○, 김○○○, 김○○○, 김○○○, 하○○○로 되어 있으며, 청구인은 2007.10.2. 청구외 (주)○○○를 흡수합병할 당시에 상시 종업원수 33명, 자본금 1,310,000,000원, 전기절연물 제조업이고, 청구외 (주)○○○는 상시 종업원수 1명, 자본금 100,000,000원, 배전반판넬외함 제조업이어서 중소기업기본법 제2조 및 중소기업기본법시행령 제3조에서 규정하고 있는 해당업종 제조업으로서 규모기준인 상시 근로자수 300명 미만 또는 자본금 80억원 이하에 속하여 중소기업에 해당됨이 제출된 증빙자료에서 알 수 있다.
(2) 조세특례제한법 제119조제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제한다라고 하고, 그 제3호에서 제31조의 규정에 의한 중소기업간의 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용재산을 양수함에 따른 등기라고 규정하고 있고, 조세특례제한법 제31조제1항에서 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산이라고 규정하고 있으며, 조세특례제한법시행령 제28조제1항에서 법 제31조제1항에서 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합이라 함은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다.)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다.)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다라고 하고, 그 제1호에서 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것, 그 제2호에서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)이상일 것이라고 규정하고 있다.
(3) 조세특례제한법 제119조제1항제2호 및 제3호를 보면 법인간 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대한 등록세 면제는 제2호의 규정을 적용하고, 법인간의 합병을 제외한 개인중소기업간 또는 개인중소기업과 법인중소기업간, 통합에 의하여 설립 또는 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등록세 면제는 제3호를 적용하는 것이 타당한 것인바, 청구인의 경우 이 건 부동산 등기에 대해 소멸법인인 청구외 (주)○○○가 합병일 현 재 1년 이상 사업을 영위하지 아니한 경우에 해당되어 조세특례제한법 제119조제1항제2호 및 조세특례제한법시행령 제116조제1항에서 규정하고 있는 합병일 현재 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병에 해당하지 아니하는 것이므로 청구인이 등록한 이 건 부동산은 등록세 면제대상에 해당되지 아니하는 것이다.
(4) 설령 청구인의 주장대로 법인간의 합병이 조세특례제한법 제119조제1항제3호에서 규정한 중소기업간의 통합에 해당된다고 하더라도 같은 법 시행령 제28조제1항제1호에서 통합으로 소멸되는 사업장의 중소기업자는 통합 후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것으로 규정하고 있으므로, 소멸되는 사업장의 중소기업자가 (주)○○○와 같은 법인일 경우에는 그 법인 자체명의로 통합 후 존속하는 법인의 주주 또는 출자자가 되어야 하나 청구인의 경우 (주)○○○가 통합 후 존속하는 법인의 주주가 된 것이 아니라 (주)○○○의 주주가 통합 후 존속하는 법인의 주주가 된 것이기 때문에 조세특례제한법 제119조제1항제3호 및 같은 법 시행령 제28조제1항제1호에서 규정한 등록세 면제요건을 충족하지 못한 것으로 판단된다.
따라서, 이 건 부동산에 대하여는 등록세가 면제되지 아니하는 것이어서 청구인이 등록세 등을 처분청에 신고․납부한 것은 아무런 잘못이 없다 하겠다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장에 이유 없으므로 지방세법 제77조제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2008년 7월 28일