▶ < 질의내용 >
부동산간접투자기구가 구「간접투자자산 운용업법」(2007.7.19.  법률 제8516호로 개정되기 이전의 것. 이하 같음)에서 정하고 있는 보유기간(3년 이상)을 충족하지 못하고 조기 청산한 경우, 구「조세특례제한법」(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제119조제6항제2호 및 제120조제4항제2호의 규정에 의거 감면받은 취득·등록세를 다시 납부하여야 하는지 여부 및 이 경우 분리과세로 납부한 재산세를 별도합산과세 세율로 경정하여 추징할 수 있는지 여부

▶ <사실관계>
○ 2007.8.7. : 내국법인 '갑'이 간접투자기구를 설립하여 부동산임대업을 목적으로 오피스빌딩(이하 '간접투자재산'이라 함)을 매입
  - 위 과정에서 구「조세특례제한법」 제119조제6항제2호 및 제120조제4항제2호의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 면제받았으며, 구「지방세법」(2008.9.26, 법률 제9133호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제182조제1항제3호마목 및 구「지방세법 시행령」(2008.6.25. 대통령령 제20887호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제132조제5항제23의2호의 규정에 의거 토지분 재산세를 분리과세 받음
* '갑': 구「간접투자자산 운용업법」 제4조에서 규정하고 있는 자산운용회사에 해당
○ 2009. 10월  : '갑'은 구「간접투자자산 운용업법」 제88조제1항제4호가목 단서 및 구「간접투자자산 운용업법 시행령」(2007.12.28. 대통령령 제20462호로 개정되기 이전의 것, 이하 같음) 제71조제5항 규정에 따라 부동산펀드의 수익자 전원의 동의를 얻어 간접투자재산을 처분하고 부동산 펀드의 청산절차를 밟고 있음  

▶ <회신내용> 지방세운영과-4691(2009.11.04)
가. 구「조세특례제한법」 제119조제6항제2호 및 제120조제4항제2호에서 「간접투자자산 운용업법」에서 정하는 부동산간접투자기구(이하, '부동산간접투자기구'라 한다)의 간접투자재산으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 50% 감면한다고 규정하고 있고, 구「지방세법」 제182조제1항제3호마목 및 구「지방세법 시행령」 제132조제5항제23의2호에서는 「간접투자자산 운용업법」에 의하여 설정·설립된 부동산간접투자기구가 목적사업에 사용하기 위하여 소유하고 있는 토지중 별도합산과세대상에 해당되는 토지에 대하여 분리과세 적용하도록 규정하고 있으며, 동 규정들과 관련하여 별도의 추징이 없습니다.

나. 또한, 구「간접투자자산 운용업법」 제88조제1항제4호가목 및 구「간접투자자산 운용업법 시행령」 제71조제4항·제5항에서는 자산운용회사는 간접투자재산을 운용함에 있어 부동산을 취득한 후 3년 이내에 이를 처분하는 행위를 하여서는 아니된다고 규정하면서, 부동산간접투자기구가 합병 또는 해지·해산되는 경우에는 동 행위제한의 예외를 인정하고 있습니다.

다. 한편, 추징은 일단 면제요건에 해당하면 그 세액을 면제한 후 당초의 면제취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리 측면에서 규정한 것으로 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 별개의 부과처분이라 할 것(대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 참조)이므로, 감면요건을 충족한 이후 사후관리 측면에서 별도의 추징규정을 두고 있지 아니한 이상 면제된 지방세를 추징할 수는 없다고 것(대법원 2005.9.29. 2003두9374 판결 및 2008.4.24. 2008두839 판결 참조)입니다.

라, 따라서, 구「조세특례제한법」 제119조제6항제2호·제120조제4항제2호 및 구「지방세법」 제182조제1항제3호마목에서 부동산투자집합기구가 간접투자재산을 취득·등기한 경우에는 취득·등록세를 50% 감면하고 목적사업에 직접 사용하기 위해 소유하고 있는 경우에는 토지분 재산세를 분리과세한다고 규정하고 있을 뿐 동 감면과 관련하여 별도의 추징규정을 두고 있지 아니한 이상 구「간접투자자산 운용업법」에서 규정하고 있는 제한규정(자산운용회사가 간접투자재산을 운용함에 있어 부동산을 취득한 후 3년 이내의 처분제한)을 이유로 기 감면한 취득·등록세를 추징하거나 분리과세한 재산세를 별도합산으로 경정하여 추징할 수는 없다고 판단됩니다. 끝.