<질의요지>        
「서울특별시세감면조례」제21조제2항은 아파트형공장을 영위할 목적으로 분양받는 경우 취·등록세를 감면하나 정당한 사유 없이 5년 이내에 매각하는 경우 기 감면세액을 추징한다고 규정한 바, 개인사업자가 아파트형공장을 분양받아 취·등록세를 감면 받고 당해 목적으로 직접 사용하다가 「조세특례제한법」제32조에 따른 사업양수도 또는 현물출자 방법으로 법인으로 전환할 경우, 이를 유예기간(5년) 이내에 매각한 정당한 사유로 볼 수 있는 지 여부

<회신내용>
가. 「서울특별시세감면조례」제21조 제2항에서 아파트형공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업자가 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제28조의5 제1항제1호 및 제2호에 따른  사업 또는 벤처기업을 영위할 목적으로 아파트형공장 설립자로부터 최초로 분양받아 취득하는 아파트형공장용 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 취득한 날부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득한 날부터 1년 이내에 정당한 사유없이 해당 사업 또는 벤처기업용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있으며, 「조세특례제한법」제119조 제4항 및 제120조 제5항에서 제32조에 따른 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득·등기에 대한 사업용재산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다고 규정하고, 같은 법 제32조 제1항에서 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 2012년 12월 31일까지 법인으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있습니다.

나. 조세특례제한법상 현물출자 또는 사업양수도에 따라 취득하는 사업용재산에 대하여 취·등록세를 면제하는 취지는 제32조에 따른 개인사업자의 법인전환은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만을 바꾸는 것에 불과하여 재산이전에 따르는 등록세, 취득세 등을 부과할 필요가 적음과 더불어 개인사업의 법인전환을 장려함에 있다(2003.3.14. 선고 2002두12182 판결 참조)고 할 것이고, 그간에도 「조세특례제한법」제32조에 따른 개인사업자의 법인전환의 경우 지속적으로 정당한 사유로 해석(구, 행정자치부 2004.07.15, 세정13407-2089, 2002.01.04, 세정-13407-15 등 다수)한 사례에 비추어 볼 때, 「조세특례제한법」제32조에 따른 사업양수도 또는 현물출자 방식으로 개인사업자가 법인전환한 경우 정당한 사유로 인정함이 타당하다고 할 것이나, 이에 해당하는지의 여부는 과세권자가 사실조사 후 최종 결정할 사항이라 할 것입니다.   끝.