▶ 질 의

000농업협동조합이 가축분뇨 공동자원화 시설용으로 사용하기 위하여 부동산을 취득하였으나, 인근 주민들의 반대로 인해 당해 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못하고 매각한 경우 “정당한 사유”로 볼 수 있는지 여부


▶ 회 신 [도세과-514(’08.4.17)]

가. 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있습니다.

나. 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력 을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로(대법원 97누5121, 1998.11.27. 참조),

다. 귀문의 경우 가축분뇨공동자원화시설 설치사업자로 선정된 농협이 당해 사업계획에 따라 사업예정부지를 취득하고 일련의 절차를 진행하고자 하였으나, 인근지역의 주민들이 분뇨퇴비공장유치반대추진위를 구성하여 집단행동을 하는 등 사업추진을 저지하는 상황이 발생하여 반대주민들의 동의를 얻기 위한 설득 및 인허가 추진 등 사업을 정상적으로 추진하고자 진지한 노력을 다하였음에도 어쩔 수 없이 당해 토지를 매각한 경우라면, 그 매각한 사유가 법령ㆍ사실상 장애사유에 해당하는 지, 취득 당시부터 그 장애사유를 알고 해소가 가능한 사항이었는지, 그 장애사유를 해소하지 못한 특별한 사정이 있는지 여부 등 사실관계를 종합적으로 판단하여 과세권자가 “정당한 사유”의 유무 를 결정할 사항입니다.