질의제목 : 전면 매수방식 등에 의한 토지개발사업으로 조성된 토지에 대한 등기부등본 정리 시 새로운 취득·등록세 납세의무 성립여부
(행정자치부 지방세 법령해석심의위원회 심의결과 의안번호 제2007-5호)

1. 질의요지
  · 민간 또는 공익사업시행자는 환지를 수반하지 아니하는 전면매수 또는 수용방식에 의한 토지개발사업이 완료된 경우에 종전 토지에 관한 등기의 말소등기와 토지개발사업의 시행으로 조성된 토지에 관한 소유권보존등기를 신청 시 새로운 취득이 이루어진 것으로 보아 취득세와 등록세를 부과하여야 하는지 여부

2. 회    답
  · 사업시행자가 전면매수 또는 수용방식에 의한 토지개발사업 완료 후 사업시행으로 조성된 토지에 대해 지적공부 정리를 위해 보존등기 시 새로운 취득세 납세의무는 성립되지 아니하고, 등록세는 법 제131조제1항제8호의 세율을 적용하는 것입니다.

3. 이    유
1) 취득세의 경우
  · 지방세법상 취득이라 함은 매매, 교환(…) 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상·무상을 불문한 일체의 취득을 말하는 바,
  · 사업시행자가 토지개발사업 완료 후 토지등기부 정리를 위해 토지개발사업의 시행으로 조성된 토지에 대해 소유권보존등기를 한다고 하여 이때 새로운 취득이 이루어져 취득세 납세의무가 성립된다고 볼 수는 없다 할 것입니다.

 2) 등록세의 경우
  · “소유권의 보존”이란 미등기 부동산에 대하여 최초로 등기를 하는 것을 말하는 것으로서,
    - 이미 등기가 되어 있는 토지에 대하여 종전 등기부에 표시변경을 할 수 없어 불가피하게 종전 등기부를 말소하고 새로이 등기부를 개설하는 소유권보존등기는 그 형식만이 소유권보존등기일 뿐이고,
  · 사업시행자가 토지개발사업 완료 후 토지등기부 정리를 위해 토지개발사업의 시행으로 조성된 토지에 대해 소유권보존등기라는 형식으로 등기를 하는 것은 본래 토지표시변경등기를 하여야 할 것을 지적공부 정리방식의 특수성으로 인하여 그 표시변경등기의 형식으로 할 수 없어 불가피하게 소유권보존등기라는 형식을 차용하여 등기를 하는 것이라 하겠으므로,
    - 이를 지방세법 제131조제1항제4호의 “소유권의 보존”에 해당된다고 볼 수는 없어 기타등기(법 제131조제1항제8호)에 해당하는 세율을 적용함이 타당합니다. (대법원 부동산등기과-1995, 2007.6.18. 참조)